KILF 한국지방세연구원-지방세 법령정보시스템

2008두8444(20090423)

등록세 중과세의 기준이 되는 설립일이 설립등기일인지 여부

답변요지

당해 법인의 법인격 자체가 소멸하지 않는 한 당해 법인의 설립일은 당초 설립등기일이고, 해산간주된 법인이 다시 영업을 재개하여 활동하는 경우에도 그 활동하는 시기에 새로이 법인이 설립되었다고 볼 수는 없다.

본문

【심리불속행기각】

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【하급심-서울고등법원 2008. 5. 2. 선고 2007누28276 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【이 유】

1. 부과처분의 경위

이 법원이 이 부분에서 설시할 이유는 제1심 판결 이유 해당란 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

00은 실제로 사업을 영위하였고, 원고는 이 사건 변경등기를 통하여 00의 목적사업을 승계하였으므로, 원고가 오로지 등록세의 중과세를 회피하기 위하여 변경등기의 형식을 취한 것은 아니다. 또한 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 엄격히 하여야 하는바, 「지방세법」제138조 제1항 제3호에 규정된 ‘법인의 설립 이후의 부동산 등기’에서의 ‘설립 이후’란 ‘설립등기일 이후’를 의미하는 것이 명백하다. 그런데, 원고는 설립일인 1991. 7. 11.로부터 5년이 경과한 후 이 사건 부동산을 취득하였으므로 「지방세법」제138조 제1항 제3호 등에 따른 등록세 중과요건에 해당되지 않음에도 불구하고 이와 달리 보고 한 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

지방세법

제138조 (대도시 지역내 법인등기 등의 중과)

①다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. (단서 생략)

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

③제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.

지방세법 시행령

제102조 (대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준)

②법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

다. 판단

(1) 새로운 법인의 설립 여부

(가) 「지방세법」제138조 제1항 제3호의 ‘법인설립’의 의미

조세법은 침해규범으로서 납세의무의 요건과 그 한계를 설정하는 것이므로 법적 안정성이 강하게 요청되어 그 내용은 일의적으로 명확하게 규정되어야 하고(과세요건명확주의), 과세요건에 관한 해석이 문제되는 경우 문언에 따라 엄격하게 해석하여야 하며 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 아니한다(엄격해석의 원칙, 대법원 2000. 3. 16. 선고 98두11731 전원합의체 판결 등 참조).

한편 세법규정이 모호하여 해석상 의심이 있는 경우에는 납세자에게 유리하게 해석하여야 하고, 조세법이 사용하는 개념은 다른 법 분야에서 사용되어 이미 확실한 의미내용을 부여받은 차용개념과 조세법이 독자적으로 사용하는 고유개념이 있을 수 있는바, 조세법이 명문으로 다른 법에서 사용되는 개념을 수정하는 내용의 규정을 두고 있지 않은 이상, 법적 안정성의 견지에서 조세법에서 사용된 개념은 다른 법에서 사용되는 개념과 동일하게 해석하는 것이 원칙이다.

이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 부과처분은 해산간주된 휴면법인인 주식회사의 임원·명칭·본점·목적사업 등이 전면적으로 변경된 경우도 「지방세법」제138조 제1항 제3호의 ‘법인의 설립’에 해당되므로, 그 변경일을 법인의 설립일로 해석하는 전제에서 출발하고 있다.

그러나 상법에 의하면 주식회사인 법인은 그 설립등기를 마침으로써 성립하고(제172조), 이로써 회사로서의 법인격을 취득하는 것이며(제171조 제1항), 이와 같은 설립등기의 효력에 관한 상법 제172조는 지점 등의 경우에 적용되는 상업등기의 일반적 효력(제37조)과 다른 강행규정이다.

따라서 해산간주된 법인이 다시 영업을 재개하여 활동하는 경우에도 법인격 자체가 완전히 소멸되지 않는 한 당해 법인의 설립일은 당초 설립등기일이고, 지방세법이 법인의 설립에 관한 별도의 규정을 두지 않고 있는 이상, 「지방세법」제138조 제1항 제3호의 ‘법인의 설립’은 상법상의 법인의 설립과 동일하게 보아야 한다.

(나) 00과 원고의 동일성

피고는 원고의 주주· 임원· 명칭· 본점· 목적사업 등은 00의 그것이 전면적으로 변경된 것이므로 기존 법인인 00과의 동일성이 인정되지 않는다고 주장하나, 법인의 동일성 여부는 그 법인격이 상실되지 않고 유지되는 이상 이를 인정해야 하고, 법인의 필요에 따라 변경될 수 있는 주주· 임원· 명칭· 본점· 목적사업 등의 변경 여부에 따라 그 동일성이 좌우될 수 있는 것이 아니다.

만약 「지방세법」제138조 제1항 제3호의 ‘법인의 설립’을 위와 같은 주주· 임원· 명칭· 본점· 목적사업의 변경에 따라 달리 판단할 수 있다고 한다면, 위 조항은 어느 정도의 주주· 임원· 명칭· 본점· 목적사업의 변경이 있어야 법인의 동일성이 상실되고 새로운 법인이 설립된 것으로 볼 수 있는지에 관하여 그 내용이 명확하지 않게 되어 조세법률주의 원칙의 내용인 과세요건법정주의와 과세요건명확주의에 위반되게 되는바, 합헌적 해석의 원칙에 의해서라도 위 조항의 ‘법인의 설립’을 주주· 임원· 명칭· 본점· 목적사업의 변경에 따라 달리 판단할 수는 없는 것이다.

(2) 실질과세의 원칙 적용 여부

국세기본법 제14조의 실질과세원칙은 거래형식이나 소득의 귀속을 단순한 명의나 형식이 아닌 법적 실질에 의하여 판단하겠다는 것으로서, 거래나 행위를 경제적으로 관찰하여 동일한 경제적 효과에 도달한 경우에 이를 조세법적으로 동일하게 평가하여 과세의 대상으로 삼겠다는 이른바 경제적 관찰방법을 규정한 것은 아니라고 할 것이므로, 납세의무자는 경제활동을 함에 있어서 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해서 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것이다(대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두963 판결 참조).

법인 또는 개인이 새로이 사업 활동을 개시하기 위하여 새로운 회사를 설립할 것인지, 아니면 기존에 설립되어 있던 회사 자체에 대한 지배권을 취득할 수 있는 주식을 양수하는 방식을 취할 것인지는, 그 목적 달성의 효율성, 조세 등 관련비용의 부담 정도 등을 고려하여 스스로 선택할 사항이라고 할 것이고, 그들이 어느 한 가지 방식을 선택하여 법률관계를 형성하였다면, 그로 인한 조세의 내용이나 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정되어야 하고, 주식 양수의 방법을 선택한 경우 그 궁극적 목적이 기존 법인의 사업과는 다른 새로운 사업을 하기 위한 것이라고 하여 그 법적 형식의 차이를 무시하고 주식의 양수를 새로운 법인의 설립과 동일하다고 하거나 조세법상 동일한 취급을 할 수는 없다.

나아가 만약 실질과세의 원칙에 의하여 당사자의 거래행위를 그 법형식에도 불구하고 행위의 실질에 따라 조세회피행위라고 하여 그 행위의 효력을 부인하기 위해서는 조세법률주의의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어 있어야 할 것인바(대법원 1999. 11. 9. 선고 98두14082 판결 등 참조), 그와 같은 규정이 존재하지 않는 이 사건에서 실질과세의 원칙을 이유로 이 사건 변경등기를 새로운 법인설립행위로 보아 이 사건 부동산 등기에 대하여 등록세를 중과할 수는 없다고 할 것이다.

(3) 법인격부인론의 적용 여부

법인격부인의 법리는 회사가 외형상으로는 법인의 형식을 갖추고 있지만 이는 법인의 형태를 빌리고 있는 것에 지나지 아니하고 그 실질에 있어서는 완전히 그 법인격의 배후에 있는 타인의 개인기업에 불과하거나 그것이 배후자에 대한 법률적용을 회피하기 위한 수단으로 함부로 쓰이는 경우에는, 비록 외견상으로는 회사의 행위라 할지라도 회사와 그 배후자가 별개의 인격체임을 내세워 회사에게만 그로 인한 법적 효과가 귀속됨을 주장하면서 배후자의 책임을 부정하는 것은 신의성실의 원칙에 위반되는 법인격의 남용으로서 심히 정의와 형평에 반하여 허용될 수 없고, 따라서 회사는 물론 그 배후자인 타인에 대하여도 회사의 행위에 관한 책임을 물을 수 있다는 법리인바(대법원 2001. 1. 19. 선고 97다21604 판결 참조), 이는 당해 법인과 그 배후에 있는 자(개인 또는 다른 법인)를 동일시하여, 사안의 형평성 있는 해결을 도모하기 위한 이론이다.

그러나 이 사건 부과처분은 법인의 배후에 있는 자에 대한 처분이 아니라 당해 법인에 대한 처분이므로, 법인격부인론은 이 사건 부과처분의 적법 여부와 직접적인 관련이 없다.

라. 소결론

「지방세법」제138조 제1항은, 법인의 경우 조직과 규모에 있어 강한 확장성을 가지고 활동의 영역과 효과가 넓고 다양하여 인구와 경제력의 집중효과가 자연인의 경우에 비하여 훨씬 더 강하게 나타나고, 동시에 대도시가 가지는 고도의 집적의 이익을 향유함으로써 대도시 외의 법인에 비하여 훨씬 더 큰 활동상의 편의와 경제적 이득을 얻을 수 있으므로, 법인이 대도시 내에서 하는 등기에 대하여 자연인이나 대도시 외의 법인이 하는 등기에 비하여 상대적으로 높은 세율의 등록세를 부과함으로써 인구와 경제력의 대도시 집중을 억제하여 대도시 주민의 생활환경을 보존·개선하고 지역 간의 균형발전 내지는 지역경제를 활성화하려는 복지국가적 정책목표에 이바지하기 위한 규정인바(헌법재판소 1996. 3. 28. 선고 94헌바42 결정), 이러한 등록세 중과를 회피하기 위하여 대도시에서 법인을 새로이 설립하는 대신 휴면법인을 인수한 후 이를 이용하는 행위는 기업윤리에 어긋나고 조세정의에 반하는 행위로 비난받을 여지가 있고, 이러한 행위를 조세법적으로 규율할 필요성은 있다고 할 것이다.

그러나 위에서 살펴본 바와 같이 확장해석이나 유추해석, 실질과세의 원칙, 법인격부인의 법리를 들어 휴면법인을 통한 부동산 등기에 대하여 「지방세법」제138조 제1항 제3호를 적용하여 등록세를 중과할 수는 없다(피고로서는 그러한 행위에 대한 규율이 법률에 명시된 후에야 등록세를 중과할 수 있을 것이다).

3. 결론

그렇다면, 제1심 판결은 정당하고, 피고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울행정법원 2007. 10. 2. 선고 2007구합14312 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 피고가 2007. 1. 10. 원고에 대하여 한 등록세 1,123,802,670원, 지방교육세 209,989,190원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【이 유】

1. 부과처분의 경위

가. 주식회사 원·00(이하 ‘원·00’이라 한다)은 1991. 7. 11. 서울 용산구 00동 26-5를 본점 소재지로 하여 설립되었고, 법인등기부상 현황은 다음과 같다.

상호 원·탑 디자인

본점 서울 용산구 00동 26-5

발행주식 총수 5,000주, 1주의 금액 10,000원, 자본의 총액 50,000,000원

목적 주택건설업, 실내장식 및 공사업, 가구제조 및 판매업, 철물공사업, 목공사 및 도장공사업, 의장공사업, 각호에 관련된 부대사업

임원 대표이사(이사):허00, 이사:서00, 조00, 감사:박00

상호 00디자인

본점 서울 용산구 00동 198-4

나. 그 후 1992. 12. 11. 주식회사 00디자인(이하 ‘00디자인’이라 한다)으로 변경등기된 내용은 다음과 같다.

다. 주식회사 00(이하 ‘00’라 하고, 원·00, 00디자인과 00을 모두 지칭할 경우 ‘00 등’이라 한다)로의 변경등기의 내용은 다음과 같다.

⑴ 1996. 7. 12.자 변경등기

상호 00

본점 서울 ○○구 00동 435-5

목적 00디자인의 목적사업을 모두 삭제(각호에 관련된 부대사업 제외)

추가:컴퓨터, 주변기기 제조 및 판매업, 컴퓨터 프로그램개발 및 판매서비스업, 화상회의 원격진료시스템 개발 및 판매써비스업, 미디(전자음악)기기 및 주변기기 제조 판매업, 직물제조 및 임가공 도매업, 섬유제조 및 도매업, 부동산임대업

임원

퇴임등기

대표이사(이사):허00, 이사:서00, 조00, 감사:박00

취임등기

대표이사(이사):엄00, 이사:김00, 김00, 감사:류00

⑵ 00은 2001. 12. 4. 상법 제520조의2 제1항의 규정에 의하여 휴면회사로서 해산간주되었고 대표이사(이사) 엄00, 이사 김00, 김00의 등기는 위 규정에 의한 해산간주로 말소되었다. 00은 그 후 2002. 3. 29. 회사계속등기를 하였고, 이사 김00, 감사 김00의 취임등기, 감사 류00의 퇴임등기를 하였다.

⑶ 2003. 7. 15.자 변경등기

본점 서울 ○○구 00동 1-10 00빌라트 202호

목적

삭제 : 각호에 관련된 부대사업

추가: 서비스 오퍼

임원

사임등기

이사:김00

취임등기

이사:류00

⑷ 00은 2003. 8. 6. 등록세를 신고한 것 외에 지방세를 신고·납부한 사실이 없다.

라. 원고로의 변경등기의 내용은 다음과 같다.

⑴ 2003. 9. 3.자 변경등기(이하 ‘이 사건 변경등기’라 한다)

상호

원고

목적

추가:건축업, 부동산분양업, 각호에 관련된 부대사업

임원

사임등기

이사:류00

취임등기

대표이사(이사):박00, 이사:박00, 감사:김00

⑵ 2004. 7. 14.자 변경등기

본점 서울 ○○구 00동 99

지점설치

서울 ○○구 00동 38(2006. 4. 27. 폐지)

마. 한편, 원고는 2004. 1. 27. 박00으로부터 서울 ○○구 ○○동 38 대 1,289.4㎡와 서울 ○○구 ○○동 99 대 1,167.6㎡를 취득하고 2004. 2. 3. ○○지방법원 ○○등기소 접수 제10530호로 1998. 2. 7. 매매를 원인으로 한 각 소유권이전등기를 경료하였다. 원고는 위 각 토지의 취득에 관하여 과세표준액을 5,260,000,000원으로 하여 취득세를 신고·납부하였다.

원고는 이와 별도로 ○○동 99 지상 건물에 관하여 2004. 2. 3. 같은 등기소 접수 제10530호로 1998. 2. 7. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하였고, ○○동 38 지상 건물에 관하여 2006. 3. 21. 같은 등기소 접수 제19743호로 2006. 2. 28. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하였다(이하 위 각 토지 및 건물을 ‘이 사건 부동산’이라 한다).

바. 피고는 2006. 11.경 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과 사실은 ○○동 99 토지의 매매대금이 7,420,139,638원, ○○동 38 토지의 매매대금이 4,678,018,371원이었고, 뿐만 아니라 원고가 위 각 건물을 211,282,561원에 취득하였음에도{이 사건 부동산 합계 12,309,440,570원(7,420,139,638원+4,678,018,371원+211,282,561원)} 이에 따른 등록세 등을 신고·납부하지 않았음을 밝혀냈다.

사. 피고는, 이 사건 변경등기를 「지방세법」제138조 제1항 제3호 및 「지방세법 시행령」제102조 제2항에서 정한 법인의 설립으로 보고, 이 사건 부동산의 등기는 법인의 설립 이후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기이므로 등록세 중과대상에 해당한다는 이유로, 2007. 1. 10. 원고에 대하여, 원고가 신고누락한 7,049,440,570원(12,309,440,570원-5,260,000,000원)을 과세표준액으로 하여 등록세 중과분에 해당하는 1,123,802,670원(가산세 385,236,240원 포함), 지방교육세 209,989,190원을 부과하는 이 사건 부과처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증, 갑 2호증의 1 내지 4, 갑 3, 4호증, 을 1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

⑴ 00은 실제로 사업을 영위하였고, 원고는 이 사건 변경등기를 통하여 00의 목적사업을 승계하였으므로, 원고가 오로지 등록세의 중과세를 회피하기 위하여 변경등기의 형식을 취한 것은 아니다.

⑵ 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 엄격히 하여야 하는바, 「지방세법」제138조 제1항 제3호에 규정된 ‘법인의 설립 이후의 부동산

등기’에서의 ‘설립 이후’란 ‘설립등기일 이후’를 의미하는 것이 명백하다. 그런데, 원고는 설립일인 1991. 7. 11.로부터 5년이 경과한 후 이 사건 부동산을 취득하였으므로 「지방세법」제138조 제1항 제3호 등에 따른 등록세 중과요건에 해당되지 않음에도 불구하고 이와 달리 보고 한 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

지방세법(2006. 12. 30. 법률 제8138호로 개정되기 전의 것)

제138조 (대도시지역내 법인등기등의 중과)

①다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 단서 생략

지방세법 시행령

제102조 (대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준)

다. 판단

⑴ 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 이 사건 변경등기를 「지방세법」제138조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 법인의 설립에 해당한다고 볼 수 있는지 여부이다.

⑵ 쟁점에 대한 판단

㈎ 먼저 법인이 설립등기를 마친 후 영업활동을 하고 있지 아니한 경우 영업을 하지 아니한 기간을 「지방세법」제138조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제102조 제2항에서 규정한 5년의 범위에서 제외할 것인지, 그리고 해산간주된 법인이 다시 영업을 재개하여 활동하는 경우 실질적으로 활동하는 시기에 새로이 설립되었다고 볼 것인지에 관하여 본다.

주식회사의 설립은 기본적으로 설립행위와 설립등기를 필요로 하고, 주식회사는 그 설립등기를 마침으로써 성립하며(상법 제172조), 이로써 회사로서의 법인격을 취득한다(상법 제171조 제1항). 회사의 설립등기는 법인격의 취득에 관한 것이므로 설립등기의 효력에 관한 상법 제172조는 상업등기의 일반적 효력에 관한 상법 제37조와 다른 강행규정이다.

이러한 점 등에 비추어, 법인이 영업활동을 하지 아니하였다고 하더라도 이러한 경우에 관하여 법률에서 아무런 규정을 하고 있지 않으므로

당해 법인의 법인격 자체가 소멸하지 않는 한 당해 법인의 설립일은 당초 설립등기일이고, 해산간주된 법인이 다시 영업을 재개하여 활동하는 경우에도 그 활동하는 시기에 새로이 법인이 설립되었다고 볼 수는 없으며, 세법이라 하여 이를 달리 볼 것은 아니다.

따라서 법인이 설립등기를 마친 후 해산간주된 상태에 있었다 하더라도 당초 설립등기일을 기준으로 등록세의 중과세 여부를 판단하는 것이 「지방세법」제138조 제1항 제3호의 올바른 해석이라 할 것이다.

㈏ 다음으로, 주식회사의 인적·물적 요소가 전면적으로 변경된 경우 회사의 동일성이 상실되어 변경시점에 회사가 새로이 설립된 것으로 볼 것인지에 관하여 본다.

주식회사는 주식의 양도양수가 자유로이 허용되고, 주주총회 등을 통하여 회사의 정관, 목적사업, 자본금 등의 변경이 가능하며, 임원이나 본점은 임기만료나 필요에 따라 상시적으로 변경되는 것이므로, 이러한 인적, 물적 변경이 법률의 규정에 따라 이루어진 이상 이로 인하여 회사의 동일성이 상실된다고 볼 수는 없고, 상법은 회사가 법인격을 상실하는 경우에 관하여 따로 규정을 두어 일정한 요건을 갖출 것을 요구하고 있다.

그리고 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해서도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것이다(대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두963 판결 참조).

따라서 법인 또는 개인이 새로이 사업 활동을 개시하기 위하여 새로이 회사를 설립할 것인지, 아니면 사업목적이 유사한 기존에 설립되어 있던 회사 자체에 대한 지배권을 취득할 수 있는 주식을 양수하는 방식을 취할 것인지는, 그 목적 달성의 효율성, 조세 등 관련비용의 부담 정도 등을 고려하여 스스로 선택할 사항이라고 할 것이고, 그들이 어느 한 가지 방식을 선택하여 상법상 법률관계를 형성하였다면, 그로 인한 조세의 내용이나 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정된다 할 것이며, 주식매매의 궁극적 목적이 새로운 사업 활동 개시에 있다 하여 그 법적 형식의 차이에도 불구하고 그 실질이 같다고 하거나 조세법상 동일한 취급을 받는 것이라고 보기는 어렵다.

또한 세법상 법인의 동일성이 상실되는 정도로 법인의 실질이 변경되는 경우를 상정할 수 있다 하더라도, 어느 정도의 변경이 있어야 이 경우에 해당하는지에 관한 아무런 규정이 없고, 실제로 법인의 동일성이 상실되는 기준을 설정하기도 쉽지 않으며, 그 실질의 변경이 여러 차례에 걸쳐 이루어진 경우 어느 시기에 동일성이 상실되었다고 볼 것인지도 문제된다. 이러한 동일성 상실에 관한 명문의 규정이 없이 법인의 실질이 변경되는 경우를 인정한다면 이는 조세법률주의 원칙의 내용인 과세요건법정주의와 과세요건명확주의에 어긋난다고 하지 않을 수 없다.

㈐ 그러면 위의 두 가지 경우를 모두 갖춘 경우, 즉 장기간 해산간주된 상태에 있던 주식회사가 새로운 자본의 유입에 따라 인적·물적 요소를 전면적으로 변경하여 영업활동을 하는 경우에는 종전의 회사와 인적·물적 요소가 변경된 회사 사이에 동일성을 상실하여 실질적으로 새로이 영업활동을 한 시점에 회사가 새로이 설립된 것으로 볼 수 있는지 문제될 수 있으나, 이러한 경우에도 위에서 본 바와 같은 이유로 회사의 설립이 있는 것으로 볼 것은 아니라고 할 것이다.

다만, 「지방세법」제138조 제1항은, 법인의 경우 조직과 규모에 있어 강한 확장성을 가지고 활동의 영역과 효과가 넓고 다양하여 인구와 경제력의 집중효과가 자연인의 경우에 비하여 훨씬 더 강하게 나타나고, 동시에 대도시가 가지는 고도의 집적의 이익을 향유함으로써 대도시외의 법인에 비하여 훨씬 더 큰 활동상의 편의와 경제적 이득을 얻을 수 있으므로, 법인이 대도시내에서 하는 등기에 대하여 자연인이나 대도시외의 법인이 하는 등기에 비하여 상대적으로 높은 세율의 등록세를 부과하기 위한 규정인데(헌법재판소 1996. 3. 28. 선고 94헌바42 결정), 이러한 등록세 중과를 회피하기 위하여 대도시에서 법인을 새로이 설립하는 대신 해산간주되는 등으로 폐업중인 법인을 인수한 후 이를 이용하는 경우 이는 기업윤리에 어긋나고 조세정의에도 반하는 것으로서 이러한 행위에 대하여 규율할 필요성은 있다.

그러나 헌법 제38조는 "모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다"고 규정하고, 제59조는 "조세의 종목과 세율은 법률로 정한다"고 규정함으로써 조세법률주의를 채택하고 있는바, 이러한 조세법률주의 원칙은 과세요건 등은 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고, 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석적용하여야 하는 것으로서, 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 않는다(대법원 2000. 3. 16. 선고 98두11731 등 참조). 이러한 조세법률주의 원칙상 당사자의 거래행위를 그 형식에도 불구하고 행위의 실질에 따라 조세회피행위라고 하여 그 행위의 효력을 부인하기 위해서는 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어 있어야 하는 것이므로(대법원 1999. 11. 9. 선고 98두14082 판결 등 참조), 위와 같은 행위에 대하여 과세를 하기 위해서는 이에 관한 개별적이고 구체적인 법률규정을 두어야 할 것이다.

⑵ 피고의 주장에 대한 판단

㈎ 피고는 실질과세 원칙 및 신의성실의 원칙에 따른 법인격부인의 법리를 들어 이 사건 부과처분이 적법하다는 취지로 주장하나, 법인격부인의 법리는 회사가 외형상으로는 법인의 형식을 갖추고 있지만 이는 법인의 형태를 빌리고 있는 것에 지나지 아니하고 그 실질에 있어서는 완전히 그 법인격의 배후에 있는 타인의 개인기업에 불과하거나 그것이 배후자에 대한 법률적용을 회피하기 위한 수단으로 함부로 쓰이는 경우에는, 비록 외견상으로는 회사의 행위라 할지라도 회사와 그 배후자가 별개의 인격체임을 내세워 회사에게만 그로 인한 법적 효과가 귀속됨을 주장하면서 배후자의 책임을 부정하는 것은 신의성실의 원칙에 위반되는 법인격의 남용으로서 심히 정의와 형평에 반하여 허용될 수 없고, 따라서 회사는 물론 그 배후자인 타인에 대하여도 회사의 행위에 관한 책임을 물을 수 있다는 것인바(대법원 2001. 1. 19. 선고 97다21604 판결 참조), 이는 당해 법인과 그 배후에 있는 자(개인 또는 다른 법인)를 동일시하여, 사안의 형평성 있는 해결을 도모하기 위한 것으로서 당해 법인에 부과처분을 하고 있는 이 사건에 원용하기에 적절하다고 할 수 없으므로, 위 주장은 받아들일 수 없다.

㈏ 행정자치부는 2003. 10. 16. 법인설립 후 휴면법인 상태로 있다가 법인을 이전하고 설립등기일로부터 5년이 경과한 후에 사업용 부동산을 취득한 경우 「지방세법」제138조 제1항 제1호, 제3호에서의 법인의 설립시기는 법인의 설립등기일을 의미하며 휴면법인이라고 하여 당해 법인의 법인격이 소멸된 것도 아니어서 등록세 중과세 대상에 해당하지 않는다는 질의회신을 한 바 있고, 대도시내에서 설립한지 5년이 경과된 휴면법인을 제3자가 승계한 후 동 법인이 부동산을 취득등기하는 경우(세정-3783, 2005. 11. 16), 도시 내에 설립한 법인이 경영악화에 따라 해산한 후 청산법인이라 하더라도 소멸되지 아니하고 휴면법인인 상태에서 5년이 경과하여 취득하는 부동산의 경우(세정-2485, 2005. 9. 5.) 모두 등록세의 중과세 대상이 되지 아니한다는 입장을 유지하여 오다가, 2006. 5. 23. 종래의 입장과는 달리 변경 전후의 회사 사이에 동일성이 인정되지 않는다는 이유로 휴면법인의 인수일을 변경법인의 실질적인 법인신설일로 보아 등록세를 중과하는 것이 타당하다는 의견으로 변경하였다(세정-2081).

그러나 과세를 하여야 할 공익적 필요성이 있다 하여 행정편의적인 법률해석에 따라 납세의무자가 예측하기 어려운 일관성 없는 법 집행을 하는 것은 조세법률주의의 원칙에 어긋날 뿐만 아니라 법적 안정성과 거래의 안전을 해치는 것으로서 허용될 수 없다고 할 것이다.

⑶ 소결론

결국, 이 사건 변경등기는 「지방세법」제138조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 법인의 설립에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 받아들이기로 하여 주문과 같이 판결한다.