본점의 전입과는 아무런 관련 없이 취득한 공장을 그 후의 사정변화로 인하여 본점으로 사용하게 된 경우에 해당하므로 대도시 내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산등기에 해당한다고 본 부과처분은 부당하다.

1. 처분의 경위 등

가. 원고는 2001. 6. 1.

광주시 장지동 468-10을 본점 소재지로 하고, 부동산 임대업, 시멘트 가공업을 사업목적으로 하여 설립된 법인으로서,

성신양회공업 주식회사(이하 ‘

성신양회’라고 한다)의 판매대리점 역할을 하던 주식회사

신일양회가

성신양회 소유의 아래 나. 기재의 공장을 인수하는 등의 방법으로, IMF 외환위기로 인하여 유동자금 부족등으로 어려움을 겪고 있던 성신양회의 구조조정을 돕기 위하여 설립한 회사이다.

나. 원고와

성신양회의 각종 계약의 체결

(1) 원고는

성신양회의 일시적인 유동자금 부족을 해결하여 주기로 하고 2001. 6. 4.

성신양회와 사이에, 원고가

성신양회로부터

성신양회가 운영하던

안양시 호계동 899-2대 8,678㎡ 및 그 지상에 위치한 건물, 기계장치 등 레미콘 공장(이하 ‘안양공장’이라고 한다) 일체를 75억원에,

광주시 장지리 468-11 공장용지 8,501㎡ 등 토지 및 그 지상에 위치한 공장건물 등 모르타르 공장(이하 ‘광주공장’이라고 한다) 일체를 85억원에 각 매수하고 2001. 7. 5.까지 그 대금을 지급하는 내용의 부동산매매계약을 각 체결하였다.

(2) 또한, 원고는 2001. 7. 5.

성신양회와 사이에, 원고가

성신양회에게 임대차기간을 3년으로 정하여 안양공장 및 광주공장을 각 임대하되,

성신양회로부터 연 차임으로 안양공장의 경우 위 매매대금 75억원의 10.3%, 광주공장의 경우 위 매매대금 85억원의 10.7%에 상당하는 금액을 지급받기로 하는 내용의 임대차계약을 체결하였다.

(3) 나아가 원고는 2001. 7. 5.

성신양회와 사이에, 위 각 임대차기간이 종료된 후 안양공장에 대하여는 원고가

성신양회에게 안양공장을 다시 매도할지 여부를 결정할 권리를 보유하고, 광주공장에 대하여는

성신양회가 광주공장을 재매입하되, 각기 재매입 가격은 당초 원고의 매입가격에서 안양공장 또는 광주공장에 대한 3년 동안의 감가상각비를 공제한 금액에 12%의 프리미엄을 더한 금액으로 하는 내용의 합의서를 작성하였다.

(4) 원고는 2001. 7. 5. 안양공장 및 광주공장에 대하여 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 한편, 원고는 2001. 6. 1. 안양공장에 원고의 안양지점 설치 등기를 하였다가 2001. 6. 28. 위 안양지점 폐지등기가 마쳐졌고, 2001. 7. 7. 착오기재를 이유로 위 안양지점 폐지등기가 말소됨과 동시에 신청착오를 이유로 위 안양지점에 관한 등기가 말소되었다.

라. 원고는 광주공장에 대한 임대차기간이 만료됨에 따라 당초의 합의한 바대로2004. 7. 6.경

성신양회에게 광주공장을 매매대금 8,621,838,198원에 매도하였고,

성신양회는 2004. 8. 4. 광주공장에 대하여 그 명의의 소유권이전등기를 마쳤다.

마. 그런데, 원고는 안양공장에 대한 임대차기간이 종료된 직후

성신양회에게 안양공장을 매도하려고 시도한 바 있으나,

성신양회와 사이에 안양공장의 매매대금에 관한 합의가 성립되지 않았고, 이로 인하여 2004. 7. 6. 안양공장의 임대차기간을 2004. 9. 30.까지로 연장하되, 계약기간 만료시 임대차기간을 추가로 3개월 동안 연장할 수 있도록 하는 내용의 임대차계약을 체결한 후 위 임대차기간 동안 위 매매대금에 관한 협의를 지속하였으나 끝내 협의가 이루어지지 않는 바람에 안양공장을 직접 운영하게 되었다.

바. 한편, 원고는 광주공장의 매각으로 더 이상

광주시 장지동 468-10을 본점 소재지로 사용할 수 없게 되자, 2004. 7. 12. 본점 소재지를 안양공장이 위치한

안양시 동안구 호계동 899-2로 변경하였고, 같은 달 22. 이에 대한 등기를 마쳤다.

사. 피고는 2005. 1. 12. 원고에 대하여, 원고의 안양공장을 구성하는 위

호계동 899-2 대 8,678㎡ 및 그 지상 건물(연면적 합계 1,363.78㎡)의 취득에 따른 소유권이전등기가 대도시인 안양시 내에로의 원고 본점의 전입에 따른 부동산등기에 해당함을 이유로, 대도시 지역 내 법인등기 등에 대하여 등록세를 중과하는

지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘지방세법’이라고 한다) 제138조 제1항 제3호,

같은 법 시행령 제102조 제2항을 적용하여 추가로 등록세 511,705,160원 및 지방교육세 94,316,170원을 각 부과하는 처분(이하 위 등록세 및 지방교육세 부과처분을 합하여 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1, 2, 갑 5 내지 8, 18, 21 내지 26호증, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

원고는 다음과 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

(1) 원고는 안양공장을 매입할 당시

성신양회의 일시적인 유동성 부족을 돕기 위한 방편으로 안양공장을 매수하였을 뿐, 실질적으로 안양공장을 인수하거나 레미콘업종을 영위할 의사가 전혀 없었고, 광주공장의 매각 및 안양공장 매매대금 협상의 결렬로 인하여 부득이하게 원고의 본점을 안양공장으로 옮기거나 직접 안양공장을 운영하게 된 것에 불과하므로, 원고의 안양공장 취득과 안양공장으로의 본점 전입 사이에는 별다른 연관성이 없다.

(2) 원고는

성신양회로부터 안양공장을 포괄적으로 승계취득한 것이므로,

지방세법 제138조 제1항 제4호, 제3항,

같은 법 시행규칙 제47조 제2항 제2호 가목에 의하여 등록세 등의 중과세 대상에서 제외되어야 한다.

(3) 원고의 안양공장 취득에 대하여

지방세법 제138조 제1항 제3호를 적용할 경우 대도시 인근에 위치해야 하는 레미콘업의 특성에도 불구하고 대도시 내에서의 레미콘 영업의 양수도를 사실상 규제하게 됨으로 인하여 영업의 자유를 본질적으로 침해하게 된다.

(4) 원고가 직접 안양공장을 운영하게 된 이후 지속적으로 매출이 감소하여 안양공장에 상주하는 직원수가 줄어들게 되었고, 원고가

성신양회의 구조조정을 돕기 위하여 불가피하게 안양공장을 취득하게 된 점 등에 비추어 이 사건 처분은 비례의 원칙에 위배된다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

지방세법 제138조 제1항 제3호는 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기를 등록세 중과대상의 하나로 규정하고,

같은 법 시행령 제102조 제2항은 같은 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있는바, 여기서 말하는 “일체의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산의 등기를 뜻하므로, 반드시 그 부동산의 전부가 법인 또는 지점 등의 업무에 사용되어야 한다거나 취득 당시 그 부동산의 전부를 법인의 본점 또는 지점 등으로 사용할 의사가 있어야만 하는 것은 아니라고 하더라도, 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입과 관련 없이 취득한 부동산을 그 후에 법인의 본점 또는 지점 등으로 사용하게 된 경우의 부동산등기까지 포함하는 것은 아니라고 할 것인바(

대법원 2001. 4. 10. 선고 99두1618 판결 참조), 이 사건의 경우 앞서 본 다음과 같은 사정, 즉, ① 원고가 안양공장 및 광주공장을 매수하게 된 경위, 원고가 성신양회로부터 광주공장 및 안양공장을 각 매수함과 동시에 이를 성신양회에게 임대하였음은 물론 광주공장 및 안양공장에 대한 재매매에 관한 합의서를 작성하였으며, 그 임대차기간이 경과한 후 실제로 합의서에 정한 바에 따라 광주공장을

성신양회에게 매각한 점에 비추어 볼 때 원고로서는 안양공장 및 광주공장의 매입자금에 대하여 임대차기간 동안 연이율 10.3%에 해당하는 임대수익을 확보하고, 그 기간이 경과된 후

성신양회에게 안양공장을 되팔아 원금을 회수하는 방식으로 자금을 운용함과 아울러 성신양회의 구조조정을 도우려 한 것일 뿐 원고에게 실제로 안양공장을 원고의 본점 또는 지점 소재지로 하여 이를 운영할 의사가 있었던 것으로 보기는 어려운 점, ② 원고는 본점 소재지로 사용하던 광주공장이

성신양회에게 매각된 반면 당초의 예상과는 달리 매매대금 협상이 결렬됨으로 인하여 안양공장의 매각이 무산되는 바람에 원고의 설립목적상 적어도 안양공장에 대한 매매 등 처분이 마무리 될 때까지는 원고의 존속이 필요함에도 불구하고 더 이상 광주공장을 본점 소재지로 이용할 수 없게 되자, 부득이하게 그 본점을 안양공장으로 전입하게 된 것으로 보이는 점, ③ 원고가 당초 안양공장을 소재지로 하여 등기한 안양지점 설치에 관한 등기는 신청착오를 이유로 말소된 점 등의 사정을 종합하여 보면, 원고는 그 본점의 전입과는 아무런 관련 없이 취득한 안양공장을 그 후의 사정변화로 인하여 본점으로 사용하게 된 경우에 해당한다고 봄이 상당하므로, 원고의 안양공장 취득이

지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 대도시 내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산등기에 해당함을 전제로 하는 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다(원고의 첫 번째 주장이 인정되는 이상 나머지 주장에 대하여는 더 나아가 판단하지 않는다).

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.