이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에관한특례법 제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2008. 7. 2. 선고 2008누1414 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

3. 제1심 판결의 주문 제2항 중 ‘순번 1, 3, 4, 7, 9, 11’을 ‘순번 1, 3, 5, 7, 9, 11’로 경정한다.

【이유】

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결문 중 10쪽 하 7행의 ‘1.의 나.’를 ‘1.의 다.’로 고치고, 13쪽 하 6~3행의 ‘이러한 규정들은 … 할 것인데’를 삭제하는 외에는 제1심 판결 이유의 1.항 내지 3.항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 이 사건 환급금충당통지의 취소청구 부분은 부적법하여 이를 각하하여야 하고, 이 사건 부과처분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하고, 제1심 판결의 주문 제2항 중 ‘순번 1, 3, 4, 7, 9, 11’은 ‘순번 1, 3, 5, 7, 9, 11’의 오기임이 분명하므로 이를 경정하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울행정법원 2007. 12. 5. 선고 2007구합13210 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 이 사건 소 중 별지 과세대상별 취득세등 부과내역 순번 2, 4, 6, 8, 10, 12 기재 취득세, 등록세 및 지방교육세에 대한 환급금충당통지의 취소청구부분을 각하한다.

2. 피고가 원고에 대하여 2006. 8. 11. 한 별지 과세대상별 취득세등 부과내역 순번 1, 3, 4, 7, 9, 11 기재 취득세, 등록세 및 지방교육세 부과처분을 취소한다.

3. 소송비용 중 90%는 피고가, 나머지 10%는 원고가 각 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증의 1 내지 12. 갑2호증의 1 내지 12, 갑3호증의 1 내지 6, 갑4호증의 1 내지 3, 갑5호증의 1, 2, 갑7호증의 1 내지 15, 갑9호증, 갑33, 34호증의 각 1 내지 6의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 기초생활수급자 등 저소득층에 대한 임대를 목적으로 2005. 12. 28. 별지 과세대상 부동산내역 기재 각 다가구주택과 그 부속토지(이하 ‘이 사건 다가구주택등’이라고 한다)에 관하여 2005. 12. 7.자 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기절차를 마쳤다.

나. 원고는 그 무렵 이 사건 다가구주택등 중 전용면적 60㎡이하의 가구의 취득과 등록에 대해서 취득세, 등록세 면제조항인 지방세법 제269조 제1항이 적용됨을 전제로 이 사건 다가구주택등에 대한 취득세와 등록세의 과세표준(매매대금 상당액) 중 전용면적 60㎡이하의 가구가 차지하는 비율에 해당하는 금액(이하 ‘면세과표’라고 한다)에 대해서는 위 법에 따른 취득세, 등록세 및 지방교육세(이하 ’취득세등‘이라고 한다)를 신고·납부하지 아니하였고(취득세가 면제되면 취득세액을 과세표준으로 삼는 지방교육세도 함께 면제된다), 다만 위 과세표준 중 전용면적 60㎡를 초과하는 가구가 차지하는 비율에 해당하는 금액(이하 ’비면세과표‘라고 한다)에 대해서만 위 법에 따른 취득세등을 산정(취득세 및 등록세 : 비면세과표 x 2% / 지방교육세 : 취득세액 x 20%)하여 피고에게 신고·납부하였다(한편, 원고는 이 사건 다가구주택등 중 별지 과세대상 부동산내역 순번 1 기재 부동산은 모두 60㎡이하의 가구만으로 이루어져 있어 그에 대한 과세표준이 모두 면세과표에 해당한다고 보아 피고에게 취득세등을 전혀 신고·납부하지 아니하였다).

다. 이때 원고는 이 사건 다가구주택등의 취득세, 등록세 과세표준에 대해 다가구주택 전체의 바닥면적 중에서 60㎡ 이하인 가구들의 바닥면적이 차지하는 비율을 곱하는 방식으로 면세과표를 산정하였고, 위 과세표준에 대해 다가구주택 전체의 바닥면적 중에서 60㎡를 초과하는 가구의 바닥면적이 차지하는 비율을 곱하는 방식으로 비면세과표를 산정하였다(다가구주택에 대해 위 면제조항을 적용하여 취득세등을 면제하는 다른 지방자치단체의 과세실무 역시, 다가구주택에서 60㎡이하 가구와 60㎡초과 가구가 함께 속해 있는 경우 다가구주택의 과세표준에 대해 전체 바닥면적에 대한 위 면적초과가구의 면적비율을 곱하는 방식으로 비면세과표를 산정하는 것으로 보인다).

라. 이에 대해 피고는 이 사건 다가구주택등은 위 면제조항의 적용대상이 되는 공동주택인 다세대주택이 아니어서 이 사건 다가구주택등 중 전용면적 60㎡이하의 가구의 취득과 등록에 대해서도 위 면제조항이 적용되지 아니한다는 해석을 전제로, 이 사건 다가구주택등에 대한 취득세, 등록세의 과세표준 중 원고가 취득세등을 신고·납부하지 아니하였던 면세과표 부분(별지 과세대상 부동산내역 순번 1 기재 부동산의 경우에는 과세표준 전체가 면세과표가 된다)에 대해서도 취득세등을 산정(취득세 및 등록세 : 면세과표 x 2% / 지방교육세 : 취득세액 x 20%)한 다음, 2006. 8. 10. 및 같은 달 11. 원고에게 지급하여야 할 국세환급금을 과세대상별로 위와 같이 산정한 각 해당 취득세등 중 일부인 별지 과세대상별 취득세등 부과내역 순번 2, 4, 6, 8, 10, 12 기재 취득세등에 충당하여 원고에게 이를 통지(이하 ‘이 사건 환급금충당통지’라고 한다)하였고, 2006. 8. 11. 원고에 대하여 위 각 해당 취득세등에서 이 사건 환급금충당통지에 의해 충당한 각 해당 금액을 공제한 나머지 각 해당 세액인 별지 과세대상별 취득세등 부과내역 순번 1, 3, 5, 7, 9, 11 기재 취득세등을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다)을 하였다.

마. 이에 대해 원고는 이 사건 다가구주택등 중 60㎡이하의 가구의 취득과 등록에 대해서는 위 면제조항이 적용된다는 이유로 2006. 11. 19. 행정자치부장관에게 심사청구를 하였으나, 2007. 1. 9. 기각되었다.

바. 한편, 원고는 이 사건 다가구주택등을 취득하기 이전인 2004. 6. 18. 행정자치부장관에게 ‘국민임대주택으로 공급할 목적으로 다가구주택을 취득하여 소유할 경우 위 면제조항이 적용되어 지방세가 면제되는지 여부’에 관한 질의를 하였고, 이에 대해 행정자치부장관은 2004. 7. 1. 원고에게 ‘다가구주택 내 가구별 전용면적이 60㎡이하인 다가구용 단독주택을 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 경우라면 취득세등이 면제된다’는 취지의 회신을 하였다.

사. 이 사건 다가구주택등은 101동부터 106동까지로 구성되어 있는데, 동별 건축구조는 다음과 같다.

(1) 101동(별지 과세대상 부동산내역 순번 1 기재 부동산)

지하 1층부터 지상 3층까지 각 층당 2가구씩 총 8가구로 이루어져 있고, 각 가구가 상하 또는 옆으로 두꺼운 벽체에 의해 차단되어 있고 각 가구마다 방, 주방, 현관, 화장실, 다용도실이 따로 설치되어 있으며, 그 출입구도 건물의 중앙에 위치한 계단통로를 따라 가구별로 설치되어 있어 독립적인 구조를 취하고 있다.

(2) 102동(별지 과세대상 부동산내역 순번 2 기재 부동산)

지상 1층은 계단과 건물출입구로, 지상 2층부터 지상 4층까지 각 층당 2가구씩(4층은 1가구) 총 5가구로 이루어져 있고, 각 가구가 상하 또는 옆으로 두꺼운 벽체에 의해 차단되어 있고 각 가구마다 방, 주방, 현관, 거실, 화장실, 다용도실이 따로 설치되어 있으며, 그 출입구도 건물의 중앙에 위치한 계단통로를 따라 가구별로 설치되어 있어 독립적인 구조를 취하고 있다.

(3) 103동(별지 과세대상 부동산내역 순번 3 기재 부동산)

지상 1층은 계단과 건물출입구로, 지상 2층부터 지상 4층까지 각 층당 2가구씩(4층은 1가구) 총 5가구로 이루어져 있고, 각 가구가 상하 또는 옆으로 두꺼운 벽체에 의해 차단되어 있고 각 가구마다 방, 주방, 현관, 거실, 화장실, 다용도실이 따로 설치되어 있으며, 그 출입구도 건물의 중앙에 위치한 계단통로를 따라 가구별로 설치되어 있어 독립적인 구조를 취하고 있다.

(4) 104동(별지 과세대상 부동산내역 순번 4 기재 부동산)

지상 1층은 계단과 건물출입구로, 지상 2층부터 지상 4층까지 각 층당 4가구씩(4층은 1가구) 총 9가구로 이루어져 있고, 각 가구가 상하 또는 옆으로 두꺼운 벽체에 의해 차단되어 있고 각 가구마다 방, 화장실, 세탁실 등이 따로 설치되어 있으며(401호는 거실, 주방, 창고, 다용도실 등이 추가로 설치되어 있다), 그 출입구도 건물의 중앙에 위치한 계단통로를 따라 가구별로 설치되어 있어 독립적인 구조를 취하고 있다.

(5) 105동(별지 과세대상 부동산내역 순번 5 기재 부동산)

지하 1층부터 지상 3층까지 각 층당 2가구씩(3층은 1가구) 총 7가구로 이루어져 있고, 각 가구가 상하 또는 옆으로 두꺼운 벽체에 의해 차단되어 있고 각 가구마다 방, 주방, 현관, 화장실, 다용도실 등이 따로 설치되어 있으며(301호는 거실 등이 추가로 설치되어 있다), 그 출입구도 건물의 중앙에 위치한 계단통로를 따라 가구별로 설치되어 있어 독립적인 구조를 취하고 있다.

(6) 106동(별지 과세대상 부동산내역 순번 6 기재 부동산)

지하 1층부터 지상 3층까지 각 층당 2가구씩(3층은 1가구) 총 7가구로 이루어져 있고, 각 가구가 상하 또는 옆으로 두꺼운 벽체에 의해 차단되어 있고 각 가구마다 방, 주방, 화장실, 다용도실 등이 따로 설치되어 있으며(301호는 거실 등이 추가로 설치되어 있다), 그 출입구도 건물의 중앙에 위치한 계단통로를 따라 가구별로 설치되어 있어 독립적인 구조를 취하고 있다.

2. 이 사건 소 중 이 사건 환급금충당통지의 취소청구 부분의 적법 여부에 대한 판단

직권으로 이 사건 소 중 이 사건 환급금충당통지의 취소를 구하는 부분의 적법 여부를 살펴본다.

살피건대, 국세환급금의 충당은 국세기본법 제51조 제2항, 같은 법 시행령 제31조 등에 그 요건이나 절차, 방법이 따로 정하여져 있고 그 효과로 같은 법 제26조 제1호가 납세의무의 소멸을 규정하고 있으나, 그 충당이 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위 또는 소멸에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이라기보다는 국가의 환급금 채무와 조세채권이 대등액에서 소멸되는 점에서 오히려 민법상의 상계와 비슷하고, 소멸대상인 조세채권이 존재하지 아니하거나 당연무효 또는 취소되는 경우에는 그 충당의 효력이 없는 것으로서 이러한 사유가 있는 경우에 납세의무자로서는 충당의 효력이 없음을 주장하여 언제든지 민사소송에 의하여 이미 결정된 국세환급금의 반환을 청구할 수 있다고 할 것이므로, 이는 국세환급결정이나 그 국세환급신청에 대한 거부결정과 마찬가지로 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 할 수 없으므로(대법원 1994.12.2. 선고 92누14250 판결), 이 사건 소 중 이 사건 환급금충당통지의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고의 주장

(1) 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법 제3조 제2항이 ‘국가 또는 지방자치단체의 장이 저소득층의 주거안정을 위하여 국민임대주택의 건설·취득 또는 관리와 관련한 국세 또는 지방세를 감면할 수 있다’고 규정하고 있는 점, 국민임대주택용으로 제공된다는 점에서는 차이가 없음에도 불구하고 가구당 전용면적 60㎡ 이하의 다세대주택의 경우와 달리 가구당 전용면적 60㎡이하의 다가구주택의 경우에는 위 면제조항을 적용하지 아니하는 것은 조세공평의 원칙에 부합되지 아니하는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 다가구주택등 중에서 가구당 전용면적 60㎡이하의 주택 및 그 부속토지는 취득세, 등록세 면제대상인 지방세법 제269조 제1항, 같은 법 시행령 제223조 소정의 ‘1구당 건축면적이 60제곱미터이하의 공동주택 및 그 부속토지’에 해당하여 위 면제조항에 따라 취득세와 등록세가 면제된다고 보아야 하므로, 이 사건 다가구주택등에 대한 취득세, 등록세의 과세표준 중 면세과표에 대하여는 취득세등을 부과할 수 없음에도 이와 달리 보고 한 이 사건 부과처분은 위법하다.

(2) 원고는 위 1의 바.항 기재 회신을 믿고 이 사건 다가구주택등을 취득하였음에도 원고의 신뢰이익에 반하여 한 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 관련 법령

지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것)

제269조 (소규모 임대주택 등에 대한 감면)①00공사법에 의하여 설립된 00공사(이하 이 조에서 "00공사"라 한다)가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령이 정하는 소규모주택(이하 이 조에서 "소규모주택"이라 한다)용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다.

지방세법 시행령

제73조 (취득의 시기등)④건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일)을 취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다. 다만, 「도시개발법」에 의한 도시개발사업이나 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)으로 건축한 주택을 「도시개발법」제41조의 규정에 의한 환지처분 또는 「도시 및 주거환경정비법」제54조의 규정에 의한 소유권이전에 의하여 취득하는 경우에는 환지처분공고일의 다음 날 또는 소유권이전고시일의 다음날을 취득일로 보며, 환지처분공고일 또는 소유권이전고시일 이전에 사실상 사용하는 경우에는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.

제77조 (취득당시의 현황부과) 부동산(광업권·어업권을 제외한다)·차량·기계장비 또는 항공기에 있어서는 공부상의 등재 또는 등록사항에 불구하고 사실상으로 취득한 때의 당해 물건의 현황에 의하여 부과한다

제84조의3 (별장 등의 범위와 적용기준)③법 제112조제2항제3호의 규정에 의하여 고급주택으로 보는 "주거용 건축물 또는 그 부속토지의 면적과 가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하거나 당해 건축물에 67제곱미터이상의 풀장 등 대통령령이 정하는 부대시설을 설치한 주거용 건축물과 그 부속토지"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.1. 1구의 건물의 연면적(주차장면적을 제외한다)이 331제곱미터를 초과하는 것으로서 그 건물의 가액이 9,000만원을 초과하는 주거용 건물과 그 부속토지2. 1구의 건물의 대지면적이 662제곱미터를 초과하는 것으로서 그 건물의 가액이 9,000만원을 초과하는 주거용 건물과 그 부속토지3. 1구의 건물에 엘리베이터(적재하중 200킬로그램 이하의 소형엘리베이터를 제외한다)·에스컬레이터 또는 67제곱미터이상의 풀장중 1개이상의 시설이 설치된 주거용 건물(공동주택을 제외한다)과 그 부속토지4. 1구의 공동주택(여러 가구가 한 건물에 거주할 수 있도록 건축된 다가구용주택을 포함하되, 이 경우 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 1구의 건물로 본다)의 연면적(공용면적을 제외한다)이 245제곱미터(복층형의 경우에는 274제곱미터로 하되, 1개 층의 면적이 245제곱미터를 초과하는 것을 제외한다)를 초과하는 공동주택과 그 부속토지

제223조 (소규모주택의 범위등)①법 제269조제1항에서 "대통령령이 정하는 소규모 주택용 부동산"이라 함은 1구당 건축면적(전용면적을 말한다)이 60제곱미터이하의 공동주택(당해 공동주택의 입주자가 공동으로 사용하는 부대시설 및 공공용에 사용하는 토지와 영구임대주택단지안의 복리시설중 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 시설을 포함한다) 및 그 부속토지(관계법령의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속될 공공시설용지를 포함한다)를 말한다.②법 제269조제3항에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 소규모의 주택용 토지를 취득한 날(토지를 일시에 취득하지 아니하는 경우에는 최종취득일을 말하며, 최종취득일이전에 사업계획승인을 얻은 경우에는 그 사업계획승인일을 말한다)부터 4년을 말한다.

다. 판단

(1) 지방세법 제269조 제1항은 ‘00공사법에 의하여 설립된 00공사가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령이 정하는 소규모주택용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다’고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제223조 제1항에서 ‘법 제269조 제1항에서 "대통령령이 정하는 소규모 주택용 부동산"이라 함은 1구당 건축면적(전용면적을 말한다)이 60제곱미터 이하의 공동주택(당해 공동주택의 입주자가 공동으로 사용하는 부대시설 및 공공용에 사용하는 토지와 영구임대주택단지안의 복리시설중 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 시설을 포함한다) 및 그 부속토지(관계법령의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속될 공공시설용지를 포함한다)를 말한다’고 규정하고 있는바, 이 사건에 있어서 위 면제조항 소정의 ‘공동주택’이 건축법에 정한 아파트, 연립주택, 다세대주택 등에 한정되는지 아니면 세대별로 독립된 주거의 형태를 갖추고 있는 ‘다가구주택(뒤에서 살펴보는 바와 같이 건축법상 단독주택으로 분류된다)’까지도 포함하는지 여부가 문제된다.

그런데, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하므로(2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결), 위 면제조항 소정의 ‘공동주택’은 건축법에 정한 공동주택, 즉, 아파트, 연립주택, 다세대주택, 기숙사를 의미한다고 보는 것이 건축법 등 관련 법체계와의 관계에 비추어 자연스러운 문언해석이라 할 것이나, 이와 같이 엄격한 문언해석을 고수하는 것이 우리 조세법체계의 또 하나의 지도원리인 실질과세의 원칙이나 공평과세의 원칙 등에 비추어 지극히 불합리한 결과를 초래하는 특별한 사정이 있는 경우에는 문언해석에 구속되기보다는 입법의 취지를 잘 살려 합목적적으로 해석하는 것이 요청된다.

그런데, 헌법 제35조 제3항은 ‘국가는 주택개발정책 등을 통하여 모든 국민이 쾌적한 주거생활을 할 수 있도록 노력하여야 한다’고 규정하고, 이에 따른 구체적인 입법조치 중 하나로서 국민임대주택사업의 효율적 추진을 통한 저소득층의 주거안정과 국민의 주거수준 향상을 목적으로 하는 ‘국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법’을 제정하여 같은 법 제3조 제1항에서 ‘국가 또는 지방자치단체의 장은 매년 예산편성연도의 국민임대주택 건설 또는 매입에 소요되는 자금을 세출예산에 반영하도록 노력하여야 한다’고 규정하고 같은 조 제2항에서 ‘국가 또는 지방자치단체의 장은 저소득층의 주거안정을 위하여 국민임대주택의 건설·취득 또는 관리와 관련한 국세 또는 지방세를 감면할 수 있다’고 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 위 면제조항은 ‘00공사가 임대 목적으로 취득하여 소유하는 소규모주택의 취득과 등록에 대하여 국가나 지방자치단체가 조세를 감면해줌으로써 임대주택사업이 원활히 이루어질 수 있도록 지원하고 저소득층 국민의 건강한 주거생활환경을 조성하려는’ 입법 목적을 갖고 있다고 할 것인바, 이러한 입법목적에 비추어 위 면제조항에 대한 위와 같은 문언해석이 조세공평이나 실질과세의 원칙상 지극히 불합리하거나 불공평한 결과를 초래하지 않는지 살펴보기로 한다.

(2) 건축법 제2조 제1항 제2의2호는 ‘건축물의 용도라 함은 건축물의 종류를 유사한 구조·이용목적 및 형태별로 묶어 분류한 것을 말한다’고 규정하면서 같은 조 제2항은 ‘건축물의 용도는 다음 각 호와 같이 구분하되, 각 용도에 속하는 건축물의 세부용도는 대통령령으로 정한다’고 규정하면서 ‘단독주택’과 공동주택’을 건축물의 용도 중 하나로 들고 있으며, 구 건축법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19920호로 개정되기 전의 것) 제3조의 4의 별표 1에서 건축물의 세부용도를 정하고 있다.

위 별표에 따르면, 단독주택은 단독주택, 다중주택, 다가구주택, 공관으로 구분되는데(1.의 가. 내지 라.항), 이 중 다가구주택은 ① 주택으로 쓰이는 층수(지하층을 제외한다)가 3개층 이하일 것(다만, 1층 전부를 피로티구조로 하여 주차장으로 사용하는 경우에는 피로티부분을 층수에서 제외한다), ② 1개동의 주택으로 쓰이는 바닥면적(지하주차장 면적을 제외한다)의 합계가 660㎡이하일 것, ③ 19세대 이하가 거주할 수 있을 것을 그 요건으로 하고(1.의 나. (1), (2), (3)항), 이에 대하여 공동주택은 아파트, 연립주택, 다세대주택, 기숙사로 구분되는데(2.의 가. 내지 라.항), 이 중 다세대주택은 ① 주택으로 쓰이는 1개 동의 연면적(지하주차장 면적을 제외한다)이 660㎡ 이하일 것, ② 층수가 4개층 이하일 것을 그 요건으로 하고 있는바(2.의 다.항), 결국 다가구주택은 한 건물에 여러 세대가 독립된 주거생활을 영위할 수 있도록 각 세대별로 물리적 공간이 구획되어 있고 생활시설 등이 설치되어 있다는 점에서 다세대주택과 유사하지만, 다만 주택으로 쓰이는 층수가 3개층 이하이어야 하고 19세대 이하가 거주할 수 있을 것이라는 요건에 의해 다세대주택과 구분되는 것이므로 건물구조나 시설기준 등에서 건물 전체의 규모가 약간 작다는 것 이외에는 다세대주택과 별다른 차이는 없다고 할 수 있다.

그런데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 다가구주택등은 각 가구별로 물리적으로 구획되는 독립된 공간을 갖추고 대지 및 건물의 벽, 복도, 계단 및 현관 기타 설비 등에 의해 각각 독립된 주거생활을 영위할 수 있는 구조를 취하고 있어서 건축물의 규모 이외에 그 실질에 있어 다세대주택과 별다른 차이가 없다고 할 것임에도, 이 사건 다가구주택등에 대하여 위 면제조항이 적용되지 아니한다고 해석하는 것은 세금은 법형식보다 실질관계에 따라 부과되어야 한다(동일한 경제적 실질에 대해서는 동일하게 과세한다)는 실질과세의 원칙(국세기본법 제14조 제2항은 ‘세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다’고 규정하여 이를 채택하고 있다)에 위배될 뿐만 아니라, 다세대주택보다 영세하고 소규모인 건축물로서 위 면제조항의 입법취지상 더욱 보호받아야 할 다가구주택에 대해서 오히려 조세를 부과하는 셈이 되어 과세의 형평 원칙(국세기본법 제18조 제1항은 ‘세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다’고 규정하여 이를 채택하고 있다)에도 어긋난다.

뿐만 아니라, 대법원 1993.8.24. 선고 92누15994 전원합의체 판결은 "「지방세법 시행령」제77조의 규정에 의하면 ‘공부상의 등재 또는 등록사항에 불구하고 사실상으로 취득한 때의 당해 물건의 현황에 의하여 취득세를 부과한다’는 취지로 되어 있고, 같은 법 시행령 제73조 제4항에 의하면 ‘건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 준공검사일(준공검사일전에 사실상 사용하거나 가사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 가사용승인일)을 취득일로 보고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다’고 규정하고 있음에 비추어 볼 때, 위 현황부과의 원칙은 준공검사일 등 그 취득시기에 있어 부동산등기부나 건축물관리대장등의 기재에 불구하고 이에 우선하여 당시의 객관적 현황에 의하여 단독주택인지 공동주택인지를 판가름하겠다는 의지를 천명한 것이므로, 단지 공부인 건축물관리대장이나 부동산등기부상에 단독주택으로 기재되어 있다 하여 그 취득당시의 객관적 현황이 다가구의 독립된 주거생활단위로 제공되게끔 건축되어 그 실질에 있어 앞서 본 바와 같은 공동주택에 해당됨에도 이를 단독주택으로 보아 판단하는 것은 위 현황부과의 원칙에도 반한다 할 것이다."고 판시하고 있다.

(3) 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법 제2조 제1항은 ‘국민임대주택이라 함은 국가 또는 지방자치단체의 재정 및 주택법 제60조의 규정에 의한 국민주택기금을 지원받아 30년 이상 임대할 목적으로 건설 또는 매입되는 주택을 말한다’고 규정하고, 같은 법 제3조 제2항은 ‘국가 또는 지방자치단체의 장은 저소득층의 주거안정을 위하여 국민임대주택의 건설·취득 또는 관리와 관련한 국세 또는 지방세를 감면할 수 있다’고 규정하고 있으며, 같은 법 제4조 제1항은 ‘국민임대주택건설사업은 국가·지방자치단체·00공사 또는 지방공기업법 제49조의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사가 시행한다’고 규정하고 있고, 같은 법 제5조에서 제22조에 이르기까지 국민임대주택단지의 조성절차와 행위제한, 다른 법령에 의한 인·허가 절차에 대한 특례 등을 규정하고 있으며, 같은 법 제23조에서 제26조에 이르기까지 국민임대주택건설사업계획의 승인 등의 절차를 규정하고 있고, 같은 법 제27조에서 제29조까지는 국민주택기금융자금미상환임대주택, 부도임대주택, 기존주택 등을 매입하여 국민임대주택으로 공급하는 절차 및 기준 등에 대해 규정하고 있다.

특히 같은 법 제28조 제1항은 ‘주택사업시행자는 주택법 제29조의 규정에 의한 사용검사 또는 건축법 제18조의 규정에 의한 사용승인을 받은 주택으로서 대통령령이 정하는 규모 및 기준의 주택(이하 "기존주택’이라 한다)을 매입하여 국민임대주택으로 공급할 수 있다’고 규정하면서 같은 법 시행령 제22조는 매입할 수 있는 기존주택으로 ‘건축법 시행령 별표 1 제1호의 다중주택 및 다가구주택’과 ‘건축법 시행령 별표 1 제2호의 공동주택(주택법 제2조제3호의 규정에 의한 국민주택규모 이하에 한한다)’을 들고 있으며, 같은 법 제28조 제2항은 ‘국가 또는 지방자치단체는 주택사업시행자가 제1항의 규정에 의하여 기존주택을 매입하는 경우 재정 및 국민주택기금에 의한 국민임대주택 건설자금지원 수준을 감안하여 주택사업시행자를 지원할 수 있다’고 규정하고 있다.

위 규정들을 종합하면, 국민임대주택사업의 시행자인 원고로서는 국민임대주택을 건설하거나 매입하는 방식으로 국민임대주택을 공급할 수 있고, 위와 같이 매입하여 공급할 수 있는 기존주택으로는 건축법 시행령 별표상의 다중주택 및 다가구주택과 공동주택이 있으며, 이러한 기존주택들의 매입에 대하여 국가나 지방자치단체가 국세 또는 지방세를 감면할 수 있거나 재정적인 지원을 할 수 있는바, 이러한 규정들은 결국 국민임대주택사업의 시행방식, 지원 및 조세특례 등을 규정한 국민임대주택사업 전반에 대한 일반법으로서의 성격을 갖는다고 할 것이고, 지방세법상 위 면제조항은 위 조세특례 근거규정에 따른 구체적인 입법이라고 할 것인데, 위 면제조항의 문언적 의미에 얽매여 위 면제조항이 공동주택인 다세대주택에 적용될 뿐, 다가구주택에 대해서는 적용되지 아니한다고 해석하는 것은 다가구주택과 다세대주택을 모두 국민임대주택 매입대상으로 삼고 그에 따라 다가구주택과 다세대주택에 대해 별다른 차등을 두지 않고 조세특례 및 재정적인 지원을 인정한 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법의 전체적인 취지와도 위배된다고 할 것이다.

더욱이, 갑7호증의 1 내지 15, 갑12호증의 2, 갑13호증의 2, 갑13호증의 4, 갑30호증의 2, 갑32호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 기존주택 매입을 통한 국민임대주택사업은 도심 내에 위치한 다가구주택 등을 매입하여 도심에 살고 있는 저소득층 국민에 저렴하게 임대함으로써 당해 저소득층 국민이 도시외곽으로 가지 않고도 현 생활권 내에서 현재의 수입으로 거주할 수 있도록 하는 주거안정화 사업의 일환인 사실, ② 다세대주택은 개별 호수마다 등기가 되어 있어 국민임대주택으로 공급할 목적으로 이를 매입할 경우 수개의 소유권이전등기를 마쳐야 하므로 매입절차가 전체 주택에 대해 하나의 등기가 이루어지는 다가구주택에 비해 용이하지 아니하다는 점을 고려하여 국민임대주택사업의 소관청인 건설교통부장관은 ‘기존주택 중 불법용도변경된 것을 제외하고 매입하되 다가구 위주로 매입할 것’을 지시하였고 이에 따라 원고가 매입한 기존주택의 대다수는 다가구주택이었던 사실, ③ 주택건설을 통한 국민임대주택공급사업(이하 ‘건설 국민임대주택공급사업’이라고 한다)은 서민주거안정을 위한 사업이나 소득 2 내지 4분위 계층을 주요입주대상으로 하고 있는 반면, 주택매입을 통한 국민임대주택공급사업(이하 ‘매입 국민임대주택공급사업’이라고 한다)은 최저소득계층(소득 10분위 별 소득 중 최하위 1분위 계층)을 주요입주대상으로 삼고 있는 사실, ④ 매입 국민임대주택의 임대료 수준(공급규모 15평 기준, 보증금 250 ～ 600만 원, 월 임대료 2 ～ 24만 원 선)은 건설 국민임대주택의 임대료 수준(보증금 1,060 ～ 2,470만 원, 월 임대료 6 ～ 25만 원 선)에 비해 훨씬 낮은 수준인 사실, ⑤ 매입 국민임대주택공급사업에 대한 국가의 재정지원비율(재정 45%, 국민주택기금 40%, 시행자 10%, 입주민 5%) 역시 건설 국민임대주택공급사업에 대한 재정지원비율(재정 10 ～ 40%, 국민주택기금 40 ～ 50%, 시행자 10%, 입주민 10 ～ 30%)에 비해 높은 수준인 사실을 인정할 수 있는 바, 위와 같은 제반 사정에 비추어 보면 매입 국민임대주택공급사업은 건설 국민임대주택공급사업의 입주대상자들보다 주거환경, 소득 등 수준에서 더욱 열악한 처지에 있는 영세민들을 그 입주대상으로 하고 있을 뿐만 아니라, 임대료 등 입주민 부담비율이 상대적으로 낮은 반면 사업비 부문에서 재정의 지원비율은 상대적으로 높아 사업의 공공성이 한층 두드러진다고 할 수 있다(‘사업의 공공성’이라 함은 국가나 지방자치단체가 재정적 지원이나 조세정책적 수단을 도모하여 국민의 사회적 환경을 개선하기 위한 노력을 경주함에 있어 주거, 근로조건 등 사회적 여건이나 지위에 있어 더욱 소외되고 약소한 저소득층 계층을 우선 배려하여야 한다는 실질적 평등에 원칙에 근거한 요청을 말한다).

그러함에도 지방세법상 위 면제조항이 건설 국민임대주택사업의 주된 공급대상이 되는 공동주택에 적용될 뿐, 매입 국민임대주택사업의 주된 공급대상이 되는 다가구주택에 적용되지 아니한다고 해석하는 것은 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법에서 별 다른 차등 없이 함께 규율되고 있는 건설 국민임대주택사업과 매입 국민임대주택사업을 실질적으로 차별하는 것이 될 뿐만 아니라, 오히려 상대적으로 사업의 공공성이 낮은 건설 국민임대주택사업을 그 공공성이 더 높은 매입 국민임대주택에 비해 더욱 배려하는 것이 되어 부당하다.

(4) 우리의 법체계가 헌법을 정점으로 하는 하나의 통일된 체계를 이루고 있다는 점을 고려하면 건축법 등 다른 법령에서 차용한 법적 개념들은 그 다른 법령에서 의미하는 것과 동일하게 해석하는 것이 원칙이라고 할 것이나, 위와 같은 해석이 과세의 형평과 입법취지에 따른 당해 조항의 합목적성에 비추어 불합리한 결과를 초래한다면 그 다른 법령의 규정에 구속되어 판단해야 할 것은 아니고 어디까지나 세법 독자적인 입장에서 그 입법취지에 비추어 세법 고유의 개념으로 판단하여야 하는바(대법원 1993. 8. 24. 선고 92누15994 전원합의체 판결 참조), 앞서 살펴본 바와 같은 제반 사정에 비추어 볼 때, 취득세, 등록세 면제대상이 되는 지방세법 제269조 제1항 및 같은 법 시행령 제223조 제1항 소정의 ‘1구당 건축면적이 60제곱미터이하의 공동주택’에는 ‘여러 가구가 한 건물에 거주할 수 있도록 건축된 다가구용주택 중 1구당 건축면적 60제곱미터 이하의 주택’이 포함된다고 봄이 상당하다.

(5) 따라서, 이 사건 다가구주택등은 위 면제조항의 적용대상이 되는 공동주택이 아니어서 위 면제조항이 적용되지 아니한다는 것을 전제로, 이 사건 다가구주택등에 대한 취득세, 등록세의 과세표준 중 원고가 위 면제조항이 적용됨을 전제로 당초 취득세등을 신고·납부하지 아니하였던 면세과표 부분(앞서 살펴보았듯이 별지 과세대상별 부동산내역 순번 1 기재 부동산의 경우에는 과세표준 전체가 면세과표가 된다)에 대해서 취득세등을 부과한 이 사건 부과처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 이 사건 환급금충당통지의 취소청구부분은 부적법하여 이를 각하하고, 이를 제외한 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.