1. 처분의 경위

가. 잉글리쉬스토리 주식회사(이하 기존회사라 한다)는 2001. 4. 26. 자본금 5,000만원, 본점 서울 마포구 성산동 228-2, 목적사업 인터넷을 통한 영어교육서비스업 등으로 하여 설립등기를 마친 후 2001. 8. 16. 본점을 서울 양천구 목1동 917-9로 이전하는 내용의 변경등기를 마친 다음 2003. 12. 31. 폐업신고를 하였고, 2006. 4. 10. 본점을 서울 관악구 봉천동 869-10으로 이전하는 내용이 변경등기를 마쳤다.

나. 고용호는 2006. 5. 9. 기존회사의 주식 전부를 취득한 후 기존회사의 본점을 서울 성동구 성수동 1가 2동 668-40으로 이전하는 내용의 변경등기를 마쳤고, 기존의 이사와 감사가 전부 사임하고, 새로운 이사와 감사가 취임하였으며, 고용호는 대표이사로 취임하였다.

다. 원고는 2006. 5. 4. 정덕현으로부터 서울 성동구 성수동 1가 244-4 소재 토지 및 건물(이하 이 사건 부동산이라 한다)을 매수한 후 2006. 6. 21. 원고 명의로 각 소유권이전등기(이하 이 사건 이전등기라 한다)를 마친 다음 일반세율을 적용하여 등록세 등을 신고, 납부하였다.

라. 피고는 원고의 대표이사 고용호가 기존회사의 주식을 인수한 2006. 5. 9.에 기존회사와 다른 새로운 법인이 신설된 것으로 이 사건 이전등기는 대도시내 법인 설립 후 5년 이내의 부동산 등기라는 이유로 지방세법 제138조 제1항을 적용하여 이미 신고ㆍ납부 받은 세액을 공제하고 등록세 52,798,080원, 지방교육세 9,703,610원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제3, 4, 5, 6호증의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

조세법률주의의 원칙에 따른 엄격해석의 원칙에 비추어 볼 때, 지방세법 제138조 제1항 제3호가 규정하고 있는 법인의 설립은 회사의 경우 설립등기일을 의미하는 것인데, 이 사건 이전등기는 모두 법인의 설립등기일로부터 5년이 경과한 후에 이루어졌으므로 지방세법 소정의 중과대상에 해당하지 아니하고, 또한 이 사건 부동산은 주택건설사업용에 제공된 것이어서 중과세 제외업종에 해당되므로 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 주식회사의 설립은 기본적으로 설립행위와 설립등기를 필요로 하고, 주식회사는 그 설립등기를 마침으로써 성립하며(상법 제172조), 이로써 회사로서의 법인격을 취득하는 점(상법 제171조 제1항) 등에 비추어, 법인이 영업활동을 하지 아니하였다고 하더라도 이러한 경우에 관하여는 법률에서 아무런 규정을 하고 있지 않으므로 당해 법인의 법인격 자체가 소멸하지 않는 한 당해 법인의 설립일은 당초 설립등기일이고, 폐업한 법인이 다시 영업을 재개하여 활동하는 경우에도 그 활동하는 시기에 새로이 법인이 설립되었다고 볼 수는 없으며, 세법이라 하여 이를 달리 볼 것은 아니다.

따라서 법인이 설립등기를 마친 후 폐업상태에 있었다 하더라도 당초 설립등기일을 기준으로 등록세의 중과세 여부를 판단하는 것이 지방세법 제138조 제1항의 올바른 해석이라 할 것이다.

(2) 다음으로, 주식회사는 주식의 양도ㆍ양수가 자유로이 허용되고, 주주총회 등을 통하여 회사의 정관, 목적사업, 자본금 등의 변경이 가능하며, 임원이나 본점은 임기만료나 필요에 따라 상시적으로 변경되는 것이므로, 이러한 인적, 물적 변경이 법률의 규정에 따라 이루어진 이상 이로 인하여 회사의 동일성이 상실된다고 볼 수는 없고, 회사가 법인격을 상실하는 경우에 관하여 상법에 따로 규정을 두어 일정한 요건을 갖출 것을 요구하고 있으며, 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해서도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것이다(대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두963 판결 참조).

따라서 법인 또는 개인이 새로이 사업 활동을 개시하기 위하여 새로이 회사를 설립할 것인지, 아니면 사업목적이 유사한 기존에 설립되어 있던 회사 자체에 대한 지배권을 취득할 수 있는 주식을 양수하는 방식을 취할 것인지는, 그 목적 달성의 효율성, 조세 등 관련비용의 부담 정도 등을 고려하여 스스로 선택할 사항이라고 할 것이고, 그들이 어느 한 가지 방식을 선택하여 상법상 법률관계를 형성하였다면, 그로 인한 조세의 내용이나 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정된다 할 것이며, 주식매매의 궁극적 목적이 새로운 사업 활동 개시에 있다 하여 그 법적 형식의 차이에도 불구하고 그 실질이 같다고 하거나 조세법상 동일한 취급을 받는 것이라고 보기는 어렵다.

(3) 이에 대하여, 피고는 실질과세 원칙 및 신의성실의 원칙에 따른 법인격부인의 법리를 들어 이 사건 처분이 적법하다는 취지로 주장하나, 법인격부인의 법리는 회사가 외형상으로는 법인의 형식을 갖추고 있지만 이는 법인의 형태를 빌리고 있는 것에 지나지 아니하고 그 실질에 있어서는 완전히 그 법인격의 배후에 있는 타인의 개인기업에 불과하거나 그것이 배후자에 대한 법률적용을 회피하기 위한 수단으로 함부로 쓰이는 경우에는, 비록 외견상으로는 회사의 행위라 할지라도 회사와 그 배후자가 별개의 인격체임을 내세워 회사에게만 그로 인한 법적 효과가 귀속됨을 주장하면서 배후자의 책임을 부정하는 것은 신의성실의 원칙에 위반되는 법인격의 남용으로서 심히 정의와 형평에 반하여 허용될 수 없고, 따라서 회사는 물론 그 배후자인 타인에 대하여도 회사의 행위에 관한 책임을 물을 수 있다는 것인바(대법원 2001. 1. 19. 선고 97다21604 판결 참조), 이는 당해 법인과 그 배후에 있는 자(개인 또는 다른 법인)를 동일시하여, 사안의 형평성 있는 해결을 도모하기 위한 것으로서 당해법인에 부과처분을 하고 있는 이 사건에 원용하기에 적절하다고 할 수 없으므로, 위 주장은 받아들일 수 없다.

(4) 결국, 이 사건과 같이 설립등기를 마친 후 폐업을 하여 사업실적이 없는 상태에 있는 법인의 주식 전부를 제3자가 매수한 다음, 법인의 임원, 자본, 상호, 목적 사업을 변경한 경우가 지방세법 제138조 제1항 제1호, 제3호에서 규정하고 있는 법인의 설립에 해당한다고 볼 수 없고, 따라서 이 사건 이전등기는 법인 설립 후 5년이 경과한 후에 이루어졌으므로, 이와 다른 전제에서 등록세 등을 중과한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 인용한다.