공장의 신설 등 공장에 관한 부동산등기를 규정한 구 지방세법 시행령 제102조 제2항이 모법에 배치되거나 위임범위를 벗어난 무효의 규정이라고 볼 수 없고, 부동산을 등기한 것에 관하여 구 지방세법 제138조 제1항 제3호에 의하여 중과세율이 적용된 등록세를 납부할 의무가 있으므로 부과처분은 정당하고, 취득세 자진신고납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 부과처분 중 가산세를 부과하는 부분은 타당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는

수원시 장안구 천천동 515잡종지 3,600.4㎡(이하, ‘이 사건 토지’라고 한다)를 본점 소재지로 하여 2002. 4. 11. 설립등기를 마친 법인으로서 자동차정비업, 자동차제조업, 부동산임대업, 자동차부품판매업, 자동차매매업 및 관련 부대사업을 영위해 오고 있다.

나. 원고회사의 대표이사인

조문경은 원고회사 설립전인 2002. 3. 18. 한국토지공사로부터 이 사건 토지를 매수하기로 한 후, 2002. 6. 4.경 피고 소속 공무원에게 원고가 이 사건 토지를 취득할 경우 지방세법상 중과세 대상에 해당하는지 여부에 대하여 문의한 결과 위 공무원으로부터 원고가 영위하고자 하는 사업은 지방세법상 중과세 제외 업종에 해당한다는 설명을 듣고, 2002. 6. 7. 원고 앞으로 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기를 경료하였다.

다. 그 후 원고는 2002. 12. 27. 이 사건 토지상에 자동차 관련 시설(면적 2,891.35㎡. 이하, ‘이 사건 건축물’이라고 하고, 이 사건 토지와 이 사건 건축물을 합하여 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 신축하여 2003. 1. 9. 자신 명의의 소유권보존등기를 경료하였는데, 이 사건 부동산의 취득, 등기에 관하여 이 사건 부동산 중 원고의 본점 사무실로 이용하는 부분에 대하여는 지방세법상 중과세율을 적용하고 나머지 부분에 대하여는 같은 법상 일반세율을 적용하여 산출한 등록세액을 신고, 납부하였다.

라. 수원시장은 2003. 4. 3. 원고에 대하여 지방세 세무조사를 한 후, 원고가 이 사건 부동산의 일부를 제3자에게 임대하고 있다는 이유로, 위 임대 부분에 관하여 지방세법상 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 84,239,860원(가산세 포함)을 추징하여, 원고는 2004. 2.경 위 세금을 납부하였다.

마. 그 후 2005. 5.경 경기도 세정업무지도점검시 이 사건 부동산 전체가 지방세법상 등록세 중과세율 적용대상에 해당한다는 지적이 있자, 피고는 2006. 1. 9.경 원고에게 이 사건 부동산의 가액 3,566,151,710원을 과세표준으로 하여

구 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것. 이하, ‘구 지방세법’이라고만 한다) 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 원고가 이미 납부한 세액을 공제한 나머지 등록세 127,973,530원, 지방교육세 24,637,890원(각 가산세 포함)을 각 부과하는 청구취지 기재 각 처분(이하, ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.

바. 원고는 이 사건 처분에 대하여 2006. 2. 1. 경기도지사에게 심사청구를 하였으나, 같은 해 6. 7. 경 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1, 2호증, 을1 내지 3호증의 각 기재, 증인 손화중의 증언, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부의 판단

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

(가) 원고가 이 사건 부동산에 관한 각 소유권등기를 경료한 것은 대도시 안에서의 공장의 신설에 따른 등기이므로,

구 지방세법 제138조 제1항 제4호가 적용될 수 있을 뿐

같은 항 제3호의 적용은 배제된다고 할 것인데, 원고가 영위하는 자동차 정비수리업은

같은 조 제3항,

구 지방세법 시행규칙 (2005. 2. 1. 부령 제266호로 개정되기 전의 것) 제47조 제1항, 제55조, 별표3 28호 다목에 의하여 공장의 종류에서 제외되므로, 이 사건 부동산의 등기는

구 지방세법 제138조 제1항 제4호의 중과세 대상에 해당하지 아니한다.

따라서 이 사건 부동산의 등기에 관하여

구 지방세법 제138조 제1항 제4호에 의하여 중과세율을 적용한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

(나) 피고의 이 사건 처분은 아래 기재와 같은 3회의 공적 견해 표명에 반하는 것으로서 신뢰보호의 원칙에 위배된다.

2002. 6. 4.자 견해 표명 : 원고의 이 사건 부동산 등기는 지방세법상 중과세율 적용대상에 해당하지 아니한다.

2003. 1. 23.자 견해 표명 : 이 사건 부동산 중 일부는 중과세율 적용대상에 해당하므로 원고는 추가로 9,223,670원을 납부하여야 한다.

2003. 4. 3.자 견해 표명(수원시장) : 이 사건 부동산 중 제3자에게 임대한 부분은 중과세율 적용대상에 해당하므로 원고는 추가로 84,239,860원을 납부하여야 한다.

특히 이 사건 처분 중 가산세에 관한 부분은 피고의 과실에 의한 것으로서 원고로서는 그간 피고가 이 사건 부동산의 취득, 등기에 관하여 부과한 세금을 성실하게 납부해왔다는 점에 비추어 조세법률주의에 반하는 위법한 처분이다.

(2) 피고의 주장

(가)

구 지방세법 제138조 제1항 제3호, 제3항,

같은 법 시행령 제102조 제2항에 의하면, 대도시 안에서 법인이 설립 후 5년 이내에 부동산을 취득하여 등기를 하는 경우, 당해 부동산등기가 공장의 신설에 따른 것이라고 하더라도 중과세율 적용대상에 해당하는바, 원고는 설립일로부터 5년 이내에 이 사건 부동산을 취득, 등기하였으므로, 위 조항에 의한 중과세 적용대상이며, 실제로 피고는 위 조항을 적용하여 원고에게 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 적법하다.

(나) 비록 피소 소속 공무원이 원고에게 이 사건 부동산의 등기가 중과세율 적용 대상이 아니라는 설명을 하였다고 하더라도, 위 설명은 사실관계를 오인하거나 관계법령을 잘못 적용한 것에서 비롯된 것으로서, 위와 같은 잘못된 행정을 바로잡는 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 위배된다고 할 수는 없다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 위에서 본 바와 같이, 원고는 2002. 4. 11. 이 사건 토지를 본점 소재지로 하여 설립신고를 한 후, 같은 해. 6.경부터 2003. 1.경까지에 걸쳐 이 사건 부동산을 취득, 등기하였는바,

구 지방세법 제138조 제1항 제3호에 의하면 대도시내에서의 법인의 설립 이후의 부동산등기에 관하여는 중과세율을 적용하여 등록세를 부과하도록 되어 있고,

같은 법 시행령 제102조 제2항에 의하면 법인 설립 이후의 부동산등기란 법인이 설립 후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산에 관한 등기를 말하는 것으로서, 공장의 신설에 따르는 부동산등기도 이에 포함되므로, 원고는 이 사건 부동산의 등기에 관하여 위 조항에 의한 중과세율을 적용한 등록세를 납부할 의무가 있고, 따라서 피고의 이 사건 처분은 적법하다(이와 달리 공장의 신설에 따른 부동산등기의 경우

구 지방세법 제138조 제1항 제4호의 적용 여부가 문제될 뿐,

같은 항 제3호의 ‘부동산’에는 공장은 제외되므로,

같은 항 제3호는 적용되지 않는다는 원고의 주장은

지방세법 시행령 제102조 제2항의 규정에 반하는 것이어서 받아들이지 아니한다).

(2) 원고의 이 사건 부동산의 등기에 관하여 피고는

구 지방세법 제138조 제1항 제4호를 적용하여 이 사건 처분을 하였는바, 원고가 영위하는 업종은 위 조항에 규정된 ‘공장’에 해당하지 아니하므로 피고의 이 사건 처분은 위법하다는 원고의 주장에 관하여 보건대, 갑2호증, 을1 내지 3호증의 각 기재 및 증인 손화중의 증언만으로는 피고가

구 지방세법 제138조 제1항 제4호를 적용하여 이 사건 처분을 한 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없을 뿐 아니라, 오히려 갑1호증의 기재에 의하면, 이 사건 처분의 납세고지서의 과세대상란에 ‘천천동 515(대도시내 법인부동산등기에 따른 중과’라고 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있는바, 이러한 사실에 비추어 볼 때 피고는

구 지방세법 제138조 제1항 제3호를 적용하여 이 사건 처분을 한 것으로 보일 뿐이며, 설령 피고가 이 사건 처분을 할 당시

구 지방세법 제138조 제1항 제4호를 적용한 것이라고 하더라도, 피고는 이 사건 소송에서 원고가 이 사건 부동산의 등기를 한 것에 대하여

구 지방세법 제138조 제1항 제3호를 적용하여야 한다고 주장하고 있으며, 실제로 원고가 이 사건 부동산을 등기한 것에 관하여

구 지방세법 제138조 제1항 제3호에 의하여 중과세율이 적용된 등록세를 납부할 의무가 있음은 위에서 본 바와 같으므로, 피고의 이 사건 처분은 결과적으로 적법하다고 할 것이고, 따라서 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

(3) 이 사건 부동산의 등기가 중과세 대상이 아니라는 견해를 표명하였다가 이를 뒤집는 피고의 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위배된다는 원고의 주장에 관하여 보건대, 지방세법 제150조의2, 제151조에 의하면 등록세는 납부의무자가 정당한 세액을 산정하여 신고납부하여야 하는 것이고, 납부의무자가 위와 같은 의무를 다하지 아니한 경우에는 과세관청은 제척기간 내에는 부족세액 및 가산세를 추징할 수 있으므로, 과세관청이 당초 비과세 또는 감면 결정을 하였더라도, 추후 신고내용에 탈루 또는 오류가 있음을 발견한 경우에는 비과세 결정 등을 번복하고 다시 과세처분을 할 권한과 의무가 있고, 이러한 경우의 과세처분이 신뢰보호의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 반한다고 할 수는 없을 것인바, 원고 주장과 같이 피고가 3회에 걸쳐 이 사건 부동산의 등기가 지방세법상 중과세율 적용 대상이 아니라는 견해를 표명하였다고 하더라도 그와 같은 이유만으로 피고의 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 위배된다고 할 수는 없으므로(

대법원 1993. 2. 23. 선고 92누12919 판결 등 참조. 뿐만 아니라 원고 주장의 2003. 1. 23.자 및 2003. 4. 3.자 견해 표명은 이 사건 부동산이 지방세법상 중과세율 적용 대상이 아니라는 취지의 견해 표명으로 보이지 아니한다), 원고의 위 주장 또한 받아들이지 아니한다.

한편, 원고가 신고의무 또는 납부의무를 위반한 사실이 없음에도 불구하고 원고에게 가산세를 부과하는 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다는 원고의 주장에 관하여 보건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다고 할 것인바(

대법원 1993.11.23. 선고 93누15939 판결 등 참조), 위에서 본 바와 같이 이 사건 부동산의 등기가 등록세 중과세 대상에 해당함은

구 지방세법 제138조 제1항 제3호,

같은 법 시행령 제102조 제2항의 규정상 의문이 없고, 원고가 이 사건 부동산의 등기에 적용될 세율 기타 관계법령을 알지 못하여 피고 소속 공무원의 조언을 구한 결과 그로부터 일반세율이 적용된다는 설명을 들었다고 하더라도 피고 소속 공무원의 이러한 언동은 사실관계의 오인에서 비롯된 착각이거나 관계법령에 어긋나는 것임이 명백하다는 점에 비추어 볼 때 원고가 이를 믿고 따랐다 하여 취득세 자진신고납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로(위 대법원 판결 등 참조), 이 사건 처분 중 가산세를 부과하는 부분은 적법하고, 따라서 원고의 위 주장 역시 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.