과세요건의 성립에 따라 과세처분이 위법하게 되는 것은 아니고 취득세 등의 자신 신고납부를 하지 아니한 것에 대하여 정당한 사유가 있었다고 보기도 어렵고, 부동산에 관한 추징사유 발생일을 현지조사 확인일로 보지 아니하고, 부동산 취득일로부터 1년이 지난 날로 본 것은 정당하다.
이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 이유란 제3의 다.항 다음(제1심 판결 제7면 밑에서 3째줄)에 아래 라.항의 “기타 원고의 주장 및 판단”을 추가하는 이외에는 제1심 판결문의 기재와 같으므로,
행정소송법 제8조 제2항,
민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
“라. 기타 원고의 주장 및 판단
(1) 원고의 추가적 주장
원고는 이 사건 부동산을 2002. 6. 26. 구입함과 동시에 피고에게 매입절차를 통지하였으며, 피고가 현지 조사 결과 원고에게 등록세, 취득세 면제신청서의 제출 등을 지시하여 원고는 그에 따른 것일 뿐이므로 피고의 원고에 대한 이 사건 과세는 위법하고, 설령 원고가 스스로 이 사건 과세에 대한 면제신청서를 제출하였다 하더라도 피고가 이를 수리하지 아니하였더라면 위 각 과세의 면제는 불가능하였을 것이므로 원고에게 책임이 없다(이는 가산세 부분을 다투는 것으로 보인다).
또한 원고는 이 사건 부동산의 임대료 수익 전액을 장학기금으로 사용하고자
민법 제45조 및
공익법인의 설립 운영에 관한 법률 시행령 제10조의 규정에 의하여 2004. 3. 22. 서울시 교육감의 허가를 얻어 원고 정관 제4조(사업)에 부동산 임대사업을 추가하였고, 한편,
지방세법 제107조,
제127조가 ‘제사종교학술 기타 공익사업’을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 경우에는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있으므로, 원고에 대한 이 사건 과세는 부당하다.
그 밖에 이 사건 부과처분의 추징 기산일을 피고가 현지 확인한 2005. 5. 19.로 하지 아니하고 2003. 7. 10.로 삼은 것은 잘못되었고, 따라서 그에 해당하는 가산세 부분은 위법하다.
(2) 판단
취득세 및 등록세는 신고납부방식에 의한 조세로서 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되는 것이고,
지방세법 제292조 및
같은 법 시행령 제231조에 취득세 등의 감면을 받고자 하는 자는 감면대상 부동산을 취득한 날로부터 30일 이내에 관할 시장 등에 감면신청을 하도록 되어 있으며,
지방법세 제288조 제2항 등의 규정에 의하면 감면신청이 있는 경우 피고로서는 이를 수리하여 감면결정을 하되, 다만 그 취득일로부터 1년 내에 정당한 사유 없이 그 고유 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 등에는 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세 등을 추징하도록 되어 있는 바, 비록 피고 측이 감면신청을 지시하거나 감면신청의 수리를 거부하지 않았다고 하더라도 그 후에 과세요건의 성립에 따라 피고가 한 이 사건 과세처분이 위법하게 되는 것은 아니고 취득세 등의 자신 신고납부를 하지 아니한 것에 대하여 원고 측에게 정당한 사유가 있었다고 보기도 어렵다.
그리고 원고가 이 사건 과세처분 이후인 2004. 3. 22. 원고 정관을 위와 같은 사유로 수정한 것만으로는 이 사건 처분의 근거가 된
구 지방세법 제288조 제2항 소정의 장학단체의 감면규정이 소급적으로 적용될 수 없고(또한 원고 법인의 사업에 임대사업을 추가하였다고 하더라도 그것이 법인의 고유사업이 되지도 아니한다), 원고 법인은
지방세법 제107조,
제127조(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 및
같은 법 시행령 제79조 제1항 각호(2005. 10. 7. 대통령령 제19082호로 개정되기 전의 것)에서 규정하고 있는 비영리사업자에 해당하지 아니하므로 위 조항에 의한 비과세가 적용될 수 없다.
그 밖에
지방세법 제120조 제3항,
제150조의2 제3항 등의 규정에 의하면 취득세 등을 면제 또는 감경 받은 후 당해 과세물건이 취득세 등의 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 그 사유발생일로부터 30일 이내 당해 과세표준액에 일정한 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고하고 납부하여야 한다고 규정되어 있으며, 원고가 이 사건 부동산을 2002. 7. 10. 취득(매매잔대금을 지급받은 날)한 이후 그 고유목적에 직접 사용할 수 있는 유예기간인 1년이 경과하도록 법인의 고유 목적 용도로 사용하지 아니하고 임대용 부동산으로 사용한 사실은 위에서 인정한 바와 같으므로, 피고가 이 사건 부동산에 관한 추징사유 발생일을 현지조사 확인일인 2005. 5. 19. 로 보지 아니하고, 위 부동산 취득일(매매잔대금의 수령일)로부터 1년이 지난 2003. 7. 10.로 본 것은 정당하다고 할 것이다.
결국 원고의 추가적 주장도 모두 받아들일 수 없다.“
그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.