원고가 벤처기업집적시설의 사업시행자로 지정되고 나서 벤처기업집적시설에 대한 사용승인을 받았고, 위에서 본 바와 같이 지정된 벤처기업집적시설 부분에 전유부분 및 그에 안분되는 구조상의 공용부분이 포함되어 있는 이상, 원고는 서울특별시장으로부터 1차 벤처기업집적시설의 사업시행자로 지정된 후 이 사건 공용부분을 취득하였다고 할 것이므로 구 지방세법 제276조 단서의 규정에 따라 취득세를 추징할 수 있는 특별한 사정이 없는 이상 이 사건 공용부분에 대한 취득세는 면제의 대상이 된다고 할 것이고, 등록세 역시 특별한 사정이 없는 이상 면제의 대상이 된다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1994. 9. 29. 피고로부터 서울

광진구 구의동 546-4 지상에 지하 6층, 지상 39층의 연면적 259,730.85㎡인

테크노마트 21 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다)에 대한 건축허가를 받아 이 사건 건물을 신축한 후 1998. 8. 18. 이 사건 건물 전체에 대한 사용승인을 받았고, 같은 달 27. 이 사건 건물의 각 구분점포에 관하여 원고 명의의 소유권보존등기를 경료하였다.

그런데 원고는 1998. 3. 7. 피고로부터 이 사건 건물 중 지하 6층부터 지상 13층까지의 연면적 228,180.98㎡(이하 ‘임시사용승인부분’이라고 한다)에 대하여 임시사용승인을 받아 같은 해 4. 6. 피고에게 임시사용승인부분에 대한 취득세ㆍ농어촌특별세 등 합계 5,092,181,240원을 신고ㆍ납부하였고, 같은 해 7. 31.

서울특별시장으로부터 이 사건 건물 중 지상 20층부터 39층까지의 연면적 39,137.94㎡(별지 면적표에 의하면 39,137.3㎡이다, 이하 ‘1차 벤처기업집적시설’이라고 한다)에 대하여 벤처기업육성에관한특별조치법 소정의 벤처기업집적시설로 지정받아 피고로부터

구 지방세법(1999. 2. 8. 법률 제5827호로 개정되기 전의 것) 제276조 제4항 본문에 따라 1차 벤처기업집적시설에 대한 취득세ㆍ등록세를 면제받았다.

이에 원고는 같은 해 8. 26. 이 사건 건물 전체에 대한 취득세ㆍ농어촌특별세ㆍ등록세ㆍ지방교육세 등(이하 ‘취득세등’이라고 한다)에서 임시사용승인부분에 대한 기납부금액과 1차 벤처기업집적시설에 대한 취득세등 면제액을 공제한 나머지를 취득세등으로 신고ㆍ납부하였다.

그 후 원고는 2002. 2. 18.

서울특별시장으로부터 벤처기업집적시설 대상면적을 1차 39,137.94㎡에서 지상 20층부터 지상 37층까지(32층 제외)의 연면적 33,880.64㎡(이하 ‘2차 벤처기업집적시설’이라고 한다)로 축소ㆍ지정받은 후 같은 해 3. 19. 피고에게 벤처기업집적시설 대상 면적 감소분 5,257.3㎡(이하 ‘축소부분’이라고 한다)에 대한 취득세 등 74,849,780원을 추가로 신고ㆍ납부하였고, 피고가 2003. 6. 10. 축소부분에 대한 취득세등이 과소신고되었다는 사유로 취득세 44,741,990원, 가산세 8,948,390원, 농어촌특별세 4,921,600원 합계 58,611,980원의 부과처분을 하자 이를 납부하여, 축소부분에 대하여 합계 133,461,760원의 취득세등을 납부하였다.

원고는 다시 2002. 12. 28.

서울특별시장으로부터 벤처기업집적시설 대상면적을 2차 33,880.64㎡에서 지상 20층부터 지상 36층까지(32층 포함)의 연면적 33,915.63㎡(별지 면적표에 의하면 33,914.99㎡이다. 이하 ‘3차 벤처기업적시설’이라고 한다)로 변경ㆍ지정받았다.

나. 그런데 피고는 원고가 임시사용승인부분에 포함된 지하 1층 내지 지하 6층에 있는 변전소ㆍ기계실ㆍ지하주차장ㆍ발전기실ㆍ전기 및 상하수도 공조시설 등 공용부분 중 벤처기업집적시설에 안분되는 공용부분(이하 ‘이 사건 공용부분’이라고 한다)을 임시사용승인 당시 이미 취득하였음에도 불구하고, 이를 벤처기업집적시설에 포함된 것으로 하여 이 사건 건물 전체에 대한 취득세등을 신고ㆍ납부할 당시 이 사건 공용부분에 대한 취득세등을 부당하게 공제하였다는 이유로, 2003. 6. 10. 원고에게 이 사건 공용부분에 대한 취득세 300,585,060원, 농어촌특별세 30,058,500원, 등록세 120,234,020원, 지방교육세 24,046,800원의 부과처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다)을 하였다.

【증거】다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1ㆍ2ㆍ3, 갑 2호증의 1ㆍ2, 갑 3호증, 갑 4호증의 1ㆍ2, 갑 5호증의 1ㆍ2ㆍ3, 을 2호증

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 건물은 집합건물의소유및관리에관한법률의 적용을 받는 집합건물로서 집합건물의 법리상 이 사건 공용부분은 벤처기업집적시설의 전유부분과 분리하여 처분할 수 없고, 주차장법에 따라 이 사건 공용부분에 포함된 주차장 역시 벤처기업집적시설을 위하여 설치된 것이므로 원고가 임시사용승인 당시 이를 취득한 것이 아닐 뿐만 아니라, 원고가

서울특별시장으로부터 1차 벤처기업집적시설 지정을 받을 당시 그 지정면적에는 1차 벤처기업집적시설의 전유부분만이 아니라 그에 속하는 이 사건 공용부분도 포함되었으므로 이 사건 공용부분에 대한 취득세등도 당연히 면제받은 것이다. 따라서 피고가 이 사건 공용부분에 대한 취득세등을 추징하기 위해서는

지방세법 제276조 제4항 단서 소정의 사유가 있어야 하는데 그러한 사유가 없으므로 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.

(2) 등록세는 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때 납세의무가 성립하는데, 집합건물 일부에 대하여 등기 이전에 임시사용승인이 있었던 경우 임시사용승인된 공용부분 전부에 대하여 임시사용승인 당시 취득세 납세의무가 성립한다고 하면 취득세는 임시사용승인을 받은 건물 일부의 구분소유자가 납부하고, 등록세는 건물 전체를 등기할 때에 전체 구분소유자가 납부하여야 한다는 모순되는 결과가 발생할 뿐만 아니라, 원고는 이 사건 공용부분에 대한 등록세 납세의무가 성립하기 전에 이를 면제받았으므로 이 사건 부과처분은 이 점에서도 위법하다.

(3) 2차 벤처기업집적시설에 안분되는 이 사건 공용부분 면적은 12,792.57㎡임에도 피고는 이를 13,025.74㎡인 것으로 잘못 계산하여 이 사건 부과처분을 하였으므로 이 사건 부과처분은 이 점에서도 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 이 사건 건물 중 각 층 면적 및 그 내역 등은 별지 면적표의 기재와 같고, 임시사용승인부분과 1ㆍ2ㆍ3차 벤처기업집적시설의 면적 내역은 다음 표와 같다.

(2) 위 표에서 보는 바와 같이 임시사용승인부분 228,180.98㎡에는 이 사건 건물 전체의 공용부분인 85,546.37㎡가 포함되어 있는 반면, 원고가

서울특별시장으로부터 지정받은 1ㆍ2ㆍ3차 벤처기업집적시설에는 임시사용승인부분에 포함되어 있던 전체 공용부분 중 지상 20층부터 39층까지(1차), 20층에서 37층까지(32층 제외, 2차), 20층에서 36층까지(3차)의 전유부분에 안분되는 이 사건 공용부분 14,728.68㎡(1차), 12,792.57㎡(2차), 12,825.51㎡(3차)가 포함되어 있다.

【증거】갑 6 내지 1호증, 갑 13ㆍ14호증, 을 1호증의 1ㆍ2, 을 3호증의 1ㆍ2, 을 4호증, 을 5호증의 1ㆍ2, 을 6호증의 1 내지 6, 을 7호증, 을 10호증

라. 판단

(1) 취득세 부과처분에 대한 판단

지방세법 소정의 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 취득 당시의 재화의 가액을 과세표준으로 하여 부과하는 유통세의 일종으로, 취득자가 재화를 사용ㆍ수익ㆍ처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 세법이 정한 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것으로(

대법원 1998. 12. 8. 선고 98두14228 판결 등),

지방세법(1999. 2. 8. 법률 제5827호로 개정되기 전의 것) 제105조 제2항,

같은 법시행령 제73조 제4항에 의하면 건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 원칙적으로 사용승인서 교부일을 취득일로 보되 그 이전에 임시사용승인을 받은 경우에는 임시사용승인일을 취득일로 보도록 규정하고 있다.

한편

구 지방세법 제276조 제4항에 의하면 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있어 취득세와 등록세 면제의 대상이 되는 부동산 취득의 주체를 벤처기업집적시설의 사업시행자로 정하고 있으므로, 벤처기업집적시설을 개발ㆍ;조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여 취득세와 등록세를 면제받기 위해서는 그 부동산의 취득 이전에 시ㆍ도지사로부터 벤처기업집적시설의 사업시행자로 지정되어 있을 것이 요구된다고 해석된다.

그런데

집합건물의소유및관리에관한법률 제3조 제1항,

제10조 제1항에 의하면 집합건물의 구조상 구분소유자의 전원 또는 그 일부의 공용에 제공되는 건물부분은 구분소유권의 목적으로 할 수 없고, 일부의 구분소유자만의 공용에 제공되는 것임이 명백하지 않은 집합건물의 공용부분은 구분소유자의 공유에 속한다고 규정되어 있어 집합건물의 경우 구조상의 공용부분은 전유부분에 대한 부가물 또는 종물로 취급되고 있으므로, 과세관청이 집합건물의 취득에 대하여 취득세를 부과함에 있어 구조상의 공용부분의 취득에 대하여 전유부분과는 별도로 취득세를 부과하는 것은 전유부분과 분리하여 이전ㆍ유통될 수 없는 재화의 취득에 대하여 과세하는 것이 되어 취득세의 성격에 반하고, 따라서 설사 공용부분의 가액을 별도로 산정할 수 있다 하더라도 이는 전유부분을 취득하기 위하여 지급하여야 할 일체의 비용에 포함되는 것으로 보아 전유부분 이외에 구조상 공용부분까지를 포함한 전체 면적에 대한 취득가액을 과세표준으로 하여 취득세를 부과하여야 할 것이며, 이러한 법리는 집합건물의 구조상 공용부분에 대하여 먼저 임시사용승인이 있어 지방세법상 구조상 공용부분과 전유부분의 취득 시기가 달라지는 경우에도 마찬가지로 적용된다고 봄이 상당하다.

위와 같은 법령의 규정 및 취득세의 성격, 집합건물에 관한 법리 등에 비추어 보면, 이 사건에서 원고가 비록 이 사건 건물의 지하 1층 내지 지하 6층에 있는 구조상 공용부분인 변전소ㆍ기계실ㆍ지하주차장ㆍ발전기실ㆍ전기 및 상하수도 공조시설 등에 대하여 벤처기업집적시설의 사업시행자로 지정되기 전에 피고로부터 임시사용승인을 받았다 하더라도, 위와 같은 구조상의 공용부분은 전유부분의 종물로서 전유부분과 분리하여 구분소유권의 목적으로 할 수 없으므로 원고가 구조상 공용부분에 대한 임시사용승인을 받은 것은 구조상 공용부분이 안분되는 전유부분에 대한 구분소유권을 취득할 것을 전제로 하는 것이라고 보아야 할 것인데, 그 후 원고가 벤처기업집적시설의 사업시행자로 지정되고 나서 벤처기업집적시설에 대한 사용승인을 받았고, 위에서 본 바와 같이 지정된 벤처기업집적시설 부분에 전유부분 및 그에 안분되는 구조상의 공용부분이 포함되어 있는 이상, 원고가 이 사건 공용부분을 취득한 시기는 임시사용승인일인 1998. 3. 7.이 아니라 이 사건 건물에 대한 사용승인일인 1998. 8. 18.이라고 봄이 상당하다.

따라서 원고는

서울특별시장으로부터 1차 벤처기업집적시설의 사업시행자로 지정된 후 이 사건 공용부분을 취득하였다고 할 것이므로

구 지방세법 제276조 단서의 규정에 따라 취득세를 추징할 수 있는 특별한 사정이 없는 이상 이 사건 공용부분에 대한 취득세는 면제의 대상이 된다고 할 것이다.

(2) 등록세 부과처분에 대한 판단

지방세법상 등록세는 재산권 기타 권리의 취득ㆍ이전ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세물건으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금으로(

대법원 1986. 2. 25. 선고 85누858 판결 등), 등기 또는 등록의 대상이 되는 권리의 취득시기가 아니라 당해 권리를 등기 또는 등록하는 때에 그 납세의무가 성립하므로 이 사건 공용부분에 대한 등록세의 납세의무는 원고가 이 사건 건물에 관한 소유권보존등기를 경료한 1998. 8. 27. 성립하였다 할 것이고, 이는 원고가

서울특별시장으로부터 1차 벤처기업집적시설의 사업시행자로 지정된 1998. 7. 31.과 이 사건 건물 전체에 대한 사용승인일인 1998. 8. 18. 이후임은 앞서 본 바와 같으므로 이 사건 공용부분에 대한 등록세 역시 특별한 사정이 없는 이상 면제의 대상이 된다.

(3) 농어촌특별세 및 지방교육세 부과처분에 대한 판단

농어촌특별세법상의 농어촌특별세는 농어업의 경쟁력강화와 농어촌산업기반시설의 확충 및 농어촌지역 개발사업을 위하여 필요한 재원을 확보하기 위하여 지방세법 규정에 의한 취득세의 납세의무자에게 부과하는 것이고, 지방세법상 지방교육세는 지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 지방세법 규정에 의한 등록세의 납세의무자에게 부과하는 것이므로 각각 지방세법상의 취득세 및 등록세의 납세의무의 성립 또는 그 면제 여하에 따라 그 납세의무의 성립 여부가 결정되는데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 공용부분에 대한 취득세 및 등록세가 모두 면제의 대상이 되므로 이를 본세로 하는 농어촌특별세 및 지방교육세에 대하여는 원고의 납세의무가 성립될 여지가 없다고 할 것이다.

결국 피고의 이 사건 부과처분은 면제의 대상이거나 납세의무가 성립하지 않는 이 사건 공용부분에 대한 취득세등을 부과한 것이므로 원고의 나머지 주장을 나아가 살필 필요 없이 부적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.