부동산을 실질적으로 취득하였다가 주택조합에 부동산의 소유권을 양도하였고, 주택건설을 위한 각종 계약을 체결하거나 기타 시행대행자로서의 역할을 하는 것만으로는 주택건설대지를 당해 업종에 직접 사용하였다고 볼 수 없고, 법 시행령 제101조 제2항 소정의 ‘2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 않고 매각하는 경우’에는 ‘정당한 사유’가 있는지 여부를 불문하고 법 시행령 제101조 제2항에 의하여 지방세법 제138조 제1항 본문의 규정이 적용되어 등록세가 중과된다.

1. 처분의 경위

① 원고는 2003. 11. 21. 건설업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인인데, 2006년경

서울 동작구 상도동 165-5 일대의 별지 과세내역 기재 토지와 주택(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 매수하기 시작하여 2007. 2. 22.경부터 2007. 12. 28.경까지 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.

② 피고는, 원고가 건설교통부(현 국토해양부)에 등록된 주택건설사업자로서 주택건설사업을 위하여 이 사건 부동산을 취득하였다는 이유로

구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9880호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제138조 제1항 단서,

지방세법 시행령(이하 ‘법 시행령’이라 한다) 제101조 제1항 제5호에 의하여 등록세 등에 대하여 300%의 중과세율을 적용하지 아니하였다.

③ 원고는 2007. 11. 12.경부터 2008. 1. 10.경까지 상도동

두산위브 지역주택조합(이하 ‘상도지역주택조합’이라 한다)에 이 사건 부동산을 모두 매각하였다. 이에 피고는 2008. 6. 12. 원고에 대하여 이 사건 부동산을 취득한 날로부터 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하였다는 이유로 법 시행령 제101조 제2항, 법 제138조 제1항 본문에 의하여 300%의 중과세율을 적용하여 별지 과세내역 기재 등록세 합계 2,678,816,650원, 지방교육세 합계 493,470,050원, 농어촌특별세 합계 104,585,060원의 각 부과처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

④ 원고는 2008. 9. 8. 조세심판원에 이 사건 부과처분에 대한 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2009. 2. 10. 심판청구를 기각한다는 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없음, 갑 제1호증의 1 내지 142, 갑 제2호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 부과처분이 아래 이유로 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

1) 원고는 이 사건 부동산의 형식상 소유자로 등재되었었다는 점에 관하여

원고는 지역주택조합과 사이에 주택건설사업을 신속하게 진행하기 위해 건설사업 부지를 먼저 확보하기 위해 원고 앞으로 소유권이전등기를 경료하였다가 곧바로 매각대금을 부동산 매수가액과 부대비용으로 일괄적으로 정하여 상도지역주택조합 앞으로 소유권이전등기를 하였으므로, 이 사건 부동산은 실질적으로 종전 소유자로부터 곧바로 상도지역주택조합으로 이전된 것과 동일하다고 할 것이다. 따라서 실질과세의 원칙상

지방세법 제138조 제1항본문과

법 시행령 제101조 제2항 본문 후단은 적용되지 아니하고, 오히려 형평의 원칙상

국세기본법 제14조 제3항이 적용되어야 한다.

2) 이 사건 부동산을 주택건설사업에 직접 사용하였다는 점에 관하여

원고는 지역주택조합 방식의 주택건설사업을 추진하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하여 설계용역계약, 주택신축계약, 대출약정을 체결하는 등 주택건설사업을 추진하여 왔고, 상도지역주택조합 앞으로 소유권이전등기를 한 이후에도 상도지역주택조합의 시행대행자로서 건축허가, 사업진행컨설팅, 준공인가, 분양 등 업무를 대행하는 방식으로 이 사건 부동산을 당해 업종에 직접 사용하였다. 따라서 원고는 이 사건 부동산을 취득한 이후 상도지역주택조합에 소유권을 이전한 이후에도 이 사건 부동산을 주택건설사업 용도로 직접 사용하였으므로

법 시행령 제101조 제2항에서 정하는 등록세 중과세 요건인 ‘당해 업종에 직접 사용하지 아니하고’에 해당하지 아니한다.

3) 이 사건 부동산의 매각에 정당한 사유가 있다는 점에 관하여

주택법 시행령 제40조 제2항이 2007. 7. 30. 대통령령 제20208호로 개정되면서 지역주택조합이 등록사업자 소유의 토지를 주택건설부지로 사용하지 못하게 됨에 따라 원고는 이 사건 부동산에 대한 소유명의를 그대로 유지한 채 지역주택조합 방식으로 사업을 추진할 수 없게 되어 부득이 이 사건 부동산을 상도지역주택조합에 매각하였다. 따라서 원고가 이 사건 부동산의 취득일로부터 2년 이내에 이 사건 부동산을 상도지역주택조합에 매각한 것에 ‘정당한 사유’가 있으므로 등록세가 중과되어서는 아니 된다.

4) 가산세 면제 사유로서의 ‘정당한 사유'가 있다는 점에 관하여

원고는 애초부터 상도지역주택조합과 공동주택건설사업을 추진하기 위해 부동산을 매입하였고, 동일한 사업을 계속 하기 위해 이 사건 부동산의 소유권을 상도지역주택조합에 이전한 것이며, 실질적으로 공동사업주체로서 업무를 하고 책임을 졌음에도 형식적으로 시행대행계약을 체결하였다는 이유로 중과세 처분이 내려진 점, 원고가 이 사건 부동산의 매매로 어떠한 이익도 얻지 아니한 점 등을 고려하면, 이 사건 부과처분 중 가산세 부분은 부당하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

① 원고는 이 사건 부동산을 매입하여 위 토지상에 지역주택조합 방식으로 공동주택을 건설하는 사업을 추진하기로 하고 2006년경 이 사건 부동산의 매입 작업에 착수하여 2007. 2. 22.경부터 12. 28.경까지 이 사건 부동산에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

② 원고는 2007. 1.경

주식회사 해안종합건축사사무소와 사이에 건축물 설계용역 등 계약을, 2007. 5.경

두산중공업 주식회사와 사이에 신축공사 도급계약을 각 체결하였고, 2007. 5. 23.경 및 6.경 자금조달을 위한 대출약정, 지반조사 용역계약 및 주택신축에 따른 교통영향평가에 관한 계약을 체결하였다.

③ 원고는 2007. 7.경 상도지역주택조합과 사이에 토지매입, 주택건설사업 관련 인·허가, 업무추진에 따른 관련 업체 선정, 조합원 모집 등 업무를 대행하기로 하는 시행대행계약을 체결하였고, 위 시행대행계약에 따라 조합원을 모집하여 2007. 8. 29. 상도지역주택조합 설립인가를 신청하였다가 2007. 9. 20. 위 신청을 취하하였다.

④ 원고는 2007. 11. 12.경부터 2008. 1. 10.경까지 상도지역주택조합에 이 사건 부동산을 모두 매각하는 한편, 2007. 11. 26. 피고에게 상도지역주택조합 설립인가를 신청하여 2008. 1. 25. 그 설립인가를 받았다. 이와 같이 설립인가를 받은 상도지역주택조합은 2008. 6.경

두산중공업 주식회사와 사이에 신축공사 도급계약을 체결하였다.

[인정 근거] 다툼 없음, 갑 제5, 6, 11, 12 내지 23, 26, 30, 31, 35호증, 을 제1, 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 제1심 증인 박승준, 최민식의 각 일부 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 원고가 이 사건 부동산의 소유자로 형식상으로 등재되었었다는 주장에 대하여

위 인정사실 등에 의하여 알 수 있는 아래 각 사정을 종합하여 보면, 원고는 자신이 이 사건 부동산을 실질적으로 취득하였다가 상도지역주택조합에 이 사건 부동산의 소유권을 양도하였다고 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 원고가 이 사건 부동산을 매수할 당시뿐만 아니라 그 이후에도 상도지역주택조합과 공동사업주체가 되어 주택건설사업을 시행하고자 하였다는 점을 인정할 증거가 없고, 오히려 원고가 이 사건 부동산을 매수한 상당 기간 동안 상도지역주택조합은 실제 그 조직을 갖추고 있지 못하여 원고와 공동사업주체가 될 여지가 없었다고 보인다.

② 원고가 이 사건 부동산 취득 당시 자신의 주택건설사업법상 건설사업주체로서 이 사건 부동산을 취득하고 이에 따라 이 사건 부동산의 취득 당시 중과세를 면하였다.

③ 원고가 지역주택조합을 위하여 이 사건 부동산을 취득하여야 할 법률상 아무런 이유가 없다.

④ 상도지역주택조합이 조합설립인가를 받은 이후에도 원고는 이 사건 부동산에 관하여 자신 앞으로 소유권이전등기를 경료하였다가 상도지역주택조합 앞으로 소유권이전등기를 경료하였다.

⑤ 원고는 상도지역조합주택에 이 사건 부동산을 매각하고 상도지역조합주택과 사이에 시행대행사계약을 체결함으로써 경제적 이득을 취득한 것으로 보인다.

2) 원고가 이 사건 부동산을 주택건설사업에 직접 사용하였다는 주장에 대하여

구 지방세법(1993. 12. 27. 법률 제4611호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항 제3호,

구 지방세법 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14041호로 개정되기 전의 것) 제101조 제1항 제5호,

제2항,

제102조 제2항의 각 규정에 의하면, 법인이 대도시 내에서 설립 또는 지점설치 등 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기는 등록세 중과대상이 되지만,

주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록된 주택건설사업자가 주택건설용으로 취득·등기하는 부동산을 취득 후 3년 이내에 주택건설에 착공하면 등록세 중과대상에서 제외되며, 그 유예기간 내에 착공하지 못하였다 하더라도 거기에 정당한 사유가 있으면 역시 중과대상에서 제외되는 것이다(

대법원 1999. 2. 24. 선고 97누3132 판결).

위 법리 및

법 시행령 제101조 제1항 제5호 중 괄호 부분, 즉 ‘(주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하며 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)’ 규정의 내용과 체계 등에 비추어 볼 때, 법 시행령 제101조 제2항이 정한 ‘직접 사용하지 아니하고’ 중 ‘사용’의 의미는 주택건설사업자가 주택건설대지에서 주택건설을 위하여 착공을 하거나 이에 준하는 행위를 하는 것을 의미한다고 할 것이고, 단순히 주택건설을 위한 각종 계약을 체결하거나 기타 시행대행자로서의 역할을 하는 것만으로는 주택건설대지를 당해 업종에 직접 사용하였다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 이 사건 부동산의 매각에 정당한 사유가 있으면 중과세 대상에 해당하지 아니한다는 주장에 대하여

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(

대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).

위 법리와 관계 법령에 의하여 알 수 있는 아래 각 이유를 종합하여 보면,

법 시행령 제101조 제2항 소정의 ‘2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우’에는 ‘정당한 사유’가 있는지 여부를 불문하고

법 시행령 제101조 제2항에 의하여

지방세법 제138조 제1항 본문의 규정이 적용되어 등록세가 중과된다고 할 것이므로, 이 사건 부동산의 매각에 정당한 사유가 있는지에 관하여 살필 것 없이 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

①

법 시행령 제101조 제2항본문 전단과 후단은 중과세의 예외에 해당하는 업종을 영위하는 자가 취득한 재산을 “당해 업종에 사용하지 아니하는 경우” 이외에 “다른 업종에 사용 또는 겸용하는 일정한 경우”에도 등록세를 중과하도록 규정하고 있다. 그런데

법 시행령 제101조 제2항 본문 후단, 즉 “2년 이상 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우”에도 전단에서 규정하는 “정당한 사유”가 없을 것을 요한다고 해석한다면, 법 시행령 제101조 제2항 본문 전단은 “정당한 사유 없이 1년 이내에 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우”에 중과세하도록 규정하면서 후단은 “정당한 사유 없이 2년 이상 다른 업종에 사용·겸용하는 경우”에 중과세하도록 규정하는 것이 되어 결국 위 조항 후단 부분은 아무런 의미 없게 된다. 오히려 이는 1년의 유예기간 동안에는 취득한 재산을 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우라도 정당한 사유가 있다면 중과세를 면하여 주되, 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 다른 업종에 사용 또는 겸용한다면 정당한 사유를 불문하고 중과세한다는 취지로 해석함이 자연스럽다.

② 주택건설사업의 경우

법 시행령 제101조 제2항 본문 전단의 경우에 그 유예기간을 1년이 아닌 3년으로 규정하고 있지만, 그렇다고 하여 주택건설사업의 경우에만 ‘2년 이상 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우’에 ‘정당한 사유’가 없을 것을 요한다고 해석할 수 없고, ‘정당한 사유’를 불문하고 ‘2년 이상 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우’에 법 제138조 제1항 본문에 따라 등록세를 중과한다고 하더라도 조세평등의 원칙에 위배되는 것으로 볼 수 없다.

③

법 시행령 제101조 제2항은

지방세법 제138조 제1항과 규정 형식이 다르지만, 이는 지방세법 시행령이 2000. 12. 29. 대통령령 제17052호로 개정되면서 후단 부분, 즉 ‘2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우’가 추가됨에 따라 그 규정 형식상의 차이가 발생한 것으로 보인다.

4) 이 사건 부동산이 2년 이상 당해 업종에 직접 사용되지 아니하고 매각한 경우에 해당하는지 여부

원고는 이 사건 부동산을 매각하기 전에 주택건설을 위하여 신축공사 도급계약 등 각종 계약을 체결하거나 조합원을 모집하여 상도지역주택조합의 설립인가를 받기 위한 노력을 하였지만, 앞서 본 바와 같이 이 사건 부동산을 취득한 이후 매각할 때까지 사업계획 승인신청조차 하지 아니하였을 뿐만 아니라 그러한 상태에서 취득일로부터 2년이 경과하기도 전에 이 사건 부동산을 모두 매각하였으므로, ‘등기일로부터 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우’에 해당한다고 봄이 상당하다.

또한 원고 주장과 같이 “2년 이상 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우”에 “정당한 사유”가 없을 경우에만 등록세가 중과된다고 해석한다고 하더라도, 아래 각 사정을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 부동산을 취득할 당시 지역주택조합의 시행대행사로서 참여하려고 하여 사업계획 승인신청 이전까지는 지역주택조합에 이 사건 소유권을 이전하는 것을 전제로 사업을 추진한 것으로 보이고, 이러한 사업추진방식은 원고가 이 사건 부동산을 취득한 이후 지역주택조합에 매각할 때까지 이 사건 부동산을 주택건설용으로 ‘직접’ ‘사용’하는 것을 전제로 하지 아니하므로,

주택법 시행령 제40조 제2항의 개정으로 인하여 불가피하게 이 사건 부동산을 매각하였다는 취지의 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

①

주택법 시행령 제40조 제2항이 개정되기 이전에 작성된 것으로 보이는 조합가입계약서(갑 제30호증)에는 원고가 시행사가 아닌 시행대행사로 되어 있고 실제로 그 무렵 원고와 지역주택조합 사이에 시행대행계약(갑 제23호증)이 체결되었다.

② 제1심 증인 박승준 역시 사업계획 승인신청을 하기 전에 이 사건 부동산의 소유권을 지역주택조합에 넘기는 것을 전제로 사업을 추진하였다는 취지로 증언하였다.

5) 가산세 면제 사유로서의 '정당한 사유'가 있는다는 주장에 대하여

가산세 면제사유로서의 ‘정당한 사유’라 함은 본세 납부기한 내에 본세를 납부하지 못한 것에 대한 정당한 사유가 있는 경우를 의미한다 할 것인바, 원고 주장의 사유는 본세인 이 사건 등록세, 취득세 및 농어촌특별세를 그 납부기한 내에 납부할 수 없었던 사유라 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

마. 소결

따라서 이 사건 부과처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다(이 판결서는 2010. 12. 3. 작성되었다).