3. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고의 주장

(1)

(2) 원고는 위 1의 바.항 기재 회신을 믿고 이 사건 다가구주택등을 취득하였음에도 원고의 신뢰이익에 반하여 한 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지와 같다.

다. 판단

(1)

그런데, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하므로(

그런데,

(2)

위 별표에 따르면, 단독주택은 단독주택, 다중주택, 다가구주택, 공관으로 구분되는데(1.의 가. 내지 라.항), 이 중 다가구주택은 ① 주택으로 쓰이는 층수(지하층을 제외한다)가 3개층 이하일 것(다만, 1층 전부를 피로티구조로 하여 주차장으로 사용하는 경우에는 피로티부분을 층수에서 제외한다), ② 1개동의 주택으로 쓰이는 바닥면적(지하주차장 면적을 제외한다)의 합계가 660㎡이하일 것, ③ 19세대 이하가 거주할 수 있을 것을 그 요건으로 하고(1.의 나. (1), (2), (3)항), 이에 대하여 공동주택은 아파트, 연립주택, 다세대주택, 기숙사로 구분되는데(2.의 가. 내지 라.항), 이 중 다세대주택은 ① 주택으로 쓰이는 1개 동의 연면적(지하주차장 면적을 제외한다)이 660㎡ 이하일 것, ② 층수가 4개층 이하일 것을 그 요건으로 하고 있는바(2.의 다.항), 결국 다가구주택은 한 건물에 여러 세대가 독립된 주거생활을 영위할 수 있도록 각 세대별로 물리적 공간이 구획되어 있고 생활시설 등이 설치되어 있다는 점에서 다세대주택과 유사하지만, 다만 주택으로 쓰이는 층수가 3개층 이하이어야 하고 19세대 이하가 거주할 수 있을 것이라는 요건에 의해 다세대주택과 구분되는 것이므로 건물구조나 시설기준 등에서 건물 전체의 규모가 약간 작다는 것 이외에는 다세대주택과 별다른 차이는 없다고 할 수 있다.

그런데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 다가구주택등은 각 가구별로 물리적으로 구획되는 독립된 공간을 갖추고 대지 및 건물의 벽, 복도, 계단 및 현관 기타 설비 등에 의해 각각 독립된 주거생활을 영위할 수 있는 구조를 취하고 있어서 건축물의 규모 이외에 그 실질에 있어 다세대주택과 별다른 차이가 없다고 할 것임에도, 이 사건 다가구주택등에 대하여 위 면제조항이 적용되지 아니한다고 해석하는 것은 세금은 법형식보다 실질관계에 따라 부과되어야 한다(동일한 경제적 실질에 대해서는 동일하게 과세한다)는 실질과세의 원칙(

뿐만 아니라,

(3)

특히

위 규정들을 종합하면, 국민임대주택사업의 시행자인 원고로서는 국민임대주택을 건설하거나 매입하는 방식으로 국민임대주택을 공급할 수 있고, 위와 같이 매입하여 공급할 수 있는 기존주택으로는 건축법 시행령 별표상의 다중주택 및 다가구주택과 공동주택이 있으며, 이러한 기존주택들의 매입에 대하여 국가나 지방자치단체가 국세 또는 지방세를 감면할 수 있거나 재정적인 지원을 할 수 있는바, 이러한 규정들은 결국 국민임대주택사업의 시행방식, 지원 및 조세특례 등을 규정한 국민임대주택사업 전반에 대한 일반법으로서의 성격을 갖는다고 할 것이고, 지방세법상 위 면제조항은 위 조세특례 근거규정에 따른 구체적인 입법이라고 할 것인데, 위 면제조항의 문언적 의미에 얽매여 위 면제조항이 공동주택인 다세대주택에 적용될 뿐, 다가구주택에 대해서는 적용되지 아니한다고 해석하는 것은 다가구주택과 다세대주택을 모두 국민임대주택 매입대상으로 삼고 그에 따라 다가구주택과 다세대주택에 대해 별다른 차등을 두지 않고 조세특례 및 재정적인 지원을 인정한 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법의 전체적인 취지와도 위배된다고 할 것이다.

더욱이, 갑7호증의 1 내지 15, 갑12호증의 2, 갑13호증의 2, 갑13호증의 4, 갑30호증의 2, 갑32호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 기존주택 매입을 통한 국민임대주택사업은 도심 내에 위치한 다가구주택 등을 매입하여 도심에 살고 있는 저소득층 국민에 저렴하게 임대함으로써 당해 저소득층 국민이 도시외곽으로 가지 않고도 현 생활권 내에서 현재의 수입으로 거주할 수 있도록 하는 주거안정화 사업의 일환인 사실, ② 다세대주택은 개별 호수마다 등기가 되어 있어 국민임대주택으로 공급할 목적으로 이를 매입할 경우 수개의 소유권이전등기를 마쳐야 하므로 매입절차가 전체 주택에 대해 하나의 등기가 이루어지는 다가구주택에 비해 용이하지 아니하다는 점을 고려하여 국민임대주택사업의 소관청인 건설교통부장관은 ‘기존주택 중 불법용도변경된 것을 제외하고 매입하되 다가구 위주로 매입할 것’을 지시하였고 이에 따라 원고가 매입한 기존주택의 대다수는 다가구주택이었던 사실, ③ 주택건설을 통한 국민임대주택공급사업(이하 ‘건설 국민임대주택공급사업’이라고 한다)은 서민주거안정을 위한 사업이나 소득 2 내지 4분위 계층을 주요입주대상으로 하고 있는 반면, 주택매입을 통한 국민임대주택공급사업(이하 ‘매입 국민임대주택공급사업’이라고 한다)은 최저소득계층(소득 10분위 별 소득 중 최하위 1분위 계층)을 주요입주대상으로 삼고 있는 사실, ④ 매입 국민임대주택의 임대료 수준(공급규모 15평 기준, 보증금 250 ～ 600만 원, 월 임대료 2 ～ 24만 원 선)은 건설 국민임대주택의 임대료 수준(보증금 1,060 ～ 2,470만 원, 월 임대료 6 ～ 25만 원 선)에 비해 훨씬 낮은 수준인 사실, ⑤ 매입 국민임대주택공급사업에 대한 국가의 재정지원비율(재정 45%, 국민주택기금 40%, 시행자 10%, 입주민 5%) 역시 건설 국민임대주택공급사업에 대한 재정지원비율(재정 10 ～ 40%, 국민주택기금 40 ～ 50%, 시행자 10%, 입주민 10 ～ 30%)에 비해 높은 수준인 사실을 인정할 수 있는 바, 위와 같은 제반 사정에 비추어 보면 매입 국민임대주택공급사업은 건설 국민임대주택공급사업의 입주대상자들보다 주거환경, 소득 등 수준에서 더욱 열악한 처지에 있는 영세민들을 그 입주대상으로 하고 있을 뿐만 아니라, 임대료 등 입주민 부담비율이 상대적으로 낮은 반면 사업비 부문에서 재정의 지원비율은 상대적으로 높아 사업의 공공성이 한층 두드러진다고 할 수 있다(‘사업의 공공성’이라 함은 국가나 지방자치단체가 재정적 지원이나 조세정책적 수단을 도모하여 국민의 사회적 환경을 개선하기 위한 노력을 경주함에 있어 주거, 근로조건 등 사회적 여건이나 지위에 있어 더욱 소외되고 약소한 저소득층 계층을 우선 배려하여야 한다는 실질적 평등에 원칙에 근거한 요청을 말한다).

그러함에도 지방세법상 위 면제조항이 건설 국민임대주택사업의 주된 공급대상이 되는 공동주택에 적용될 뿐, 매입 국민임대주택사업의 주된 공급대상이 되는 다가구주택에 적용되지 아니한다고 해석하는 것은 국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법에서 별 다른 차등 없이 함께 규율되고 있는 건설 국민임대주택사업과 매입 국민임대주택사업을 실질적으로 차별하는 것이 될 뿐만 아니라, 오히려 상대적으로 사업의 공공성이 낮은 건설 국민임대주택사업을 그 공공성이 더 높은 매입 국민임대주택에 비해 더욱 배려하는 것이 되어 부당하다.

(4) 우리의 법체계가 헌법을 정점으로 하는 하나의 통일된 체계를 이루고 있다는 점을 고려하면 건축법 등 다른 법령에서 차용한 법적 개념들은 그 다른 법령에서 의미하는 것과 동일하게 해석하는 것이 원칙이라고 할 것이나, 위와 같은 해석이 과세의 형평과 입법취지에 따른 당해 조항의 합목적성에 비추어 불합리한 결과를 초래한다면 그 다른 법령의 규정에 구속되어 판단해야 할 것은 아니고 어디까지나 세법 독자적인 입장에서 그 입법취지에 비추어 세법 고유의 개념으로 판단하여야 하는바(

(5) 따라서, 이 사건 다가구주택등은 위 면제조항의 적용대상이 되는 공동주택이 아니어서 위 면제조항이 적용되지 아니한다는 것을 전제로, 이 사건 다가구주택등에 대한 취득세, 등록세의 과세표준 중 원고가 위 면제조항이 적용됨을 전제로 당초 취득세등을 신고ㆍ납부하지 아니하였던 면세과표 부분(앞서 살펴보았듯이 별지 과세대상별 부동산내역 순번 1 기재 부동산의 경우에는 과세표준 전체가 면세과표가 된다)에 대해서 취득세등을 부과한 이 사건 부과처분은 위법하다.