【증거】갑 810호증, 갑 12호증, 갑 13호증의 12, 갑 18호증의 1 내지 11, 갑 20호증의 1 내지 17, 갑 31호증의 1 내지 11, 갑 3435호증의 각 123, 갑 36호증의 12, 갑 37호증, 갑 38호증의 1 내지 4, 갑 39 내지 42호증의 각 12, 갑 43호증의 1 내지 5, 갑 44호증의 12, 을 12호증, 을 3호증의 123, 을 4호증, 을 5호증의 12, 을 6호증의 1 내지 4, 을 89호증의 각 12, 제1심 증인 류희범, 제1심 법원의 사실조회(서울특별시장)

라. 판단

(1) 본세 부분에 관한 판단

㉮ 지방세법이 벤처기업집적시설의 경우 취득세와 등록세를 면제하는 등의 혜택을 주고 있는 것은 기존 기업의 벤처기업으로의 전환과 벤처기업의 창업을 촉진하여 우리 산업의 구조조정을 원활히 하고 경쟁력을 제고하는 데 기여함을 목적으로 하여 제정된 벤처기업 육성에 관한 특별조치법의 입법취지에 부응하기 위하여 벤처기업을 세제상 우대하기 위한 목적에서 비롯된 것이라 할 것이고, 한편

따라서 이러한 지방세법의 입법취지, 벤처기업 관련 법령의 규정 내용 등에 비추어 보면,

㉯ 이 사건에 관하여 보건대, 우선 위 2. 다.의 (3)항에서 본 바와 같이 이 사건 부과처분의 기준일(사업승인일로부터 3년이 되는 날)인 2001. 8. 18. 현재 1차 벤처기업집적시설에는 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설로 간주되는 부분의 면적이 25,178.33㎡에 달하였으므로, 적어도 위 25,178.33㎡ 부분은 이 사건 부과처분이 있기 이전부터 벤처기업집적시설로 이용되고 있었다고 할 것이다.

㉰ 더 나아가 보건대, 위 2001. 8. 18. 현재 1차 벤처기업집적시설 중 위 25,178.33㎡ 이외의 부분은 벤처기업집적시설로 개발조성되어 있지 않았었지만, 그 후 입주하는 벤처기업의 수가 증가하면서 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설로 간주되는 부분의 면적이 2002년 1월 현재 30,564.47㎡로 증가하였던 점, 서울특별시장도 1차

벤처기업집적시설로 간주되는 부분의 면적이 그 이후 감소되기는 하였으나 원고는 2003. 2. 12. 현재 3차 벤처기업집적시설에 입주하였던 벤처기업 등에게 위에서 본 바와 같은 임대료의 할인, 금융지원 등을 하였을 것이고, 따라서 위 31,311.48㎡에 대한 취득세와 등록세 감면 혜택은 당시에 입주하였던 벤처기업 등에게 돌아갔을 것으로 보이는데, 그 후 벤처기업 등의 입주 면적이 감소하였다는 이유로 감소된 부분에 대하여 취득세와 등록세를 추징할 수 있다고 한다면 벤처기업 육성에 관한 특별조치법의 입법취지에 부응하기 위하여 벤처기업을 세제상 우대하기 위한

다만 위 31,311.48㎡를 제외한 나머지 2,569.16㎡(33,880.64 － 31,311.48)에 관하여 보면, 2004. 1. 15. 현재에도 3차 벤처기업집적시설 중 1,749.87㎡가 임대되지 않고 비어 있을 뿐만 아니라, 12,171.85㎡를 차지하고 있는 55개 일반기업들은 비록 대부분 컴퓨터정보통신 등의 분야에 속하는 기업이기는 하나 벤처기업 인증을 받지 못하여 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설로 간주되지 않는 기업이므로 위 2,569.16㎡는 벤처기업집적시설로 개발조성되지 않았다고 보아야 하고, 앞서 본 바와 같은 원고의 노력이나 벤처기업과 관련된 제반 사정을 감안하더라도 원고가 위 2,569.16㎡를 벤처기업집적시설로 개발조성하지 못한 것에 관하여 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

결국 2차 벤처기업집적시설인 33,880.64㎡ 전부에 대하여 취득세등록세 등을 부과한 이 사건 부과처분 중 위 31,311.48㎡ 부분은 취득세등록세 등을 추징할 수 없는 경우에 해당한다고 보아야 할 것이므로, 위 31,311.48㎡ 부분에 대한 이 사건 부과처분은 위법하다.

(2) 가산세 부분에 관한 판단

지방세법 제276조 제4항 단서에 의하면, 벤처기업집적시설의 사업시행자가 취득세등록세를 면제받았던 건물을 그 사용승인일로부터 3년의 유예기간이 경과하도록 벤처기업집적시설로 개발조성하지 못한 때에는 당초 면제되었던 취득세등록세를 추징할 수 있고,

따라서 원고가 이 사건 부과처분이 있기 이전에 당초 면제되었던 취득세등록세의 추징사유가 생겼음을 알았거나 알 수 있었다고 볼 것인지에 관하여 보면, 앞서 본 바와 같이 부과기준일인 2001. 8. 18. 현재 25,178.33㎡ 부분만이 벤처기업집적시설로 간주되어 벤처기업집적시설의 지정요건을 갖추지 못하게 되었는데도 서울특별시장이 벤처기업집적시설의 지정을 취소하지 않고 그 면적을 변경지정하여 주었던 점, 벤처기업 관련 법령상 벤처기업집적시설에 입주하는 기업이 입주 당시부터 벤처기업 인증을 받아야 하는 것으로 규정되어 있지는 않고, 실제로 1차 벤처기업집적시설에 입주하였던 일반기업들 중 일부 기업은 입주 후에 벤처기업으로 전환되었던 점, 이 사건 벤처기업집적시설에 입주한 벤처기업과 일반기업의 현황이 계속해서 변경되어온 점 등 지방세 추징사유의 발생 시점을 정확히 확정하기 어려운 듯이 보이는 사정도 있기는 하지만, 다른 한편 원칙적으로 건물 사용승인일로부터 3년이 경과된 부과기준일 현재 벤처기업집적시설의 요건을 갖추지 못하게 된 경우에는 곧바로 면제되었던 취득세등록세를 추징할 수 있는 것인 점, 당초 부과기준일인 2001. 8. 18. 현재 25,178.33㎡ 부분만이 벤처기업집적시설로 간주되어 벤처기업집적시설 지정의 요건을 갖추지 못하게 되자 피고가 2002. 1. 25. 원고에게 벤처기업집적시설지정 취소를 위한 청문절차를 통지하였고(갑 36호증의 1, 2), 그 청문 절차에서 원고는 관련 법령의 문제점 등을 적시하면서 벤처기업집적시설 지정을 취소하지 말아 줄 것을 요청하여 2002. 2. 18. 피고로부터 벤처기업집적시설 지정을 취소당하지 않고 그 면적을 변경지정하는 처분을 받으면서 향후 벤처기업집적시설 지정요건을 준수할 것과 그 요건을 갖추지 못할 경우 지정이 취소될 수 있고 감면된 지방세가 추징될 수 있음을 통보받았던 점(갑 10, 37호증), 그 후 원고가 벤처기업에 대한 임대를 계속하여 2003. 2. 12. 현재 벤처기업 등의 점유면적이 최고치인 31,311.48㎡까지 이르렀으나 그 후로는 벤처기업 등의 점유면적이 계속 감소하고 있었던 점, 그러던 중인 2003. 6. 23. 피고로부터 벤처기업집적시설 요건을 충족하지 못하였음을 이유로 이 사건 부과처분이 있을 것이라는 과세예고통지를 받았고(갑 2호증), 과세 전 적부심사 청구를 하여 그 절차를 거치기도 하였던 점, 그 후 2003. 9. 15.에 이르러 이 사건 부과처분이 이루어진 점 등의 제반 사정에 비추어 보면, 원고는 2002. 2. 18. 서울특별시장으로부터 벤처기업집적시설 면적을 축소변경하는 처분을 받으면서 이후 벤처기업집적시설 지정요건을 충족하지 못할 경우 당초 면제되었던 취득세등록세가 추징될 것임을 통보받은 이래 벤처기업 등의 점유면적이 최고치에 달하였다가 계속 감소하던 무렵인 위 2003. 2. 12.경 이후 또는 적어도 과세예고통지를 받았던 위 2003. 6. 23.경에는 당초 면제되었던 취득세등록세의 면제사유가 소멸되어 그것이 추징될 수 있는 사정이 발생하였음을 알았거나 알 수 있었다고 보는 것이 타당하다고 할 것이다.

그런데 원고가 그로부터 30일이 지나도록 취득세와 등록세를 신고납부하지 않았던 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이 법원에서 정당한 사유를 인정한 위 31,311.48㎡를 제외한 나머지 부분의 취득세등록세에 관하여는 피고가 그 각 가산세를 부과할 수 있다 할 것이고, 피고의 가산세 부과처분 전부가 위법하다는 원고의 주장은 위 인정범위 내에서만 이유 있다.

(3) 정당한 세액의 계산

위에서 본 바와 같이 2차 벤처기업집적시설로 인정되었던 면적 33,880.64㎡ 중 위 31,311.48㎡ 부분은 이 사건 부과처분 당시 벤처기업집적시설로 이용되고 있었거나 또는 일시적으로 벤처기업집적시설로 이용하지 아니하였다 하더라도 그에 관하여 정당한 사유가 있었던 부분이므로, 이 사건 부과처분 중 위 31,311.48㎡ 부분에 대하여 취득세등록세 및 그 각 가산세를 부과한 것은 위법하다 할 것이고, 이를 제외한 정당한 세액을 계산하면 다음 표 중 ‘정당한 세액’란 기재와 같다.