상고이유를 본다.

취득세의 과세표준에 관하여 정하고 있는 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제111조 제5항은 다음에 게기하는 취득에 대하여는 같은 조 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격에 의한다고 규정하면서, 그 제1호로 국가지방자치단체 및 지방자치단체조합으로부터의 취득을, 제2호로 외국으로부터의 수입에 의한 취득을, 제3호로 판결문법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득을, 제4호로 공매방법에 의한 취득을 들고 있고, 이에 따른 「지방세법 시행령」제82조의2 제1항은 위 제3호에서 "판결문법인장부 중 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호에 정하는 것을 말한다고 규정하면서 제1호로 "민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해포기인낙 또는 의제자백에 의한 것은 제외한다)"을, 제2호로 "법인이 작성한 원장보조장출납전표결산서"를 들고 있다.

위 구 「지방세법」제111조 제5항의 각 취득이 한정적으로 열거된 것인지 아니면 예시적으로 열거된 것인지에 관하여 보건대, 그 전에 시행되던 지방세법 (1995. 12. 6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것) 제111조 제6항이 ‘공정증서, 계약서, 기타 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 경우’도 사실상의 취득가액으로 할 수 있도록 규정하고 이에 따라 구 「지방세법 시행령」제82조의2 제2항이 ‘법인이 서명날인한 계약서로서 사실상의 취득가격이 입증되는 것’을 포함시켜 규정하고 있다가 1995. 12. 6. 각 개정으로 그 각 규정이 모두 삭제되었는데, 이러한 개정은 삭제된 위 경우를 신고가격 적용원칙의 예외에서 배제하려는 취지로 해석되는 점, 앞서 본 구 「지방세법 시행령」제82조의2 제1항이 위 구 「지방세법」제111조 제5항 제3호가 위임한 사항으로 특별히 법인이 작성한 장부만을 규정하고 기타 자연인이 작성한 계약서 등은 포함시키지 않고 있는 점 등을 종합해 보면, 제5항의 각 취득은 한정적으로 열거된 것이라고 보아야 할 것이다( 대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두5521 판결 참조).

원심판결 이유에 의하면, 원심은, 원고가 2002. 6. 12. 소외 유한회사 ○○○컨설팅으로부터 서울 성동구 성수동2가 231-1 공장용지 6,353㎡ 지상 9층 지하 4층 건물 중 6층 및 대지 504.68㎡를 대금 53억 원에 매수하였는데, 위 6층 부분은 2001. 7. 18.에 제6001호 내지 제6008호로 구분등기된 것으로서 2002. 6. 12. 그 각 전유부분에 관하여 대지권등기가 마쳐졌으며, 그 대지권지분 합계는 6,353분의 197인 사실, 이 무렵 원고는 위 건물 및 대지를 7억 원에 취득하였다면서 위 금원을 과세표준으로 하여 취득세 14,000,000원, 농어촌특별세 1,400,000원, 등록세 21,000,000원을 각 신고하고 이를 모두 납부하였는데, 그 후 원고는 소외 회사의 조세범처벌법위반 혐의사건과 관련하여 성동세무서에서 조사를 받는 과정에서 이 사건 건물 및 대지를 53억 원에 매수하였다고 진술하였으며, 그 직후 성동세무서장에게 매매대금이 53억 원으로 기재된 이 사건 건물 및 대지의 실제 매매계약서를 제출한 사실, 이에 피고는 2003. 11. 10. 원고에 대하여, 이 사건 건물 및 대지의 취득가액이 53억 원임이 인정된다는 이유로 이를 과세표준으로 삼아 산출된 세액에서 위와 같이 이미 납부한 세액을 공제한 취득세 92,000,000원, 농어촌특별세 10,120,000원(가산세 포함), 등록세 165,600,000원(가산세 포함)을 증액경정고지한 사실(그 후 이의신청절차에서 미등기 대지를 감안하여 위와 같이 증액경정고지된 당초세액을 취득세 84,451,170원, 농어촌특별세 9,289,620원, 등록세 126,813,120원으로 각 감액경정하였음)을 인정한 다음, 원고가 소외 유한회사 ○○○컨설팅의 조세범처벌법위반 사건으로 조사를 받으면서 제출한 매매계약서는 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제111조 제5항에 열거되어 있지 않으므로, 이에 기하여 취득세 과세표준을 정할 수는 없고, 같은 조 제2항 단서에 의하여 시가표준액에 의하여 산정하여야 하며, 따라서 위 매매계약서에 기하여 사실상의 취득가액이 인정됨을 전제로 이를 과세표준으로 삼아 세액을 산출한 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.

위 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 인정 및 판단은 수긍이 되고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같이 사실을 오인하거나 지방세법상 취득세에 관한 법리를 오해한 위법이 있다 할 수 없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2006. 3. 30. 선고 2005누15108 판결】

【주문】 처분청승소

1. 제1심 판결을 아래와 같이 변경한다.

가. 피고가 2003. 11. 10. 원고에 대하여 한 취득세 84,451,170원, 농어촌특별세 9,289,620원, 등록세 126,813,120원의 각 부과처분 중 취득세 15,043,840원, 농어촌특별세 1,654,820원, 등록세 27,078,900원을 각 초과하는 부분을 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 20%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결 중 2면 15행의 ‘3653분의 197 지분’을 ‘6,353분의 197 지분’으로, 2면 18행의 ‘그 중 위 등록세를 납부하였다’를 ‘이를 납부하였다’로, 3면 6-7행의 ‘위와 같이 신고한 세액을 공제한 취득세 92,000,000원, 농어촌특별세 10,120,000원’을 ‘위와 같이 신고·납부되어 확정된 세액을 공제한 취득세 92,000,000원, 농어촌특별세 10,120,000원(가산세 포함)’으로, 3면 13행의 ‘위 당초세액’을 ‘위 당초세액(증액경정·고지분)’으로 각 정정하는 것 외에는 제1심 판결 이유란의 해당란 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, ① 제1심 판결 중 6면 4행 말미에 아래 가.항과 같은 판단을 추가하고, ② 9면 11행부터 10면 7행까지의 ‘(5) 정당한 세액 산정’ 항목을 아래 나.항과 같이 고치는 것 외에는 제1심 판결 이유란의 해당란 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

가. 제1심 판결 중 6면 4행 말미에 추가하는 부분

「(원고는, 1매의 고지서에 3이상의 과세대상을 동시에 고지하는 경우 세액의 산출근거를 생략할 수 있도록 규정한 시행령 제8조 제2호 단서는 모법인법 제25조의 규정의 위임범위를 벗어난 것으로서 무효라고 주장하나, 법 제25조 제1항은 ‘지방세를 징수하고자 할 때에는 납세의무자 등에 대하여 납부할 금액, 기한, 장소 기타 필요한 사항을 기재한 문서로써 납부의 고지를 하여야 한다’는 취지로만 규정되어 있고, 위 시행령의 규정은 법 제25조 제1항의 규정 중 ‘기타 필요한 사항’ 부분을 받아 이에 관하여 규정한 것이므로, 위 시행령의 규정이 모법인 법 제25조 제1항의 위임범위를 벗어난 것이라고 할 수는 없다)」

나. 제1심 판결 중 9면 11행부터 10면 7행까지의 ‘(5) 정당한 세액 산정’ 항목에 대하여 고치는 부분

「(5) 이 사건 처분에 있어서의 정당한 세액 산정

나아가 이 사건 처분에 의해 증액경정·고지되어야 할 정당한 세액을 산정하면 다음과 같다.

(가) 시가표준액 : 합계 1,452,191,775원

① 이 사건 건물 : 3,160.09㎡ × 219,000원(㎡당 건물기준가액) × 가감산율 140% = 968,883,594원

② 건물의 부대설비 : 전체건물의 안분된 시가표준액 : 132,648,181원

③ 이 사건 대지 : 197㎡ × 1,780,000(㎡당 개별공시지가) = 350,660,000원

(나) 정당한 세액

① 취득세

㉠ 1,452,191,775원(시가표준액) × 2% = 29,043,840원 (피고는 이 사건 취득세의 정당한 세액을 산정함에 있어 신고납부불성실에 따른 가산세를 추가하여야 한다고 주장하나, 위 가산세는 본세와 그 성질이나 과세요건을 달리하는 것으로서, 앞서 인정한 바와 같이 이 사건 처분 중 취득세 부분은 그 본세에 한정하여 부과된 것이므로, 이 사건에서 정당한 취득세액을 산정함에 있어서는 이 사건 처분 당시 부과되지도 아니한 가산세를 따로 산정하여 추가할 수 없다)

㉡ 증액경정·고지되어야 할 세액

29,043,840원 - 기신고·납부세액 14,000,000원 = 15,043,840원

② 농어촌특별세(가산세 포함)

㉠ 본세 : 29,043,840원(취득세액) × 10% = 2,904,380원

㉡ 가산세 : (본세 2,904,380원 - 기신고·납부세액 1,400,000원) × 10% = 150,440원

㉢ 증액경정·고지되어야 할 세액

(2,904,380원 + 150,440원) - 기신고·납부세액 1,400,000원 = 1,654,820원

③ 등록세(가산세 포함)

㉠ 본세 : 1,452,191,775원(시가표준액) × 3% = 43,565,750원

㉡ 가산세 : (본세 43,565,750원 - 기신고·납부세액 21,000,000원) × 20% = 4,513,150원

㉢ 증액경정·고지되어야 할 세액

(43,565,750원 + 4,513,150원) - 기신고·납부세액 21,000,000원 = 27,078,900원

(6) 따라서, 위 매매계약서에 기하여 사실상의 취득가액이 인정됨을 전제로 이를 과세표준으로 삼아 산출된 세액에서 기신고·납부(확정)된 세액을 공제한 나머지 세액을 추가로 부과한 이 사건 처분 중 위 취득세 15,043,840원, 농어촌특별세 1,654,820원, 등록세 27,078,900원을 각 초과하는 부분은 위법하다 할 것이다.」

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분 중 위 취득세 15,043,840원, 농어촌특별세 1,654,820원, 등록세 27,078,900원을 각 초과하는 부분은 취소되어야 할 것이므로, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여, 제1심 판결의 주문을 이 사건 처분 중 위 각 세액을 초과하는 부분을 취소하는 것으로 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울행정법원 2005. 5. 27. 선고 2004구합33787 판결】

【주문】 처분청승소

1. 피고가 2003. 11. 10. 원고에 대하여 한 취득세 84,451,170원, 농어촌특별세 9,289,620원, 등록세 126,813,120원의 각 부과처분 중 취득세 29,043,840원, 농어촌특별세 2,904,380원, 등록세 27,078,900원을 각 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 30%는 원고가, 70%는 피고가 각 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2002. 6. 12. 소외 유한회사 ○○○컨설팅(대표이사 이명진. 이하 ‘소외 회사’라 한다)로부터 서울 ○○○ 2가 231-1 공장용지 6,353㎡ 지상 9층 지하 4층 건물(연면적 39778.38㎡) 중 6층 1,943.84㎡(주차장 등 공용부분을 합할 경우 3,160.09㎡. 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다) 및 대지 504.68㎡(이하 ‘이 사건 대지’라 한다)를 대금 53억원(이 사건 건물 3,774,411,818원 + 이 사건 대지 1,148,147,000원 + 이 사건 건물에 대한 부가가치세 377,441,182원)에 매수하였다.

나. 그런데 위 6층 부분은 2001. 7. 18. 제6001호 내지 제6008호로 구분등기되었고 위 각 전유부분의 면적을 모두 합하면 1,421.07㎡인데, 2002. 6. 12. 위 각 전유부분에 관하여 합계 3653분의 197 지분에 대하여만 대지권등기가 마쳐졌다.

다. 원고는 이 사건 건물 및 대지를 금 7억원에 취득하였다면서 위 금원을 과세표준으로 하여 취득세 14,000,000원, 농어촌특별세 1,400,000원, 등록세 21,000,000원을 각 신고하고, 그 중 위 등록세를 납부하였다.

라. 원고는 소외 회사의 조세범처벌법위반 혐의사건과 관련하여 성동세무서에서 조사를 받는 과정에서 이 사건 건물 및 대지를 금 53억원에 매수하였다고 진술하였고, 그 후 성동세무서장에게 매매대금이 금 53억원으로 기재된 이 사건 건물 및 대지의 실제 매매계약서를 제출하였다.

마. 이에 피고는 2003. 11. 10. 원고에 대하여, 이 사건 건물 3,160.09㎡ 및 대지 504.68㎡의 취득가액이 금 53억원임이 인정된다는 이유로 이를 과세표준으로 삼아 산출된 세액에서 위와 같이 신고한 세액을 공제한 취득세 92,000,000원, 농어촌특별세 10,120,000원, 등록세 165,600,000원(가산세 포함)을 증액경정ㆍ고지하였다.

바. 한편, 원고는 이의신청을 거쳐 2004. 6. 11. 행정자치부장관에게 위 당초처분에 대하여 심사청구를 하였고, 행정자치부장관은 2004. 7. 26. 위 취득가액 중 이 사건 건물에 대한 부가가치세액을 취득세 등의 과세표준에서 제외하고, 이 사건 등록세에 대하여는 위 매매계약서상 매매목적물로 표시된 대지 504.68㎡ 중 등기되지 아니한 부분 307,68㎡에 해당하는 매수금액 699,972,000원을 공제한 금액을 과세표준으로 삼아 세액을 산출하는 것이 타당하다는 이유로, 위 당초세액을 취득세 84,451,170원, 농어촌특별세 9,289,620원, 등록세 126,813,120원으로 각 감액경정하였다(이하 위 증액경정처분 중 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증의 각 1, 2, 갑 제4, 5호증, 갑 제8호증의 1 내지 9, 을 제1호증의 1, 2, 3, 을 제2호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 피고는, 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘법’이라 한다) 제111조 제1항이나 제130조 제1항에서 취득세나 등록세의 과세표준으로 규정한 취득 당시 또는 등기ㆍ등록 당시의 가액은 원칙적으로 부동산 등 과세물건을 취득함에 소요된 사실상의 취득가액을 의미한다 할 것이고, 따라서 원고가 스스로 세무관청에 매매계약서를 제출하여 이 사건 건물 및 대지의 사실상의 취득가액이 밝혀진 경우에는 신고가액이나 시가표준액이 아닌 사실상의 취득가액에 의하여 과세표준을 산정하여야 하는 것이므로 이 사건 처분은 적법하다고 주장한다.

(2) 이에 대하여 원고는 아래와 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

첫째, 이 사건 처분의 납세고지서에는 납부할 세액의 산출근거가 기재되어 있지 않고 과세표준과 세액의 계산명세서가 첨부되어 있지 않다.

둘째, 원고가 매수한 이 사건 대지 504.68㎡ 중 197㎡에 대하여서만 원고 명의로 등기가 이루어지고 나머지 307.68㎡에 대하여는 등기가 이루어지지 아니하였으므로, 위 미등기부분은 취득세, 농어촌특별세의 과세대상이 될 수 없다.

셋째, 법 제111조 제5항 제3호, 제130조 제3항에 의하여 사실상의 취득가액에 의하여 과세할 수 있는 경우는 법인이 작성한 원장, 보조장, 출납전표, 결산서에 의하여 취득가격이 입증되는 경우에 한하는 것이고, 이 사건과 같이 원고가 제출한 매매계약서는 사실상의 취득가액을 인정하는 증빙자료가 될 수 없으므로 이에 근거하여 취득세 등을 부과하여서는 아니 된다.

넷째, 원고가 2001. 4. 23. 소외 회사와 사이에 이 사건 건물에 대한 사우나시설의 설치공사를 금 1,540,000,000원에 도급받은 다음 위 공사의 수급인 지위를 ○○○산업 주식회사에게 양도하였고, ○○○산업 주식회사가 실제로 위 공사를 마쳤으며, ○○○이 2002. 1.경 소외 회사로부터 이 사건 건물을 임차하여 간판, 방습거울, 원목의자 등을 구입한 후 영업을 하다가 소외 회사에게 인도하였다.

따라서 이 사건 사우나시설은 취득세 과세대상인 법 제104조 제4호 소정의 건축물에 포함되지 아니하고 등기, 등록의 대상도 아니므로 이 사건 사우나시설비 1,540,000,000원은 이 사건 건물의 취득가액에서 제외되어야 하고, 특히 이 사건 사우나시설 중 위 간판, 방습거울, 원목의자 등은 이 사건 건물의 부합물 또는 종물에도 해당하지 아니하므로 위 과세대상에서 제외되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고의 첫째 주장에 대한 판단

법 제25조 제1항에 의하면 지방세를 징수하고자 할 때에는 지방자치단체의 장 또는 그 위임을 받은 공무원은 납세의무자 또는 특별징수의무자에 대하여 납부 또는 납입할 금액, 기한, 장소 기타 필요한 사항을 기재한 문서로써 납부 또는 납입의 고지를 하여야 한다고 규정하고, 지방세법시행령(이하 ‘시행령’이라 한다) 제8조에 의하면 법 제25조의 규정에 의한 납부 또는 납입의 고지는 다음 사항을 기재한 납세고지서 또는 납입통지서로써 하여야 한다고 규정하면서 그 제1호로 납부 또는 납입할 지방세의 연도와 세목, 납부 또는 납입기한과 금액을, 제2호로 세액의 산출근거와 납부 또는 납입장소(다만, 1매의 고지서에 3이상의 과세대상을 동시에 고지하는 경우에는 세액의 산출근거를 생략할 수 있으며, 이 경우 납세의무자가 세액산출 근거의 열람 신청을 하는 때에는 과세기관은 지체 없이 이에 응하여야 한다)를 들고 있다.

이 사건의 경우 갑 제1호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 피고가 이 사건 처분을 하면서 과세연도 및 세목, 납부기한과 금액 등을 기재한 납세고지서에 의하여 부과ㆍ고지한 사실, 다만 이 사건 건물(제6001호 내지 제6008호) 및 대지 등 과세대상이 3이상이 됨에 따라 세액의 산출근거를 생략한 사실을 인정할 수 있는바, 위 관계 법령이 요구하는 이 사건 취득세 등의 납세고지는 위 납세고지서에 기재된 정도로 충분하다 할 것이므로, 이 사건 처분에 납세고지절차상의 위법이 있다고 할 수는 없다.

따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 둘째 주장에 대한 판단

매매계약서상 기재된 대지 504.68㎡ 중 원고 명의로 등기되지 아니한 307.68㎡ 부분이 과세대상이 되는지에 관하여 보건대, 갑 제4, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 2002. 6. 12. 소외 회사와 이 사건 건물 및 대지를 매수할 당시 공용부분을 포함한 이 사건 건물의 면적 3,160.09㎡가 건물 연면적에서 차지하는 비율에 따른 504.68㎡의 대지를 취득할 수 있는 것으로 잘못 알고 매매계약서상 매매목적물을 위 504.68㎡로 표시한 사실, 그러나 이 사건 매매계약에 따라 원고 앞으로 대지권등기된 부분은 197㎡에 불과하였고 원고가 나머지 307.68㎡를 이전받지 못한 것에 대하여 소외 회사에 대하여 이의를 제기하거나 매매대금을 감액받지는 아니한 사실, 원고가 이 사건 취득세 등을 신고할 당시에도 대지 위 197㎡를 취득한 것으로 신고한 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 이 사건 매매계약은 이 사건 건물과 그에 따른 대지권을 취득하기 위한 것인데 원고가 당시 그 대지지분을 잘못 계산하여 매매계약서에 실제 취득하게 될 197㎡보다 더 많은 504.68㎡를 기재하게 된 것이라고 할 것이므로, 원고가 위 미등기된 307.68㎡를 법률상으로나 사실상으로 취득하였다고 보기는 어렵다.

따라서 이 사건 취득세, 농어촌특별세의 과세대상이 되는 이 사건 대지는 504.68㎡가 아닌 위 197㎡라고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 있다.

(3) 원고의 셋째 주장에 대한 판단

(가) 법 제111조 제1항은 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 제1항의 규정에 의한 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의하되, 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의하도록 규정하고 있으며, 같은 조 제5항은 다음에 게기하는 취득에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격에 의한다고 규정하면서, 그 제1호로 국가ㆍ지방자치단체 및 지방자치단체조합으로부터의 취득을, 제2호로 외국으로부터의 수입에 의한 취득을, 제3호로 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득을, 제4호로 공매방법에 의한 취득을 들고 있다. 또한 등록세의 경우도 법 제130조에서 위와 같은 내용으로 규정하고 있다.

이러한 법 제111조 제5항의 취지는, 같은 항에서 들고 있는 취득은 그 사실상의 취득가액이 명백하게 드러나는 경우이어서 이러한 경우에는 취득자의 신고에 관계없이 사실상의 취득가액에 의하여 그 과세표준을 정한다는 것을 규정한 것으로 풀이되나, 위와 같이 사실상의 취득가액에 의하여 과세표준을 정하는 것은 같은 조 제1항 및 제2항의 규정에 따라 취득자의 신고에 의하여 과세표준을 정하는 원칙적인 방법에 대한 예외에 해당하는 것인 만큼, 같은 조 제5항 각호에 해당되는 취득의 경우에만 한정하여 적용된다고 보아야 할 것이다.

(나) 이 사건에 있어서 이 사건 건물 및 대지의 취득은 법 제111조 제5항 제1, 2, 4호가 적용되는 취득이 아니므로 제3호의 적용 여부만 문제되는바, 제3호의 적용 범위가 시행령 제82조의2 제1항에서 정한 ‘판결문과 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서’에 의하여 사실상의 취득가액이 인정되는 경우로 한정되는 것인지, 아니면 다른 문서에 의하여서도 사실상의 취득가액을 인정할 수 있는 경우에는 그 사실상의 취득가액을 과세표준으로 삼을 수 있는 것인지가 문제된다.

살피건대, 구 지방세법(1995. 12. 6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것) 제111조 제6항은 ‘공정증서, 계약서, 기타 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 경우’도 사실상의 취득가액으로 할 수 있도록 규정하였고, 구 지방세법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14878호로 개정되기 전의 것) 제82조의2 제2항은 ‘법인이 서명날인한 계약서로서 사실상의 취득가격이 입증되는 것’을 포함시켜 규정하고 있었으나, 위 각 규정의 개정으로 구 「지방세법」제111조 제6항과 구 지방세법시행령 제82조의 2 제2항이 삭제된 점, 현행 시행령 제82조의2 제1항이 특별히 법인이 작성한 장부만을 규정하고 기타 자연인이 작성한 계약서 등은 포함시키지 않고 있는 점 등에 비추어 보면, 시행령 제82조의2 제2항의 규정은 예시적 규정이 아니라 한정적 규정이라고 보아야 할 것이다.

(다) 위 인정사실에 의하면, 피고는 원고가 소외 회사의 조세범처벌법위반 사건으로 조사를 받으면서 제출한 매매계약서를 근거로 이 사건 처분을 한 것인바, 위 매매계약서 자체가 법인의 장부로 되는 것은 아니고 법인이 위 매매계약서에 기초하여 장부를 작성하였을 때에 비로소 위 매매계약서의 내용이 법인의 장부로 되는 것인 점에 비추어 보면, 위 매매계약서 자체는 사실상의 취득가액을 인정하는 증빙자료가 될 수 없고, 원고가 신고한 이 사건 건물 및 대지의 취득가액이 시가표준액을 밑돌고 있으므로, 이 사건 건물 및 대지의 과세표준은 법 제111조 제2항 단서에 의하여 시가표준액에 의하여 산정하여야 할 것이다.

따라서 원고의 위 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.

(4) 원고의 넷째 주장에 대한 판단

이 사건 사우나시설비를 실제 취득가액에서 제외하고 이 사건 사우나시설 중 위 간판, 방습거울, 원목의자 등을 과세대상에서 제외하여야 한다는 원고의 위 주장은 이 사건 건물 및 대지에 대한 취득세 등의 과세표준을 사실상의 취득가액으로 하였을 경우를 전제로 하는 것인바, 위 (3)항에서 보는 바와 같이 이 사건 건물 및 대지에 대한 과세표준을 사실상의 취득가액으로 하여 취득세 등을 부과한 이 사건 처분이 위법하다고 보아 시가표준액을 과세표준으로 하여 이 사건 취득세 등의 정당한 세액을 산정하는 이상 문제되지 아니하므로 따로 판단하지 아니한다.

(5) 정당한 세액 산정

나아가 이 사건 취득세 등의 정당한 세액을 산정하면 아래와 같다.

(가) 시가표준액 : 합계 1,452,191,775원

① 이 사건 건물 : 3,160.09㎡ × 219,000원(㎡당 건물기준가액) × 가감산율 140% = 968,883,594원

② 건물의 부대설비 : 전체건물의 안분된 시가표준액 : 132,648,181원

③ 이 사건 대지 : 197㎡ × 1,780,000(㎡당 개별공시지가) = 350,660,000원

(나) 정당한 세액

① 취득세 : 1,452,191,775원(시가표준액) × 2% = 29,043,840원

② 농어촌특별세 : 29,043,840 × 10% = 2,904,380원

③ 등록세 : 43,565,750원(본세) + 4,513,150원(가산세) = 48,078,900원

* 본세 : 1,452,191,775원(시가표준액) × 3% = 43,565,750원

* 가산세 : 22,565,750원(본세 - 기납부세액) × 20% = 4,513,150원

* 미납부세액 : 48,078,900원(등록세) - 21,000,000원(기납부세액) = 27,078,900원

따라서 위 매매계약서에 기하여 사실상의 취득가액이 인정됨을 전제로 한 이 사건 처분 중 시가표준액을 과세표준으로 삼아 산정되는 위 정당한 세액인 취득세 29,043,840원, 농어촌특별세 2,904,380원, 등록세 27,078,900원을 각 초과하는 부분은 위법하다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 일부 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【행심2004-0199, 2004. 7. 26.】

【주문】 경정

처분청은 2003.11.10 청구인에게 부과고지한 취득세 92,000,000원, 농어촌특별세 10,120,000원, 등록세 165,600,000원, 지방교육세 30,360,000원, 합계 298,080,000원(가산세 포함)을 취득세 84,451,170원, 농어촌특별세 9,289,620원, 등록세 126,813,120원, 합계 243,802,980원(가산세 포함)으로 경정한다.

【이유】

1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 2002.6.12. 서울특별시 성동구 ○○동2가 231-1번지 ○○마트 지하4층, 지상9층 면적 중 6층 1,943.84㎡, 토지 504.68㎡(이하 "이 사건 부동산"이라 한다)를 청구외 (유)○○컨설팅으로부터 7억원에 매매계약을 체결한 후 같은날 일시불로 잔금을 지급하고, 처분청에서 매매계약서에 대한 검인을 받아 취득세 14,000,000원, 농특세 1,400,000원, 등록세 21,000,000원, 지방교육세 4,200,000원, 합계 40,600,000원(가산세 포함)을 신고납부하였으나, 이 사건 부동산의 매도자인 (유)○○컨설팅에 대해 관할○○세무서에서 2002년도 법인세미신고로 인하여 조세범처벌법으로 고발하기 위해 조사하는 과정에서 작성한 청구인의 임의진술 전말서에서 청구인이 (유)○○컨설팅으로부터 취득한 이 사건 부동산의 취득가액이 700,000,000원이 아닌 5,300,000,000원인 사실이 확인되어, 이 사건 부동산의 취득가액 5,300,000,000원에서 신고가액 700,000,000원을 차감한 4,600,000,000원을 과세표준으로 하여 취득세 92,000,000원, 농어촌특별세 10,120,000원, 등록세 165,600,000원, 지방교육세 30,360,000원, 합계 298,080,000원(가산세 포함)을 2003.11.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 처분청의 2003.11.10. 이 사건 취득세 등 부과처분이 세액의 산출근거 등의 기재사항이 누락되었고 과세표준과 세액의 계산명세서가 첨부되어 있지 아니하여 위법한 처분이며, 처분청에서 부동산취득에 따른 취득세 등을 부과하면서 지방세법령의 규정에 의거 법인의 장부가격이 아닌 실거래가액을 과세표준으로 한 것과 과세대상이 아닌 시설비까지 과세표준에 포함하여 취득세 등을 부과한 것은 부당하고, 부동산매매계약서상의 토지면적은 504.68㎡이나 실제로 청구인이 취득한 토지는 197㎡이므로 이를 초과하는 부분까지 과세대상으로 하여 취득세 등을 부과한 처분은 취소되어야 한다고 주장하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 법인이 부동산을 취득한 후 법인장부가에 의거 취득세 등을 신고납부하였으나 추후 장부를 조작하였음이 조세범처벌법 고발조사에서 확인되었을 경우 부동산매매계약서상의 매매대금을 과세표준으로 하는 것이 적법한지 여부에 관한 것이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 「지방세법」제111조 제1항에서 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다라고 규정하고, 그 제2항에서 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의하며 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다라고 규정하면서, 그 제5항에서 다음에 게기하는 취득에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의하며, 그 제3호에서 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득이라고 규정하고 있고, 「지방세법」제130조 제1항에서 부동산ㆍ선박ㆍ항공기ㆍ자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기ㆍ등록당시의 가액으로 하고, 그 제2항에서 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기ㆍ등록자의 신고에 의하며 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조 제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 하고, 그 제3항에서 「지방세법」제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조 동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2002.6.12. 서울특별시 성동구 ○○동2가 231-1번지 ○○마트 지하4층, 지상9층 면적 중 6층 1,943.84㎡, 토지 504.68㎡(이하 "이 사건 부동산"이라 한다)를 청구외 (유)○○컨설팅으로부터 7억원에 매매계약을 체결한 후 같은날 일시불로 잔금을 지급하고, 처분청에서 매매계약서에 대한 검인을 받아 취득세 14,000,000원, 농어촌특별세 1,400,000원, 등록세 21,000,000원, 지방교육세 4,200,000원, 합계 40,600,000원(가산세 포함)을 신고납부하였으나, 청구인이 취득한 이 사건 부동산의 취득가액이 700,000,000원이 아닌 5,300,000,000원인 사실이 확인되어, 처분청은 이 사건 부동산의 취득가액 5,300,000,000원에서 신고가액 700,000,000원을 차감한 4,600,000,000원을 과세표준으로 하여 취득세 92,000,000원, 농특세 10,120,000원, 등록세 165,600,000원, 지방교육세 30,360,000원, 합계 298,080,000원(가산세 포함)을 2003.11.10. 부과고지한 사실을 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 처분청의 이 사건 부동산의 취득세 등 부과처분이 세액의 산출근거 등의 기재사항이 누락되었고 과세표준과 세액의 계산명세서가 누락되어 위법한 처분이며, 처분청에서 부동산취득에 따른 취득세 등을 부과하면서 지방세법령의 규정에 의거 법인의 장부가격이 아닌 실거래가액을 과세표준으로 한 것과 과세대상이 아닌 시설비까지 과세표준에 포함하여 취득세 등을 부과한 것은 부당하고, 부동산매매계약서상의 토지면적은 504.68㎡이나 실제로 청구인이 취득한 토지는 197㎡이므로 이를 초과하는 부분까지 과세대상으로 하여 부과한 처분은 취소해야 한다고 주장하고 있다. 이에 대하여 살펴보면 먼저 청구인은 이 사건 취득세 등 부과처분은 세액의 산출근거 누락 및 세액의 계산명세서가 첨부되지 아니한 위법한 처분이라고 하나, 청구인에게 부과한 취득세 등의 고지서에는 납부할 지방세의 세목ㆍ납부기한과 세액의 산출근거, 납부장소 등이 기재되어 있으며, 별도의 세액산출명세서는 첨부되지 않았으나 지방세법상 통보해야 할 의무가 있는 것이 아니므로 청구인의 주장은 이유가 없다고 할 것이고, 다음으로 취득세 등의 과세표준에 관하여 보면 당초 처분청에 신고한 취득가액은 700,000,000원이나 청구인이 ○○세무서장에게 제출한 진본 부동산매매계약서에 의하면 사실상 취득가격은 5,300,000,000원으로 확인되고 있으므로 취득가액 5,300,000,000원을 과세표준으로 하는 것이 적법하다고 하겠으며, 이 사건 부동산의 매입당시 매입가격에 청구인이 주장하는 시설비는 일체로 포함되어 있으므로 시설비가 과세대상에서 제외되어야 한다는 청구인의 주장은 이유가 없으나, 취득금액 5,300,000,000원의 세부내용은 토지대금 1,148,147,000원, 건물대금 3,774,411,818원, 건물분 부가가치세 377,441,182원으로 되어 있으므로 부가가치세는 과세표준액에서 제외하여야 할 것이며, 등록세과세표준의 경우는 청구인이 이 사건 부동산을 취득한 후 토지등기부에 등기할 때는 토지 504.68㎡ 중에서 197㎡만 등기를 하였으므로 등기부에 등기하지 아니한 토지면적 307.68㎡에 해당하는 매수금액 699,972,000원을 공제한 금액을 과표로 하여 등록세 등을 부과하여야 하는 것이므로 처분청에서는 이와 같은 과세표준으로 취득세 등을 산정하여 경정하는 것이 타당하다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 「지방세법」제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.