이 사건에 관하여 이 법원이 설시할 이유는, 제1심 판결의 그것과 동일하므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

그렇다면, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.

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【하급심-부산지방법원 2007. 6. 28. 선고 2007구합31 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 피고가 2006. 5. 9. 원고에 대하여 한 취득세 35,857,410원, 농어촌특별세 3,286,920원, 등록세 53,786,120원, 지방교육세 9,860,780원의 부과처분 중 취득세 12,378,480원, 농어촌특별세 1,134,690원, 등록세 18,567,720원, 지방교육세 3,404,080원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 이를 3분하여 그 2는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 제2호증의 1 내지 5, 제8호증, 제11호증, 제14호증, 제16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 토목건축업, 주택건설업 등을 영위하는 회사로서, 2003. 8. 26. 소외 이충원으로부터 부산 동래구 00동 177-17 대 327㎡와 그 지상 건물(이하 이 사건 제1부동산이라고 한다)을, 2003. 11. 17. 소외 사단법인 000문학재단으로부터 같은 동 177-18 대 165㎡와 그 지상 건물(이하 이 사건 제2부동산이라고 한다)을 각 매수하고, 2003. 12. 11. 국유재산인 같은 동 174-13 대 322㎡(이하 이 사건 제3부동산이라고 한다)를 자신이 2003. 7. 30. 소외 조00로부터 매수한 부산 금정구 00동 294-4 대 520㎡와 교환으로 취득한 다음, 피고에게 아래와 같은 내용으로 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세를 신고·납부하였다.

나. 그런데 2005. 11.경 부산광역시가 원고에 대하여 실시한 세무조사결과, 원고의 법인장부상 이 사건 제1부동산의 취득가격이 882,000,000원으로, 이 사건 제2부동산의 취득가격이 913,000,000원으로, 원고가 이 사건 제3부동산과 교환한 위 부곡동 294-4토지의 취득가격이 1,521,059,300원으로 기재되어 있는 것이 확인되자, 피고는 2006. 5. 9. 원고에게 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제111조 제5항 제3호에 따라 위와 같이 원고의 법인장부에 기재된 취득가격을 이 사건 각 부동산의 사실상의 취득가격으로 보고 이를 과세표준으로 삼아 취득세 35,857,410원, 농어촌특별세 3,286,920원, 등록세 53,786,120원, 지방교육세 9,860,780원(각 신고불성실가산세 포함)을 부과(이하 이 사건 부과처분이라고 한다)하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 제1부동산의 취득가격

이 사건 제1부동산의 법인장부상 취득가격 882,000,000원 중 32,000,000원은 원고가 임차인인 박상용에게 이사비용, 영업손실보상금 등의 명목으로 지급한 것이므로, 취득가격에 포함하여서는 아니 된다.

(2) 이 사건 제2부동산의 취득가격

이 사건 제2부동산의 법인장부상 취득가격 913,000,000원 중 500,000,000원은 원고가 매도인인 소외 사단법인에게 신축건물 공사비로 기부한 것이므로, 취득가격에 포함하여서는 아니 된다.

(3) 이 사건 제3부동산의 취득가격

이 사건 제3부동산은 국가로부터 취득한 것이므로 취득세 등의 과세표준이 되는 취득가액은 사실상의 취득가격인 위 부동산의 교환 당시의 시가에 의하여야 하지 교환대상인 부곡동 토지의 장부상 취득가액에 의할 수 없고, 가사 그렇지 않다 하더라도 부곡동 토지의 취득 당시 지출한 명도비, 제세공과금 등은 취득가격에서 제외되어야 한다.

나. 법령의 규정

별지 관련 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 제1부동산의 취득가격

갑 제8호증 내지 제10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2003. 8. 26. 소외 이00으로부터 이 사건 제1부동산을 850,000,000원에 매수하면서 같은 날 위 부동산을 임차하여 잡화점을 경영하고 있던 소외 박00과 사이에 이사비용, 잡화처리 손실비용, 영업권 손실비용 등에 대한 보상조로 32,000,000원을 지급하기로 약정한 후 2003. 9. 17. 박00에게 위 보상금 32,000,000원을 지급한 다음 법인장부상에는 위 매매대금 850,000,000원과 위 보상금 32,000,000원을 합한 882,000,000원을 이 사건 제1부동산의 취득가격으로 기재한 사실을 인정할 수 있다.

한편, 앞서 본 「지방세법」제111조 제5항 제3호에서 법인의 장부가액을 사실상의 취득가격으로 보고 이를 취득세의 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이므로, 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세와 등록세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니고(대법원 1993. 4. 27. 선고 92누15895 판결 참조), 또 사실상의 취득가격에는 당해 물건 자체의 가격은 물론 그 외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 포함된다고 할 것이나, 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것은 포함되지 아니한다고 할 것이다(대법원 1997. 12. 26. 선고 97누10178 판결 참조).

그런데 앞서 인정한 사실관계에 의하면, 원고가 박00에게 지급한 보상금 32,000,000원은 이 사건 제1부동산의 매매약정과는 별개로 체결된 원고와 소외 박00과의 약정에 따라 박00이 자신의 점포를 원고에게 인도함으로써 입게 되는 영업권 등 손실과 이사비용 등에 대한 보상조로 지급된 것이어서 이는 취득대상인 이 사건 제1부동산이 아닌 다른 물건이나 권리에 관한 것이라 할 것이므로, 위 보상금은 원고의 법인장부의 기재에 불구하고 이 사건

제1부동산의 취득가격에 포함된다고 보기 어렵다.

따라서, 이 사건 제1부동산의 취득가격은 당초 원고가 신고한 850,000,000원이라고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(2) 이 사건 제2부동산의 취득가격

갑 제11호증 내지 제13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2003. 11. 17. 사단법인 000문학재단으로부터 이 사건 제2부동산을 400,000,000원에 매수하는 조건으로 위 사단법인에게 2층 신축건물을 기부하기로 약정하고, 같은 해 12. 17. 위 사단법인에게 매매잔금 100,000,000원을 지급함과 동시에 2층 신축건물 공사비로 500,000,000원을 지급한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 나타난 다음과 같은 점 즉, 위 2층 건물 신축비용의 기부가 이 사건 제2부동산의 매수조건으로 되어 있고, 위 2층 건물의 신축비가 이 사건 제2부동산의 매매대금보다 다액인 점, 원고가 특별히 위 사단법인에게 건물신축비용을 지급하여야 할 이유가 없는 점 등에 비추어 보면, 위 건물신축비용 500,000,000원은 원고의 주장과 같은 순수한 기부금이 아니라 이 사건 제2부동산 자체의 가격 또는 취득을 위한 비용으로 봄이 상당하다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(3) 이 사건 제3부동산의 취득가격

앞서 본 바와 같이 소득세법 제111조 제5항 제1호는 국가로부터의 취득의 경우에 취득세의 과세표준은 사실상의 취득가격에 의한다고 규정하고 있고, 이 사건 제3부동산은 국가로부터 원고가 그 소유인 앞서 본 부곡동 토지와 교환으로 취득한 것이므로, 이 사건 제3부동산의 취득가액은 사실상의 취득가격에 의하여야 할 것이다.

그런데 피고가 이 사건 제3부동산의 취득가격으로 삼은 부곡동 토지의 장부상 취득가격은 원고가 부곡동 토지를 취득할 당시의 그 취득가격을 기재한 것이므로, 비록 부곡동 토지가 이 사건 제3부동산과 교환되었다 하더라도 부곡동 토지의 장부상 취득가액을 이 사건 제3부동산의 취득가격으로 삼을 수는 없고, 이 사건 제3부동산의 취득가격은 위 교환계약 당시 당사자 사이에서 이 사건 제3부동산의 가격으로 정한 금원으로 봄이 상당하다고 할 것이다.

나아가 이 사건 제3부동산의 사실상 취득가액에 관하여 살피건대, 국가와 원고는 위 교환계약 당시 교환대상 각 토지의 정확한 시가를 파악하기 위하여 감정평가법인에 시가감정을 의뢰하였는데, 그 결과 이 사건 제3부동산의 시가는 574,770,000원, 부곡동 토지의 시가는 572,000,000원으로 각 평가되자 원고가 국가에게 그 차액인 2,770,000원을 지급한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 제3부동산의 취득가격은 574,770,000원(위 부곡동 토지의 시가 572,000,000원 + 실제 지급한 차액 2,770,000원)으로 봄이 상당하다고 할 것이다.

(4) 소결론

그렇다면 원고가 납부하여야 할 정당한 세액은 앞서 인정한 이 사건 각 부동산의 취득가액(제1부동산 : 850,000,000원, 제2부동산 : 913,000,000원, 제3부동산 : 574,770,000원)을 과세표준으로 하여 여기에다가 각 세목별 세율을 적용하여 산출한 별지 세액계산표의 각 세목별 정당세액란 기재 각 금액이 되고, 원고가 추가 납부하여야 할 세액은 위 각 정당한 세액에서 원고가 이미 납부한 금액을 공제한 같은 별지 세목별 추가납부세액 합계란 기재 각 금액{취득세 12,378,480원(12,312,000원 + 66,480원), 농어촌특별세 1,134,690원(1,128,600원 + 6,090원), 등록세 18,567,720원(18,468,000 + 99,720원), 지방교육세 3,404,080원(3,385,800원 + 18,280원)}이 된다고 할 것이므로, 이 사건 부과처분 중 위 각 금액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그러므로 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

※ 관련 법령

■ 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것)

제111조 (과세표준)

①취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다

⑤다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

1. 국가·지방자치단체 및 지방자치단체조합으로부터의 취득

3. 판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

제112조 (세율)

①취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다.

제121조 (부족세액의 추징 및 가산세)

①취득세 납세의무자가 제120조의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제120조의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

제130조 (과세표준)

①부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시의 가액으로 한다.

③제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조 동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기·등록당시에 자산재평가 또는 감가상각등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다.

제131조 (부동산등기의 세율)

①부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(2) 기타 : 부동산가액의 1,000분의 30

제151조 (부족세액의 추징 및 가산세)

등록세 납세의무자가 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

제260조의3 (과세표준과 세율)

①지방교육세는 다음 각호의 1의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

제260조의5 (부족세액의 추징 및 가산세)

제260조의4 제1항의 규정에 의하여 지방교육세를 신고하고 납부하여야 할 자가 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제260조의3 제1항의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제260조의4 제1항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 10에 상당하는 신고불성실가산세

■ 지방세법시행령

제82조의2 (취득가격의 입증등)

①법 제111조제5항 제3호에서 "판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부 : 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서

제82조의3 (취득가격의 범위)

①취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

■ 농어촌특별세법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것)

제5조 (과세표준과 세율)

①농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

제11조 (가산세)

세무서장·세관장 및 시장·군수는 제7조의 규정에 의하여 농어촌특별세를 신고·납부하거나 거래징수 또는 원천징수하여 납부하여야 할 자가 이를 기한내에 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니하거나 미달한 세액의 100분의 10에 해당하는 금액을 가산세로 가산하여 징수한다.