매매 계약서 자체가 사실상 취득가액이 될수 있는가의 여부에 대해서는 매매계약서 자체가 법인의 장부로 되는 것은 아니며 매매계약서에 기초하여 장부를 작성하였을 때에 비로소 법인의 장부로 되는 것인 점에 비추어 볼 때 매매계약서 자체는 사실상의 취득가액을 인정하는 증빙자료가 될 수 없다. 또한 신고한 건물 및 대지의 취득가액이 시가표준액을 밑돌기에 과세표준은 법 제111조 제2항 단서에 의하여 시가표준액에 의하여 산정하여야 할 것이다. 따라서 매매계약서에 따른 과세관청의 처분은 부당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2002. 6. 12.

소외 유한회사 재림컨설팅(대표이사 이명진. 이하 ‘소외 회사’라 한다)로부터 서울

성동구 성수동 2가 231-1 공장용지 6,353㎡ 지상 9층 지하 4층 건물(연면적 39778.38㎡) 중 6층 1,943.84㎡(주차장 등 공용부분을 합할 경우 3,160.09㎡. 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다) 및 대지 504.68㎡(이하 ‘이 사건 대지’라 한다)를 대금 53억원(이 사건 건물 3,774,411,818원 + 이 사건 대지 1,148,147,000원 + 이 사건 건물에 대한 부가가치세 377,441,182원)에 매수하였다.

나. 그런데 위 6층 부분은 2001. 7. 18. 제6001호 내지 제6008호로 구분등기되었고 위 각 전유부분의 면적을 모두 합하면 1,421.07㎡인데, 2002. 6. 12. 위 각 전유부분에 관하여 합계 3653분의 197 지분에 대하여만 대지권등기가 마쳐졌다.

다. 원고는 이 사건 건물 및 대지를 금 7억원에 취득하였다면서 위 금원을 과세표준으로 하여 취득세 14,000,000원, 농어촌특별세 1,400,000원, 등록세 21,000,000원을 각 신고하고, 그 중 위 등록세를 납부하였다.

라. 원고는 소외 회사의 조세범처벌법위반 혐의사건과 관련하여 성동세무서에서 조사를 받는 과정에서 이 사건 건물 및 대지를 금 53억원에 매수하였다고 진술하였고, 그 후 성동세무서장에게 매매대금이 금 53억원으로 기재된 이 사건 건물 및 대지의 실제 매매계약서를 제출하였다.

마. 이에 피고는 2003. 11. 10. 원고에 대하여, 이 사건 건물 3,160.09㎡ 및 대지 504.68㎡의 취득가액이 금 53억원임이 인정된다는 이유로 이를 과세표준으로 삼아 산출된 세액에서 위와 같이 신고한 세액을 공제한 취득세 92,000,000원, 농어촌특별세 10,120,000원, 등록세 165,600,000원(가산세 포함)을 증액경정ㆍ고지하였다.

바. 한편, 원고는 이의신청을 거쳐 2004. 6. 11. 행정자치부장관에게 위 당초처분에 대하여 심사청구를 하였고, 행정자치부장관은 2004. 7. 26. 위 취득가액 중 이 사건 건물에 대한 부가가치세액을 취득세 등의 과세표준에서 제외하고, 이 사건 등록세에 대하여는 위 매매계약서상 매매목적물로 표시된 대지 504.68㎡ 중 등기되지 아니한 부분 307,68㎡에 해당하는 매수금액 699,972,000원을 공제한 금액을 과세표준으로 삼아 세액을 산출하는 것이 타당하다는 이유로, 위 당초세액을 취득세 84,451,170원, 농어촌특별세 9,289,620원, 등록세 126,813,120원으로 각 감액경정하였다(이하 위 증액경정처분 중 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증의 각 1, 2, 갑 제4, 5호증, 갑 제8호증의 1 내지 9, 을 제1호증의 1, 2, 3, 을 제2호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 피고는,

구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘법’이라 한다) 제111조 제1항이나

제130조 제1항에서 취득세나 등록세의 과세표준으로 규정한 취득 당시 또는 등기ㆍ등록 당시의 가액은 원칙적으로 부동산 등 과세물건을 취득함에 소요된 사실상의 취득가액을 의미한다 할 것이고, 따라서 원고가 스스로 세무관청에 매매계약서를 제출하여 이 사건 건물 및 대지의 사실상의 취득가액이 밝혀진 경우에는 신고가액이나 시가표준액이 아닌 사실상의 취득가액에 의하여 과세표준을 산정하여야 하는 것이므로 이 사건 처분은 적법하다고 주장한다.

(2) 이에 대하여 원고는 아래와 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

첫째, 이 사건 처분의 납세고지서에는 납부할 세액의 산출근거가 기재되어 있지 않고 과세표준과 세액의 계산명세서가 첨부되어 있지 않다.

둘째, 원고가 매수한 이 사건 대지 504.68㎡ 중 197㎡에 대하여서만 원고 명의로 등기가 이루어지고 나머지 307.68㎡에 대하여는 등기가 이루어지지 아니하였으므로, 위 미등기부분은 취득세, 농어촌특별세의 과세대상이 될 수 없다.

셋째,

법 제111조 제5항 제3호,

제130조 제3항에 의하여 사실상의 취득가액에 의하여 과세할 수 있는 경우는 법인이 작성한 원장, 보조장, 출납전표, 결산서에 의하여 취득가격이 입증되는 경우에 한하는 것이고, 이 사건과 같이 원고가 제출한 매매계약서는 사실상의 취득가액을 인정하는 증빙자료가 될 수 없으므로 이에 근거하여 취득세 등을 부과하여서는 아니 된다.

넷째, 원고가 2001. 4. 23. 소외 회사와 사이에 이 사건 건물에 대한 사우나시설의 설치공사를 금 1,540,000,000원에 도급받은 다음 위 공사의 수급인 지위를

대한테크노산업 주식회사에게 양도하였고,

대한테크노산업 주식회사가 실제로 위 공사를 마쳤으며,

전말숙이 2002. 1.경 소외 회사로부터 이 사건 건물을 임차하여 간판, 방습거울, 원목의자 등을 구입한 후 영업을 하다가 소외 회사에게 인도하였다.

따라서 이 사건 사우나시설은 취득세 과세대상인

법 제104조 제4호 소정의 건축물에 포함되지 아니하고 등기, 등록의 대상도 아니므로 이 사건 사우나시설비 1,540,000,000원은 이 사건 건물의 취득가액에서 제외되어야 하고, 특히 이 사건 사우나시설 중 위 간판, 방습거울, 원목의자 등은 이 사건 건물의 부합물 또는 종물에도 해당하지 아니하므로 위 과세대상에서 제외되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고의 첫째 주장에 대한 판단

법 제25조 제1항에 의하면 지방세를 징수하고자 할 때에는 지방자치단체의 장 또는 그 위임을 받은 공무원은 납세의무자 또는 특별징수의무자에 대하여 납부 또는 납입할 금액, 기한, 장소 기타 필요한 사항을 기재한 문서로써 납부 또는 납입의 고지를 하여야 한다고 규정하고,

지방세법시행령(이하 ‘시행령’이라 한다) 제8조에 의하면

법 제25조의 규정에 의한 납부 또는 납입의 고지는 다음 사항을 기재한 납세고지서 또는 납입통지서로써 하여야 한다고 규정하면서 그

제1호로 납부 또는 납입할 지방세의 연도와 세목, 납부 또는 납입기한과 금액을,

제2호로 세액의 산출근거와 납부 또는 납입장소(다만, 1매의 고지서에 3이상의 과세대상을 동시에 고지하는 경우에는 세액의 산출근거를 생략할 수 있으며, 이 경우 납세의무자가 세액산출 근거의 열람 신청을 하는 때에는 과세기관은 지체 없이 이에 응하여야 한다)를 들고 있다.

이 사건의 경우 갑 제1호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 피고가 이 사건 처분을 하면서 과세연도 및 세목, 납부기한과 금액 등을 기재한 납세고지서에 의하여 부과ㆍ고지한 사실, 다만 이 사건 건물(제6001호 내지 제6008호) 및 대지 등 과세대상이 3이상이 됨에 따라 세액의 산출근거를 생략한 사실을 인정할 수 있는바, 위 관계 법령이 요구하는 이 사건 취득세 등의 납세고지는 위 납세고지서에 기재된 정도로 충분하다 할 것이므로, 이 사건 처분에 납세고지절차상의 위법이 있다고 할 수는 없다.

따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 둘째 주장에 대한 판단

매매계약서상 기재된 대지 504.68㎡ 중 원고 명의로 등기되지 아니한 307.68㎡ 부분이 과세대상이 되는지에 관하여 보건대, 갑 제4, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 2002. 6. 12. 소외 회사와 이 사건 건물 및 대지를 매수할 당시 공용부분을 포함한 이 사건 건물의 면적 3,160.09㎡가 건물 연면적에서 차지하는 비율에 따른 504.68㎡의 대지를 취득할 수 있는 것으로 잘못 알고 매매계약서상 매매목적물을 위 504.68㎡로 표시한 사실, 그러나 이 사건 매매계약에 따라 원고 앞으로 대지권등기된 부분은 197㎡에 불과하였고 원고가 나머지 307.68㎡를 이전받지 못한 것에 대하여 소외 회사에 대하여 이의를 제기하거나 매매대금을 감액받지는 아니한 사실, 원고가 이 사건 취득세 등을 신고할 당시에도 대지 위 197㎡를 취득한 것으로 신고한 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 이 사건 매매계약은 이 사건 건물과 그에 따른 대지권을 취득하기 위한 것인데 원고가 당시 그 대지지분을 잘못 계산하여 매매계약서에 실제 취득하게 될 197㎡보다 더 많은 504.68㎡를 기재하게 된 것이라고 할 것이므로, 원고가 위 미등기된 307.68㎡를 법률상으로나 사실상으로 취득하였다고 보기는 어렵다.

따라서 이 사건 취득세, 농어촌특별세의 과세대상이 되는 이 사건 대지는 504.68㎡가 아닌 위 197㎡라고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 있다.

(3) 원고의 셋째 주장에 대한 판단

(가)

법 제111조 제1항은 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다고 규정하고 있고,

같은 조 제2항은

제1항의 규정에 의한 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의하되, 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의하도록 규정하고 있으며,

같은 조 제5항은 다음에 게기하는 취득에 대하여는

제2항 단서 및

제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격에 의한다고 규정하면서, 그

제1호로 국가ㆍ지방자치단체 및 지방자치단체조합으로부터의 취득을,

제2호로 외국으로부터의 수입에 의한 취득을,

제3호로 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득을,

제4호로 공매방법에 의한 취득을 들고 있다. 또한 등록세의 경우도

법 제130조에서 위와 같은 내용으로 규정하고 있다.

이러한

법 제111조 제5항의 취지는, 같은 항에서 들고 있는 취득은 그 사실상의 취득가액이 명백하게 드러나는 경우이어서 이러한 경우에는 취득자의 신고에 관계없이 사실상의 취득가액에 의하여 그 과세표준을 정한다는 것을 규정한 것으로 풀이되나, 위와 같이 사실상의 취득가액에 의하여 과세표준을 정하는 것은

같은 조 제1항 및

제2항의 규정에 따라 취득자의 신고에 의하여 과세표준을 정하는 원칙적인 방법에 대한 예외에 해당하는 것인 만큼,

같은 조 제5항 각호에 해당되는 취득의 경우에만 한정하여 적용된다고 보아야 할 것이다.

(나) 이 사건에 있어서 이 사건 건물 및 대지의 취득은

법 제111조 제5항 제1,

2,

4호가 적용되는 취득이 아니므로 제3호의 적용 여부만 문제되는바,

제3호의 적용 범위가

시행령 제82조의2 제1항에서 정한 ‘판결문과 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서’에 의하여 사실상의 취득가액이 인정되는 경우로 한정되는 것인지, 아니면 다른 문서에 의하여서도 사실상의 취득가액을 인정할 수 있는 경우에는 그 사실상의 취득가액을 과세표준으로 삼을 수 있는 것인지가 문제된다.

살피건대,

구 지방세법(1995. 12. 6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것) 제111조 제6항은 ‘공정증서, 계약서, 기타 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 경우’도 사실상의 취득가액으로 할 수 있도록 규정하였고,

구 지방세법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14878호로 개정되기 전의 것) 제82조의2 제2항은 ‘법인이 서명날인한 계약서로서 사실상의 취득가격이 입증되는 것’을 포함시켜 규정하고 있었으나, 위 각 규정의 개정으로

구 지방세법 제111조 제6항과

구 지방세법시행령 제82조의 2 제2항이 삭제된 점, 현행

시행령 제82조의2 제1항이 특별히 법인이 작성한 장부만을 규정하고 기타 자연인이 작성한 계약서 등은 포함시키지 않고 있는 점 등에 비추어 보면,

시행령 제82조의2 제2항의 규정은 예시적 규정이 아니라 한정적 규정이라고 보아야 할 것이다.

(다) 위 인정사실에 의하면, 피고는 원고가 소외 회사의 조세범처벌법위반 사건으로 조사를 받으면서 제출한 매매계약서를 근거로 이 사건 처분을 한 것인바, 위 매매계약서 자체가 법인의 장부로 되는 것은 아니고 법인이 위 매매계약서에 기초하여 장부를 작성하였을 때에 비로소 위 매매계약서의 내용이 법인의 장부로 되는 것인 점에 비추어 보면, 위 매매계약서 자체는 사실상의 취득가액을 인정하는 증빙자료가 될 수 없고, 원고가 신고한 이 사건 건물 및 대지의 취득가액이 시가표준액을 밑돌고 있으므로, 이 사건 건물 및 대지의 과세표준은

법 제111조 제2항 단서에 의하여 시가표준액에 의하여 산정하여야 할 것이다.

따라서 원고의 위 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.

(4) 원고의 넷째 주장에 대한 판단

이 사건 사우나시설비를 실제 취득가액에서 제외하고 이 사건 사우나시설 중 위 간판, 방습거울, 원목의자 등을 과세대상에서 제외하여야 한다는 원고의 위 주장은 이 사건 건물 및 대지에 대한 취득세 등의 과세표준을 사실상의 취득가액으로 하였을 경우를 전제로 하는 것인바, 위 (3)항에서 보는 바와 같이 이 사건 건물 및 대지에 대한 과세표준을 사실상의 취득가액으로 하여 취득세 등을 부과한 이 사건 처분이 위법하다고 보아 시가표준액을 과세표준으로 하여 이 사건 취득세 등의 정당한 세액을 산정하는 이상 문제되지 아니하므로 따로 판단하지 아니한다.

(5) 정당한 세액 산정

나아가 이 사건 취득세 등의 정당한 세액을 산정하면 아래와 같다.

(가) 시가표준액 : 합계 1,452,191,775원

① 이 사건 건물 : 3,160.09㎡ × 219,000원(㎡당 건물기준가액) × 가감산율 140% = 968,883,594원

② 건물의 부대설비 : 전체건물의 안분된 시가표준액 : 132,648,181원

③ 이 사건 대지 : 197㎡ × 1,780,000(㎡당 개별공시지가) = 350,660,000원

(나) 정당한 세액

① 취득세 : 1,452,191,775원(시가표준액) × 2% = 29,043,840원

② 농어촌특별세 : 29,043,840 × 10% = 2,904,380원

③ 등록세 : 43,565,750원(본세) + 4,513,150원(가산세) = 48,078,900원

* 본세 : 1,452,191,775원(시가표준액) × 3% = 43,565,750원

* 가산세 : 22,565,750원(본세 - 기납부세액) × 20% = 4,513,150원

* 미납부세액 : 48,078,900원(등록세) - 21,000,000원(기납부세액) = 27,078,900원

따라서 위 매매계약서에 기하여 사실상의 취득가액이 인정됨을 전제로 한 이 사건 처분 중 시가표준액을 과세표준으로 삼아 산정되는 위 정당한 세액인 취득세 29,043,840원, 농어촌특별세 2,904,380원, 등록세 27,078,900원을 각 초과하는 부분은 위법하다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 일부 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.