1. 부과처분의 경위

가. 주식회사 원ㆍ탑디자인(이하 '원ㆍ탑디자인'이라 한다)은 1991. 7. 11. 서울 용산구 한남동 26-5를 본점 소재지로 하여 설립되었고, 법인등기부상 현황은 다음과 같다.

나. 그 후 1992. 12. 11. 주식회사 영환디자인(이하 ‘영환디자인’이라 한다) 으로 변경등기된 내용은 다음과 같다.

다. 세보소프트(이하 ‘세보소프트’라 하고, 원ㆍ탑디자인, 영환디자인과 세보소프트를 모두 지칭할 경우 ‘세보소프트등’이라 한다)로의 변경등기의 내용은 다음과 같다.

⑴ 1996. 7. 12.자 변경등기

⑵ 세보소프트는 2001. 12. 4. 상법 제520조의2 제1항의 규정에 의하여 휴면회사로서 해산간주되었고 대표이사(이사) 엄광철, 이사 김기선, 김대용의 등기는 위 규정에 의한 해산간주로 말소되었다. 세보소프트는 그 후 2002. 3. 29. 회사계속등기를 하였고, 이사 김경한, 감사 김수한의 취임등기, 감사 류승국의 퇴임등기를 하였다.

⑶ 2003. 7. 15.자 변경등기

⑷ 세보소프트는 2003. 8. 6. 등록세를 신고한 것 외에 지방세를 신고ㆍ납부한 사실이 없다.

라. 원고로의 변경등기의 내용은 다음과 같다.

⑴ 2003. 9. 3.자 변경등기(이하 ‘이 사건 변경등기’라 한다)

⑵ 2004. 7. 14.자 변경등기

마. 한편, 원고는 2004. 1. 27. 박영선으로부터 서울 송파구 문정동 38 대 1,289.4㎡와 서울 송파구 가락동 99 대 1,167.6㎡를 취득하고 2004. 2. 3. 서울동부지방법원 송파등기소 접수 제10530호로 1998. 2. 7. 매매를 원인으로 한 각 소유권이전등기를 경료하였다. 원고는 위 각 토지의 취득에 관하여 과세표준액을 5,260,000,000원으로 하여 취득세를 신고ㆍ납부하였다.

원고는 이와 별도로 가락동 99 지상 건물에 관하여 2004. 2. 3. 같은 등기소 접수 제10530호로 1998. 2. 7. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하였고, 문정동 38 지상 건물에 관하여 2006. 3. 21. 같은 등기소 접수 제19743호로 2006. 2. 28. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하였다(이하 위 각 토지 및 건물을 ‘이 사건 부동산’이라 한다).

바. 피고는 2006. 11.경 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과 사실은 가락동 99 토지의 매매대금이 7,420,139,638원, 문정동 38 토지의 매매대금이 4,678,018,371원이었고, 뿐만 아니라 원고가 위 각 건물을 211,282,561원에 취득하였음에도{이 사건 부동산 합계 12,309,440,570원(7,420,139,638원+4,678,018,371원+211,282,561원)} 이에 따른 등록세 등을 신고ㆍ납부하지 않았음을 밝혀냈다.

사. 피고는, 이 사건 변경등기를 지방세법 제138조 제1항 제3호 및 지방세법 시행령 제102조 제2항에서 정한 법인의 설립으로 보고, 이 사건 부동산의 등기는 법인의 설립 이후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기이므로 등록세 중과대상에 해당한다는 이유로, 2007. 1. 10. 원고에 대하여, 원고가 신고누락한 7,049,440,570원(12,309,440,570원-5,260,000,000원)을 과세표준액으로 하여 등록세 중과분에 해당하는 1,123,802,670원(가산세 385,236,240원 포함), 지방교육세 209,989,190원을 부과하는 이 사건 부과처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증, 갑 2호증의 1 내지 4, 갑 3, 4호증, 을 1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

⑴ 세보소프트는 실제로 사업을 영위하였고, 원고는 이 사건 변경등기를 통하여 세보소프트의 목적사업을 승계하였으므로, 원고가 오로지 등록세의 중과세를 회피하기 위하여 변경등기의 형식을 취한 것은 아니다.

⑵ 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 엄격히 하여야 하는바, 지방세법 제138조 제1항 제3호에 규정된 ‘법인의 설립 이후의 부동산 등기’에서의 ‘설립 이후’란 ‘설립등기일 이후’를 의미하는 것이 명백하다. 그런데, 원고는 설립일인 1991. 7. 11.로부터 5년이 경과한 후 이 사건 부동산을 취득하였으므로 지방세법 제138조 제1항 제3호 등에 따른 등록세 중과요건에 해당되지 않음에도 불구하고 이와 달리 보고 한 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

⑴ 이 사건의 쟁점

이 사건의 쟁점은 이 사건 변경등기를 지방세법 제138조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 법인의 설립에 해당한다고 볼 수 있는지 여부이다.

⑵ 쟁점에 대한 판단

㈎ 먼저 법인이 설립등기를 마친 후 영업활동을 하고 있지 아니한 경우 영업을 하지 아니한 기간을 지방세법 제138조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제102조 제2항에서 규정한 5년의 범위에서 제외할 것인지, 그리고 해산간주된 법인이 다시 영업을 재개하여 활동하는 경우 실질적으로 활동하는 시기에 새로이 설립되었다고 볼 것인지에 관하여 본다.

주식회사의 설립은 기본적으로 설립행위와 설립등기를 필요로 하고, 주식회사는 그 설립등기를 마침으로써 성립하며(상법 제172조), 이로써 회사로서의 법인격을 취득한다(상법 제171조 제1항). 회사의 설립등기는 법인격의 취득에 관한 것이므로 설립등기의 효력에 관한 상법 제172조는 상업등기의 일반적 효력에 관한 상법 제37조와 다른 강행규정이다.

이러한 점 등에 비추어, 법인이 영업활동을 하지 아니하였다고 하더라도 이러한 경우에 관하여 법률에서 아무런 규정을 하고 있지 않으므로 당해 법인의 법인격 자체가 소멸하지 않는 한 당해 법인의 설립일은 당초 설립등기일이고, 해산간주된 법인이 다시 영업을 재개하여 활동하는 경우에도 그 활동하는 시기에 새로이 법인이 설립되었다고 볼 수는 없으며, 세법이라 하여 이를 달리 볼 것은 아니다.

따라서 법인이 설립등기를 마친 후 해산간주된 상태에 있었다 하더라도 당초 설립등기일을 기준으로 등록세의 중과세 여부를 판단하는 것이 지방세법 제138조 제1항 제3호의 올바른 해석이라 할 것이다.

㈏ 다음으로, 주식회사의 인적ㆍ물적 요소가 전면적으로 변경된 경우 회사의 동일성이 상실되어 변경시점에 회사가 새로이 설립된 것으로 볼 것인지에 관하여 본다.

주식회사는 주식의 양도양수가 자유로이 허용되고, 주주총회 등을 통하여 회사의 정관, 목적사업, 자본금 등의 변경이 가능하며, 임원이나 본점은 임기만료나 필요에 따라 상시적으로 변경되는 것이므로, 이러한 인적, 물적 변경이 법률의 규정에 따라 이루어진 이상 이로 인하여 회사의 동일성이 상실된다고 볼 수는 없고, 상법은 회사가 법인격을 상실하는 경우에 관하여 따로 규정을 두어 일정한 요건을 갖출 것을 요구하고 있다.

그리고 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해서도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것이다(대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두963 판결 참조). 따라서 법인 또는 개인이 새로이 사업 활동을 개시하기 위하여 새로이 회사를 설립할 것인지, 아니면 사업목적이 유사한 기존에 설립되어 있던 회사 자체에 대한 지배권을 취득할 수 있는 주식을 양수하는 방식을 취할 것인지는, 그 목적 달성의 효율성, 조세 등 관련비용의 부담 정도 등을 고려하여 스스로 선택할 사항이라고 할 것이고, 그들이 어느 한 가지 방식을 선택하여 상법상 법률관계를 형성하였다면, 그로 인한 조세의 내용이나 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정된다 할 것이며, 주식매매의 궁극적 목적이 새로운 사업 활동 개시에 있다 하여 그 법적 형식의 차이에도 불구하고 그 실질이 같다고 하거나 조세법상 동일한 취급을 받는 것이라고 보기는 어렵다.

또한 세법상 법인의 동일성이 상실되는 정도로 법인의 실질이 변경되는 경우를 상정할 수 있다 하더라도, 어느 정도의 변경이 있어야 이 경우에 해당하는지에 관한 아무런 규정이 없고, 실제로 법인의 동일성이 상실되는 기준을 설정하기도 쉽지 않으며, 그 실질의 변경이 여러 차례에 걸쳐 이루어진 경우 어느 시기에 동일성이 상실되었다고 볼 것인지도 문제된다. 이러한 동일성 상실에 관한 명문의 규정이 없이 법인의 실질이 변경되는 경우를 인정한다면 이는 조세법률주의 원칙의 내용인 과세요건법정주의와 과세요건명확주의에 어긋난다고 하지 않을 수 없다.

㈐ 그러면 위의 두 가지 경우를 모두 갖춘 경우, 즉 장기간 해산간주된 상태에 있던 주식회사가 새로운 자본의 유입에 따라 인적ㆍ물적 요소를 전면적으로 변경하여 영업활동을 하는 경우에는 종전의 회사와 인적ㆍ물적 요소가 변경된 회사 사이에 동일성을 상실하여 실질적으로 새로이 영업활동을 한 시점에 회사가 새로이 설립된 것으로 볼 수 있는지 문제될 수 있으나, 이러한 경우에도 위에서 본 바와 같은 이유로 회사의 설립이 있는 것으로 볼 것은 아니라고 할 것이다.

다만, 지방세법 제138조 제1항은, 법인의 경우 조직과 규모에 있어 강한 확장성을 가지고 활동의 영역과 효과가 넓고 다양하여 인구와 경제력의 집중효과가 자연인의 경우에 비하여 훨씬 더 강하게 나타나고, 동시에 대도시가 가지는 고도의 집적의 이익을 향유함으로써 대도시외의 법인에 비하여 훨씬 더 큰 활동상의 편의와 경제적 이득을 얻을 수 있으므로, 법인이 대도시내에서 하는 등기에 대하여 자연인이나 대도시외의 법인이 하는 등기에 비하여 상대적으로 높은 세율의 등록세를 부과하기 위한 규정인데(헌법재판소 1996. 3. 28. 선고 94헌바42 결정), 이러한 등록세 중과를 회피하기 위하여 대도시에서 법인을 새로이 설립하는 대신 해산간주되는 등으로 폐업중인 법인을 인수한 후 이를 이용하는 경우 이는 기업윤리에 어긋나고 조세정의에도 반하는 것으로서 이러한 행위에 대하여 규율할 필요성은 있다.

그러나 헌법 제38조는 “모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다”고 규정하고, 제59조는 “조세의 종목과 세율은 법률로 정한다“고 규정함으로써 조세법률주의를 채택하고 있는바, 이러한 조세법률주의 원칙은 과세요건 등은 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고, 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석적용하여야 하는 것으로서, 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 않는다(대법원 2000. 3. 16. 선고 98두11731 등 참조). 이러한 조세법률주의 원칙상 당사자의 거래행위를 그 형식에도 불구하고 행위의 실질에 따라 조세회피행위라고 하여 그 행위의 효력을 부인하기 위해서는 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어 있어야 하는 것이므로(대법원 1999. 11. 9. 선고 98두14082 판결 등 참조), 위와 같은 행위에 대하여 과세를 하기 위해서는 이에 관한 개별적이고 구체적인 법률규정을 두어야 할 것이다.

⑵ 피고의 주장에 대한 판단

㈎ 피고는 실질과세 원칙 및 신의성실의 원칙에 따른 법인격부인의 법리를 들어 이 사건 부과처분이 적법하다는 취지로 주장하나, 법인격부인의 법리는 회사가 외형상으로는 법인의 형식을 갖추고 있지만 이는 법인의 형태를 빌리고 있는 것에 지나지 아니하고 그 실질에 있어서는 완전히 그 법인격의 배후에 있는 타인의 개인기업에 불과하거나 그것이 배후자에 대한 법률적용을 회피하기 위한 수단으로 함부로 쓰이는 경우에는, 비록 외견상으로는 회사의 행위라 할지라도 회사와 그 배후자가 별개의 인격체임을 내세워 회사에게만 그로 인한 법적 효과가 귀속됨을 주장하면서 배후자의 책임을 부정하는 것은 신의성실의 원칙에 위반되는 법인격의 남용으로서 심히 정의와 형평에 반하여 허용될 수 없고, 따라서 회사는 물론 그 배후자인 타인에 대하여도 회사의 행위에 관한 책임을 물을 수 있다는 것인바(대법원 2001. 1. 19. 선고 97다21604 판결 참조), 이는 당해 법인과 그 배후에 있는 자(개인 또는 다른 법인)를 동일시하여, 사안의 형평성 있는 해결을 도모하기 위한 것으로서 당해 법인에 부과처분을 하고 있는 이 사건에 원용하기에 적절하다고 할 수 없으므로, 위 주장은 받아들일 수 없다.

㈏ 행정자치부는 2003. 10. 16. 법인설립 후 휴면법인 상태로 있다가 법인을 이전하고 설립등기일로부터 5년이 경과한 후에 사업용 부동산을 취득한 경우 지방세법 제138조 제1항 제1호, 제3호에서의 법인의 설립시기는 법인의 설립등기일을 의미하며 휴면법인이라고 하여 당해 법인의 법인격이 소멸된 것도 아니어서 등록세 중과세 대상에 해당하지 않는다는 질의회신을 한 바 있고, 대도시내에서 설립한지 5년이 경과된 휴면법인을 제3자가 승계한 후 동 법인이 부동산을 취득등기하는 경우(세정-3783, 2005. 11. 16), 도시 내에 설립한 법인이 경영악화에 따라 해산한 후 청산법인이라 하더라도 소멸되지 아니하고 휴면법인인 상태에서 5년이 경과하여 취득하는 부동산의 경우(세정-2485, 2005. 9. 5.) 모두 등록세의 중과세 대상이 되지 아니한다는 입장을 유지하여 오다가, 2006. 5. 23. 종래의 입장과는 달리 변경 전후의 회사 사이에 동일성이 인정되지 않는다는 이유로 휴면법인의 인수일을 변경법인의 실질적인 법인신설일로 보아 등록세를 중과하는 것이 타당하다는 의견으로 변경하였다(세정-2081).

그러나 과세를 하여야 할 공익적 필요성이 있다 하여 행정편의적인 법률해석에 따라 납세의무자가 예측하기 어려운 일관성 없는 법 집행을 하는 것은 조세법률주의의 원칙에 어긋날 뿐만 아니라 법적 안정성과 거래의 안전을 해치는 것으로서 허용될 수 없다고 할 것이다.

⑶ 소결론

결국, 이 사건 변경등기는 지방세법 제138조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 법인의 설립에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 받아들이기로 하여 주문과 같이 판결한다.