1. 기초사실

가. 원고는 ‘미국남침례교 한국선교회의 사업을 위하여 필요한 토지 건물 및 설비품을 소유관리하며 또는 이를 경영하고 이에 필요한 자산을 공급함’을 목적으로 1957. 9. 10. 설립된 재단법인으로서, 위 목적을 달성하기 위하여 전도사업, 종교교육, 구료사업, 출판사업지원 등의 사업을 행하여 왔다.

나. 원고는 2002. 1. 15. 서울 양천구 목동 605-4 대 717㎡, 같은 동 605-5 대 145.9㎡, 같은 동 605-6 대 119.1㎡ 및 위 토지들 지상의 7층 건물(연면적 3,589.32㎡; 아래에서는 이를 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 매수한 후 같은 해 2. 18. 이 사건 부동산에 관하여 위 매매를 원인으로 한 자신 명의의 소유권이전등기(아래에서는 ‘이 사건 등기’라고 한다)를 마쳤다. 한편, 피고는 당초 이 사건 등기가 ‘종교에 직접 사용하기 위한 부동산에 대한 등기’에 해당한다고 보아 구 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것; 아래에서는 ‘구 지방세법’이라고 한다) 제127조 제1항 제1호에 따라 그에 대하여 등록세를 부과하지 아니하였다.

다. 원고는 2002. 6. 22.부터 2003. 1. 2.까지 이 사건 부동산 중 건물 일부(연면적 1,848.54㎡) 및 그 부속토지(아래에서는 이를 통틀어 ‘이 사건 쟁점부동산’이라고 한다)를 임대하고 이 사건 등기 중 이 사건 쟁점부동산에 관한 부분(아래에서는 ‘이 사건 쟁점등기’라고 하다)에 대한 등록세 등을 신고·납부하였다.

라. 그러자 피고는 이 사건 쟁점등기가 구 지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 ‘대도시 내에서의 지점의 설치에 따른 부동산등기’에 해당한다는 이유로, 2005. 7. 19. 이 사건 쟁점등기에 대하여 ‘구 지방세법 제138조 제1항 본문에 따른 100분의 300의 중과세율로 계산한 세액에서 이미 신고·납부된 세액을 공제한 나머지(가산세 포함)’에 해당하는 등록세 159,856,290원 및 지방교육세 29,306,980원을 부과하였다(아래에서는 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 대하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2007. 4. 4. 위 심사청구를 기각하는 결정을 하였다.

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 17 내지 20호증, 을 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 사실들에 비추어 볼 때, 기독교 한국 침례회교회 진흥원(아래에서는 ‘진흥원’이라고 한다)은 늦어도 1995년경 원고와 별개의 인적·물적 설비를 갖춘 지점으로 설치된 후 2002년경 이 사건 부동산으로 이전하였다고 할 것이고, 따라서 이 사건 등기는 ‘지점의 설치에 따른 부동산등기’가 아니라 그 전부가 ‘지점의 이전에 따른 부동산등기’에 해당하여 구 지방세법 제138조 제1항 각호에서 정한 등기에 해당하지 아니하므로, 그 일부인 이 사건 쟁점등기에 대하여 구 지방세법 제138조 제1항 본문에 따른 중과세율을 적용할 수는 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

① 원고는 1974년경 출판사업 등을 행하게 하기 위하여 그 산하에 진흥원을 개설하였고, 그 후 개업일은 ‘1975. 2. 1.’, 사업장 및 본점 소재지는 ‘서울 영등포구 여의도동 13-1’, 업태는 ‘제조업’, 종목은 ‘일반서적출판업’으로 하여 면세법인사업자등록을 마쳤으며, 진흥원은 설립 이후 정관 및 독자적인 조직을 갖추어 원고의 주사무소 건물(총 6개층) 중 3개층을 사용하면서 교회성장 지원, 교육, 출판, 도서보급 등의 사업을 행하여 왔다.

② 원고는 1992. 11. 24. 서울 강남구 삼성동 43-3 토지 및 그 지상의 건물(아래에서는 이를 통틀어 ‘삼성동 부동산’이라고 한다)을 경락받아 취득하였고, 진흥원은 1995. 4월경 삼성동 부동산으로 인적·물적 설비를 모두 이전하여 그때부터 삼성동 부동산 전체를 이용하여 왔다. 한편, 원고는 삼성동 부동산의 취득에 대하여 취득세·등록세 등을 부과받지 아니하였고, 1995년경부터 2002년경까지 ‘삼성동 부동산이 고유목적사업을 위하여 이용되어 왔다’는 이유로 삼성동 부동산에 대하여 재산세·종합토지세 등을 부과받지 아니하였다.

③ 진흥원은 1981년경부터 변경시행된 사업자등록제도(법인세 납세의무가 있는 영리법인과 수익사업을 영위하는 비영리법인에 한하여 사업자등록증 교부가 가능) 때문에 원고와 별도로 사업자등록을 하는 것이 불가능하였고, 이에 위와 같이 삼성동 부동산으로 설비를 이전한 후에도 금융거래나 대외신인도 등에 있어서의 이점을 유지하기 위하여 원고의 위 사업자등록에 따라 그 사업을 행하여 왔다.

④ 원고는 2002. 2. 7.경 삼성동 부동산을 매각하고 2002. 1. 15. 이 사건 부동산을 매수하여 진흥원으로 하여금 삼성동 부동산을 대신하여 이를 고유목적사업에 사용하도록 하였는데, 이 사건 부동산의 효율적 활용을 위하여 이 사건 쟁점부동산을 임대업에 사용하기로 하고, 개업일은 ‘2002. 5. 1.’, 사업장 소재지는 ‘서울 양천구 목동 605-4(이 사건 부동산의 소재지)’, 본점 소재지는 ‘서울 영등포구 여의도동 13-1(원고의 주사무소 소재지)’, 업태는 ‘도소매·부동산·서비스’, 종목은 ‘종교서적 및 인쇄물·임대업·종교보급’으로 하여 법인사업자등록을 마쳤으며, 진흥원은 위 사업자등록에 따른 임대업으로 2002. 6. 22.부터 2003. 1. 2.까지 총 4회에 걸쳐 이 사건 쟁점부동산을 임대하였다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다(그 중 지방세법 시행령 규정은 이 사건 등기 후 현재까지 개정되지 아니하였다).

다. 판 단

(1) 구 지방세법 제138조 제1항 제3호의 취지는 대도시 내로의 인구 유입에 따른 인구집중을 막기 위하여 대도시 내에서의 법인의 설립, 지점 등의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·지점 등의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하려는 것이다(대법원 1999. 5. 14. 선고 98두11786 판결 참조).

한편, 구 지방세법 시행규칙(2005. 2. 1. 행정자치부령 제266호로 개정되기 전의 것; 아래에서는 ‘구 지방세법 시행규칙’이라고 한다) 제55조의2 본문은 지점인 사업소 또는 사업장을 정의하면서 “법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다.”고 규정하고 있는바, 위 규정에 의하면 등록세 중과대상인 ‘지점의 설치 이후의 부동산등기’에 있어서의 지점에 해당하기 위하여는 실질적 요건으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소이어야 하는 외에 형식적 요건으로서 위 세법 규정에 의한 사업자등록을 마친 사업장이어야 한다(대법원 2006. 12. 22. 선고 2005두6546 판결 등 참조).

(2) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 본다.

(가) 먼저 진흥원이 이 사건 부동산으로 설비를 이전하기 전에 삼성동 부동산에 구 지방세법 제138조 제1항 소정의 ‘지점’이 이미 설치되어 있었는지에 관하여 살피건대, 갑 1 내지 16, 22호증, 을 1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 증인 이요섭의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면 원고의 위 주장사실은 이를 모두 인정할 수 있으나, 위 주장사실에 의하더라도 진흥원은 ‘삼성동 부동산을 사업장으로 한 사업자등록’이 아닌 ‘원고의 주사무소 소재지(본점)를 사업장으로 한 사업자등록’에 따라 삼성동 부동산에서 사업을 행하여 왔다는 것인바, 원고가 삼성동 부동산을 사업장으로 한 사업자등록을 마치는 것이 불가능하였던 사정에 관한 아무런 주장·입증이 없는 이상(설령 그러한 사업자등록이 불필요하였다고 하더라도), 삼성동 부동산에는 구 지방세법 제138조 제1항 소정의 ‘지점’이 설치되어 있었다고 볼 수 없고, 따라서 이와 다른 전제에서 이 사건 등기가 ‘지점의 이전에 따른 부동산등기’에 해당한다고 볼 수는 없다.

(나) 나아가, 가사 삼성동 부동산에 구 지방세법 제138조 제1항 소정의 ‘지점’이 이미 설치되어 있었다고 하더라도, 구 지방세법 제138조 제1항 제3호의 입법취지를 고려할 때, 진흥원이 삼성동 부동산에서 이 사건 부동산으로 설비를 이전함과 동시에 이 사건 쟁점부동산 전부를 사용하여 (삼성동 부동산에서 행하던 고유목적사업이 아닌)임대업을 새로이 시작한 것은 사실상 ‘이 사건 쟁점부동산에 임대업을 위한 지점을 새로이 설치한 것’에 해당한다고 봄이 상당하므로(만약 이와 같이 해석하지 아니한다면, 법인이 실질적으로는 새로이 임대업을 영위할 목적으로 부동산을 취득하면서 종래 그 대도시 내의 다른 곳에서 다른 종류의 사업을 행하여 오던 지점을 그 부동산으로 이전시켜 형식적으로만 ‘대도시 내 지점 이전’의 외양을 갖춘 경우, 언제나 해당 부동산등기 전부에 대하여 중과세율을 적용할 수 없게 되는 불합리·불공정한 결과가 발생한다), 이 사건 쟁점부동산에 대한 등기인 이 사건 쟁점등기는 구 지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 ‘대도시 내에서의 지점의 설치에 따른 부동산등기’에 해당한다고 할 것이다.

(3) 따라서 원고의 위 주장은 이유 없고, 위 판단과 같은 전제에 선 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.