1. 기초사실

원고는 교육을 목적으로 호남대학교를 설립하여 이를 경영하는 학교법인이다.

가. 피고 광산구청장의 처분과 관련된 사실

(1) 처분의 경위

(가) 원고는 1998. 11. 18. 호남대학교 광산캠퍼스(이하 '광산캠퍼스’라 한다) 구내인 광주 광산구 서봉동 59-1 지상에 복지관건물 8，023.95㎡를 건축하여 1999. 7. 22. 위 건물에 대하여 소유권보존등기를 경료한 후 이를 소유하고 있다.

(나) 원고는 1999. 2. 27. 및 1999. 10. 20.에 중소기업청장으로부터 벤처창업보육센터사업자 및 인터넷창업보육센터사업자로 각 지정받아 위 59-1 지상에 벤처창업보육센터건물 및 인터넷창업보육센터건물 합계 753㎡를 건축하여 1999. 12. 18 개소한 후 이를 소유하고 있다.

(다) 원고는 ① 1996. 11. 26. 광주 광산구 서봉동 산 194 임야 3，471㎡ 및 산 195 임야 2，975㎡[위 산 195 임야는 1997. 10. 17. 산 196 임야 39，769㎡에 합병되어 산 196 임야 42，744㎡를 구성 하게 되 었고，위 산 196 임야 42，744㎡는 산 196 임야 10，761㎡(산 195 임야 중 2，343㎡가 이에 포함되었다. 이하 '분할 후 산 196' 이라 한다)，산 196-1 임야 25，005㎡(산 195 임야 중 632㎡가 이에 포함되 었다)，산 196-2 임야 2，029㎡， 산 196-3 임야 4，949㎡로 분할되 었는데 위 산 196-1 임야는 1997. 11. 5. 서봉동 179-2 체육용지 25，024㎡로 등록전환되어 호남대학교 잔디축구장 부지에 편입되었다 1를 취득하여 1996. 11. 28. 각 소유권이전등기를 경료하였고， ② 1997.부터 2001.까지의 각 6. 1. 현재 광주 광산구 서봉동에 있는 별지 목록 기재 각 토지(이하, 별지 목록 기재 각 토지를 그 지번으로 특정하여 지칭한다)를 해당연도 별로 별지 각 해당연도 귀속 종합토지세 과세내역 기재와 같이 소유하고 있다.

(라) 피고 광산구청장은， ① 복지관건물 중 일부(이하 '복지관부분' 이라 한다) 및 각 창업보육센터건물이 수익사업에 사용되었고，② 산 194，산 195 중 분할 후 산 196에 포함된 부분이 각 취득얼 및 등록일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 교육사업에 사용되지 아니하였으며，③ 별지 목록 기재 각 토지 중 59-1은 복지관부분 및 각 창업보육센터가 위치하는 부분으로 수익사업에 사용되고 있으며 나머지 토지들은 교육사업에 사용되지 아니하고 있다는 이유로 별지 광산구청장의 과세처분내역 기재 각 지방세 부과처분을 하였다.

(2) 각 건물 및 토지의 이용현황 등

(가) 광산캠퍼스 복지관부분은 학생식당 및 교직원식당, 매점, 서점, 안경점, 은행 등으로 구성되어 있다.

① 원고는 쌍촌캠퍼스 구내인 광주 서구 쌍촌동 600-5 외 9필지 지상 건물에 있는 학생식당(이하 '쌍촌캠퍼스 식당' 이라 한다)과 매점(이하 '쌍촌캠퍼스 매점’이라 한다)을 비롯하여 광산캠퍼스 복지관부분에 있는 학생식당 및 교직원식당(이하 '복지관 식당’이라 한다)과 매점(이하 '복지관 매점' 이라 한다)을 직접 운영해 오던 중 원가를 저렴하게 유지하지 못하고 메뉴의 다양성를 갖추지 못하는 등 전문성 부족으로 위탁운영할 필요성을 느끼고， 1996. 2. 13.부터 2001. 2. 28.까지 위 쌍촌캠퍼스 식당 및 복지관 식당을 보증금으로 150，000，000원 상당의 보증보험증권을 제출받고 제일제당(주)로 하여금 운영하게 하고 학교발전기금으로 1999.분 및 2000.분 각 70，000，000원，2001.분 4,000 ，000을 받았고， 2001. 3. 1.부터2003. 2. 28.까지 복지 관 식당을 보증금 30，000，000원 상당의 보증보험증권을 제출받고 (주)아워흠으로하여금 운영하게 하고 학교발전기금으로 매출총액의 2%을 받았으며， 1997. 3. 1.부터 2001. 2. 28.까지 쌍촌캠퍼스 매점 및 복지관 매점， 자판기 등을 김재곤에게 보증금 30，000，000원, 임대료 연 44，000，000원으로 정하고 임대하였고， 2001. 3. 1.부터 2002. 2. 28.까지는 김재곤에게 쌍촌캠퍼스 식당을 추가하여 위 식당, 쌍촌캠퍼스 매점 및 복지관 매점，자판기 등을 보증금 30，000，000원，임대료 연 44，000，000원 학교발전기금 연 10，000，000원으로 정하여 임대하였는데 위 각 식당 및 매점은 대학 캠퍼스 내에 위치해 있기 때문에 일반인의 이용은 거의 없고，위 각 식당은 식사시간 이외에는 학생들의 휴식공간으로 이용되고 있다.

② 또한 원고는 학생들 및 교직원의 편의를 위하여 안경점과 서점의 운영 및 은행의 설치를 기획하여 1999. 3. 1 부터 2002. 2. 28 까지 복지관부분에 있는 안경점을 매년 학교발전기금 10，000，000원을 받고 박상호에게 운영하게 하였고， 복지관부분에 있는 서점은 학교발전기금 1999.분 및 2000.분 각 40，000，000원，2001.분 10，000，000원을 받고 (주)사랑방문고에게운영하게 하였으며， 1999. 9. 1.부터 2001. 8. 31.까지 복지관 1105호실은 보증금 100,000,000원，관리비 월 500，000원은 공과금 납부로 대체하기로 정하여 주식회사 광주은행에 임대하였다.

(나) 원고는 사업화 능력이 미흡한 예비ㆍ선규창업자 등에게 입주공간을 제공하고 경영，기술，마켓팅 등에 대한 교육을 통해 중소ㆍ벤처기업의 창업성공률을 제고하는 등의 산학협력사업의 일환으로 창업보육센터의 설립을 추진하여 1999. 2. 27. 및 1999. 10. 20.에 중소기업청장으로부터 벤처창업보육센터사업자 및 인터넷창업보육센터 사업자로 각 지정받아 각 창업보육센터를 설립하여 (주)빅이벤트등 13개 업체를 입주시켜 연구 및 기업활동에 전념케 하고, 각 업체로부터 매월 4평 기준 50，000원 상당의 관리비를 받았는데 위 금액은 각 창업보육센터건물의 유지관리비용에도 미치지 못한다.

(다) ① 원고는 호남대학교 조경학과 및 환경원예학과의 야외조경생태실습장 및 환경생태학실습장으로 이용하기 위하여 별지 목록 기재 토지 중 산 218-1，산 221, 산 222-2，산 222-5，산 222-7 등 일대에 야외실험 ..실습장을 조성할 계획을 세우고 피고 광산구청장에게 1994. 12. 1. 및 1995. 12. 29. 실험실습장 조성현황을 통보하였으며, 조경학과에서는 매년 조경식물학 등 수업을 위해 별지 목록 기재 토지 중 38，39，45，46，47은 묘목관찰장으로 산 211은 환경원예실습장으로 산 218-1，산 194，산 195는 산림생태관찰장으로 지정하였고， 생명과학과에서도 식물생태학 등의 수업을 위해 위 토지 일대를 관찰 및 실험장으로 정하였다. ② 그러나 위 토지에서의 실습이 이루어진 횟수는 각 과목별로 연 내지 2회에 불과하고 위 토지들은 대부분 특별한 시설이 설치되지 아니한 채 자연상태로 유지되고 있고 그 중 일부에 실험구， 관찰로를 위한 줄 표지판 등이 설치되어 있을 뿐이다. 또한 광주광역시에서 2001. 11. 30.，2001. 12. 7. 등 실시한 각 토지이용현황실태조사에서도 산 194，분할 후 산 196，산 196-3，산 211은 소나무 등이 존재하는 등 취득 이후 형질변경되지 아니한 자연상태 그대로이고 간혹 2001. 11.경 설치한 것으로 보이는 경계표시줄 및 표지판이 설치되어 있을 뿐이며, 9-2，38，39，45，46，47도 그 일부에 쓰레기 둥이 방치되어 있는 등 각 취득 당시의 상태 그대로이고， 175-1，175-2에는 서봉동 주민이 집을 지어 거주하고 있고，194-3은 휴경지 상태이고， 182-1，183-1，184-1은 시내버스 운전자의 구내식당부지로 사용되거나 대나무밭， 고추밭 등으로 이용되고 있는 등 별지 목록 기재 토지의 현황은 별지 목록 현황란 기재와 같은 것으로 조사되었고， 59-1을 제외한 나머지 토지들은 모두 학교시설 지구 밖에 위치하는 토지들로서 교육용재산으로 등록되지 아니하였다.

나. 피고 광주광역시 서구청장(이하 '피고 서구청장'이라 한다)의 처분과 관련된 사실

(1) 처분의 경위

(가) 원고는 호남대학교 쌍촌캠퍼스 구내인 광주 서구 쌍촌동 600-5 외 9필지 및 위 지상 건물 13，108.30㎡를 소유하고 있다.

(나) 피고 서구청장은 위 건물 중 662.40㎡( 이하 건물부분 이라 한다)와 그 부속토지 3，196㎡가 수익사업에 사용되고 있다는 이유로 주문 제1항 나.기재와 같은 각 지방세 부과처분을 하였다.

(2) 건물부분의 이용현황 등

건물부분은 식당 및 매점으로 구성되어 있고 그 이용현황은 위 가. (2)의 (가) ① 기재와 같고, 쌍촌캠퍼스의 경우 대부분의 단과대학들이 광산캠퍼스로 이전하여 학생수가 대폭 감소하는 바람에 식당이나 매점이 운영난을 겪게 되었고 이로 인해 위탁운영을 희망하는 업체가 없어서 광산캠퍼스의 식당, 매점의 운영을 위탁하면서 쌍촌캠퍼스의 식당，매점도 함께 운영하게 한 것이다.

다. 피고 동구청장의 처분과 관련된 사실

(1) 처분의 경위

(가) 원고는 1998. 2. 27. 원고법인 이사장인 박기인으로부터 광주 동구 학동750-1삼익세라믹 아파트 1동 907호(이하 '이 사건 아파트'라 한다)를 증여받아 1998.3.2. 소유권이전등기를 경료한 후 이를 소유하고 있다.

(나) 피고 동구청장은 이 사건 아파트가 취득일 및 등록일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 교육사업에 사용되지 아니하고 었다는 이유로 원고에게 청구취지 제2항 기재와 같은 각 지방세 부과처분을 하였다.

(2) 아파트의 이용현황 등

원고는 위 아파트가 학교시설지구로부터 30km 이상 떨어져 있어 입주를 원하는 교직원이 없다는 이유로, 증여 이전부터 위 아파트에 거주하고 있던 원고법인 이사장인 박기인이 계속하여 위 아파트에 거주하도록 하고 었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑1，2의 각 1，2，갑3의 1，2，3，갑4，5，7의 각 1내지 5，갑8의 1，2，갑11의 1내지 6，갑12의 1내지 11，갑21，갑22의 6내지 37，갑23의 1내지 9，갑24，25의 각 내지 7，갑26의 1，2，3，갑27의 1，2，갑29의 1，2，3，갑31내지 34，을가 1의 1내지 8，을가 2의 1，2，3，을가 9，을나4의 1，2，을다 1，2의 각 1내지 4，을다 3，4의 각1，2，증인 유제준， 증인 이두표 변론 전체의 취지 .

2. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 각 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

피고들은 피고들의 각 처분이 관련법령에 근거한 적법한 처분이라고 주장하고, 원고는 다음과 같은 이유로 피고들의 각 처분이 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

(1) 피고 광산구청장의 처분과 관련하여， ① 복지관부분은 교직원과 학생들을 위한 후생복지시설로서 원고의 전문성 부족으로 이를 위탁운영하게 한 것이므로 복지관 부분과 그 부지인 59-1은 교육사업에 사용되고 있는 것이지 수익사업에 사용되는 것이라고 볼 수 없고，② 창업보육센터 건물 역시 산학협력 차원에서 선규창업자 등을 입주하게 하여 창업기술 등을 지도하는 것아므로 각 창업보육센터와 그 부지인 59-1 역시 교육사업에 사용되고 있는 것이지 수익사업에 사용되는 것이라고 볼 수 없으며, ③ 별지 목록 기재 토지 중위 59-1을 제외한 나머지 토지들은 호남대학교 조경학과 등의 실험실습장으로 사용되고 있으므로 교육사업에 직접 사용되어 온 것으로 보아야한다

(2) 피고 서구청장의 처분과 관련하여, 이 사건 건물부분은 교직원과 학생들을 위한 후생복지시설로서 이 역시 원고의 전문성 부족으로 위탁운영하게 한 것이므로 이한 사건건물부분과 그 부속토지는 교육사업에 사용되는 것으로 볼 것이지 수익사업에 사용되는 것으로 볼 것은 아니다.

(3) 피고 동구청장의 처분과 관련하여， 이 사건 아파트에는 원고법인의 이사장의 관사로 이용되는 것이므로 이는 교육사업에 사용되고 있는 것이다.

나. 판단

(1) 피고 광산구청장의 처분에 관한 판단

(가) 위 인정사실에 의하면 원고가 복지관부분에 있는 서점，안경점학생식당, 매점 등을 제3자로 하여금 위탁운영케 하고 학교발전기금 등을 받은 점은 인정되나, 한편 위 시설들은 대학구성원들을 위한 필수적인 후생복지시설인 점 원고는 위 시설의 운영 및 관리를 보다 효율적으로 수행하기 위한 방편상 이를 제3자에게 운영하게 한 것인 점，외부인들은 위 시설의 이용이 거의 불가능하여 학생 및 교직원들만이 위 시설을 이용하고 있는 점 등 복지관부분에 있는 시설의 성격, 위탁운영의 동기，그 이용실태 학교발전기금 등의 액수 등에 비추어 보면，복지관부분 및 그 부지인 59-1 토지는 수익사업에 사용되는 부동산이라고 할 수 없으므로, 원고의 주장 중 (1) 의 ①부분은 이유 있다.

(나) 위 인정사실에 의하면， 원고가 각 창업보육센터의 입주업체들로부터 관리비를 받은 사실은 인정되나， 한편， 원고는 산학협력사업의 일환으로 예비창업자 등에 대한 기술 교육 등을 시행하기 위하여 각 창업보육센터를 설립한 것인 점 각 창업보육센터에 업체들이 입주하여 연구 및 기업활동에 전념하고 있는 점 위 관리비는 시설유지ㆍ관리비용에도 미치지 못하는 점 등 각 창업보육센터의 설립배경 그 이용실태 관리비의 성격 등에 비추어 보면，각 창업보육센터 및 그 부지인 59-1은 수익사업에 사용되는 부동산이라고 할 수 없고 원고의 교육목적에 사용되는 부동산이라 할 것이므로 원고의 주장 중 (1)의 ②부분도 이유 있다.

(다) ① 지방세법 제107조, 제127조 등에서 일정한 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위해 취득하고 등기하는 부동산에 대하여 취득세，등록세를 비과세하는 취지는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득 및 이에 관한 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 과세하지 아니하는 혜택을 주되 취득 및 둥기일로부터 3년 이내에 이를 정당한 사유 없이 고유의 목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는취득세 및 등록세를 부과함으로써， 부동산의 효용가치를 증대시키고 부동산 투기 등을 근절하는데 있다고 할 것이다. 그리고, 위 각 규정 소정의 직접 사용 의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득 목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 1998. 7. 10. 선고 98두7626 판결 등 참조).

위 인정사실에서 의하면 산 194，산 195 중 분할 후 산 196에 편입된 부분은 학교시설지구 밖에 위치하고 교육용 재산으로 등록되지도 아니한 점，위 토지들은 취득 당시의 상태 그대로이고 원고는 위 토지의 일부에 표지판 등을 설치한 것 이외에는 아무런 시설물을 설치하지 아니한 점，조경학과 등의 학과수업 중 위 토지의 일부에서 실습이 이루어 진 것은 연 1 내지 2회 정도에 불과한 점 등 위 토지의 상태와 이용현황 등을 종합하면， 원고가 위 토지들을 그 취득일 및 등록일로부터 3년 이내에 교육사업에 직접 사용하지 아니하였다고 할 것이고，나아가 원고가 위 토지들을 교육사업에 직접 사용하지 아니한 데 대하여 정당한 사유가 있었다고 볼 자료도 없으므로 위 토지들은 그 취득일 및 등록일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 교육사업에 직접 사용되지 아니하였다고 볼 것이다.

종합토지세는 보유하는 토지에 담세력을 인정하여 과세하는 수익세적 성격을 지난 재산세로서 당해 토지를 소유하는 동안 매년 독립적으로 납세의무가 발생하는 것이므로 그에 대한 과세 여부도 과세기준일 현재의 이용상황에 따라 매년 달라질 수 있고, 학교를 경영하는 비영리사업자의 사업에 직접 사용되는 토지가 종합토지세의 비과세 대상 토지에 해당되기 위하여는 공부상의 현황과는 관계없이 그 토지가 당해 학교 법인의 고유업무 그 자체에 직접 사용되고 있어야 하고 (1988. 12. 27. 선고 87누895 판결 참조)，여기서 사용은 계속적이고 실질적인 사용을 말한다(대법원 1997. 7. 11. 선고 96누14494 판결 참조).

위 인정사실에 의하면， 원고가 별지 목록 기재 토지 중 일부에 대하여 야외실험ㆍ실습장을 조성할 계획을 세우고 피고에게 그 조성현황에 대하여 통보하여 왔고 호남대학교 조경학과 등의 학과에서 수업시간에 그 학과목과 관련하여 별지 목록 기재 토지 중의 일부를 묘목관찰장 환경원예실습장 산림생태관찰장 등으로 지정하여 수업계획을 세운 것은 인정되나， 한편，별지 목록 기재 토지 중 59-1을 제외한 나머지 토지들은 모두 학교시설지구 밖에 위치하고 원고의 교육용 재산으로 등록되지도 아니한 점，위 토지들은 그 일부에 실험구 관찰로를 위한 줄，경계표시줄， 표지판 등이 설치되어 있을 뿐 특별한 시설이 설치되지 않고 취득 당시의 자연상태 그대로 유지되고 있는 점(오히려 위 토지들 일부는 쓰레기가 방치되어 있고 서봉동 주민이 집을 지어 거주하고 있거나 시내버스 운전자의 구내식당부지로 사용되고 있으며 고추밭이나 휴경지 상태인 점)，조경학과 등의 학과 수업과정에서 실제로 위 토지의 일부에서 실습이 이루어 진 것은 연 1 내지 2회에 불과한 점 등 위 토지의 상태와 이용현황에 비추어 보면 앞서 본 사정만 가지고는 별지목록 기재 토지가 원고의 교육사업에 계속적이고 실질적으로 사용되고 있다고 인정하기 어렵고，달리 이를 인정할 자료가 없다.

③ 따라서 원고의 주장 중 (1) 의 ③부분은 이유 없다.

(라) 소결론

따라서 피고 광산구청장의 원고에 대한 이 사건 각 과세처분 중 복지관부분 및 각 창업보육센터 위 건물들의 부지 부분인 59-1이 수익사업에 사용되고 있음을 전제로 한 부분은 위법하다 할 것이므로, ① 2002. 4. 8.자 종합토지세(도시계획세 등 포함) 1999년 귀속 금 1，385，600원의 부과처분 중 59-1에 대한 금 668，350원 부분，2000년 귀속 금 1，961，730원의 부과처분 중 59-1에 대한 금 855，060원 부분，2001년 귀속 금 2，061，320원의 부과처분 중 59-1에 대한 금 962，480원 부분，② 2002. 4. 10.자 재산세(도시계획세 등 포함) 1999년 귀속 금 3，642，630원，2000년 귀속 금 5，041，350원，2001년 귀속 금 5，496，780원의 각 부과처분， ③ 2002. 4. 12.자 59-1에 관한 취득세(농어촌특별세 포함) 금 114，404，010원의 부과처분， ④ 2002. 4. 16.자 59-1에 관한 등록세(지방교육세 포함)금 49，604，170원의 부과처분은 각 취소되어야 할 것이다.

(2) 피고 서구청장의 처분에 관한 판단

위 인정사실에 의하면, 원고가 쌍촌캠퍼스 건물부분을 구성하는 식당 매점 등을 제3자로 하여금 위탁운영케 하고 학교발전기금 등을 받은 사실은 인정되나 한편, 위 시설들은 대학구성원들을 위한 필수적인 후생복지시설언 점，원고는 위 시설의 운영 및 관리를 보다 효율적으로 수행하기 위한 방편상 이를 제3자에게 운영하게 한 것인 점，외부인들은 위 시설의 이용이 거의 불가능하여 학생 및 교직원들만이 위 시설을 이용하고 있는 점 등 위 건물부분에 위치한 시설의 성격 위탁운영의 동기 그 이용 실태，학교발전기금 등의 액수 등에 비추껴 보면 쌍촌캠퍼스 건물부분 및 그 부속토지는 수익사업에 사용되는 부동산으로 볼 수 없으므로 원고의 주장 중 (2)부분은 이유있다.

따라서, 쌍촌캠퍼스 건물부분이 수익사업에 사용되고 있음을 전제로 피고 서구청장이 원고에 대하여 한 주문 제1항 나.기재 각 부과처분은 위법하므로 모두 취소되어야 할 것이다.

(3) 피고 동구청장의 처분에 관한 판단

위 인정사실에 의하면， 원고가 이 사건 아파트가 학교시설부지로부터 30km 이상 떨어져 있고 그 거주를 희망하는 교직원 등이 없다는 이유로 증여자인 박기인이 증여 이전과 마찬가지로 과세일 현재까지 위 아파트에 계속하여 거주하게 한 점에 비추어 보면, 원고가 이 사건 아파트를 그 취득일 및 등록일로부터 3년 이내에 교육사업에 직접 사용하지 아니하였다고 할 것이고, 나아가 원고가 위 아파트를 교육사업에 직접 사용하지 아니한 데 대하여 정당한 사유가 있었다고 볼 자료도 없으므로， 원고의 주장 중 (3)부분은 이유 없다.

4. 결 론

그렇다면 원고의 피고 서구청장에 대한 청구는 이유 있어 인용하고， 원고의 피고 광산구청장에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 그 나머지 청구 및 원고의 피고 동구청장에 대한 청구는 이유 없어 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.