종교활동을 목적으로 하는 비영리사업자는 각 토지 및 건물을 2년 이상 종교사업에 직접 사용하지 아니하고 이를 매각하였으므로, ‘사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우’에 있어서 ‘정당한 사유’를 참작할 것도 아니라 할 것이다. 따라서 토지 및 건물을 2년이상 그 용도에 직접사용하지 아니하고 매각하였다고 본 부과처분은 정당하다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 종교법인으로서, 2003. 4. 23.

고양시 덕양구 대자동 355-13 종교용지 54㎡, 같은 동 355-11 도로 13㎡(2003. 4. 28. 같은 동 355-13에서 54㎡가 같은 동 355-11로 이기되고, 그 지목이 종교용지로 변경되어 같은 동 355-11 종교용지 67㎡가 되었다)와 같은 동 357 답 51㎡(2003. 4. 28. 그 지목이 종교용지로 변경되었다, 이하 같은 동 355-11, 13 토지 및 같은 동 357 토지를 통틀어 ‘이 사건 제1 토지’라 한다), 그리고 같은 동 355-6 제2호 지상 벽돌조 시멘트기와지붕 단층주택 83.37㎡, 시멘트벽돌조 슬래브지붕 단층지하실 15.57㎡, 시멘트브록조 스레트기와지붕 단층창고 32.89㎡(이하 통틀어 ‘이 사건 건물’이라 한다)를 증여받아 같은 달 30. 그 명의로 소유권이전등기를 경료하였고, 2003. 10. 22. 같은 동 355-26 대 9㎡ 및 같은 동 1227-3 대 155㎡(이하 ‘이 사건 제2 토지’라 한다)를 매수하여 같은 해 11. 7. 그 명의로 소유권이전등기를 경료하였다.

나. 피고는 비영리사업자인 원고가 종교사업(교회건물 및 그 부지)에 직접 사용하기 위하여 이 사건 제1 및 제2 토지(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다)를 취득등기한 것으로 보고,

지방세법 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호 등을 적용하여 취득세와 등록세 등을 부과하지 아니하였다.

다. 그런데, 피고는, 원고가 이 사건 건물을 철거하고 이 사건 각 토지를 유덕수 등에게 매각한 사실을 확인하고서는 ‘원고가 이 사건 각 토지 및 건물을 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하였다’는 이유로, 2005. 10 13. 청구취지 기재와 같이 당초 비과세되었던 취득세, 등록세 등을 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑제1, 3호증, 갑제4호증의 1 내지 4, 을제1호증, 을제2호증의 1, 2, 3, 을제3호증의 1 내지 4의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고가, 처분의 경위 및 관련 법령의 규정에 비추어 이 사건 처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 이 사건 건물을 취득하여 교회로 사용하던 중 건물의 노후화로 누수현상 등이 발생하자 이 사건 각 토지 지상에 교회를 재건축하기 위하여 피고의 건축허가를 받고서 위 건물을 철거하였는데, 당시 인근 주민들이 주차시설 부족, 교통 혼잡 등을 이유로 위 재건축공사를 집단적으로 방해하여 인근 주민들의 양해를 구하는 한편, 주차장 확보를 위해 설계를 변경하고 주민들을 상대로 건축공사방해금지가처분을 신청하는 등 재건축공사를 진행하기 위하여 적극적으로 노력하였으나 인근 주민들과의 계속적인 마찰이 예상되고 피고의 적극적인 중재로 어쩔 수 없이 손해를 감수하면서 이 사건 각 토지를 매각한 것이므로, 원고가 이 사건 각 토지 및 건물을 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각한 데에 정당한 사유가 있다고 주장한다.

나. 관계 법령

지방세법

제107조 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조 (용도구분에 의한 비과세)

① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

지방세법 시행령

제79조 (비영리사업자의 범위)

① 법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

제94조 (비영리사업자의 범위등)

① 법 제127조제1항제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

다. 판단

지방세법 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호 등에 의하면 제사·종교 등 비영리사업자가 공익사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세, 등록세 등이 비과세되나, 첫째 수익사업에 사용할 때, 둘째 정당한 사유없이 유예기간(1년 또는 3년) 이내에 그 사업에 사용하지 아니한 경우, 셋째 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 비과세 하지 아니하고, 여기에서 비과세 제외대상에 포함되는지 여부는 그 사유를 개별적으로 판단하여야 할 것이며, 또 ‘직접 사용’에 해당하는지 여부는 당해 비영리법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이다.

이 사건에 관하여 보건대, 을제1호증, 을제3호증의 1 내지 4의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 2003. 4. 23. 이 사건 제1 토지와 건물을 증여받아 같은 달 30. 그 명의로 소유권이전등기를 경료하였고, 2003. 10. 22. 이 사건 제2 토지를 매수하여 같은 해 11. 7. 그 명의로 소유권이전등기를 경료한 사실, 원고는 이 사건 건물을 2003. 4. 23.경부터 교회로 사용하다가 2005. 3. 8.무렵 재건축을 위해 위 건물을 철거하였으나 인근 주민들의 방해로 공사에 착공하지 못한 사실, 이후 원고는 2005. 4. 20. 유덕수 등에게 이 사건 각 토지를 매도하고, 같은 달 29. 그들 명의로 소유권이전등기를 경료해 준 사실을 인정할 수 있고, 이러한 사실에다가 원고는 종교법인으로, 예배 등 직접적인 종교활동을 목적으로 이 사건 건물을 매수한 점 등에 비추어 보면, 비록 원고가 이 사건 건물을 1년 10개월 이상 교회로 사용해 온 점이나 그 철거 경위, 재건축 과정 및 이 사건 각 토지의 매도 경위 등에 참작할 사유가 있다 하더라도, 원고가 이 사건 각 토지 및 건물을 2년 이상 종교사업(교회건물 및 그 부지)에 직접 사용하지 아니하고 이를 매각하였으므로, 이는 비과세 제외대상에 포함된다 할 것이다.

나아가 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건이거나 또는 감면세요건이거나를 막론하고 조세법규의 해석은 엄격하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 아니한다고 할 것이므로, 관련 법령의 규정상 ‘사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우’에 있어서 ‘정당한 사유’를 참작할 것도 아니라 할 것이다.

따라서, 피고가

지방세법 제107조 단서,

제127조 제1항 단서 등을 적용하여 이 사건 처분을 한 것은 적법하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여, 주문과 같이 판결한다.