연수 및 후생을 위하여 사용되었다는 건물중 역사관이 직원들의 연수나 복지후생시설로 설치되었다기 보다는 회사규모에 비하여 비교적 넓은 사무실 면적을 확보하여 일부 공간을 일시적으로 활용하기 위하여 설치한 것으로 보일 뿐이므로, 체력단련실을 제외한 대강의실, 기공실, 역사관이 계속적으로 직원들의 연수 또는 후생복지를 위한 시설이라고 보기는 어려우므로, 체력단련실에 관하여서만 중과세 부과처분 부당하다.

1. 제1심 판결의 인용

이 사건에 관하여 이 법원이 설시할 이유 중 ‘1. 처분의 경위’와 ‘2. 이 사건 처분의 적법 여부’ 중 ‘가. 원고의 주장’, ‘나. 관계 법령’, ‘다. 인정사실’, ‘라. 판단 중 (1), (2) 부분’은 제1심 판결 이유의 해당기재와 같으므로 행정소송법 제8조, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 고쳐쓰는 부분

(3) 원고의 셋째 주장에 대한 판단

(가)

지방세법 시행령 제84조의2 제3항은

법 제112조 제3항에서 ‘대통령령이 정하는 법인의 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산’이라 함은 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사·합숙소·사택·연수시설·체육시설 등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고를 제외한다)을 말한다고 규정하고 있는바, 위 규정에서의 복지후생시설은 법인의 본점 사업용으로 취득하더라도 예외적으로 중과세대상이 되지 아니하는 시설이므로, 이러한 시설은 그 시설이 통상의 업무와는 무관하게 계속적으로 직원들의 연수 또는 체력단련 등 후생복지시설임이 명백하여야 하고, 이러한 시설이 복지시설이라는 입증책임은 원고에게 있다고 할 것이다.

(나) 그러므로 살피건대, 원고가 제출한 현황보고서에 이 사건 건물 중 11층 764.90㎡가 대강의실, 13층 683.10㎡가 기공실, 14층 233.10㎡가 체력단련실, 16층 468.81㎡가 역사관으로 각 기재되어 있는 사실은 앞서 본 바와 같고, 제1심 법원의 현장검증결과에 변론의 전취지를 종합하면, 체력단련실의 경우 런닝머신 등 운동을 위한 시설이 설치되어 있는 사실은 인정된다.

그런데, 제1심 증인 문현기의 증언, 제1심 법원의 현장검증결과에 변론의 전취지를 종합하여 보면, ① 대강의실의 경우, 직원들을 대상으로 신제품, A/S, 마케팅 등에 관한 교육연수시설로 일시 사용된 듯하기는 하지만, 한편 주고객인 치과의사, 기공사, 치위생사를 대상으로 치료방법, 치과기재, 의약품, 의료용구 사용방법을 교육하기 위하여 사용되어온 사실이 인정되는바, 이러한 사실에 비추어 보면 대강의실이 주로 원고의 영업을 위한 장소로 사용되었으므로 직원들만을 위한 연수시설이라로 단정할 수 없고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으며, ② 기공실의 경우, 이 시설이 직원들의 연수만을 위하여 설치되어 직원들이 연수를 받아왔다고 인정할 증거가 없을 뿐 아니라, 이 사건 건물의 12층(신규개원실)에서 직원들에게 원고가 수입하는 각종 의료기기의 사용법을 교육하면서도 치과의사들을 대상으로 계약체결 장소로 사용하고 있는 점에 비추어 기공실 역시 직원들외에 기공사 등을 상대로 의료기기 사용법을 소개하는 등의 장소로 사용하여 왔다고 보이고, ③ 역사관의 경우에도 16층 일부에 치료기자재, 관련서적을 전시하여 둔 것뿐으로, 구체적으로 어떠한 방식으로 직원들의 연수나 후생을 위하여 사용되는지를 인정할 자료가 없으므로(오히려 위 각 증거들에 의하면, 원고는 이 사건 건물 중 6층과 9층을 주사무실로 신고하였으나, 이 사건 과세처분 직후인 2001. 3.경 이미 그 일부에 대하여 임대를 내어 준 사실이 인정되는바, 이러한 사실에 비추어 보면, 역사관이 원고 직원들의 연수나 복지후생시설로 설치되었다기 보다는 원고 회사규모에 비하여 비교적 넓은 사무실 면적을 확보한 원고가 그 일부 공간을 일시적으로 활용하기 위하여 설치한 것으로 보일 뿐이다), 체력단련실을 제외한 대강의실, 기공실, 역사관이 계속적으로 직원들의 연수 또는 후생복지를 위한 시설이라고 보기는 어려워 원고의 이 부분 주장은 체력단련실에 관하여서만 이유 있다.

(4) 정당한 세액

결국 이 사건 건물 중 취득세 등의 중과세대상은 원고가 그 본점의 사무소로 사용한 부분의 면적인 6,847.47(=7,080.57 - 233.10)㎡이고, 이 사건 토지 및 건물의 취득가액은 19,509,443,225원이므로, 원고가 본점의 사무소로 사용한 부분의 가액은 11,733,9

40,614{=19,509,443,225 × (6,847.47/ 11,384.95), 원 미만 버림}원이 된다.

따라서 원고가 본점의 사무소로 사용한 부분인 6,847.47㎡에 대하여 추가로 중과세할 취득세 등의 정당한 세액은 아래에서 보는 바와 같이 취득세는 563,229,140원, 농어촌특별세는 51,629,330원이 된다 할 것이고, 따라서 이 사건 처분 중 위 정당한 세액을 각 초과하는 부분은 위법하다.

(가) 취득세

① 중과세분 : 11,733,940,614원 × (20/1,000 × 300/100) = 704,036,430원(국고금 관리법 제47조에 따라 10원 미만 버림. 이하 같다)

② 기납부세액: 11,733,940,614원 × 20/1,000 = 234,678,810원

(원고는 이 사건 토지 및 건물 전체에 대하여 중과세 대상이 아닌 것을 전제로 취득세 1,106,600,860원을 신고납부하였으므로, 그 중 이 사건 중과세 대상이 되는 본점 사무소 6,847.47㎡에 해당하는 234,678,810원은 원고가 납부하여야 중과세분 중 일부를 기납부한 셈이 된다.)

③ 추가처분할 세액

㉠ 본세 : 704,036,430원 - 234,678,810원 = 469,357,620원

㉡ 가산세 : 469,357,620원 × 20/100 = 93,871,520원

㉢ 합계 : 469,357,620원 + 93,871,520원 = 563,229,140원

(나) 농어촌특별세

① 본세 : 469,357,620원 × 10/100 = 46,935,760원

② 가산세 : 46,935,760원 × 10/100 = 4,693,570원

③ 합계 : 46,935,760원 + 4,693,570원 = 51,629,330원

3. 결 론

그렇다면 이 사건 처분 중 정당한 세액인 취득세 563,229,140원, 농어촌특별세 51,62

9,330원을 초과하는 부분은 위법하므로 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리 하여 부당하므로 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.