부동산 중 전산기기실과 심사정보부 부분은 '요양급여비용의 심사' 및 다른 업무에 공동으로 사용되는 것으로 볼 수 있으며, 급여조사실과 DRG 운영팀 부분은 '요양급여비용의 심사'에 전용으로 사용되는 것으로 볼 수 있다. 따라서 부동산 중 전산기기실, 심사정보부, 급여조사실, DRG 운영팀 부분도 ‘요양급여비용의 심사’ 외의 업무에 전용으로 사용된다고 보고서 한 부과처분은 부당한데, 제출한 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되지 않으므로 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다.

1. 제1심 판결의 인용

이 법원의 판결이유는, 제1심 판결 제2쪽 밑에서부터 5~6째 줄 "18,899.69㎡(이하 '이 사건 부동산'이라고 한다)을"을 "18,899.69㎡(이하 '이 사건 부동산'이라고 한다)를"로, 제3쪽 4째 줄 "2005. 8. 11."을 "2006. 8. 11."로 각 고쳐 쓰고, 제1심 판결 이유 제2의 다항 이하를 다음과 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심 판결문의 기재와 같으므로,

행정소송법 제8조 제2항,

민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 고쳐 쓰는 부분

다. 인정사실

갑 제6, 8호증, 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제10호증의 1, 2, 3, 갑 제11, 12호증, 을 제2호증, 을 제3호증의 1, 2의 각 기재 또는 영상에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실들을 인정할 수 있다.

(1) 원고는 보험급여비용을 심사하고 요양급여의 적정성을 평가하는 등 국민보건향상 및 사회보장증진을 목적으로 하고, 그 목적을 달성하기 위하여 요양급여비용의 심사, 요양급여의 적정성에 대한 평가, 심사 및 평가기준의 개발, 위 각 업무와 관련된 조사연구 및 국제협력, 구 국민건강보험법(2006. 12. 30. 법률 제8153호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 외 다른 법률의 규정에 의하여 지급되는 급여비용의 심사 또는 의료의 적정성 평가에 관하여 위탁받은 업무, 건강보험과 관련하여 보건복지부장관이 필요하다고 인정한 업무, 기타 보험급여비용의 심사 및 보험급여의 적정성 평가와 관련하여 대통령령이 정하는 업무 등의 사업을 행한다.

(2) 원고의 조직을 보면, 원장 아래에 진료심사평가위원회, 감사실, 관리상임이사, 업무상임이사, 개발상임이사, 홍보실, 조사연구실이 있고, 관리상임이사 아래에 혁신기획실, 총무관리실, 고객지원실, 정보통신실이 있으며, 업무상임이사 아래에 심사실, 평가실, 급여조사실, 의료급여실이 있고, 개발상임이사 아래에 종합관리실, 급여기준실, 약제관리실이 있다. 위 각 부서 중 감사실, 혁신기획실, 총무관리실은 업무지원부서이다.

(3) 원고의 업무 중 ‘요양급여비용의 심사’는 요양급여비용의 심사청구를 받은 때에 그 심사청구내용이

구 국민건강보험법 제39조 제2항 및 제3항의 규정에 의한 요양급여의 기준 및

같은 법 제42조의 규정에 의하여 정하여진 요양급여비용의 내역에 적합한지를 심사하는 것을 말한다. 그 심사방법으로는 지표심사와 정밀심사가 있는데, ‘지표심사’란 요양급여비용 청구경향이 양호하여 정밀심사의 필요성이 적다고 판단되는 경우에 청구내역의 정밀심사에 이르지 않고 전산점검을 거쳐 지표만 관리하는 것을 말하고, ‘정밀심사’란 해당 요양기관의 진료경향을 분석하는 등 청구내역을 종합적으로 파악하여 진료내용의 적정성, 심사기준과의 적합성 등을 정밀하게 심사하는 것을 말한다.

(4) EDI(전자문서교환방식) 또는 전산매체에 의한 청구명세서의 접수와 관련된 전산처리업무는 정보통신실 산하 심사정보부에서 담당하는바, 심사정보부에서는 접수 완료된 청구명세서에 대하여 진료내역란의 수가약가치료재료대 코드단가 등 기재착오 또는 누락, 명세서의 요양급여비용총액 등 계산착오, 명세서의 요양급여비용 산정기준 적용착오 등의 유무를 전산프로그램으로 점검한 후, 그 청구명세서를 해당 심사부에 분배한다. 전산점검과정에서 청구오류가 발견되면, 심사정보부의 접수담당직원이 해당 요양기관에 통보하여 그 오류사항을 수정보완할 수 있게 하고, 수정보완된 청구명세서는 전산 자동 재점검과정을 거쳐 해당 심사부에 분배한다.

(5) 청구명세서를 분배받은 심사부에서는 지표심사대상 요양기관의 청구명세서에 대하여는 청구내역심사를 하지 않고 지표만을 관리하되, 정밀점검이 필요하다고 판단되는 청구명세서에 대하여는 건별로 정밀심사로 전환하여 관리할 수 있다. 정밀심사대상 요양기관의 청구명세서에 대하여는 심사직원이 청구명세서의 기재사항이 ‘건강보험 요양급여비용 청구방법, 심사청구서명세서 서식 및 작성요령’ 등에 적합한지의 여부와 명세서의 요양급여비용 청구내역이 심사기준에 의거 적정하게 산정되었는지의 여부를 심사하고, 전문의학적 판단을 필요로 하는 경우 등에는 심사위원에게 심사를 의뢰한다. 심사위원은 심사의뢰서 등을 참조하여 해당 기관 또는 해당 명세서에 대한 진료경향 분석 등을 함으로써 전문의학적 판단에 의하여 진료의 적정 여부를 심사하며, 심사위원들 간에 심사의 통일을 기할 필요가 있는 사항 등은 심사위원회에 부의하여 결정한다.

(6) 심사담당부장은 심사과정에서 허위 또는 부당청구 등이 확인되어 현지조사가 필요하다고 판단되는 요양기관에 대하여는 현지조사담당부서에 현지조사를 의뢰하는데, 현지조사는 보건복지부 주관으로 원고 또는 국민건강보험공단의 인력을 지원받아 실시하는 것으로서, 원고의 급여조사실에서 현지조사업무 지원, 현지조사결과 분석보고, 현지조사결과에 따른 정산심사 등의 업무를 담당한다.

(7) 한편, DRG(Diagnosis Related Group, 진단명 기준 환자군)는 입원환자들을 주진단명 및 기타진단명 등에 따라 진료내용이 유사한 질병군으로 분류한 것을 말하고, DRG 지불제도는 행위별수가제, 즉 진료에 소요되는 약제 또는 재료비를 별도로 산정하고 제공되는 개개의 진료행위마다 가격을 책정하여 진료비를 지불하는 제도와 달리 환자가 어떠한 질병의 진료를 위해 입원하였는가에 따라 질병군별로 미리 책정된 진료비를 지급하는 포괄수가제를 말하는바, 이에 의하면 요양급여비용 심사절차가 대폭 간소화된다. DRG 청구명세서가 접수되면, 요양급여비용 지급 전에 열외군 등 사전점검을 하며, 그 지급 후에는 소정의 선정기준에 따라 확인심사대상을 선정하여 진료내역에 대한 확인심사(모니터링)를 하는데, 이러한 업무들을 비롯하여 DRG 운용에 관한 사항은 종합관리실 산하 DRG 운영팀에서 담당한다.

(8) 심사정보부에서는 앞서 본 전산점검 등 업무 외에 청구심사시스템 개발운용 및 유지보수에 관한 사항, DRG 전산시스템 운용 및 DRG 확대 관련 관리운영체제 구축에 관한 사항, 진료비 심사결정결과통보 및 사후관리 관련 업무 개발운영에 관한 사항, 심사기준 마스터관리 시스템 개발운영에 관한 사항 등도 담당하고, 정보통신실 산하의 나머지 부서인 정보관리부, 평가정보부, 정보개발부는 정보시스템 발전방향 등 기본계획 수립 및 분석평가에 관한 사항, 요양급여의 적정성 평가 지원 및 프로그램의 개발운용에 관한 사항, 진료비청구 프로그램 표준화 및 접수검사등록과 사후 품질관리에 관한 사항 등의 업무를 각 담당한다. 종합관리실 산하의 나머지 부서인 종합관리기획팀, 심사전산화팀은 종합관리제 추진개선관리 등 기본계획 수립 및 분석평가에 관한 사항, 전산심사기준 개발 및 대상 확대 등 업무추진에 관한 사항 등의 업무를 각 담당한다.

(9) 이 사건 부동산 2층에는 면적 700.58㎡의 IC 센터가 있고, 이는 전산기기실과 전산교육장, 시스템 유지보수팀, 교환실로 구획되어 있는데, 위 전산기기실 내의 전산기기들 중 일부가 위 전산점검에 사용된다. 3층에는 면적 562.43㎡의 정보통신실이 있는데, 이는 정보개발부와 평가정보부, 심사정보부, 정보관리부로 구획되어 있으며, 7층에는 면적 453.48㎡의 종합관리실이 있는데, 이는 종합관리실장실, DRG 운영팀, 종합관리기획팀, 심사전산화팀으로 구획되어 있다. 5층에는 면적 745.66㎡의 급여조사실이 있다.

라. 판단

구 지방세법 제273조 제3항에서 말하는 '국민건강보험법에 의한 건강보험심사평가원이

동법 제56조 제1항 제1호의 규정에 의한 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산'이라 함은 당해 부동산의 사용용도가

구 국민건강보험법 제56조 제1항 제1호에 정한 원고의 업무인 '요양급여비용의 심사' 그 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다 할 것이고, 위 규정 소정의 ‘직접 사용’의 범위는 원고의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다. 또한 당해 부동산 중 일부는 '요양급여비용의 심사'에, 일부는 다른 업무에 각 전용으로 사용되고, 일부는 '요양급여비용의 심사' 및 다른 업무에 공동으로 사용되고 있는 경우, 과세관청인 피고로서는 위 부동산 중에서 '요양급여비용의 심사'에 전용으로 사용되는 부분에 대하여는 그 면적 전부를, '요양급여비용의 심사' 및 다른 업무에 공동으로 사용되는 부분에 대하여는 총 전용면적 중 '요양급여비용의 심사'에 전용으로 사용되는 부분의 면적의 비율에 따라 안분한 면적을 각각 '요양급여비용의 심사'에 직접 사용되는 부동산으로 보는 등 합리적이고 타당한 방법에 의하여 '요양급여비용의 심사'에 직접 사용되는 부동산과 그렇지 아니한 부동산을 명확히 구분하여 그에 따라 취득세 및 등록세 등을 면제하거나 과세하여야 할 것이다(

대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결,

2007. 10. 25. 선고 2006두736 판결 참조).

위와 같은 법리에 비추어 살피건대, 앞에서 인정한 사실들과

구 지방세법 제273조 제3항이 원고의 여러 업무들 중 ‘요양급여비용의 심사’만을 특정하여 취득세 등의 면제대상으로 규정하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 부동산 중 전산기기실을 제외한 IC 센터와 심사정보부를 제외한 정보통신실, DRG 운영팀을 제외한 종합관리실, 감사실, 혁신기획실, 총무관리실 등 부분은 ‘요양급여비용의 심사’ 외의 업무, 즉

구 국민건강보험법 제56조 제1항 제2호 내지

제7호 소정의 업무에 전용으로 사용된다고 볼 수 있으므로, 원고 주장과 같이 그 면적 전부 또는 안분한 일부를 취득세 등의 면제대상으로 할 것이 아니다.

그러나 심사정보부에서 전산기기실의 일부 전산기기를 사용하여 수행하는 전산점검과 급여조사실에서 지원수행하는 현지조사 등은 심사청구내용이 요양급여의 기준 등에 적합한지 여부를 심사하는 것으로서, 심사직원심사위원심사위원회에 의한 심사와 마찬가지로 ‘요양급여비용의 심사’에 해당한다고 볼 수 있고, 또한

구 국민건강보험법 제39조 제2항 및

제3항의 규정에 기하여 요양급여기준에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 제정된 것으로서 요양급여비용 심사의 기준이 되는

구 국민건강보험 요양급여의 기준에 관한 규칙(2005. 10. 11. 보건복지부령 제328호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항 [별표 1] 제2호 나목이 질병군 환자의 일반적인 진료원칙을 명시하고,

같은 규칙 제8조 제3항은 질병군 진료에 소요되는 모든 행위약제 및 치료재료를 묶어 하나의 포괄적인 행위로 정하여 고시할 수 있도록 규정하고 있는 점 등에 비추어, DRG 운영팀에서 수행하는 DRG 모니터링 등도, 진료비 지불이 포괄수가제로 이루어진다는 점에서 행위별수가제의 경우와 차이가 있을 뿐, 심사청구내역이 요양급여의 기준 등에 적합한지 여부를 심사한다는 점에서는 차이가 없어서 이를 ‘요양급여비용 심사’의 일종으로 보아야 할 것이므로, 이 사건 부동산 중 전산기기실과 심사정보부 부분은 '요양급여비용의 심사' 및 다른 업무에 공동으로 사용되는 것으로 볼 수 있으며, 급여조사실과 DRG 운영팀 부분은 '요양급여비용의 심사'에 전용으로 사용되는 것으로 볼 수 있다.

따라서 이 사건 부동산 중 전산기기실, 심사정보부, 급여조사실, DRG 운영팀 부분도 ‘요양급여비용의 심사’ 외의 업무에 전용으로 사용된다고 보고서 한 이 사건 부과처분은 위법한데, 당사자가 제출한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되지 않는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없는바, 기록을 살펴보아도 위 전산기기실, 심사정보부, DRG 운영팀 부분의 각 면적을 알 수 없어서 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 원고가 구하는 범위 내에서 이 사건 부과처분 전부를 취소할 수밖에 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고, 원고가 구하는 범위 내에서 이 사건 부과처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.