이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에 관한 특례법 제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-대구고등법원 2007. 10. 5. 선고 2007누550 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

【인정 근거】갑 제1호증의 1, 2, 제2호증, 을 제1호증의 1, 2, 3, 제2호증, 제4호증의 1, 2, 제6호증, 제7호증의 1, 2, 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

가. 원고는 2004. 5. 19. 박00으로부터 교회건물 부근의 대구 중구 00동 11-4 대 360.8㎡(이하 ‘이 사건 대지’라 한다.)를 신도, 방문객 등을 위한 교회주차장으로 사용하기 위해서 2억 6,000만 원에 매수하고, 2004. 9. 20. 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 피고는 원고가 이 사건 대지를 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘법’이라 한다.) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호의 규정에 따라 종교용으로 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세 하였다.

다. 그런데, 피고는 문00이 2004. 10. 11.경부터 이 사건 대지에서 유료주차장영업을 하자 ‘원고가 이 사건 대지를 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 수익사업인 유료주차장영업에 사용하였다‘는 이유로 법 제107조 단서, 제127조 제1항 단서의 각 규정에 기하여 이 사건 대지의 취득가액에 법 소정의 세율을 적용하여 산출한 취득세 6,904,560원, 농어촌특별세 572,000원, 등록세 10,356,840원, 지방교육세 2,071,360원을 2005. 12. 2. 과세예고 하였다.

라. 원고는 과세예고통지서를 수령하고 2006. 1. 9. 대구광역시장에게 과세전 적부심사청구를 하였으나, 대구광역시장은 2006. 1. 24. 심사청구 가능기간이 경과하였다는 이유로 심사제외 결정을 하였다.

마. 피고는 심사제외 결정이 나자 원고에게 2006. 3. 10. 이 사건 대지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기에 관한 등록세 10,494,900원 및 지방교육세 1,942,980원을 부과하는 처분을 하였고, 2006. 3. 13. 원고의 이 사건 대지의 취득에 관한 취득세 6,996,600원 및 농어촌특별세 572,000원을 부과하는 처분을 하였다(이하 2006. 3. 10.자 등록세 및 지방교육세 부과처분과 2006. 3. 13.자 취득세 및 농어촌특별세 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다.).

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고가 위 처분사유와 관련 법령을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 종교를 목적으로 하는 비영리사업자인 원고가 이 사건 대지를 취득하여 원고의 신도, 방문객 등을 위한 주차장으로 사용하고 있으므로 이 사건 대지는 원고의 고유 사업에 사용되고 있다고 할 것이고, 따라서 취득세, 농어촌특별세 및 등록세, 지방교육세의 비과세대상에 해당한다고 할 것임에도 불구하고 이 사건 대지의 취득 및 이 사건 대지에 관한 소유권이전등기에 관하여 취득세, 농어촌특별세 및 등록세, 지방교육세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

【인정 근거】갑 제3호증, 제4호증의 1, 2, 제5호증, 제6호증의 1 내지 6, 제7호증의 1 내지 16, 제8호증의 1 내지 4, 제9호증의 1 내지 9, 제10호증의 1, 2, 을 제3호증의 1, 2, 제4호증의 2, 3, 4, 제5호증, 제7호증의 1의 각 기재 및 영상, 제1심 증인 문원석의 증언, 변론 전체의 취지

(1) 원고는 2004. 9. 20. 이 사건 대지를 취득한 후 신도, 방문객 등을 위한 교회주차장(이하 ‘이 사건 주차장’이라 한다.)으로 사용하였는데, 원고가 이 사건 주차장을 사용하는 시간은 일요일과 나머지 요일의 일부 시간대만이어서 인근주민들에게도 이 사건 주차장을 무료로 제공하였다.

(2) 그런데, 원고가 별도의 관리 없이 이 사건 주차장을 개방하자, 인근주민들이 토요일에 주차시킨 차량을 일요일에도 그대로 두어 교인들이 주차할 공간이 없게 되는 등 원고가 사용하는데 큰 불편을 겪게 되었을 뿐만 아니라 인근주민들이 쓰레기를 무단으로 버리기도 하여 관리가 제대로 되지 않았다.

(3) 이에, 원고는 대구광역시 0구청 교통과와 000세무서에 교회주차장으로 사용을 하면서 유료주차장을 겸할 수 있는지 여부에 관하여 문의를 하여 가능하다는 답변을 듣고, 이 사건 주차장의 관리에 관한 문제점을 해결하기 위해서 2004. 10. 3. 임시당회를 개최하여 원고의 관리집사로 일하다가 2002년에 퇴직한 문00에게 이 사건 주차장 관리를 맡기되 문원석이 책임을 지고 관리토록 하기로 결의하였다.

(4) 원고는 위 결의에 따라 문00과 사이에 원고가 이 사건 주차장을 무상으로 대여하되, 문00은 주민들로부터 받은 주차료로 관리비용을 충당하기로 한 후, 2004. 10. 6. 다음과 같은 내용의 약정을 체결하였다.

㈎ 문00은 이 사건 주차장에 관한 수도세, 오물세 등 각종 세금(단 재산세, 종합토지세는 제외), 공과금, 전기사용료 등 관리비용을 부담한다.

㈏ 문00은 원고의 신도와 방문객 등이 새벽기도, 주일예배, 수요일예배, 철야기도회, 기타 교회행사 등으로 이 사건 주차장을 사용하는데 지장을 주지 않는다.

㈐ 문00은 원고의 신도, 방문객 등에게 주차편의를 제공한다.

㈑ 문00은 원고가 필요하여 이 사건 주차장의 반환을 요구하면 즉시 반환한다.

(5) 문00은 2004. 10. 6. 이 사건 주차장에 관하여 유료주차장영업을 위한 사업자등록을 마치고 2004. 10. 11.경부터 원고의 신도, 방문객 등의 주차장 사용에 지장을 주지 않는 범위 내에서 인근주민들을 상대로 한 유료주차장영업을 하면서 이 사건 주차장을 관리하였는데, 유료주차장영업으로 인한 수입은 월 15만 원 내지 20만 원 정도에 불과하였다.

(6) 위 약정에 따라 문00은 원고의 신도, 방문객 등으로부터는 주차비를 받지 않았고, 원고도 문00으로부터 차임 등의 대가를 지급받지 않았다.

(7) 그런데, 원고는 2005. 11. 8.경 피고의 세무담당공무원으로부터 이 사건 주차장을 유료주차장영업에 사용하면 취득세 등을 납부하여야 한다는 설명을 듣게 되었고, 이에 문00으로 하여금 유료주차장영업을 그만두게 하고 문00으로부터 이 사건 대지를 반환받았다.

(8) 그 후, 원고는 2006. 6. 25. 당회의의 결의에 따라 이 사건 대지 지상에 주차장, 교육관 등으로 활용하기 위한 건물을 건축하기로 한 후 2006. 8. 10. 근린생활시설 건축허가를 받아서 3층 건물을 건축하였고, 2006. 11. 27. 위 건물에 대하여 사용승인을 받아 교회의 사업에 사용하고 있다.

(9) 한편, 문00은 2005. 11. 7. 유료주차장을 폐업하였는데, 문00이 유료주차장영업을 한 기간은 1년 1개월 가량이다.

라. 판단

(1) 법 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호에서 정한 비영리사업자가 부동산을 그 사업에 직접 사용하는 것인지 아니면 수익사업에 사용하는 것인지의 여부는, 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2006. 12. 8. 선고 2005두10590 판결, 2006. 1. 13. 선고 2004두9265 판결 등 참조).

(2) 위 인정사실에서 볼 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 이 사건 대지를 취득한 후 원고의 신도, 방문객 등을 위한 주차장으로 사용하다가 관리에 어려움이 있어 편의상 원고의 관리집사로 근무한 문00에게 주차장 관리를 맡긴 점, ② 원고는 대구광역시 중구청 교통과와 북대구세무서에 교회주차장으로 사용을 하면서 유료주차장을 겸할 수 있는지 여부에 관하여 문의를 하여 가능하다는 답변을 듣고 문00에게 주차장 관리를 맡긴 점, ③ 문00은 원고의 신도, 방문객 등의 주차장 사용에 지장이 없는 범위 내에서 유료주차장영업을 하였고, 그 수입도 월 15만 원 내지 20만 원 정도에 불과하였던 점, ④ 원고의 신도, 방문객 등은 이 사건 주차장을 자유롭게 이용한 점, ⑤ 원고는 문00으로부터 차임 등의 대가를 지급받은 바가 전혀 없는 점, ⑥ 원고는 피고의 세무담당공무원으로부터 이 사건 대지를 유료주차장영업에 사용하면 취득세 등을 납부하여야 한다는 설명을 듣고 즉시 문00으로 하여금 유료주차장영업을 그만두게 하고 이 사건 대지를 반환받아서 그 지상에 원고의 주차장, 교육관 등으로 활용하기 위한 건물을 건축한 점, ⑦ 원고가 신도, 방문객 등을 위한 주차장으로 사용하지 않았다면 문00에게 2억 6,000만 원에 취득한 이 사건 대지를 무상으로 대여하여 유료주차장영업을 하게 할 이유가 없는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 문00으로 하여금 유료주차장영업을 하게 한 것은 인근주민들이 이 사건 주차장을 사용하는 것에 대한 관리를 목적으로 한 것일 뿐이므로 이 사건 대지는 원고의 신도, 방문객 등을 위한 주차장으로 직접 사용되었다고 봄이 상당하다.

따라서, 원고는 종교를 목적으로 하는 비영리사업자로서 이 사건 대지를 그 사업에 직접 사용하였다 할 것이고, 피고가 주장하는 바와 같이 이 사건 대지를 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니한 경우나 수익사업에 사용한 경우에는 해당되지 않는다 할 것이므로, 원고의 이 사건 대지의 취득 및 이 사건 대지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기는 법 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호의 규정에 따라 취득세, 농어촌특별세 및 등록세, 지방교육세의 비과세대상에 해당한다고 할 것이어서, 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인데, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【관계법령】

● 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것)

제107조 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제112조 (세율)

① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다.

제127조 (용도구분에 의한 비과세)

① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

제131조 (부동산등기의 세율)

① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(2) 기타

부동산가액의 1,000분의 30

제260조의2 (납세의무자)

지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 이 법의 규정에 의한 등록세(제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다), 레저세, 주민세균등할, 재산세, 비영업용 승용자동차(비영업용 기타 승용자동차를 포함한다)에 대한 자동차세(국가 또는 지방자치단체를 제외한다), 담배소비세 및 종합토지세의 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를 진다.

제260조의3 (과세표준과 세율)

① 지방교육세는 다음 각호의 1의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

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구분 과세표준 표준세율

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1 이 법의 규정에 의하여 납부하여야 할 등록세액 100분의 20

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● 구 지방세법 시행령(2005. 10. 7. 대통령령 제19082호로 개정되기 전의 것)

제78조의2 (수익사업의 범위)

① 법 제107조 본문 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라 함은 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다.

제79조 (비영리사업자의 범위)

① 법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

● 구 농어촌특별세법(2005. 1. 5. 법률 제7330호로 개정되기 전의 것)

제4조 (비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 것

제5조 (과세표준과 세율)

① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

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호별 과세표준 세율

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1 지방세에 의하여 납부하여야 할 취득세액 100분의 10

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● 구 농어촌특별세법 시행령(2004. 12. 31. 대통령령 제18629호로 개정되기 전의 것)

제4조 (비과세)

⑥ 법 제4조제12호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다.

5. 「지방세법」제106조 제2항, 제107조 제1호·제2호 및 제5호, 제109조, 제126조 제2항, 제127조 제1항 제1호 내지 제3호, 제127조의2 제2항, 제266조 제2항(농어촌정비법에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 농업생산기반정비계획에 따라 취득·소유하는 농업지반시설용 토지와 그 시설물에 한한다), 제269조 제5항, 제270조 제1항·제4항, 제271조 제3항, 제272조 제1항·제2항, 제274조, 제275조, 제278조 제1항, 제282조, 제284조 제1항(항공법에 의하여 면허를 받은 정기항공운송사업에 직접 사용하기 위하여 2002년 12월 31일까지 취득하는 항공기에 한한다), 제287조, 제288조 제1항·제2항, 제289조 제4항 및 동법 시행령 제96조 제3호 및 제5호의 규정에 의한 감면.

● 구 법인세법

제3조 (과세소득의 범위)

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

● 구 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것)

제2조 (수익사업의 범위)

① 법인세법(이하 "법"이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다. 끝.

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【하급심-대구지방법원 2007. 4. 25. 선고 2006구합1359 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 원고에 대하여 한 2006. 3. 13.자 취득세 6,996,600원 및 농어촌특별세 572,000원의 부과처분 및 2006. 3. 10.자 등록세 10,494,900원 및 지방교육세 1,942,980원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증, 을 제1호증의 1, 2, 3, 을 제2호증, 을 제4호증의 1, 2, 을 제6호증, 을 제7호증의 1, 2, 3의 각 기재 및 을 제4호증의 4의 각 영상에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 예배, 전도, 신앙훈련 등을 목적으로 설립된 교회로서 대한예수교00회(고신) 산하의 00노회에 소속되어 있다.

나. 원고는 2004. 5. 19. 박00으로부터 자신의 교회건물 부근의 대구 중구 00동 11-4 대 360.8㎡(이하 ‘이 사건 대지’라 한다.)를 교회주차장으로 사용하기 위하여 금 2억 6,000만 원에 매수하고, 그 해 9. 20. 이 사건 대지에 관하여 위 매매를 원인으로 한 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 2004. 9. 20. "원고가 종교를 목적으로 하는 비영리사업자로서 그 사업에 사용하기 위해서 앞서 본 바와 같이 이 사건 대지를 매수·취득하고 이를 원인으로 한 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤다."는 이유로 용도구분에 의한 비과세 규정인 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘법’이라 한다.) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호 등에 기하여 피고에게 원고의 이 사건 대지의 취득 및 이 사건 대지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기에 관하여 취득세, 농어촌특별세 및 등록세, 지방교육세의 비과세신고를 하였다.

라. 그런데 피고는 "원고가 이 사건 대지를 그 사업에 사용하지 않고 수익사업인 유료주차장영업에 사용하였기 때문에 원고의 이 사건 대지의 취득 및 이 사건 대지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기가 비과세대상에 해당하지 않는다."는 이유로 법 제107조 단서, 제127조 제1항 단서의 각 규정에 기하여 원고에게 2006. 3. 10. 이 사건 대지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기에 관한 등록세 10,494,900원 및 지방교육세 1,942,980원을 부과하는 처분을 하였고, 그 달 13. 원고의 이 사건 대지의 취득에 관한 취득세 6,996,600원 및 농어촌특별세 572,000원을 부과하는 처분을 하였다(이하 2006. 3. 10.자 등록세 및 지방교육세 부과처분과 그 달 13.자 취득세 및 농어촌특별세 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다.).

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 이 사건 처분이 관련 법령의 규정에 의한 처분으로서 적법하다고 주장하고 있다.

이에 대하여 원고는, "원고가 종교를 목적으로 하는 비영리사업자로서 이 사건 대지를 매수·취득하여 원고 교회의 신도, 방문객 등을 위한 주차장으로 사용하고 있으므로, 이 사건 대지는 원고의 고유 사업에 사용되고 있다고 할 것인바, 그렇다면 원고의 이 사건 대지의 취득 및 이 사건 대지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기는 취득세, 농어촌특별세 및 등록세, 지방교육세의 비과세대상에 해당한다고 할 것임에도 불구하고, 원고에게 원고의 이 사건 대지의 취득 및 이 사건 대지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기에 관하여 취득세, 농어촌특별세 및 등록세, 지방교육세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다."고 주장하고 있다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제2, 3호증, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제5호증, 갑 제6호증의 1 내지 6, 갑 제7호증의 1 내지 16, 을 제1호증의 3, 을 제3호증의 1, 2, 을 제4호증의 2, 3, 을 제5호증, 을 제7호증의 1의 각 기재, 을 제4호증의 4의 각 영상 및 증인 문00의 증언에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이를 인정할 수 있다.

⑴ 원고는 2004. 5. 19. 신도, 방문객 등을 위한 교회주차장으로 사용하기 위해서 박영문으로부터 이 사건 대지를 금 2억 6,000만 원에 매수하고 그 해 9. 20. 이 사건 대지에 관하여 위 매매를 원인으로 한 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤다.

⑵ 원고는 2004. 9. 20. 전항에서 본 바와 같이 이 사건 대지를 취득하여 신도, 방문객 등을 위한 교회주차장(이하 ‘이 사건 주차장’이라 한다.)으로 사용하면서 처음에는 별도의 주차장 관리인을 두지 않았는데, 인근주민들이 함부로 주차를 하거나 쓰레기를 버리는 바람에 원고 교회의 신도, 방문객 등이 주차장을 사용하는 데에 큰 불편을 겪게 되었다.

⑶ 원고는 2004. 10. 3. 임시당회를 개최하여 이 사건 주차장의 관리에 관한 전항의 문제점을 해결하기 위해서 원고 교회의 집사 문00에게 이 사건 주차장을 무상으로 대여하여 그 관리를 맡기기로 결의하고, 그 달 6. 문00에게 이 사건 주차장을 무상으로 대여하여 이를 관리하게 하면서 문00과의 사이에 다음과 같은 약정을 하였다.

㈎ 문00은 이 사건 주차장에 관한 수도세, 오물세 등 각종 세금(단 재산세, 종합토지세는 제외), 공과금, 전기사용료 등 관리비용을 부담한다.

㈏ 문00은 원고 교회의 신도와 방문객 등이 새벽기도, 주일예배, 수요일예배, 철야기도회, 기타 교회행사 등으로 이 사건 주차장을 사용하는 데 지장을 주지 않는다.

㈐ 문00은 원고 교회의 신도, 방문객 등에게 주차편의를 제공한다.

㈑ 문00은 원고가 필요하여 이 사건 주차장의 반환을 요구하면 즉시 반환한다.

⑷ 문00은 전항의 약정에 따라 2004. 10. 6. 이 사건 주차장에 관하여 유료주차장영업을 위한 사업자등록을 마치고 그 달 11.경부터 원고 교회의 신도, 방문객 등의 주차장 사용에 지장을 주지 않는 범위 내에서 인근주민들을 상대로 한 유료주차장영업을 하면서 이 사건 주차장을 관리하였으나 그 대가로 차임은 지급하지 않았다.

⑸ 원고는 2005. 11. 8.경 피고의 세무담당공무원으로부터 이 사건 주차장을 유료주차장영업에 사용하면 취득세 등을 납부하여야 한다는 설명을 듣고 문00으로 하여금 유료주차장영업을 그만두게 하고 문00으로부터 이 사건 대지를 반환받은 후 2006. 8. 10.경 건축허가를 받아서 그 지상에 원고 교회의 교육관 등을 건축하였다.

라. 판단

전항의 인정사실에서 볼 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 이 사건 대지를 원고 교회의 신도, 방문객 등을 위한 주차장으로 사용하면서 원고 교회의 집사 문00에게 주차장 관리를 맡기면서 그 대가로 원고 교회의 신도, 방문객 등의 주차장 사용에 지장이 없는 범위 내에서 인근 주민들을 상대로 유료주차장영업을 하게 한 점, ② 문00은 이 사건 대지에서 유료주차장영업을 하면서 주차장을 관리한 것 이외에는 원고에게 차임 등의 대가를 전혀 지급하지 아니한 점, ③ 원고는 피고의 세무담당공무원으로부터 이 사건 대지를 유료주차장영업에 사용하면 취득세 등을 납부하여야 한다는 설명을 듣고 문00으로하여금 유료주차장영업을 그만두게 한 다음 문00으로부터 이 사건 대지를 반환받아서 그 지상에 원고 교회의 교육관 등을 건축한 점, ④ 원고가 신도, 방문객 등을 위한 주차장으로 사용하지 않았다면 문00에게 금 2억 6,000만 원에 취득한 이 사건 대지를 무상으로 대여하여 유료주차장영업을 하게 할 이유도 없고 또 교회의 회계처리상 그렇게 할 수도 없었을 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 대지는 우선적으로 원고 교회의 신도, 방문객 등을 위한 주차장으로 사용되었고, 다만 원고가 주차장 관리의 편의상 원고 교회의 집사 문00으로 하여금 주차장을 관리하면서 그 대가로 원고 교회의 신도, 방문객 등의 주차장 사용에 지장을 주지 않는 범위 내에서 인근 주민들을 상대로 한 유료주차장영업을 하게 하였을 뿐이다.

그렇다면 원고는 종교를 목적으로 하는 비영리사업자로서 이 사건 대지를 그 사업에 직접 사용하고 있다고 할 것이므로, 원고의 이 사건 대지의 취득 및 이 사건 대지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기는 법 제107조 본문 제1호, 제127조 제1항 본문 제1호에서 정한 취득세, 농어촌특별세 및 등록세, 지방교육세의 비과세대상에 해당한다고 할 것임에도 불구하고, 원고에게 원고의 이 사건 대지의 취득 및 이 사건 대지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기에 관하여 취득세, 농어촌특별세 및 등록세, 지방교육세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

따라서 이 사건 처분이 위법하다는 이유로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 모두 이유가 있으므로, 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【관계법령】

구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것)

제107조 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제112조 (세율)

① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다.

제127조 (용도구분에 의한 비과세)

① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

제131조 (부동산등기의 세율)

① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(2) 기타

부동산가액의 1,000분의 30

제260조의3 (과세표준과 세율)

① 지방교육세는 다음 각호의 1의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

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구분 과세표준 표준세율

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1 이 법의 규정에 의하여 납부하여야 할 등록세액 100분의 20

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구 지방세법 시행령(2005. 10. 7. 대통령령 제19082호로 개정되기 전의 것)

제78조의2 (수익사업의 범위)

① 법 제107조 본문 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라 함은 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다.

제79조 (비영리사업자의 범위)

① 법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

구 농어촌특별세법(2005. 1. 5. 법률 제7330호로 개정되기 전의 것)

제4조 (비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 것

제5조 (과세표준과 세율)

① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

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호별 과세표준 세율

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1 지방세에 의하여 납부하여야 할 취득세액 100분의 10

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구 농어촌특별세법 시행령(2004. 12. 31. 대통령령 제18629호로 개정되기 전의 것)

제4조 (비과세)

⑥ 법 제4조제12호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다.

5. 「지방세법」제106조 제2항, 제107조 제1호·제2호 및 제5호, 제109조, 제126조 제2항, 제127조 제1항 제1호 내지 제3호, 제127조의2 제2항, 제266조 제2항(농어촌정비법에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 농업생산기반정비계획에 따라 취득·소유하는 농업지반시설용 토지와 그 시설물에 한한다), 제269조 제5항, 제270조 제1항·제4항, 제271조 제3항, 제272조 제1항·제2항, 제274조, 제275조, 제278조 제1항, 제282조, 제284조 제1항(항공법에 의하여 면허를 받은 정기항공운송사업에 직접 사용하기 위하여 2002년 12월 31일까지 취득하는 항공기에 한한다), 제287조, 제288조 제1항·제2항, 제289조 제4항 및 동법 시행령 제96조 제3호 및 제5호의 규정에 의한 감면.

구 법인세법

제3조 (과세소득의 범위)

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

구 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것)

제2조 (수익사업의 범위)

① 법인세법(이하 "법"이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다. - 끝 -