교회 선교사업의 목적 달성을 위하여 초, 중, 고등학교 및 유치원 교육을 위한 교육사업을 지원하는 비영리사업자가 초등학교의 위탁 관리를 수행하면서 초등학교의 교장과 교사 등으로 근무하는 당해 비영리법인 소속 수녀들의 숙소로 사용하고자 해당 아파트를 취득하여 현재까지 그 용도로 사용하고 있는 경우 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단한 결과 쟁점 아파트는 비영리사업 자체에 직접 사용되는 재산으로서 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 비과세재산에 해당한다. 따라서 아파트에 대하여 취득세 등을 부과한 과세관청의 처분은 부당하다.

1. 이 사건 취득세 등 부과처분

가. 원고는 2004. 7. 16.

오차순으로부터

대구 달서구 송현동 1029-1 송현우방맨션 제102동 601호 아파트를 증여받아 같은 해 8. 10. 이 법원 접수 제57648호로 소유권이전등기를 경료하였다.

나. 원고는 2004. 7. 30. 피고에게 이 사건 아파트의 취득 및 이전등록에 따른 취득세와 등록세 등 지방세 비과세 감면신청을 하였으나, 피고는 같은 해 8. 5. 이 사건 아파트가 종교목적에 직접 공여되는 것이 아니라는 이유로 원고의 감면신청을 반려하였다. 다. 이에 원고는 2004. 8. 9. 피고에게 취득세 1,105,510원, 농어촌특별세 110,550원, 등록세 442,200원, 지방교육세 88,440원 등 합계 1,746,700원을 신고납부하였고(이하 ‘이 사건 취득세 등 부과처분’이라 한다), 피고는 이를 수납징수 처리하였다.

라. 원고는 이 사건 취득세 등 부과처분에 불복하여 2004. 9. 14. 대구광역시장에게 이의신청을 하였으나 같은 해 11. 12. 기각되었고, 이에 불복하여 2005. 2. 7. 행정자치부장관을 상대로 지방세심사청구를 하였으나 같은 해 4. 6. 마찬가지로 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 4호증, 갑 제5, 8호증의 각 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 10, 을 제2, 3호증의 각 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 취득세 등 부과처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 이 사건 취득세 등 부과처분이 관계법령에 따른 것이어서 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 이 사건 아파트는 효성초등학교의 관리를 위탁받은 원고가 선교사업의 목적 달성을 위하여 위 학교의 교장 및 교사 등으로 근무하는 원고 소속 수녀들의 숙소(수녀원분원)로 취득하여 수녀원분원으로 직접 사용하는 것으로 이에 대하여는 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세가 비과세되어야 하므로 이 사건 취득세 등 부과처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

⑴ 원고는

샬트르 성 바오로 수녀회의 기본이념에 입각하여 전교, 교육, 복지 등 교회의 선교사업 및 가난한 이들에 대한 우선적인 봉사와 애덕천에 기여함을 목적(규약 제3조)으로 수녀들을 그 회원(종신서원자와 주년서원자로 구성됨)으로 한 가톨릭교회의 수도자 단체로서, 위 목적 달성을 위하여 ① 전교사 양성 및 포교사업, ② 초, 중, 고등학교 및 유치원 교육을 위한 교육사업 지원, ③ 가난한 이들을 위하여 교회가 요구하는 사업(규약 제19조)을 하고 있다.

⑵ 한편 효성초등학교는 천주교 대구대교구 산하 학교법인 선목학원이 설립한 교육시설인데, 원고는 앞서와 같은 목적사업의 구체적인 실천으로서 위 법인으로부터 위 학교의 관리를 위탁받아 그 소속 수녀들 중 장안숙을 위 학교의 교장으로, 정정숙을 교사로, 김숙희를 사서강사(종교담당 겸직)로, 이정애를 종교강사로 파견근무토록 하고 있다.

⑶ 성당이나 학교에 파견된 원고 소속 수녀들은 그 종교적 소임을 보다 효율적으로 수행하기 위하여 성당의 경우에는 성당내의 수녀원에서, 학교의 경우에는 학교 내의 주거용건물에서 함께 생활을 하고 있는데(이러한 생활장소를 ‘수녀원분원’으로 칭하고 있다), 효성초등학교에는 수녀들이 공동으로 거주할 집이 마련되어 있지 않아 원고는 이 사건 아파트를 취득하여 위 학교의 교장과 교사 등으로 근무하는 위 수녀들의 수녀원분원으로 사용하고 있다.

[인정 근거] 갑 제1, 2호증, 갑 제6, 7호증의 각 1 내지 4, 갑 제9호증, 갑 제10호증의 1 내지 7의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

지방세법 제107조 제1호 및

제127조 제1항 제1호에서 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 등기를 용도구분에 의한 취득세등록세 비과세사유로 규정하고 있는바, 그 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다(

대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두878, 대법원 선고 2004두 9265 판결등 참조).

원고가 종교 및 제사를 목적으로 하는

지방세법 시행령 제79조 제1호 소정의 비영리사업자에 해당함은 앞서 본 바와 같은바, 나아가 원고가 그 목적사업인 교회의 선교사업에 직접 사용하기 위하여 이 사건 아파트를 취득한 것인지에 관하여 보건대, 앞서의 사실관계에 의하여 인정되는 다음과 같은 점, 즉 원고는 교회 선교사업의 목적 달성의 하나로서 초, 중, 고등학교 및 유치원 교육을 위한 교육사업 지원에 힘쓰고 있는데,

효성초등학교의 위탁 관리 또한 이와 같은 교육사업 지원의 일환으로 이루어지고 있는 점, 원고가 위 초등학교의 구성원으로서 필요불가결한 존재인 교장과 교사 등으로 그 소속의 수녀 4명을 위 초등학교에게 파견 근무케 하고 그들의 숙소로 사용하고자 이 사건 아파트를 취득하여 현재까지 그 용도로 사용하고 있는 점 등에 비추어 보면 이 사건 아파트는 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단할 때 원고의 비영리사업 자체에 직접 사용되는 재산으로 보아야 할 것이고, 이 사건 아파트가 초등학교 건물과 동일한 구내에 있지 아니하고 떨어져 있다 하여 달리 볼 것은 아니라 할 것이므로(

대법원 1992. 9. 22. 선고 92누7351 판결 등 참조) 결국 이 사건 아파트는 지방세법 등 소정의 비과세재산에 해당한다 할 것이다. 따라서 피고의 이 사건 취득세 등 부과처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 취득세 등 부과처분이 위법함을 이유로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.