아이씨센터, 정보통신실, 종합관리실, 급여조사실의 업무는 감면대상 업무에 해당하지 않고, 부동산 중 심사실 및 기획심사위원실만이 감면대상 업무에 직접 사용되는 것으로 보고 이를 제외한 나머지 부동산의 취득에 관하여 취득세 등을 부과한 부과처분은 적법하다.

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑제3, 4, 5호증, 을 제1호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 서울 마포구

염리동 168-9를 주사무소로 하여 국민보건향상 및 사회보장증진을 목적으로 2002. 6. 29. 국민건강보험법에 의하여 설립된 법인으로서 요양급여비용의 심사 및 요양급여의 적정성 평가 등을 목적사업으로 하고 있다.

나. 원고는 2004. 5. 25. 서울 서초구

서초동 1586-7대 3,886.6㎡ 및 그 지상 철근콘크리트구조 스라브지붕 지하 3층 지상 10층 면적 합계 18,899.69㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 취득한 다음 피고에게

구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라고 한다) 제273조 제3항 소정의 취득세 및 등록세 감면신청을 하여 피고로부터 감면을 받고, 이후 이 사건 부동산을 원고의 주사무소로 이용하고 있다.

다. 피고는 2006. 5. 9. 이 사건 부동산에 대한 실제 사용여부를 조사하여 원고가 심사실(지상 1층 148.65㎡ 및 지상 6층 1,046.42㎡)과 기획심사위원실(지상 7층 288.10㎡)의 용도로 사용하고 있는 면적 합계 1,483.17㎡만이 감면대상 업무에 사용하고 있을 뿐 이를 제외한 나머지 면적은 감면대상 업무 이외 다른 용도로 사용하고 있다는 이유로, 2005. 8. 11. 원고에게 이 사건 부동산 중 감면대상 업무를 위하여 사용되고 있는 면적비율을 0.16731116764617{1,483.17㎡ ÷ 8,864.74㎡(지상 1층 내지 지상 10층 사무실 전용면적 8,010.42㎡ + 지하 1층 구내식당 면적 854.32㎡, 전체면적에서 공용면적을 제외한 부분이다}로 하여 과세표준을 32,474,864,463원{취득가액 39,000,000,000원 x (1 - (0.16731116764617), 원 미만 버림}으로 정한 다음 아래 내역과 같이 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세를 부과하였다(이하 모두 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다).

⑴ 취득세 860,453,990원(본세 649,497,280원 + 신고불성실 가산세 129,899,450원 + 납부불성실 가산세 81,057,260원),

구 지방세법 제111조,

제112조 제1항

⑵ 농어촌특별세 71,444,690원(본세 64,949,720원 + 가산세 6,494,970원), 농어촌특별세법 제3조 제5호, 제5조 제1항 제6호

⑶ 등록세 1,290,681,000원(본세 974,245,930원 + 신고불성실 가산세 194,849,180원 + 납부불성실 가산세 121,585,890원),

구 지방세법 제124조,

제130조,

제131조 제1항

⑷ 지방교육세 238,651,260원(본세 194,849,180원 + 신고불성실 가산세 19,484,910원 + 납부불성실 가산세 24,317,170원),

구 지방세법 제260조의2,

제260조의3 제1항

라. 원고는 2006. 8. 21. 행정자치부장관에게 지방세심사청구를 하였는데, 행정자치부장관은 같은 해 9. 25. 원고의 청구를 기각하였다.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

구 지방세법 제273조 제3항 소정의 감면대상 업무에 사용되는지 여부는 그 부서의 업무내용에 따라 실질적으로 판단하여야 할 것인데, 원고의 업무부서 중 이디아이{ EDI(Electronic Data Interchange), 기업간 거래에 관한 데이터와 문서를 표준화하여 컴퓨터 통신망으로 거래 당사자가 직접 전송ㆍ수신하는 정보전달 시스템} 심사업무를 수행하고 있는 아이씨(IC, integrated circuit, 집적회로)센터(지상 2층 700.58㎡), 감면대상 업무 자체가 대부분 전산화되어 있다는 점에서 정보통신실(지상 3층 562.43㎡), 심사청구방법 및 심사개발 등과 관련된 업무를 수행하는 종합관리실(지상 7층 453.48㎡), 정산심사 및 전산화와 관련된 업무를 수행하는 급여조사실(지상 5층 745.66㎡)의 업무도 감면대상 업무에 해당하는 것으로 보아야 한다. 또 총무관리실(1,219.40㎡), 감사실(122.25㎡), 혁신기획실(161.16㎡)이 사용하고 있는 면적도 감면대상 업무에 해당하는 것은 아니라고 할지라도 이를 지원하기 위한 업무지원부서로서 감면대상 업무와 관련이 있으므로 안분계산되어야 할 것인바, 이를 공용면적과 같이 감면비율을 산정하기 위한 기준면적에서 제외하여야 한다.

따라서 이 사건 부동산 중 감면대상 업무를 수행하는데 사용되고 있는 면적은 3,945.32㎡(당초 면적 1,483.17㎡ + 아이씨센터 700.58㎡ + 정보통신실 562.43㎡ + 급여조사실 745.66㎡, 종합관리실 453.48㎡)이고, 감면비율을 산정하기 위한 기준면적도 6,507.61㎡(당초 면적 8,864.74㎡ - 총무관리실 1,219.40㎡ - 감사실 122.25㎡ - 혁신기획실 161.16㎡ - 구내식당 854.32㎡)이 되어야 하며, 이 경우 감면비율은 약 60.626%로 산출되어 이 사건 취득세 및 등록세의 과세표준은 15,355,860,000원{(39,000,000,000원 x 39.374%(100% - 60.626%)}이 되므로, 이 사건 부과처분 중 청구취지 기재와 같이 원고 계산의 정당세액을 초과하는 부분은 위법하다.

나. 관계법령

[구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것)]

제273조 (연금 및 건강보험 등 지원을 위한 감면)

③ 국민건강보험법에 의한 국민건강보험공단과 건강보험심사평가원이 동법 제13조 제1항 제1호 내지 제3호, 제6호 내지 제8호 및 제56조 제1항 제1호의 규정에 의한 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 그 취득일로부터 1년 내에 정당한 사유 없이 그 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

[국민건강보험법]

제56조 (업무 등) ① 심사평가원은 다음 각호의 업무를 관장한다.

1. 요양급여비용의 심사

2. 요양급여의 적정성에 대한 평가

3. 심사 및 평가기준의 개발

4. 제1호 내지 제3호의 업무와 관련된 조사연구 및 국제협력

5. 다른 법률의 규정에 의하여 지급되는 급여비용의 심사 또는 의료의 적정성평가에 관하여 위탁받은 업무

6. 건강보험과 관련하여 보건복지부장관이 필요하다고 인정한 업무

7. 기타 보험급여비용의 심사와 보험급여의 적정성 평가와 관련하여 대통령령이 정하는 업무

[국민건강보험법 시행령]

제28조 (업무) ① 법 제56조 제1항 제7호에서 ‘대통령령이 정하는 업무’라 함은 다음 각호의 업무를 말한다.

1. 법 제43조의 규정에 의한 요양급여비용심사청구와 관련된 소프트웨어의 개발ㆍ공급ㆍ검사 등 전산관리

2. 법 제44조 제1항의 규정에 의하여 지급되는 요양비 중 보건복지부령이 정하는 기관에서 받은 요양비에 대한 심사

3. 법 제56조 제1항 제1호 내지 제6호의 업무와 관련된 교육ㆍ홍보

다. 인정사실

앞에서 든 증거에 갑 제8호증, 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제10호증의 1, 2, 3, 갑 제11, 12호증, 을 제2호증, 을 제3호증의 1, 2, 을 제4호증의 각 기재 및 영상을 종합하여 보면 다음 각 사실을 인정할 수 있다.

(1) 원고 등기부등본에는 원고의 목적사업을 ‘1. 요양급여비용의 심사, 2. 요양급여의 적정성에 대한 평가, 3. 심사 및 평가기준의 개발, 4. 제1호 내지 제3호 업무와 관련된 조사연구 및 국제협력, 5. 다른 법률의 규정에 의하여 지급되는 급여비용의 심사 또는 의료의 적정성 평가에 관하여 위탁받은 업무, 6. 건강보험과 관련하여 보건복지부장관이 필요하다고 인정하는 업무, 7. 기타 보험급여비용의 심사와 보험급여의 적정성 평가와 관련하여 대통령령이 정하는 업무’로 정하고 있다.

(2) 원고의 조직은 원장 아래 감사 및 진료심사평가위원회 이외에 관리상임이사, 업무상임이사, 개발상임이사, 홍보실, 조사연구실로 나뉘고, ‘관리상임이사’는 혁신기획실, 총무관리실, 고객지원실, 정보통신실을, ‘업무상임이사’는 심사실, 평가실, 급여조사실, 의료급여실을, ‘개발상임이사’는 종합관리실, 급여기준실, 약제관리실을 지휘한다.

(3) 원고의 조직 중 ‘심사실’은 심사 1 ~ 4부 및 심사관리부가 있고, 종합병원 이상 요양기관 및 의료급여기관에 대한 심사, 재심사 조정청구 및 종합관리 실행에 관한 사항, 요양기관진료비 상시분석시스템 운영, 심사일정조정, 관리, 처우명세서 접수협황관리, 요양(의료)급여비용 심사재점검 기획 및 운용에 관한 사항 등의 업무를 담당한다.

그리고 ‘정보통신실’은 그 아래 ‘정보관리부’, ‘심사정보부’, ‘평가정보부’, ‘정보개발부’가 있는데, 정보시스템 발전방향 등 기본계획 수립 및 분석ㆍ평가에 관한 사항, 청구 심사시스템 개발ㆍ운용 및 유지보수에 관한 사항, 요양급여의 적정성평가 지원 및 프로그램개발ㆍ운용에 관한 사항, 진료비청구프로그램 표준화 및 접수, 검사 등록 및 사후품질관리에 관한 사항, 대내외 정보통신망 관리에 관한 사항, 직원 전산교육에 관한 사항, 데이터베이스 관리에 관한 사항 등의 업무를 수행하고 있다.

‘종합관리실‘은 그 아래 ’종합관리기획팀‘, ’심사전산화팀‘, ’디알지(DRG, Diagnosis Related Group, 진단명기준 환자군)운영팀‘이 있는데, 종합관리제 추진ㆍ개선관리 등 기본계획 수립 및 분석ㆍ평가에 관한 사항, 실내 업무혁신 및 업무조정에 관한 사항, 전산심사기준개발 및 대상확대 등 업무추진에 관한 사항, 디알지 사업운영 및 정책지원 등 전반, 디알지 수가 등 개발 및 지침의 설정에 관한 사항 등의 업무를 수행하고 있다. 한편 디알지라 함은 입원환자를 그 주진단명 또는 부상병명 등으로 진료대상이 유사한 질병군으로 분류한 것으로 디알지 지불제도는 입원환자에 대하여 행위별 수가제를 적용하지 않고 미리 책정된 일정액의 진료비를 지급하는 포괄수가제를 말한다.

‘급여조사실’은 ‘급여조사 1 ~ 4부’로 나뉘는데, 현지조사지원 기본계획수립ㆍ분석 및 평가에 관한 사항, 행정처분 등의 지원에 관한 사항, 현지조사업무지원에 관한 사항, 부당청구 감지를 위한 상시분석시스템 구축ㆍ운영에 관한 사항, 현지조사분석보고에 관한 사항 등의 업무를 수행하고 있다.

(4) 한편, 요양급여비용심사는 요양기관의 청구내용이 요양급여기준 등에 적합한지 여부를 심사하는 것으로 청구진료비의 효율적 심사를 위하여 청구경향이 양호한 기관을 대상으로 기본사항 점검 및 전산심사를 실시하는 지표심사와 전산심사 후 심사직원이 확인하고 의학적인 판단이 요구되는 건에 대하여 심사위원이 전문심사를 실시하는 정밀심사로 나뉘는데, 위 전산심사는 요양급여비용청구시 그 내역에 대한 적합성 여부를 심사하기 이전에 일반사항의 오류에 대한 기재점검, 약가나 수가의 단가 등에 대한 자동점검, 심사기준 적용착오 등에 대한 전문가 점검 등을 전산으로 심사하는 것을 말한다.

요양급여비용의 심사절차는 먼저 요양기관이 이디아이나 디스켓, 서면 등으로 요양급여비용을 청구하면 수가, 약가, 자료대가격, 기준, 산정지침 등 전산프로그램으로 자동전산점검을 거치는데, 이후 녹색기관과 지표기관은 곧바로 전산입력, 교정 및 명세서 점검업무를 거쳐 심사결과자료를 출력하여 급여비용을 지급받게 되고, 정밀기관은 심사위원에 의하여 보완자료요청 및 면담심사, 현지확인심사 등 정밀심사를 받게 된다.

라. 판단

(1) 살피건대,

국민건강보험법 제56조 제1항은 원고의 업무에 관하여 요양급여비용의 심사(제1호), 요양급여의 적정성에 대한 평가(제2호), 심사 및 평가기준의 개발(제3호), 기타 보험급여비용의 심사와 보험급여의 적정성 평가와 관련하여 대통령령이 정하는 업무(7호) 등 7개 업무로 나누고,

같은 법 시행령 제28조는

국민건강보험법 제56조 제7호의 업무에 관하여 요양급여비용심사청구와 관련된 소프트웨어의 개발ㆍ공급ㆍ검사 등 전산관리,

법 제44조 제1항 의 규정에 의하여 지급되는 요양비 중 보건복지부령이 정하는 기관에서 받은 요양비에 대한 심사,

법 제56조 제1항 제1호 내지 제6호의 업무와 관련된 교육ㆍ홍보 등을 규정하고 있으며, 원고 등기부에도 원고의 목적사업을

국민건강보험법 제56조와 같이 요양급여비용의 심사, 요양급여의 적정성에 대한 평가 등 7개 업무로 구별하고 있는데, 이 사건 취득세 등 감면요건을 정한

구 지방세법 제273조 제3항은 감면대상을 ‘원고가

국민건강보험법 제56조 제1항 제1호의 규정에 의한 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’이라고 특정하여 규정하고 있는바, 위 관련규정에 의하면 이 사건 부동산 중 취득세 등이 감면되는 부분은 원고의 업무 중 ‘요양급여비용의 심사’ 업무에 직접 사용되는 경우에 한정되고, 그 외 원고의 업무 중 요양급여의 적정성에 대한 평가, 심사 및 평가기준의 개발, 제1호 내지 제3호의 업무와 관련된 조사연구 및 국제협력, 다른 법률의 규정에 의하여 지급되는 급여비용의 심사 또는 의료의 적정성평가에 관하여 위탁받은 업무, 기타 보험급여비용의 심사와 보험급여의 적정성 평가와 관련하여 대통령령이 정하는 업무 등을 위하여 사용되는 부분은 제외된다고 할 것이다.

그리고 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(

대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 참조).

(2) 감면대상 업무 해당 여부

㈎ 원고는 아이씨센터에 요양기관이 전산상으로 진료비 등을 청구하는 이디아이 업무를 수행하는 전산장비가 위치하고 있고, 위 전산장비에 의하여 자동점검이 이루어지므로 아이씨센터가 수행하는 업무는 ‘요양급여비용의 심사’ 업무에 해당한다고 주장한다.

보건대, 앞에서 인정한 사실에 의하면 아이씨센터에는 위 전산장비가 위치한 전산기기실 뿐만 아니라 이디아이 업무와 직접적으로 관련이 없다고 보여지는 전산교육장, 위 전산장비를 유지하기 위한 시스템유지보수팀, 교환실이 있고, 원고의 요양급여비용심사는 의료기관이 이디아이나 서면, 디스켓 등으로 요양급여를 신청하면 먼저 전산장비에 의하여 자동점검을 한 다음 정밀심사가 필요한 경우 심사위원에 의한 정밀심사가 시행되므로 아이씨센터도 일응 ‘요양급여비용의 심사’ 업무 중 일부를 수행하는 것처럼 보일 수 있으나, 오늘날 기업의 거의 모든 업무가 전산으로 행하여지고 유지ㆍ관리되고 있으며 이 사건 부동산 중 전산장비가 위치하고 있는 곳이 위 전산기기실 하나만 있는 것으로 볼 때, 아이씨센터는 전산장비에 의하여 요양급여신청의 자동점검 뿐만 아니라 원고의 전산에 의하여 이루어지는 모든 업무를 지원하거나 전산장비의 관리 및 유지보수ㆍ관련 프로그램의 개발 및 운영 업무를 수행하고 있는 것으로 판단된다. 따라서 아이씨센터의 업무가 ‘요양급여비용의 심사’ 업무로서 감면대상 업무에 해당한다고 할 수 없다.

㈏ 다음으로 ‘정보통신실’은 앞에서 본 바와 같이 정보시스템 발전방향 등 기본계획 수립 및 분석ㆍ평가에 관한 사항, 청구 심사시스템 개발ㆍ운용 및 유지보수에 관한 사항, 요양급여의 적정성평가 지원 및 프로그램개발ㆍ운용에 관한 사항, 대내외 정보통신망 관리에 관한 사항, 직원 전산교육에 관한 사항, 데이터베이스관리에 관한 사항 등의 업무를 수행하고 있는바, 이는

국민건강보험법 제56조 제1항 제7호,

같은 법 시행령 제28조 제1호 소정의 요양급여비용심사청구와 관련된 소프트웨어의 개발ㆍ공급ㆍ검사 등 전산관리에 관한 업무에 해당하는 것으로서

국민건강보험법 제56조 제1항 제1호 소정의 ‘요양급여비용의 심사’ 업무와 명백히 구별된다.

㈐ 또한 ‘종합관리실‘은 앞에서 본 바와 같이 종합관리제 추진ㆍ개선관리 등 기본계획 수립 및 분석ㆍ평가에 관한 사항, 실내 업무혁신 및 업무조정에 관한 사항, 전산심사기준개발 및 대상확대 등 업무추진에 관한 사항, 디알지 사업운영 및 정책지원 등 전반에 관한 업무를 수행하고 있고, 이는

국민건강보험법 제56조 제1항 제3호 소정의 ’심사 및 평가기준의 개발‘ 업무에 해당한다고 할 것이므로 이 사건 감면대상 업무에 해당할 여지가 없다. 원고는 디알지 지불제도를 시행하기 위한 디알지 운영팀의 업무도 요양급여비용의 심사 업무에 해당한다고 주장하나, 앞에서 본 바와 같이 디알지 지불제도는 입원환자에 대하여 행위별 수가제를 적용하지 않고 미리 책정된 일정액의 진료비를 지급하는 포괄수가제를 말하는 것으로서 결과적으로 ’심사업무‘를 ’생략‘하기 위한 제도라고 할 것이므로, 위 디알지 운영팀의 업무가 ’심사업무‘를 수행하기 위한 업무라고 할 수 없다.

㈑ 마지막으로 ‘급여조사실’은 앞에서 본 바와 같이 현지조사지원 기본계획수립ㆍ분석 및 평가, 현지조사업무지원에 관한 사항, 현지조사분석보고에 관한 사항 등의 업무를 수행하고 있는바, 이는 국민건강보험법 제56조 제1항 제2호 소정의 요양기관이 행한 진료에 대해 원고가 보유하고 있는 심사자료 및 현장확인을 통하여 그 진료가 의약적인 측면과 비용ㆍ효과적인 측면에서 적정하게 행하여졌는지를 평가하는 ‘요양급여의 적정성 평가업무’ 또는 제4호 소정의 ‘제1호 내지 제3호의 업무와 관련된 조사연구 및 국제협력’ 업무에 해당한다고 할 것이므로, 감면대상 업무에 해당하지 아니한다.

㈒ 따라서 아이씨센터, 정보통신실, 종합관리실, 급여조사실의 업무도 감면대상 업무에 해당한다는 원고의 이 부분 주장은 모두 이유 없다.

(3) 업무지원부서의 기준면적 제외 여부

원고는 총무관리실, 감사실, 혁신기획실 업무지원부서 및 구내식당으로 사용되고 있는 면적도 감면대상 업무와 관련이 있으므로 안분계산을 위하여 기준면적 산출시 제외되어야 한다고 주장하나,

구 지방세법 제273조 제3항은 명백히 ‘감면대상 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 대하여만 취득세 등을 면제한다고 규정하고 있으므로 원고 주장처럼 직접 사용되는 부분이 아닌 부분에 대하여서까지 무한히 위 규정을 유추, 확장하여 적용할 수 없다.

또한 앞에서 본 바와 같이 총무관리실은 우편물발송 접수, 법률 및 소송에 관한 업무, 서무, 회계, 안전관리 업무를 수행하는 곳 뿐만 아니라 건강관리실, 여직원 휴게실, 임원실, 노동조합 사무실을 망라하고 있고, 감사실은 원고의 업무에 대한 감사 및 수감업무를 담당하는 곳이며, 혁신기획실은 기관운영 및 경영전략 수립업무를 담당하는 곳으로서, 위 총무관리실 등이 ‘요양급여비용의 심사’ 업무와 직접적인 관련이 있다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 원고 주장과 같이 해석할 경우 궁극적으로는 총무관리실, 감사실 등 뿐만 아니라 심사실 이외의 원고의 모든 업무 즉 홍보상담실, 의료급여실, 급여기준실, 약제관리실, 평가실, 조사연구실 등의 업무 또한 ‘요양급여비용의 심사’ 업무와 무관하다고 할 수 없어, 결국 원고의

국민건강보험법 제56조 제1항 제1호 내지 7호 소정의 모든 업무가 감면대상 업무에 해당하거나 감면대상 업무와 관련이 있는 업무에 해당되어 취득세 등이 모두 감면되는 결과가 되는바, 이는

구 지방세법 제273조 제3항이 감면대상 업무를

국민건강보험법 제56조 제1항 제1호 소정의 ‘요양급여비용의 심사’ 업무만으로 특정하여 제한하고 있는 법규정에 반한다.

원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(4) 따라서, 이 사건 부동산 중 심사실 및 기획심사위원실만이 감면대상 업무에 직접 사용되는 것으로 보고 이를 제외한 나머지 부동산의 취득에 관하여 취득세 등을 부과한 이 사건 부과처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.