건물에 관하여 대학교 앞으로 건축허가 및 사용승인을 받고 소유권보존등기를 마쳤다는 사정만으로는 대학교가 건물을 원시취득하였다고 볼 수 없고, 본점 또는 주사무소용 건물을 신축하여 이전하는 경우에는 새로이 인구를 유입하거나 경제력 집중을 유발할 수 있다고 하여야 할 것이므로 취득세 중과세대상에 해당하여 부과처분은 정당하고, 다만 건물의 취득일에 당시 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설로 사용되었다고 할 수 있으므로 이 부분에 대한 중과세 부과처분은 부당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2000. 2. 22. 학교법인

연세대학교(이하 ‘

연세대학교’라 한다)와 사이에, 서울 중구

중림동 10-3 대 1,005㎡와 그 지상 지하 7층, 지상 17층의 업무시설 및 근린생활시설 연면적 11,384.95㎡(이하 ‘이 사건 토지 및 건물’이라 한다)에 관하여 대금을 183억원으로 하여 매매예약을 체결하였다가 2001. 7. 21. 대금을 187억원으로 하여 매매계약을 체결하였고, 2001. 7. 25. 피고에게

구 지방세법(2001. 12. 29. 법률 제6549호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘법’이라 한다) 제112조 제1항의 표준세율(20/1,000)을 적용하여 이 사건 토지 및 건물의 취득(취득가액 19,509,443,225원)에 따른 취득세 등 1,106,600,860원을 신고납부하였다.

나. 원고는 치과 기재 무역업 등을 목적으로 하고 있고, 2001. 7. 18. 본점 소재지를 서울 서초구

방배동 782-21에서 이 사건 토지의 지번으로 변경하였다.

다. 피고는 원고가

수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역 안에서 이 사건 건물을 신축하여 그 중 7,080.57㎡를 원고의 본점 사무소로 사용하고 있다고 보아, 2004. 1. 10. 이 사건 건물 중 7,080.57㎡에 대하여 법 제112조 제3항의 중과세율(20/1,000 × 300/100)을 적용하여 취득세 및 농어촌특별세를 산출한 다음, 그 세액에서 원고가 표준세율로 계산하여 납부한 금액을 공제한 취득세 582,402,460원, 농어촌특별세 53,386,890원을 각 증액경정고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3호증의 각 1, 2의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 첫째,

연세대학교는 이 사건 매매예약이 체결된 이후에도 이 사건 건물의 실제 건축주로서

대우건설에게 공사대금을 직접 지급하고, 이 사건 건물의 사용승인에 따른 모든 인허가절차, 소유권보존등기 등을

연세대학교 명의로 마쳤을 뿐만 아니라, 이 사건 건물은 이 사건 매매예약 당시 골조공사를 완료하고 전체 공사대금의 약 46%인 66억 660만원의 기성이 이루어지는 등 지붕, 기둥과 주벽이 모두 이루어져 사회통념상 독립한 건물로 인정되는 상태이었다.

따라서 이 사건 건물의 원시취득자는

연세대학교이고, 원고는

연세대학교로부터 이 사건 건물을 매수하여 승계취득한 것이므로, 원고가 이 사건 건물을 원시취득하였음을 전제로 중과세한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 둘째, 원고가 서울 서초구

방배동 782-21 소재 건물을 취득하여 본점 사무실로 사용하여 오다가 이 사건 건물로 사무실을 이전한 것인바, 이 사건 토지 및 건물의 취득은 동일한 과밀억제권역 안에서 본점을 이전한 것에 불과하여 인구유입과 산업집중을 유발하지 아니하였으므로 취득세 중과세대상에서 제외되어야 한다.

(3) 셋째, 설령 이 사건 부동산에 대하여 취득세 중과를 할 수 있다 하더라도, 원고가 제3자에게 임대한 이 사건 건물 중 6층 337.76㎡, 9층 590.54㎡를 제3자에게 임대하고, 11층 764.90㎡를 교육연수시설인 대강의실로, 12층 764.90㎡를 복지후생시설인 휴게실로, 13층 683.10㎡를 교육연수시설인 기공실로, 14층 233.10㎡를 복지후생시설인 체육실로, 16층 468.76㎡를 역사관으로 각 사용하였을 뿐 원고의 본점 사무소나 그 부속시설로 사용하지 아니하였으므로, 위 각 부분 합계 3,843.06㎡에 대한 취득세 중과는 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1)

연세대학교는 1994. 8. 4. 피고로부터 이 사건 건물의 건축허가를 받고, 1995. 11. 1. 주식회사

대우건설(2000. 12. 27. 주식회사

대우에서 분할. 이하 ‘

대우건설’이라 한다)과 사이에 공사대금을 143억원으로 하여 이 사건 건물의 신축을 위한 도급계약을 체결하였으나, 1998. 4.경까지 공사대금 중 503,150,000원만을 지급하고 나머지 공사대금을 지급하지 못하여 위 공사가 중단되었다.

(2) 원고는 2000. 2. 22.

연세대학교와 사이에 이 사건 토지 및 건물에 관하여 대금을 183억원(토지 44억원, 건물 139억원)으로 하되, 특약사항으로 ‘중단된 공사의 공사착공예정일은 2000. 4.로 하고, 준공일은 착공 후 1년으로 하며, 공사재개시 원고의 판단과 책임 아래 공사를 수행(설계변경 및 에스컬레이션 포함)하고, 그로 인한 증액분은 원고가 시공사와 합의하여 부담하며,

연세대학교가 이를 조정하고, 그 외 부대비용(감리비 등 실질건축주로서 부담하여야 할 비용)도 원고가 부담하여야 한다’는 내용으로 매매예약을 체결하였다.

(3) 원고는 2000. 2. 22.

연세대학교에게 위 매매예약에 따른 계약금 20억원을 지급하는 등 공사와 관련된 비용 17,421,290,958원(공사대금 17,036,363,626원 + 감리비 155,000,000원 + 조형물비 140,000,000원 + 기타 89,927,332원, 추가공사비 등 제외)을 지급하였고,

연세대학교는 2000. 2. 23.

대우건설에게 이 사건 건물의 공사대금으로 1,818,181,818원을 지급하는 등 이 사건 건물의 공사대금으로 13,522,863,108원을 지급하였으며,

대우건설은

연세대학교로부터 위 공사대금 1,818,181,818원을 지급받게 되자 이 사건 공사를 재개하였고, 당시 이 사건 건물은 기둥과 천장공사가 완료되었으나 건물 외벽은 공사가 이루어지지 않은 상태이었다.

(4) 원고는 2001. 2. 1.

대우건설과 사이에 공사대금 5억 5천만원(그 후 8억 9,100만원으로 증액되었다), 공사기간 2001. 2. 1.부터 2001. 2. 28.까지로 정하여 추가공사도급계약을 체결하고,

대우건설에게 추가공사대금으로 2001. 3. 7. 5억원을, 2001. 5. 2. 3억 1천만원을 직접 지급하였다.

(5)

연세대학교는 2001. 3. 2. 피고로부터 이 사건 건물에 대한 사용승인서를 교부받고, 2001. 3. 28. 피고에게 이 사건 건물의 신축에 따른 취득세 297,502,980원, 등록세 129,819,480원을 납부하였으며, 2001. 3. 29. 이 사건 건물에 관한 소유권보존등기를 마쳤고, 2001. 7. 9. 교육인적자원부로부터 학교수익용기본재산인 이 사건 토지 및 건물의 처분허가를 받았다.

(6) 원고는 2001. 7. 21.

연세대학교와 사이에 이 사건 토지 및 건물에 관하여 대금을 187억원(토지 44억원 + 건물 143억원)으로 정하여 위 매매예약에 따른 매매계약을 체결하고,

연세대학교에게 잔금 21억원을 지급하였다.

(7) 한편, 원고는 2001. 3.경부터 본점을 이 사건 건물로 이전하여 사용하였고, 2001. 7. 24. 피고에게 당시 이 사건 건물의 사용현황명세서를 제출하였는데, 위 명세서에는 이 사건 건물 중 지하 1층, 지상 1층 내지 5층은 임대예정이고, 나머지 6층 내지 16층 면적 합계 7,530.57㎡는 직접 사용{① 6층 726.05㎡ : 정보기술팀, 출판홍보, ② 9층 764.90㎡ : 회의실, ③ 11층 764.90㎡ : 대강의실, ④ 12층 764.90㎡ : 신규개원의실, ⑤ 13층 683.10㎡ : 기공실(치과기공을 위한 각종 기자재들을 비치하여 놓고 관련 직원들을 대상으로 그 사용법 등을 교육하고 기공사들을 대상으로 신제품을 교육하는 시설), ⑥ 14층 233.10㎡ : 체력단련실, 450㎡ : 연구소, ⑦ 16층 468.81㎡ : 역사관(국내 치과진료의 변천사를 알 수 있도록 각종 치료기자재, 공구, 의약품 등을 전시한 시설)}하는 것으로 기재되어 있다.

(8) 피고는 위 명세서상 원고가 직접 사용하고 있는 부분으로 기재된 7,530.57㎡ 중 연구소 450㎡를 제외한 7,080.57㎡를 원고의 본점 사무소로 사용한 것으로 보아 제1항 기재와 같이 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 갑 제4, 5, 6호증의 각 1, 2, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 1 내지 4의 각 기재, 증인 문현기의 일부 증언, 이 법원의 현장검증결과 및 주식회사

대우건설에 대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지

[부족증거] 갑 제9호증, 갑 제10호증의 1, 2, 3, 갑 제11호증의 1, 2의 각 기재 및 영상

라. 판단

(1) 원고의 첫째 주장에 대한 판단

(가) 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용수익처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것이고, 한편 건물의 신축은 사실행위(事實行爲)로서 원칙적으로 당사자의 의사가 개입할 여지가 없는 것이므로, 자기의 노력과 비용을 들여 건물을 신축한 자는 그 건축허가가 타인의 명의로 된 여부에 관계없이 그 건물의 소유권을 원시취득한다 할 것이다.

한편, 건축허가를 받아 건물을 신축하던 원래의 건축주의 사정으로 건축공사가 중단되었던 미완성의 건물을 인도받아 나머지 공사를 마치고 완공한 경우, 그 건물이 공사가 중단된 시점에서 이미 사회통념상 독립한 건물이라고 볼 수 있는 형태와 구조를 갖추고 있었다면 원래의 건축주가 그 건물의 소유권을 원시취득하고, 최소한의 기둥과 지붕 그리고 주벽이 이루어지면 독립한 부동산으로서의 건물의 요건을 갖춘 것이라고 보아야 할 것이다(

대법원 2002. 4. 26. 선고 2000다16350 판결 등 참조).

(나) 위 인정사실에 의하면,

연세대학교의 공사대금 미지급으로 이 사건 공사가 중단될 당시 이 사건 건물은 기둥과 천장 부분만 완료되었을 뿐 외벽 부분의 공사가 이루어지지 아니한 상태에 있었던 점, 원고가

연세대학교와 사이에 이 사건 건물에 관하여 중단된 잔여부분의 공사를 원고의 책임 아래 수행하고 감리비 등 실질적인 건축주로서 부담하여야 할 비용도 원고가 부담하기로 약정한 점,

연세대학교가 원고로부터 이 사건 매매예약에서 정한 계약금을 받아

대우건설에게 지급하였고 그 직후

대우건설이 이 사건 공사를 재개한 점, 원고가

연세대학교에게 공사대금 13,021,290,953원(위 17,421,290,958원 - 토지대금 44억원)을 지급하였는데 이는

연세대학교가

대우건설에 지급한 공사대금 13,522,863,108원의 96.3%에 해당하는 점, 원고가 이 사건 건물에 관하여 소유권이전등기를 하기 이전인 2001. 2. 1.

대우건설과 사이에 이 사건 건물의 추가공사도급계약을 체결하고 그 추가공사대금을

대우건설에게 직접 지급한 점, 원고가 이 사건 토지 및 건물의 취득과 관련하여 법인장부상 토지건물 회계계정을 사용하지 아니하고 ‘건설 중인 자산’으로 회계처리한 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 건물은 공사가 중단될 당시 사회통념상 독립한 건물로 볼 수 있는 형태와 구조를 갖추지 못하였다 할 것이므로, 이 사건 건물의 신축으로 인한 원시취득자는 원래의 건축주인

연세대학교가 아니라 원고라 할 것이고, 이 사건 건물에 관하여

연세대학교 앞으로 건축허가 및 사용승인을 받고 소유권보존등기를 마쳤다는 사정만으로는

연세대학교가 이 사건 건물을 원시취득하였다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 둘째 주장에 대한 판단

지방세법 제112조 제3항은

수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역 안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있는바, 위 규정이 과밀억제권역 안에서 본점의 사업용 부동산을 신축 또는 증축하는 경우 취득세를 중과세하는 입법취지는 수도권 안에서 인구유입과 경제력집중을 현저하게 유발시키는 본점 또는 주사무소의 신설 및 증설을 억제하고 본점 또는 주사무소의 지방이전을 촉진시키기 위한 것이다.

따라서 법인이 이미 과밀억제권역 안에 본점 또는 주사무소용 사무실을 가지고 있다가 기존 건축물을 취득하여 사무실을 이전하는 경우에는 과밀억제권역 안에 인구유입 또는 경제력집중을 유발하는 효과가 없다 할 것이므로

법 제112조 제3항에 의한 취득세 중과세대상에 해당되지 않는다 할 것이나(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의

구 지방세법 제112조 제3항은 위와 같은 경우에도 취득세 중과세대상으로 규정하고 있었다), 이 사건의 경우와 같이 본점 또는 주사무소용 건물을 신축하여 이전하는 경우에는 새로이 인구를 유입하거나 경제력 집중을 유발할 수 있다고 하여야 할 것이므로 취득세 중과세대상에 해당한다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

(3) 원고의 셋째 주장에 대한 판단

지방세법 시행령 제84조의2 제3항은

법 제112조 제3항에서 "대통령령이 정하는 법인의 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산"이라 함은 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사·합숙소·사택·연수시설·체육시설 등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고를 제외한다)을 말한다고 규정하고 있다. 위 규정에서의 사무소라 함은 사업 또는 사무를 수행하기 위하여 설치한 인적 및 물적 설비로서 계속하여 사업 또는 사무가 이루어지는 장소를 의미하므로, 법인의 본점 사업용으로 취득하더라도 연수시설체육시설 등 복지후생시설 등으로 사용되는 경우에는 중과세대상이 아니다.

위 인정사실에 의하면, 이 사건 건물 중 대강의실인 11층 764.90㎡, 기공실인 13층 683.10㎡, 체력단련실인 14층 233.10㎡, 역사관인 16층 468.81㎡ 합계 2,149.91㎡는 이 사건 건물의 취득일인 2001. 3. 2.(사용승인서 교부일) 당시 연수시설체육시설 등 복지후생시설로 사용되었다고 할 것이므로, 취득세 등의 중과세대상에 해당하지 아니한다 할 것이다. 따라서 원고의 위 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.

(4) 정당한 세액

결국 이 사건 건물 중 취득세 등의 중과세대상은 원고가 그 본점의 사무소로 사용한 부분의 면적인 4,930.66㎡(7,080.57㎡ - 2,149.91㎡)이고, 이 사건 토지 및 건물의 취득가액은 19,509,443,225원이므로, 원고가 본점의 사무소로 사용한 부분의 가액은 8,449,262,520원{19,509,443,225원 × (4,930.66㎡ / 11,384.95㎡)}이 된다.

따라서 원고가 본점의 사무소로 사용한 부분인 4,930.66㎡에 대하여 추가로 중과세할 취득세 등의 정당한 세액은 아래에서 보는 바와 같이 취득세는 405,564,600원, 농어촌특별세는 37,176,750원이 된다 할 것이고, 따라서 이 사건 처분 중 위 정당한 세액을 각 초과하는 부분은 위법하다.

(가) 취득세

① 중과세분 : 8,449,262,520원 × (20/1,000 × 300/100) = 506,955,750원(

국고금관리법 제47조에 따라 10원 미만 버림. 이하 같다)

② 기납부세액 : 8,449,262,520원 × 20/1,000 = 168,985,250원

③ 추가처분할 세액

㉠ 본세 : 506,955,750원 - 168,985,250원 = 337,970,500원

㉡ 가산세 : 337,970,500원 × 20/100 = 67,594,100원

㉢ 합계 : 337,970,500원 + 67,594,100원 = 405,564,600원

(나) 농어촌특별세

① 본세 : 337,970,500원 × 10/100 = 33,797,050원

② 가산세 : 33,797,050원 × 10/100 = 3,379,700원

③ 합계 : 33,797,050원 + 3,379,700원 = 37,176,750원

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 일부 인용하기로 한다.