대도시내에 본점을 설치하고 있던 법인이 당해 대도시내에 있는 다른 부동산을 취득하여 형식적으로 지점사업자등록을 하였으나, 실제로는 종전의 본점을 폐쇄하고 새로 취득한 부동산소재지로 인적․물적 설비를 이전하여 사실상 본점을 이전한 경우에 해당할 때에는 지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 등록세 중과세 요건을 결하게 된다. 따라서 본점을 쟁점 건물로 이전하였다고 보아야 할 것이므로 각 등기는 지방세법 제138조 제1항 제3호에서 정하는 등록세의 중과세대상이 아니며 따라서 중과세 과세처분은 부당하다.

1. 처분의 경위

다음의 사실은 갑1, 2호증, 을1, 2, 4호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고 회사는 1976. 3. 13. 용역기술제공업, 컨테이너 보세장치산업, 부동산임대업 등을 목적으로 설립된 회사로서 그 본점 소재지는 서울

종로구 당주동 5에 있는 로얄빌딩 12층에 있었다.

나. ⑴ 원고 회사와 원고 회사의 이사인

홍인표는 2000. 5. 24. 주식회사

우성종합건설로부터 서울

강남구 청담동 68-5 대 4,005.5㎡를 공동으로 매수하여 같은 날 그 중 4,007.5분의 2,604.875 지분에 관하여는 원고 회사 명의로, 나머지 4,007.5분의 1,402.625 지분에 관하여는

홍인표 명의로 각 소유권이전등기를 경료받았다.

⑵ 원고 회사와

홍인표는 위 토지상에 지하 7층 지상 15층인 근린생활시설 및 업무시설을 신축한 다음 2001. 11. 1. 그 중 100분의 65 지분에 관하여는 원고 회사 명의로, 나머지 100분의 45 지분에 관하여는

홍인표 명의로 각 소유권보존등기를 경료받았다(이하에서는 위 토지를 이 사건 토지, 위 건물을 이 사건 건물, 원고 회사 명의로 경료된 위 소유권이전등기를 이 사건 이전등기, 원고 회사 명의로 경료된 위 소유권보존등기를 이 사건 보존등기라 하고 이 사건 이전등기와 보존등기를 함께 부를 때는 이 사건 등기라 한다).

⑶ 원고 회사는 이 사건 보존등기 직전인 2001. 9. 18. 강남세무서장에게 사업장소재지를 이 사건 토지의 소재지, 사업의 종류를 부동산임대업으로 하여 원고 회사의 강남지점에 관한 사업자등록을 하였고, 2003. 9. 24.에는 법인등기부상의 본점소재지를 이 사건 건물의 소재지로 변경하는 내용의 이전등기를 경료하였다.

다. ⑴ 원고 회사는 이 사건 이전등기 당시 일반세율을 적용하여 산출한 등록세와 지방교육세 등을 신고ㆍ납부하고, 이 사건 보존등기 당시 이 사건 건물 중

지방세법 제276조 제3항에 따라 등록세 등을 감면받는 벤처기업집적시설을 제외한 나머지 부분에 관하여 일반세율을 적용하여 산출한 등록세와 지방교육세를 신고ㆍ납부하였다가 2002. 11. 14. 벤처기업집적시설지정이 취소됨에 따라 해당면적에 대하여 일반세율에 의한 등록세 등을 추가로 신고ㆍ납부하였다.

⑵ 피고는 이 사건 등기가 원고 회사 강남지점의 설치에 따른 부동산등기로서

지방세법 제138조 제1항 제3호에서 정하는 중과세대상에 해당한다고 보아 2003. 5. 10. 원고 회사에 대하여 일반세율의 3배에 해당하는 세율을 적용하여 산출한 등록세액 및 지방교육세액(가산세 포함)에서 신고ㆍ납부한 세액을 공제한 등록세 1,672,840,720원과 지방교육세 306,687,450원을 추가로 부과하는 내용의 이 사건 처분을 하였다.

2. 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

⑴ 원고 회사는 처음부터 본점을 이전할 목적으로

홍인표와 공동으로 이 사건 토지를 매수하고 그 지상에 이 사건 건물을 신축한 다음 이 사건 건물이 완공된 직후인 2001. 11. 30. 이 사건 건물로 본점을 이전하였는데, 세무조사 문제 때문에 2003. 9. 24.에야 법인등기부상의 본점소재지 이전등기를 경료하게 된 것에 불과하다.

⑵ 또한 원고 회사가 강남지점에 대한 사업자등록을 한 것은 종로세무서의 담당공무원으로부터 이 사건 건물의 신축에 따른 부가가치세 매입세액을 환급받기 위해서는 이 사건 건물의 소재지를 사업장으로 하는 사업자등록을 하여야 한다는 권고를 받고 형식상으로만 사업자등록을 하였을 뿐 실제로 강남지점을 설치하거나 이 사건 건물에서 원고 회사의 업무를 처리한 바 없다.

⑶ 따라서 원고 회사가 이 사건 건물에 강남지점을 설치하였음을 전제로 하는 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑1, 2호증, 갑3호증의 1, 2, 3, 갑4, 5, 6호증, 갑7호증의 1, 2, 갑8호증의 1, 2, 3, 갑9～11호증, 갑12호증의 1, 2, 갑13호증, 갑14호증의 1, 2, 3, 갑15호증, 갑16호증의 1, 2, 갑17호증, 갑18호증의 1, 2, 을3호증의 1, 2, 을4, 5호증, 을6호증의 1, 2, 을7호증의 1～6의 각 기재와 로얄건물관리 주식회사에 대한 사실조회결과, 증인 송수선, 이왕기의 각 증언에 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있다.

⑴ 원고 회사의 이사회는 2000. 5. 23. 이 사건 토지상에 건물을 신축하여 본점을 이전할 목적으로 이 사건 토지를 취득하기로 결의하였고, 이에 따라 원고 회사는 2000. 5. 24. 위와 같이

홍인표와 공동으로 이 사건 토지를 매수하고 그 소유권이전등기를 경료받은 다음 2000. 6. 13. 주식회사

종합건축사사무소 장(場)에게 이 사건 건물의 설계를 의뢰하면서 지하 2층은 원고 회사의 본점 사무실로, 지상 15층은 본점 임원실로 각 설계하도록 하고 그 후 이 사건 건물을 신축하여 2001. 11. 1. 위와 같이 소유권보존등기를 경료하였다.

⑵ 위 소유권보존등기 후 이 사건 건물 중 본점 사무실 및 임원실로 사용할 지하 2층 및 지상 15층 등의 실내장식공사가 완료됨에 따라 원고 회사의 이사회는 2001. 11. 26. 원고 회사의 본점을 이 사건 건물로 이전하기로 결의하고 2001. 11. 30. 서울

종로구 당주동 5 로얄빌딩 12층에 있던 원고 회사 본점의 모든 인적ㆍ물적 설비를 이 사건 건물의 지하 2층 및 지상 15층으로 이전하였다. 원고 회사는 그 직전인 2001. 11. 7. 본점으로 사용하던 로얄빌딩 12층을 임대기간 2001. 12. 10.～2002. 12. 9.로 정하여

타이거오일 주식회사에게 임대하는 등 종전의 본점은 폐쇄하였다.

⑶ 한편, 원고 회사는 이 사건 건물의 신축에 따른 부가가치세 매입세액을 환급받기 위해서는 이 사건 건물 소재지를 사업장으로 하는 사업자등록을 하여야 한다는 종로세무서 담당공무원의 권고에 따라(그러나 법률상 그와 같은 조치가 필요한 것은 아니었다) 2001. 9. 18. 위와 같이 사업장소재지를 이 사건 건물 소재지로, 사업의 종류를 부동산임대업으로 하여 원고 회사 강남지점의 사업자등록을 하였으나 당시까지는 이 사건 건물이 완공되지도 않았을 뿐만 아니라 원고 회사의 본점이 이 사건 건물로 이전될 때까지 원고 회사 강남지점의 인적ㆍ물적 설비가 갖추어지거나 원고 회사가 이 사건 건물에서 부동산임대업 등 어떤 사업을 행한 바 없다. 이에 따라 원고 회사와

홍인표가 이 사건 건물의 완공을 전후한 2001. 4. 17.～2001. 12. 31. 사이에 이 사건 건물 중 원고 회사의 사무실 등으로 사용할 부분을 제외한 나머지 부분을

한국루슨트테크놀로지스 주식회사 등에게 임대하고(임대차기간은 2001. 11. 1. 이후에 개시되는 것으로 정함), 그에 따른 차임을 원고 회사의 우리은행 예금통장으로 송금받을 당시 작성한 임대차계약서상으로도 원고 회사의 주소지는 서울

종로구 당주동 5로 기재되었을 뿐 그 계약서 등에 원고 회사의 강남지점이 표시되거나 이 사건 건물이 원고 회사의 소재지로 표시된 바 없다.

⑷ 또한 원고 회사는 위와 같이 본점을 이전할 무렵인 2001. 11. 1.

주식회사 하이비젼텍에게 이 사건 건물의 시설관리, 청소 및 위생관리, 경비 등의 업무를 위탁하는 내용의 건물관리용역계약을 체결하였을 뿐 하이비젼텍에게 이 사건 건물의 임대업무를 위탁하는 내용의 계약을 체결한 바가 없고, 다만, 원고 회사의 공동대표이사인

김정호가 2002. 4. 11.

하이비젼텍의 대표이사로 취임한 후

하이비젼텍은 원고 회사와의 업무협조 차원에서 이 사건 건물의 입주자들에게 임대료의 납부를 독촉하거나 관리비 등의 미납을 이유로 한 임대차계약의 해지통보를 하였을 뿐이다. 그런데 원고 회사는 위와 같이 이 사건 건물 중 일부가 벤처기업집적시설로 지정되었다가 벤처기업에 대한 임대실적부족으로 2002. 11. 14. 그 지정이 취소된 후 지방세납부에 대한 조사를 받게 되자 강남지점에서 부동산임대업을 하지 않았다는 증빙자료로 사용하기 위하여 2003. 1.경

하이비젼텍에게 이 사건 건물의 임대업무를 위탁하였다는 내용의 임대관리용역계약서를 허위로 작성하여 서울특별시에 제출하였다.

⑸ 한편, 원고 회사는 2000년도에 종전의 본점소재지를 관할하는 종로세무서로부터 세무조사를 받은 바 있으므로 통상 5년 이내에는 세무조사를 받지 않을 것이나, 법인등기부상 본점소재지를 이 사건 건물로 이전등기할 경우 다시 강남세무서로부터 세무조사를 받게 될 것을 우려하여 본점이전등기를 미루고 있다가 위와 같이 2003. 9. 25.에야 그 이전등기를 경료하였다.

라. 판단

⑴

지방세법 제138조 제1항,

지방세법 시행령 제102조 제2항의 취지는, 대도시의 인구집중을 막기 위하여 대도시 내에서 법인을 설립하거나 지점 등을 설치하거나 대도시내로 본점, 지점 등을 이전하는 경우 그에 따른 부동산등기에 대하여 등록세를 중과세하려는 것이므로 대도시 내에 본점을 설치하고 있던 법인이 당해 대도시 내에 있는 다른 부동산을 취득하여 형식적으로 지점사업자등록을 하였으나 실제로는 종전의 본점을 폐쇄하고 새로 취득한 부동산 소재지로 본점을 이전할 경우에는 지방세를 중과할 수 없다 할 것이다(

대법원 1990. 2. 13. 선고 89누7207 판결 등 참조).

⑵ 그런데, ① 원고 회사는 본점이전을 목적으로 이 사건 토지를 취득하여 이 사건 건물을 신축한 다음 실제로 종전의 본점에 있던 모든 인적ㆍ물적 설비를 이 사건 건물로 이전하고 종전의 본점건물을 임대하는 등 종전의 본점은 폐쇄한 점, ② 위와 같이 본점이 이전될 때까지 강남지점의 사업장소재지로 등록된 이 사건 건물에는 강남지점의 사업수행을 위한 아무런 인적ㆍ물적 설비가 갖추어져 있지 않았을 뿐만 아니라 그곳에서 부동산임대업 등 어떤 사업도 이루어지지 않은 점, ③ 이 사건 건물의 관리용역을 수행하는

하이텍비젼을 원고 회사의 강남지점으로 볼 수는 없는 점 등을 종합해보면, 원고 회사가 2001. 11. 30. 본점을 이 사건 건물로 이전하였다고 보아야 할 것이지 2001. 9. 18. 이 사건 건물에 강남지점을 설치한 것으로는 볼 수 없어 이 사건 각 등기는

지방세법 제138조 제1항 제3호에서 정하는 등록세의 중과세대상에 해당하지 않는다 할 것이다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유있어 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 피고의 항소는 이유없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.