원심판결을 이 사건 기록에 비추어 살펴보았으나, 상고이유에 관한 주장이 상고심절차에 관한 특례법 제4조에 해당하여 이유가 없다고 인정된다.

그러므로 위 법 제5조에 의해 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2007. 6. 28. 선고 2007누1721 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

【이유】

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 이유란 제3의 다.항 다음(제1심 판결 제7면 밑에서 3째줄)에 아래 라.항의 "기타 원고의 주장 및 판단"을 추가하는 이외에는 제1심 판결문의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

"라. 기타 원고의 주장 및 판단

(1) 원고의 추가적 주장

원고는 이 사건 부동산을 2002. 6. 26. 구입함과 동시에 피고에게 매입절차를 통지하였으며, 피고가 현지 조사 결과 원고에게 등록세, 취득세 면제신청서의 제출 등을 지시하여 원고는 그에 따른 것일 뿐이므로 피고의 원고에 대한 이 사건 과세는 위법하고, 설령 원고가 스스로 이 사건 과세에 대한 면제신청서를 제출하였다 하더라도 피고가 이를 수리하지 아니하였더라면 위 각 과세의 면제는 불가능하였을 것이므로 원고에게 책임이 없다(이는 가산세 부분을 다투는 것으로 보인다).

또한 원고는 이 사건 부동산의 임대료 수익 전액을 장학기금으로 사용하고자 민법 제45조 및 공익법인의 설립 운영에 관한 법률 시행령 제10조의 규정에 의하여 2004. 3. 22. 서울시 교육감의 허가를 얻어 원고 정관 제4조(사업)에 부동산 임대사업을 추가하였고, 한편, 「지방세법」제107조, 제127조가 ‘제사·종교·학술 기타 공익사업’을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 경우에는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있으므로, 원고에 대한 이 사건 과세는 부당하다.

그 밖에 이 사건 부과처분의 추징 기산일을 피고가 현지 확인한 2005. 5. 19.로 하지 아니하고 2003. 7. 10.로 삼은 것은 잘못되었고,

따라서 그에 해당하는 가산세 부분은 위법하다.

(2) 판단

취득세 및 등록세는 신고납부방식에 의한 조세로서 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되는 것이고, 지방세법 제292조 및 같은 법 시행령 제231조에 취득세 등의 감면을 받고자 하는 자는 감면대상 부동산을 취득한 날로부터 30일 이내에 관할 시장 등에 감면신청을 하도록 되어 있으며, 지방법세 제288조 제2항 등의 규정에 의하면 감면신청이 있는 경우 피고로서는 이를 수리하여 감면결정을 하되, 다만 그 취득일로부터 1년 내에 정당한 사유 없이 그 고유 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 등에는 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세 등을 추징하도록 되어 있는 바, 비록 피고 측이 감면신청을 지시하거나 감면신청의 수리를 거부하지 않았다고 하더라도 그 후에 과세요건의 성립에 따라 피고가 한 이 사건 과세처분이 위법하게 되는 것은 아니고 취득세 등의 자신 신고납부를 하지 아니한 것에 대하여 원고 측에게 정당한 사유가 있었다고 보기도 어렵다.

그리고 원고가 이 사건 과세처분 이후인 2004. 3. 22. 원고 정관을 위와 같은 사유로 수정한 것만으로는 이 사건 처분의 근거가 된 구 지방세법 제288조 제2항 소정의 장학단체의 감면규정이 소급적으로 적용될 수 없고(또한 원고 법인의 사업에 임대사업을 추가하였다고 하더라도 그것이 법인의 고유사업이 되지도 아니한다), 원고 법인은 「지방세법」제107조, 제127조(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 및 같은 법 시행령 제79조 제1항 각호(2005. 10. 7. 대통령령 제19082호로 개정되기 전의 것)에서 규정하고 있는 비영리사업자에 해당하지 아니하므로 위 조항에 의한 비과세가 적용될 수 없다.

그 밖에 「지방세법」제120조 제3항, 제150조의2 제3항 등의 규정에 의하면 취득세 등을 면제 또는 감경 받은 후 당해 과세물건이 취득세 등의 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 그 사유발생일로부터 30일 이내 당해 과세표준액에 일정한 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고하고 납부하여야 한다고 규정되어 있으며, 원고가 이 사건 부동산을 2002. 7. 10. 취득(매매잔대금을 지급받은 날)한 이후 그 고유목적에 직접 사용할 수 있는 유예기간인 1년이 경과하도록 법인의 고유 목적 용도로 사용하지 아니하고 임대용 부동산으로 사용한 사실은 위에서 인정한 바와 같으므로, 피고가 이 사건 부동산에 관한 추징사유 발생일을 현지조사 확인일인 2005. 5. 19. 로 보지 아니하고, 위 부동산 취득일(매매잔대금의 수령일)로부터 1년이 지난 2003. 7. 10.로 본 것은 정당하다고 할 것이다.

결국 원고의 추가적 주장도 모두 받아들일 수 없다."

그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-인천지방법원 2006. 12. 14. 선고 2006구합1627 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2002. 4. 22. 장학사업 등을 목적으로 하여 공익법인의설립·운영에관한법률 제4조에 의하여 설립된 재단법인으로서, 2002. 6. 26. 이00으로부터 부천시 원미구 00동 253-2 525.6㎡ 및 그 지상건축물 666.84㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 매수하기로 하는 매매계약을 체결하였다.

나. 원고는 2002. 7. 10. 이 사건 부동산의 매매대금 잔금을 지급한 후, 2002. 8. 9. 피고에게 이 사건 부동산의 취득과 관련하여 구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제288조 제2항에 따라 취득세, 등록세의 감면신청을 하였다.

다. 이에 피고는 위 신청을 받아들여 원고에 대하여 취득세 28,200,000원, 등록세 42,300,000원을 면제하였다.

라. 그 후 피고는, 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 1년 이내에 법인의 고유업무(장학사업)에 직접 사용하지 아니하고 임대용으로 사용하고 있음을 밝혀내고, 2005. 6. 14. 원고에게 취득세 33,840,000원(가산세 포함), 농어촌특별세 3,102,000원, 등록세 50,760,000원(가산세 포함), 지방교육세 9,306,000원을 추징하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑3, 4, 6호증, 을1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 대한 판단

가. 피고의 주장

원고가 이 사건 처분에 불복하고자 하는 경우 이 사건 처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 이의신청을 했어야 하는데, 원고는 2005. 8. 18. 이의신청을 하였으나 불복사유가 불분명하여 이에 대한 보정요구를 하였으나 필요한 보정을 하지 않았으므로 적법한 이의신청이 있었다고 볼 수 없고, 그 후 2006. 3. 8. 다시 이의신청을 한 후 이 사건 소를 제기하였으나 이 사건 처분이 있음을 안 날로부터 90일이 도과하여 제기한 것으로서 부적법하다.

나. 관련법령

○ 「지방세법」제73조 (이의신청)

① 이의신청을 하고자 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 불복의 사유를 구비하여 도세{도세 중 공동시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세 중 도시계획세·공동시설세 및 구세(군세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 제외한다}에 있어서는 도지사에게, 시·군세{도세 중 공동시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세 중 도시계획세·공동시설세 및 구세(군세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 포함한다}에 있어서는 시장·군수에게 이의신청을 하여야 한다.

제76조 (보정요구)

① 제73조·제74조 및 제75조 제1항의 규정에 의하여 이의신청 또는 심사청구가 있는 경우에 그 신청 또는 청구의 서식 또는 절차에 결함이 있는 경우와 불복사유를 입증할 증빙의 미비로 심의할 수 없다고 인정될 경우에는 20일간의 보정기간을 정하여 문서로써 그 결함의 보정을 요구할 수 있다. 다만, 보정할 사항이 경미한 경우에는 직권으로 이를 보정할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의한 보정기간은 제77조에 규정하는 결정기간에 이를 산입하지 아니한다.

제77조 (결정 등)

① 제73조 및 제74조의 규정에 의한 이의신청 또는 심사청구를 받은 지방자치단체의 장 또는 행정자치부장관은 그 신청·청구를 받은 날부터 90일 이내에 지방세심의위원회의 의결에 따라 다음 각 호의 1에 해당하는 결정을 하고 신청인 또는 청구인에게 이유를 함께 기재한 결정서를 송달하여야 한다.

1. 신청·청구기간이 경과하였거나 보정기간 내에 필요한 보정을 하지 아니한 때는 그 신청·청구를 각하하는 결정

2. 이의신청 또는 심사청구가 이유없다고 인정되는 때에는 그 신청·청구를 기각하는 결정

3. 이의신청 또는 심사청구가 이유있다고 인정되는 때에는 신청·청구의 목적이 된 처분의 취소·경정 또는 필요한 처분의 결정

■ 행정소송법

제18조 (행정심판과의 관계)

① 취소소송은 법령의 규정에 의하여 당해 처분에 대한 행정심판을 제기할 수 있는 경우에도 이를 거치지 아니하고 제기할 수 있다. 다만, 다른 법률에 당해 처분에 대한 행정심판의 재결을 거치지 아니하면 취소소송을 제기할 수 없다는 규정이 있는 때에는 그러하지 아니하다.

② 제1항 단서의 경우에도 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 있는 때에는 행정심판의 재결을 거치지 아니하고 취소소송을 제기할 수 있다.

1. 행정심판청구가 있은 날로부터 60일이 지나도 재결이 없는 때

2. 처분의 집행 또는 절차의 속행으로 생길 중대한 손해를 예방하여야 할 긴급한 필요가 있는 때

3. 법령의 규정에 의한 행정심판기관이 의결 또는 재결을 하지 못할 사유가 있는 때

4. 그 밖의 정당한 사유가 있는 때

제20조 (제소기간)

① 취소소송은 처분 등이 있음을 안 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 다만, 제18조 제1항 단서에 규정한 경우와 그밖에 행정심판청구를 할 수 있는 경우 또는 행정청이 행정심판청구를 할 수 있다고 잘못 알린 경우에 행정심판청구가 있은 때의 기간은 재결서의 정본을 송달받은 날부터 기산한다.

다. 판단

갑1호증, 갑10호증의 5, 8, 을5, 6, 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2005. 8. 18. 피고에게 이 사건 처분에 대해 이의신청을 한 사실, 피고는 2005. 8. 30. 원고에게 불복사유가 불분명하므로 2005. 9. 15.까지 이를 보완하라는 내용으로 회신한 사실, 그러나 원고는 보정기간 내에 이를 보정하지 않았고, 피고 또한 이에 대한 아무런 결정을 하지 않은 사실, 그 후 원고는 2006. 3. 8. 피고에게 다시 이 사건 처분에 대해 이의신청을 한 사실이 인정되고, 한편 원고가 2006. 4. 21. 이 사건 소를 제기한

사실은 기록상 명백하다.

살피건대, 지방세에 대해 불복이 있는 경우 처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 이의신청을 할 수 있고(「지방세법」제73조), 이의신청에 대한 결정을 송달받은 받은 날로부터 90일 이내에 행정소송을 제기할 수 있는바(행정소송법 제20조 제1항 단서), 원고가 이의사유를 불분명하게 하여 이의신청을 하였고, 이에 대해 피고가 보정을 요구하였으나 아무런 조치를 취하지 않은 경우 피고로서는 「지방세법」제77조에 따라 이의신청에 대해 각하결정 등 필요한 결정을 하였어야 함에도 아무런 결정을 하지 않았으므로, 이 사건 처분에 대한 제소기간도 진행되지 않는다 할 것이다. 따라서 피고의 주장은 이유 없다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 줄곧 임대용으로 사용하고 있는 사실은 인정하나 그 임대수익 중 2/3는 학술지원비로, 1/3은

장학금으로 사용하는 등 고유업무에 사용한 것이므로 이 사건 부동산을 고유업무에 사용하지 않았다는 이유로 면제된 취득세와 등록세를 추징한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련법령

○ 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다)

제288조 (사회단체 등에 대한 감면)

① 다음 각 호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·종합토지세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

② 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·종합토지세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

제292조 (감면신청)

이 장의 규정에 의하여 지방세의 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 지방세감면신청을 하여야 한다. 다만, 시장·군수가 감면대상임을 알 수 있을 때에는 직권으로 감면할 수 있다.

■ 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 것, 이하 ‘개정된 지방세법’이라 한다)

제288조 (사회단체 등에 대한 감면)

① 다음 각 호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산을 제외한다. 이하 이 조 제1항 내지 제4항에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

② 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

⑤ 공익법인의설립·운영에관한법률에 의하여 설립된 장학법인이 장학금을 지급할 목적으로 취득하는 임대용 부동산(당해 부동산의 임대수익금중 100분의 70 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 경우에 한한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세의 100분의 50을 경감하고, 과세기준일 현재 임대용으로 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세의 100분의 50을 경감한다. <신설 2005.1.5>

부칙

제1조 (시행일)

이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제150조의3 및 제196조의5 제1항 제1호의 개정규정은 2005년 7월 1일부터 시행한다.

다. 판단

구 지방세법 제288조 제2항은 장학단체 등이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있으나, 한편 같은 법 제288조 제1항에 의하면 위 부동산에는 임대용 부동산을 제외한다고 규정하고 있으므로, 장학단체 등이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라고 하더라도 임대용 부동산일 경우에는 취득세와 등록세를 면제하는 부동산에서 제외된다고 할 것이어서, 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 임대용으로 사용한 이상 설령 그 임대료 수입으로 목적 사업을 수행하였다고 하더라도 취득세 등 면제요건에 해당하지 아니한다고 할 것이다{한편, 개정된 지방세법 제288조는 구 지방세법 제2항은 그대로 유지한 채, 제5항으로 ‘공익법인의설립·운영에관한법률에 의하여 설립된 장학법인이 장학금을 지급할 목적으로 취득하는 임대용 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세의 100분의 50을 경감하고, 과세기준일 현재 임대용으로 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세의 100분의 50을 경감한다’는 규정이 신설되었으나(2005. 1. 5.부터 시행), 원고는 개정된 지방세법이 시행되기 전에 ‘이 사건 부동산을 취득하여 1년이 경과한 후에도 임대용으로 사용’하였으므로 위 규정이 적용되지 않는다}.

4. 결 론

그렇다면, 이 사건 처분은 적법하다 할 것인바, 이를 다투는 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.