KILF 한국지방세연구원-지방세 법령정보시스템

2007구합31(20070628)

취득세등부과처분취소

답변요지

점포를 인도함으로써 입게 되는 영업권 등 손실과 이사비용 등에 대한 보상조로 지급된 것이어서 취득대상이 아닌 다른 물건이나 권리에 관한 것이므로, 보상금은 법인장부의 기재에 불구하고 부동산의 취득가격에 포함되지 않는 것이고, 또 다른 해당 부동산의 취득가격은 교환계약 당시 당사자 사이에서 정한 가격으로 봄이 상당하고, 각 부동산의 사실상의 취득가격으로 보고 이를 과세표준으로 삼은 부과처분 중 각 금액을 초과하는 부분은 부당하여 취소되어야 한다.

본문

1. 처분의 경위

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 제2호증의 1 내지 5, 제8호증, 제11호증, 제14호증, 제16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 토목건축업, 주택건설업 등을 영위하는 회사로서, 2003. 8. 26. 소외 이충원으로부터

부산 동래구 온천동 177-17 대 327㎡와 그 지상 건물(이하 이 사건 제1부동산이라고 한다)을, 2003. 11. 17. 소외 사단법인

이주홍문학재단으로부터 같은 동 177-18 대 165㎡와 그 지상 건물(이하 이 사건 제2부동산이라고 한다)을 각 매수하고, 2003. 12. 11. 국유재산인

같은 동 174-13대 322㎡(이하 이 사건 제3부동산이라고 한다)를 자신이 2003. 7. 30. 소외 조흥래로부터 매수한

부산 금정구 부곡동 294-4 대 520㎡와 교환으로 취득한 다음, 피고에게 아래와 같은 내용으로 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세를 신고납부하였다.

부동산

취득가액(원)

취득세(원)

농어촌특별세(원)

등록세(원)

지방교육세(원)

제1부동산

850,000,000

17,000,000

1,700,000

25,500,000

5,100,000

제2부동산

400,000,000

8,000,000

800,000

12,000,000

2,400,000

제3부동산

572,000,000

11,440,000

1,144,000

17,160,000

3,432,000

합계

1,822,000,000

36,440,000

3,644,000

54,160,000

10,932,000

나. 그런데 2005. 11.경 부산광역시가 원고에 대하여 실시한 세무조사결과, 원고의 법인장부상 이 사건 제1부동산의 취득가격이 882,000,000원으로, 이 사건 제2부동산의 취득가격이 913,000,000원으로, 원고가 이 사건 제3부동산과 교환한 위

부곡동 294-4토지의 취득가격이 1,521,059,300원으로 기재되어 있는 것이 확인되자, 피고는 2006. 5. 9. 원고에게

지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제111조 제5항 제3호에 따라 위와 같이 원고의 법인장부에 기재된 취득가격을 이 사건 각 부동산의 사실상의 취득가격으로 보고 이를 과세표준으로 삼아 취득세 35,857,410원, 농어촌특별세 3,286,920원, 등록세 53,786,120원, 지방교육세 9,860,780원(각 신고불성실가산세 포함)을 부과(이하 이 사건 부과처분이라고 한다)하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 제1부동산의 취득가격

이 사건 제1부동산의 법인장부상 취득가격 882,000,000원 중 32,000,000원은 원고가 임차인인 박상용에게 이사비용, 영업손실보상금 등의 명목으로 지급한 것이므로, 취득가격에 포함하여서는 아니 된다.

(2) 이 사건 제2부동산의 취득가격

이 사건 제2부동산의 법인장부상 취득가격 913,000,000원 중 500,000,000원은 원고가 매도인인 소외 사단법인에게 신축건물 공사비로 기부한 것이므로, 취득가격에 포함하여서는 아니 된다.

(3) 이 사건 제3부동산의 취득가격

이 사건 제3부동산은 국가로부터 취득한 것이므로 취득세 등의 과세표준이 되는 취득가액은 사실상의 취득가격인 위 부동산의 교환 당시의 시가에 의하여야 하지 교환대상인 부곡동 토지의 장부상 취득가액에 의할 수 없고, 가사 그렇지 않다 하더라도 부곡동 토지의 취득 당시 지출한 명도비, 제세공과금 등은 취득가격에서 제외되어야 한다.

나. 법령의 규정

별지 관련 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 제1부동산의 취득가격

갑 제8호증 내지 제10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2003. 8. 26.

소외 이충원으로부터 이 사건 제1부동산을 850,000,000원에 매수하면서 같은 날 위 부동산을 임차하여 잡화점을 경영하고 있던 소외 박상용과 사이에 이사비용, 잡화처리 손실비용, 영업권 손실비용 등에 대한 보상조로 32,000,000원을 지급하기로 약정한 후 2003. 9. 17. 박상용에게 위 보상금 32,000,000원을 지급한 다음 법인장부상에는 위 매매대금 850,000,000원과 위 보상금 32,000,000원을 합한 882,000,000원을 이 사건 제1부동산의 취득가격으로 기재한 사실을 인정할 수 있다.

한편, 앞서 본

지방세법 제111조 제5항 제3호에서 법인의 장부가액을 사실상의 취득가격으로 보고 이를 취득세의 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이므로, 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세와 등록세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니고(

대법원 1993. 4. 27. 선고 92누15895 판결 참조), 또 사실상의 취득가격에는 당해 물건 자체의 가격은 물론 그 외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 포함된다고 할 것이나, 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것은 포함되지 아니한다고 할 것이다(

대법원 1997. 12. 26. 선고 97누10178 판결 참조).

그런데 앞서 인정한 사실관계에 의하면, 원고가

박상용에게 지급한 보상금 32,000,000원은 이 사건 제1부동산의 매매약정과는 별개로 체결된 원고와

소외 박상용과의 약정에 따라 박상용이 자신의 점포를 원고에게 인도함으로써 입게 되는 영업권 등 손실과 이사비용 등에 대한 보상조로 지급된 것이어서 이는 취득대상인 이 사건 제1부동산이 아닌 다른 물건이나 권리에 관한 것이라 할 것이므로, 위 보상금은 원고의 법인장부의 기재에 불구하고 이 사건 제1부동산의 취득가격에 포함된다고 보기 어렵다.

따라서, 이 사건 제1부동산의 취득가격은 당초 원고가 신고한 850,000,000원이라고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(2) 이 사건 제2부동산의 취득가격

갑 제11호증 내지 제13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2003. 11. 17. 사단법인

이주홍문학재단으로부터 이 사건 제2부동산을 400,000,000원에 매수하는 조건으로 위 사단법인에게 2층 신축건물을 기부하기로 약정하고, 같은 해 12. 17. 위 사단법인에게 매매잔금 100,000,000원을 지급함과 동시에 2층 신축건물 공사비로 500,000,000원을 지급한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 나타난 다음과 같은 점 즉, 위 2층 건물 신축비용의 기부가 이 사건 제2부동산의 매수조건으로 되어 있고, 위 2층 건물의 신축비가 이 사건 제2부동산의 매매대금보다 다액인 점, 원고가 특별히 위 사단법인에게 건물신축비용을 지급하여야 할 이유가 없는 점 등에 비추어 보면, 위 건물신축비용 500,000,000원은 원고의 주장과 같은 순수한 기부금이 아니라 이 사건 제2부동산 자체의 가격 또는 취득을 위한 비용으로 봄이 상당하다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(3) 이 사건 제3부동산의 취득가격

앞서 본 바와 같이

소득세법 제111조 제5항 제1호는 국가로부터의 취득의 경우에 취득세의 과세표준은 사실상의 취득가격에 의한다고 규정하고 있고, 이 사건 제3부동산은 국가로부터 원고가 그 소유인 앞서 본 부곡동 토지와 교환으로 취득한 것이므로, 이 사건 제3부동산의 취득가액은 사실상의 취득가격에 의하여야 할 것이다.

그런데 피고가 이 사건 제3부동산의 취득가격으로 삼은 부곡동 토지의 장부상 취득가격은 원고가 부곡동 토지를 취득할 당시의 그 취득가격을 기재한 것이므로, 비록 부곡동 토지가 이 사건 제3부동산과 교환되었다 하더라도 부곡동 토지의 장부상 취득가액을 이 사건 제3부동산의 취득가격으로 삼을 수는 없고, 이 사건 제3부동산의 취득가격은 위 교환계약 당시 당사자 사이에서 이 사건 제3부동산의 가격으로 정한 금원으로 봄이 상당하다고 할 것이다.

나아가 이 사건 제3부동산의 사실상 취득가액에 관하여 살피건대, 국가와 원고는 위 교환계약 당시 교환대상 각 토지의 정확한 시가를 파악하기 위하여 감정평가법인에 시가감정을 의뢰하였는데, 그 결과 이 사건 제3부동산의 시가는 574,770,000원, 부곡동 토지의 시가는 572,000,000원으로 각 평가되자 원고가 국가에게 그 차액인 2,770,000원을 지급한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 이 사건 제3부동산의 취득가격은 574,770,000원(위 부곡동 토지의 시가 572,000,000원 + 실제 지급한 차액 2,770,000원)으로 봄이 상당하다고 할 것이다.

(4) 소결론

그렇다면 원고가 납부하여야 할 정당한 세액은 앞서 인정한 이 사건 각 부동산의 취득가액(제1부동산 : 850,000,000원, 제2부동산 : 913,000,000원, 제3부동산 : 574,770,000원)을 과세표준으로 하여 여기에다가 각 세목별 세율을 적용하여 산출한 별지 세액계산표의 각 세목별 정당세액란 기재 각 금액이 되고, 원고가 추가 납부하여야 할 세액은 위 각 정당한 세액에서 원고가 이미 납부한 금액을 공제한 같은 별지 세목별 추가납부세액 합계란 기재 각 금액{취득세 12,378,480원(12,312,000원 + 66,480원), 농어촌특별세 1,134,690원(1,128,600원 + 6,090원), 등록세 18,567,720원(18,468,000 + 99,720원), 지방교육세 3,404,080원(3,385,800원 + 18,280원)}이 된다고 할 것이므로, 이 사건 부과처분 중 위 각 금액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그러므로 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.