2008두6325(20080710)
공장이 대도시 내에서의 법인 설립 후 5년 이내 중과대상인지 여부
답변요지
본문
이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에 관한 특례법 제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2008. 4. 1. 선고 2007누23349 판결】
【주문】 처분청승소
1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.
【이유】
1. 제1심 판결의 인용
이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유 중 결론을 제외한 부분은 아래와 같이 고쳐 쓰거나 당심에서 원고의 추가 주장에 대한 판단을 보태는 것 외에는 제1심 판결과 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.
2. 제1심 판결 중 고쳐 쓰거나 추가한 부분
가. 고쳐 쓰는 부분
(1) 제3면 제8행의 ‘법률 제6838호’는 ‘법률 제6842호’로,
(2) 제4면 제1행의 괄호 속의‘2005. 2. 1. 부령 제266호로 개정되기 전의 것’은 ‘2003. 12. 31. 부령 제213호로 개정되기 전의 것, 이하 같다’로,
(3) 제5면 제11행부터 제6면 제1행 사이에 설시된 ‘다. 판단 (1)’ 부분은,
"(1) 구 「지방세법」제138조 제1항 제3호 후단에서 ‘법인 등의 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’라고 규정함으로써 중과세 대상이 되는 부동산에 대하여 아무런 제한을 두고 있지 아니하면서도, 같은 조 제4호에서 대도시 안에서의 공장의 신설을 따로 규정하고 있는 점에 비추어 보면, 같은 법 시행령 제102조 제2항에 규정된 ‘공장의 신설’에서 말하는 ‘공장’은 같은 법 제138조 제1항 제4호에 규정된 요건을 충족한 공장을 제외한 그 밖의 공장을 뜻하므로, 신설된 공장이 같은 법 시행규칙 제47조 제1항 괄호 속에 규정된 ‘공업의 배치 및 공장설립에 관한 법률 제28조 규정에 의한 도시형 공장’에 해당하거나 같은 법 시행규칙 제55조 [별표 3] 제28호에서 정한 업종에 해당하는 등으로 같은 법 제138조 제1항 제4호의 요건을 충족한 공장에 해당하지 아니하여 위 조항에 근거하여 중과세할 수 없다 하더라도, 그 공장이 대도시 내에서의 법인 설립 후 5년 이내에 신설된 것이라면, 이는 같은 법 제138조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제102조 제2항에서 정한 공장의 신설에 해당하여 그 신설된 공장이 같은 법 제138조 제1항 단서, 같은 법 시행령 제101조 제1항 각 호의 규정에 해당하지 아니하는 한, 그 공장 신설에 따른 부동산등기에 대해서는 같은 법 제138조 제1항 제3호에 따라 중과세할 수 있다 할 것이다.
이 사건에서, 비록 원고가 신설한 자동차정비공장이 같은 법 시행규칙 제55조 [별표 3] 제28호 다목에 따라 같은 법 제138조 제1항 제4호, 같은 법 시행규칙 제47조 제1항, 제55조 [별표 3] 제27호에서 정한 공장에 해당하지 아니하여 위 4호 규정을 적용하여 중과세할 수 없다 하더라도, 앞서 본 바와 같이 원고의 자동차정비공장은 대도시 내에서의 법인 설립 후 5년 이내에 신설되었을 뿐만 아니라 같은 법 제138조 제1항 단서, 같은 법 시행령 제101조 제1항 각 호에도 해당하지 아니하므로, 같은 법 제138조 제1항 제3호에 따라 등록세를 중과한 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 같은 법 제138조 제1항 제4호 및 같은 법 시행규칙 제55조 [별표 3] 제28호에 따라 중과세 대상에서 제외되어야 한다는 원고의 주장은 이유 없다."로 각 고쳐 쓰고,
(4) 제9면부터 제11면 사이에 기재된 ‘별지 관련법령’은 ‘별지 1 관련법령’으로 교체한다.
나. 원고의 추가 주장에 대한 판단
(1) 원고는, 구 「지방세법」제138조 제1항 제4호에 의하면 대도시내에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기에 대하여 중과세한다고 규정하고 있으므로, 같은 항 제3호에서 중과세할 등기로서 규정하고 있는 부동산등기는 같은 항 제4호의 규정에 비추어 위 제4호에서 규정하고 있는 ‘공장’을 제외한 ‘일반부동산등기’만 가리킨다 할 것임에도(대법원 1984. 2. 28. 선고 81누333 판결 참조), 같은 법 시행령 제102조 제2항에서 같은 법 제138조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 ‘설립·설치·전입 이후의 부동산등기’에 ‘공장의 신설’도 포함된다고 규정하여 과세대상을 확장한 것은 위임입법의 한계를 벗어나 조세법률주의에 반하는 것으로서 무효라고 주장한다.
(2) 살피건대, 우선 원고가 들고 대법원 판결은 1984. 4. 6. 구 「지방세법 시행령」제102조 제2항이 개정되기 이전의 판결이므로 이 사건에서 원용할 수 없다.
나아가 앞서 본 바와 같이 모법인 구 「지방세법」제138조 제1항 제3호 후단은 ‘법인 등의 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’라고 규정하여 그 대상에 아무런 제한을 두고 있지 아니하므로, 같은 조 제1항 제4호가 ‘대도시 내에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기’를 규정하고 있다고 하여 제3호에서 말하는 부동산등기가 공장에 관한 부동산등기를 제외한 등기만을 가리키는 것이라고 볼 수 없어 공장의 신설 등 공장에 관한 부동산등기를 규정한 구 「지방세법 시행령」제102조 제2항이 모법에 배치되거나 그 위임범위를 벗어난 무효의 규정이라고 볼 수 없다(대법원 1997. 5. 30. 선고 96누495 판결 등 참조).
따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
3. 결론
그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 같이한 제1심 판결은 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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별지 1
【관계법령】
구 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6842호로 개정되기 전의 것)
제138조 (대도시 지역내 법인등기 등의 중과)
① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(공업배치 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 대도시 안에서의 법인의 설립(설립 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기
2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.
3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기
4. 대도시(공업배치 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 유치지역 및 도시계획법의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기
③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.
구 지방세법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18039호로 개정되기 전의 것)
제101조(대도시내 법인 중과세의 예외)
① 법 제138조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다.
1. 삭제 <1997.10.1>
2. 삭제 <1997.10.1>
3. 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제2조 제2호의 규정에 의한 사회간접자본시설사업(동법 제2조 제8호의 규정에 의한 부대사업을 포함한다)
4. 한국은행법 및 한국수출입은행법에 의한 은행업
5. 해외건설촉진법의 규정에 의하여 신고된 해외건설업(당해연도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)
6. 전기통신사업법 제4조의 규정에 의한 전기통신사업
7. 산업발전법에 의하여 산업자원부장관이 고시하는 첨단기술산업과 공업배치 및 공장 설립에 관한 법률에 의한 첨단업종
8. 유통산업발전법에 의한 유통산업, 농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률에 의한 농수산물도매시장·농수산물공판장·농수산물종합유통센터·유통자회사 및 축산법에 의한 가축시장. 이 경우 유통산업발전법 등 관계법령에 의하여 임대가 허용되는 매장 등의 전부 또는 일부를 임대하는 경우에는 임대하는 부분도 당해 업종에 직접 사용하는 것으로 본다.
9. 여객자동차운수사업법에 의한 여객자동차운송사업 및 화물자동차운수사업법에 의한 화물자동차운송사업과 화물유통촉진법에 의한 화물터미널사업 및 창고업
10. 정부출자법인(국가 또는 지방자치단체가 납입자본금의 100분의 20 이상을 직접 출자한 법인에 한한다)이 영위하는 사업
11. 의료법 제3조의 규정에 의한 의료업
12. 개인이 영위하던 제조업(소득세법 제19조 제1항 제4호의 규정에 의한 제조업을 말한다). 다만, 행정자치부령이 정하는 바에 의하여 법인으로 전환하는 기업에 한하되 법인전환에 따라 취득한 부동산의 가액(법 제111조 제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액을 말한다)이 법인전환 전의 부동산가액을 초과하는 경우에 그 초과부분과 법인으로 전환한 날 이후에 취득한 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다.
13. 공업배치 및 공장 설립에 관한 법률 시행령 별표 1 제3호 가목의 규정에 의한 자원재활용업종
14. 소프트웨어산업진흥법 제2조 제3호의 규정에 의한 소프트웨어사업 및 동법 제27조의 규정에 의하여 설립된 소프트웨어공제조합이 소프트웨어산업을 위하여 수행하는 사업
15. 삭제 <2001.12.31>
16. 공연법에 의한 공연장 등 문화예술시설운영사업
17. 방송법 제2조 제2호·제5호·제8호·제11호 및 제13호의 규정에 의한 방송사업·중계유선방송사업·음악유선방송사업·전광판방송사업 및 전송망사업
18. 과학관육성법에 의한 과학관시설운영사업
19. 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 의한 협동화사업으로서 공업배치 및 공장 설립에 관한 법률 제28조의 규정에 의한 도시형 공장을 영위하는 사업
20. 해운산업육성법 제7조의 규정에 의한 해운산업합리화계획에 참여하는 해운업
21. 중소기업창업지원법 제11조의 규정에 의하여 등록한 중소기업 창업투자회사가 중소기업창업지원을 위하여 영위하는 사업. 다만, 법인설립 후 1월 이내에 등록하는 경우에 한한다.
22. 석탄산업법 제31조의 규정에 의하여 설립된 석탄산업합리화사업단이 석탄산업합리화를 위하여 수행하는 사업
23. 소비자보호법 제26조의 규정에 의하여 설립된 한국소비자보호원이 소비자 보호를 위하여 수행하는 사업
24. 건설산업기본법 제54조의 규정에 의하여 설립된 전문건설공제조합 및 업종별 공제조합이 건설업을 위하여 수행하는 사업
25. 엔지니어링기술진흥법 제13조의 규정에 의하여 설립된 엔지니어링공제조합이 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업
26. 주택건설촉진법 제47조의6의 규정에 의하여 설립된 대한주택보증주식회사가 주택건설업을 위하여 수행하는 사업
27. 여신전문금융업법 제2조 제12호의 규정에 의한 할부금융업
28. 통계법 제17조의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 실내경기장운영업·운동장운영업 및 야구장운영업
29. 삭제 <2001.12.31>
30. 산업발전법에 의한 기업구조조정전문회사가 그 설립목적을 위하여 영위하는 사업. 다만, 법인설립 후 1월 이내에 동법에 의하여 등록하는 경우에 한한다.
31. 법 제288조 제2항의 규정에 의한 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업
32. 중소기업진흥 및 제품 구매촉진에 관한 법률 제47조의2의 규정에 의하여 설립된 회사가 영위하는 사업
제102조 (대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준 )
② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.
구 지방세법 시행규칙(2003. 12. 31. 부령 제213호로 개정되기 전의 것)
제47조(공장의 범위와 적용기준)
① 법 제112조 제4항의 규정에 의한 공장의 범위는 별표 3에 규정된 업종에 해당하는 공장(공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제28조의 규정에 의한 도시형 공장을 제외한다)으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 500제곱미터 이상인 것을 말한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 당해 공장의 제조시설을 지원하기 위하여 공장 경계구역 안에 설치되는 부대시설(식당·휴게실·목욕실·세탁장·의료실·옥외체육시설 및 기숙사 등 종업원의 후생복지증진에 공여되는 시설과 대피소·무기고·탄약고 및 교육시설을 제외한다)의 연면적을 포함한다.
[별표 3]
27. 자동차 수리업
502 자동차 수리업
5020 자동차 수리업
50201 자동차 종합수리업
50202 자동차 전문수리업
50203 자동차 세차업
504 이륜자동차 수리업
5040 이륜자동차 수리업
50402 이륜자동차 및 설상용 차량 수리업
28. 다음 각호에 해당하는 것은 제1호 내지 제27호의 공장의 종류에서 제외한다. 다만, 가목 내지 마목 및 아목은 법 제112조 제3항 및 규칙 제47조의 규정에 의하여 취득세를 중과세할 경우에는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 등 관계법령의 규정에 의하여 공장의 설치가 금지 또는 제한되지 아니한 지역에 한하여 공장의 종류에서 이를 제외하고, 법 제188조·영 제139조 및 규칙 제78조의7의 규정에 의하여 재산세를 중과세하는 경우와 법 제276조의 규정에 의하여 취득세 등을 감면하는 경우에는 공장의 종류에서 이를 제외하지 아니한다.
다. 차량 등의 정비 및 수리를 목적으로 하는 정비·수리업
제55조(공장의 범위와 적용기준) 법 제138조 제3항의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준에 대하여는 제47조의 규정을 준용한다. 이 경우 동조 제1항 전단 및 제2항 본문 중 "법 제112조 제3항 (법전에 표기된 ‘법 제112조 제3항’은 구 지방세법 시행규칙의 개정과정에서 ‘법 제112조 제4항’을 잘못 표기한 것으로 보인다. )의"는 각각 "법 제138조 제3항의"로 본다.
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【하급심-수원지방법원 2007. 7. 11. 선고 2006구합7400 판결】
【주문】 처분청승소
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】
1. 처분의 경위
가. 원고는 수원시 장안구 천천동 515 잡종지 3,600.4㎡(이하, ‘이 사건 토지’라고 한다)를 본점 소재지로 하여 2002. 4. 11. 설립등기를 마친 법인으로서 자동차정비업, 자동차제조업, 부동산임대업, 자동차부품판매업, 자동차매매업 및 관련 부대사업을 영위해 오고 있다.
나. 원고회사의 대표이사인 조문경은 원고회사 설립전인 2002. 3. 18. 한국토지공사로부터 이 사건 토지를 매수하기로 한 후, 2002. 6. 4.경 피고 소속 공무원에게 원고가 이 사건 토지를 취득할 경우 지방세법상 중과세 대상에 해당하는지 여부에 대하여 문의한 결과 위 공무원으로부터 원고가 영위하고자 하는 사업은 지방세법상 중과세 제외 업종에 해당한다는 설명을 듣고, 2002. 6. 7. 원고 앞으로 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기를 경료하였다.
다. 그 후 원고는 2002. 12. 27. 이 사건 토지상에 자동차 관련 시설(면적 2,891.35㎡. 이하, ‘이 사건 건축물’이라고 하고, 이 사건 토지와 이 사건 건축물을 합하여 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 신축하여 2003. 1. 9. 자신 명의의 소유권보존등기를 경료하였는데, 이 사건 부동산의 취득, 등기에 관하여 이 사건 부동산 중 원고의 본점 사무실로 이용하는 부분에 대하여는 지방세법상 중과세율을 적용하고 나머지 부분에 대하여는 같은 법상 일반세율을 적용하여 산출한 등록세액을 신고, 납부하였다.
라. 수원시장은 2003. 4. 3. 원고에 대하여 지방세 세무조사를 한 후, 원고가 이 사건 부동산의 일부를 제3자에게 임대하고 있다는 이유로, 위 임대 부분에 관하여 지방세법상 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 84,239,860원(가산세 포함)을 추징하여, 원고는 2004. 2.경 위 세금을 납부하였다.
마. 그 후 2005. 5.경 경기도 세정업무지도점검시 이 사건 부동산 전체가 지방세법상 등록세 중과세율 적용대상에 해당한다는 지적이 있자, 피고는 2006. 1. 9.경 원고에게 이 사건 부동산의 가액 3,566,151,710원을 과세표준으로 하여 구 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것. 이하, ‘구 지방세법’이라고만 한다) 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 원고가 이미 납부한 세액을 공제한 나머지 등록세 127,973,530원, 지방교육세 24,637,890원(각 가산세 포함)을 각 부과하는 청구취지 기재 각 처분(이하, ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.
바. 원고는 이 사건 처분에 대하여 2006. 2. 1. 경기도지사에게 심사청구를 하였으나, 같은 해 6. 7. 경 기각결정을 받았다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1, 2호증, 을1 내지 3호증의 각 기재, 증인 손화중의 증언, 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법 여부의 판단
가. 당사자의 주장
(1) 원고의 주장
(가) 원고가 이 사건 부동산에 관한 각 소유권등기를 경료한 것은 대도시 안에서의 공장의 신설에 따른 등기이므로, 구 「지방세법」제138조 제1항 제4호가 적용될 수 있을 뿐 같은 항 제3호의 적용은 배제된다고 할 것인데, 원고가 영위하는 자동차 정비·수리업은 같은 조 제3항, 구 지방세법 시행규칙 (2005. 2. 1. 부령 제266호로 개정되기 전의 것) 제47조 제1항, 제55조, 별표3 28호 다목에 의하여 공장의 종류에서 제외되므로, 이 사건 부동산의 등기는 구 「지방세법」제138조 제1항 제4호의 중과세 대상에 해당하지 아니한다.
따라서 이 사건 부동산의 등기에 관하여 구 「지방세법」제138조 제1항 제4호에 의하여 중과세율을 적용한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
(나) 피고의 이 사건 처분은 아래 기재와 같은 3회의 공적 견해 표명에 반하는 것으로서 신뢰보호의 원칙에 위배된다.
·2002. 6. 4.자 견해 표명 : 원고의 이 사건 부동산 등기는 지방세법상 중과세율 적용대상에 해당하지 아니한다.
·2003. 1. 23.자 견해 표명 : 이 사건 부동산 중 일부는 중과세율 적용대상에 해당하므로 원고는 추가로 9,223,670원을 납부하여야 한다.
·2003. 4. 3.자 견해 표명(수원시장) : 이 사건 부동산 중 제3자에게 임대한 부분은 중과세율 적용대상에 해당하므로 원고는 추가로 84,239,860원을 납부하여야 한다.
특히 이 사건 처분 중 가산세에 관한 부분은 피고의 과실에 의한 것으로서 원고로서는 그간 피고가 이 사건 부동산의 취득, 등기에 관하여 부과한 세금을 성실하게 납부해왔다는 점에 비추어 조세법률주의에 반하는 위법한 처분이다.
(2) 피고의 주장
(가) 구 「지방세법」제138조 제1항 제3호, 제3항, 같은 법 시행령 제102조 제2항에 의하면, 대도시 안에서 법인이 설립 후 5년 이내에 부동산을 취득하여 등기를 하는 경우, 당해 부동산등기가 공장의 신설에 따른 것이라고 하더라도 중과세율 적용대상에 해당하는바, 원고는 설립일로부터 5년 이내에 이 사건 부동산을 취득, 등기하였으므로, 위 조항에 의한 중과세 적용대상이며, 실제로 피고는 위 조항을 적용하여 원고에게 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 적법하다.
(나) 비록 피소 소속 공무원이 원고에게 이 사건 부동산의 등기가 중과세율 적용 대상이 아니라는 설명을 하였다고 하더라도, 위 설명은 사실관계를 오인하거나 관계법령을 잘못 적용한 것에서 비롯된 것으로서, 위와 같은 잘못된 행정을 바로잡는 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 위배된다고 할 수는 없다.
나. 관련 법령
별지 기재와 같다.
다. 판단
(1) 위에서 본 바와 같이, 원고는 2002. 4. 11. 이 사건 토지를 본점 소재지로 하여 설립신고를 한 후, 같은 해. 6.경부터 2003. 1.경까지에 걸쳐 이 사건 부동산을 취득, 등기하였는바, 구 「지방세법」제138조 제1항 제3호에 의하면 대도시내에서의 법인의 설립 이후의 부동산등기에 관하여는 중과세율을 적용하여 등록세를 부과하도록 되어 있고, 같은 법 시행령 제102조 제2항에 의하면 법인 설립 이후의 부동산등기란 법인이 설립 후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산에 관한 등기를 말하는 것으로서, 공장의 신설에 따르는 부동산등기도 이에 포함되므로, 원고는 이 사건 부동산의 등기에 관하여 위 조항에 의한 중과세율을 적용한 등록세를 납부할 의무가 있고, 따라서 피고의 이 사건 처분은 적법하다(이와 달리 공장의 신설에 따른 부동산등기의 경우 구 「지방세법」제138조 제1항 제4호의 적용 여부가 문제될 뿐, 같은 항 제3호의 ‘부동산’에는 공장은 제외되므로, 같은 항 제3호는 적용되지 않는다는 원고의 주장은 「지방세법 시행령」제102조 제2항의 규정에 반하는 것이어서 받아들이지 아니한다).
(2) 원고의 이 사건 부동산의 등기에 관하여 피고는 구 「지방세법」제138조 제1항 제4호를 적용하여 이 사건 처분을 하였는바, 원고가 영위하는 업종은 위 조항에 규정된 ‘공장’에 해당하지 아니하므로 피고의 이 사건 처분은 위법하다는 원고의 주장에 관하여 보건대, 갑2호증, 을1 내지 3호증의 각 기재 및 증인 손화중의 증언만으로는 피고가 구 「지방세법」제138조 제1항 제4호를 적용하여 이 사건 처분을 한 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없을 뿐 아니라, 오히려 갑1호증의 기재에 의하면, 이 사건 처분의 납세고지서의 과세대상란에 ‘천천동 515(대도시내 법인부동산등기에 따른 중과’라고 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있는바, 이러한 사실에 비추어 볼 때 피고는 구 「지방세법」제138조 제1항 제3호를 적용하여 이 사건 처분을 한 것으로 보일 뿐이며, 설령 피고가 이 사건 처분을 할 당시 구 「지방세법」제138조 제1항 제4호를 적용한 것이라고 하더라도, 피고는 이 사건 소송에서 원고가 이 사건 부동산의 등기를 한 것에 대하여 구 「지방세법」제138조 제1항 제3호를 적용하여야 한다고 주장하고 있으며, 실제로 원고가 이 사건 부동산을 등기한 것에 관하여 구 「지방세법」제138조 제1항 제3호에 의하여 중과세율이 적용된 등록세를 납부할 의무가 있음은 위에서 본 바와 같으므로, 피고의 이 사건 처분은 결과적으로 적법하다고 할 것이고, 따라서 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.
(3) 이 사건 부동산의 등기가 중과세 대상이 아니라는 견해를 표명하였다가 이를 뒤집는 피고의 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위배된다는 원고의 주장에 관하여 보건대, 「지방세법」제150조의2, 제151조에 의하면 등록세는 납부의무자가 정당한 세액을 산정하여 신고·납부하여야 하는 것이고, 납부의무자가 위와 같은 의무를 다하지 아니한 경우에는 과세관청은 제척기간 내에는 부족세액 및 가산세를 추징할 수 있으므로, 과세관청이 당초 비과세 또는 감면 결정을 하였더라도, 추후 신고내용에 탈루 또는 오류가 있음을 발견한 경우에는 비과세 결정 등을 번복하고 다시 과세처분을 할 권한과 의무가 있고, 이러한 경우의 과세처분이 신뢰보호의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 반한다고 할 수는 없을 것인바, 원고 주장과 같이 피고가 3회에 걸쳐 이 사건 부동산의 등기가 지방세법상 중과세율 적용 대상이 아니라는 견해를 표명하였다고 하더라도 그와 같은 이유만으로 피고의 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 위배된다고 할 수는 없으므로(대법원 1993. 2. 23. 선고 92누12919 판결 등 참조. 뿐만 아니라 원고 주장의 2003. 1. 23.자 및 2003. 4. 3.자 견해 표명은 이 사건 부동산이 지방세법상 중과세율 적용 대상이 아니라는 취지의 견해 표명으로 보이지 아니한다), 원고의 위 주장 또한 받아들이지 아니한다.
한편, 원고가 신고의무 또는 납부의무를 위반한 사실이 없음에도 불구하고 원고에게 가산세를 부과하는 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다는 원고의 주장에 관하여 보건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다고 할 것인바(대법원 1993.11.23. 선고 93누15939 판결 등 참조), 위에서 본 바와 같이 이 사건 부동산의 등기가 등록세 중과세 대상에 해당함은 구 「지방세법」제138조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제102조 제2항의 규정상 의문이 없고, 원고가 이 사건 부동산의 등기에 적용될 세율 기타 관계법령을 알지 못하여 피고 소속 공무원의 조언을 구한 결과 그로부터 일반세율이 적용된다는 설명을 들었다고 하더라도 피고 소속 공무원의 이러한 언동은 사실관계의 오인에서 비롯된 착각이거나 관계법령에 어긋나는 것임이 명백하다는 점에 비추어 볼 때 원고가 이를 믿고 따랐다 하여 취득세 자진신고납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로(위 대법원 판결 등 참조), 이 사건 처분 중 가산세를 부과하는 부분은 적법하고, 따라서 원고의 위 주장 역시 받아들이지 아니한다.
3. 결 론
그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】
지방세법 (2002. 12. 30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것)
제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과)
①다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. [단서 생략]
1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기
2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.
3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기
4. 대도시(공업배치및공장설립에관한법률의 적용을 받는 유치지역 및 도시계획법의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기
②제1항 제1호 및 제2호의 규정은 제137조 제1항 제6호의 경우에는 적용하지 아니한다.
③제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.
지방세법 시행령
제102조 (대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준)
②법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.
지방세법 시행규칙 (2005. 2. 1. 부령 제266호로 개정되기 전의 것)
제47조 (공장의 범위와 적용기준)
①법 제112조 제4항의 규정에 의한 공장의 범위는 별표3에 규정된 업종에 해당하는 공장(산업집적활성화및공장설립에관한법률 제28조의 규정에 의한 도시형 공장을 제외한다)으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 500제곱미터이상인 것을 말한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 당해 공장의 제조시설을 지원하기 위하여 공장경계구역안에 설치되는 부대시설(식당·휴게실·목욕실·세탁장·의료실·옥외체육시설 및 기숙사등 종업원의 후생복지증진에 공여되는 시설과 대피소·무기고·탄약고 및 교육시설을 제외한다)의 연면적을 포함한다.
제55조 (공장의 범위와 적용기준) 법 제138조 제3항의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준에 대하여는 제47조의 규정을 준용한다. 이 경우 동조 제1항 전단 및 제2항 본문중 "법 제112조 제3항의"는 각각 "법 제138조 제3항의"로 본다.
별표 3 공장의 종류
27. 자동차 수리업
502 자동차 수리업
5020 자동차 수리업
50201 자동차 종합수리업
50202 자동차 전문수리업
50203 자동차 세차업
504 이륜자동차 수리업
5040 이륜자동차 수리업
50402 이륜자동차 및 설상용 차량 수리업
28. 다음 각 호에 해당하는 것은 제1호 내지 제27호의 공장의 종류에서 제외한다.
다만, 가목 내지 마목 및 아목은 법 제112조 제3항 및 규칙 제47조의 규정에
의하여 취득세를 중과세할 경우에는 국토의계획및이용에관한법률등 관계법령의
규정에 의하여 공장의 설치가 금지 또는 제한되지 아니한 지역에 한하여 공장의
종류에서 이를 제외하고, 법 제188조·영 제142조의2 제2항 및 규칙 제78조의7의
규정에 의하여 재산세를 중과세하는 경우와 법 제276조의 규정에 의하여 취득세
등을 감면하는 경우에는 공장의 종류에서 이를 제외하지 아니한다.
다. 차량 등의 정비 및 수리를 목적으로 하는 정비·수리업
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