이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에 관한 특례법 제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2008. 12. 5. 선고 2008누17471 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결문 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-수원지방법원 2008. 5. 14. 선고 2007구합9021 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 2007. 3. 19. 원고에 대하여 한 등록세 13,066,836,320원의 부과처분 중 8,762,812,270원을 초과하는 부분 및 지방교육세 2,613,367,260원의 부과처분 중 1,752,562,450원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2007. 2. 15. 00물산 주식회사(이하 ‘00물산’이라 한다)와 사이에 ○○시 00구 ○○동 263 외 7필지 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)와 위 지상 00플라자00점 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 위 토지와 함께 ‘이 사건 부동산’이라 한다) 및 00플라자00점의 영업 등을 4,700억 원에 매수하기로 하는 내용의 매매계약 및 영업양수도계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하고, 위 주소지에 원고의 에이케이00지점(이하 ‘00지점’이라 한다)을 설치하였으며, 같은 해 3. 16. 00지점에 대한 사업자등록을 마쳤다.

나. 원고는 2007. 3. 19. 위 매매대금 중 이 사건 토지 및 건물의 취득가액을 438,140,613,785원으로 보고, 그 중 이 사건 건물 중 00플라자00점으로 이용되고 있는 지하 1층 내지 8층 및 위 부분에 대한 토지(이하 ‘이 사건 유통 부분’이라 한다)의 가액을 320,111,414,215원, 00물산의 상사·건설 부분의 사무실로 이용되고 있는 9층 내지 20층 및 위 부분에 대한 토지(이하 ‘이 사건 오피스 부분’이라 한다)의 가액을 118,029,199,570원으로 안분한 다음, 이 사건 유통 부분의 가액에 대하여는 「지방세법」제131조 제1항의 규정에 의한 표준세율을 적용하고, 이 사건 오피스 부분의 가액에 대하여는 대도시 내에서 지점 설치 후 5년 이내에 취득·등기하는 부동산으로 보고 「지방세법」제138조 제1항에 의한 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 13,066,836,320원 및 지방교육세 2,613,367,260원을 피고에게 신고납부하고(위 신고납부행위를 「지방세법」제72조 제1항에 의거 처분으로 보고, 이하 이를 ‘이 사건 처분’이라 한다), 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5호증, 갑 제6호증의 1, 갑 제17호증의 1 내지 12, 갑 제18호증, 갑 제19호증의 1, 2, 을 제2호증, 을 제3호증의 1 내지 5의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

⑴ 원고

원고는, 이 사건 부동산 중 오피스 부분은 원고의 본점과 관계되어 취득한 부동산일 뿐이고, 원고의 00지점과 관계되어 취득한 것이 아니므로, 위 오피스 부분에 관한 등기는 등록세 중과대상이 되는 대도시 내에서의 지점 설치 후 5년 이내에 취득한 부동산등기에 해당하지 아니한다고 주장한다.

⑵ 피고

이에 대하여 피고는, 이 사건 건물의 인근에 위치한 ○○시 00구 ○○동 270-1 소재 건물에 원고 00지점의 임직원 345명이 근무하고 있는 반면, 원고 본점에는 대표이사를 포함하여 23명의 임직원만이 근무하고 있으며, 그 업무분장표에 이 사건 오피스 부분에 대한 임대 및 관리업무가 기재되어 있지도 아니한 점, 원고가 00지점에 대한 사업자등록을 하면서 이 사건 건물을 사업장으로 하고 있고, 부동산 임대업도 그 사업의 종류로 명기한 점, 원고가 2007. 3. 19. 이 사건 오피스 부분에 대한 등록세 중과세까지 스스로 납부하였고, 이 사건 건물에 관한 소유권이전등기를 마친 다음날에야 본점 명의로 부동산 임대업에 관한 사업자등록을 추가로 마친 점 등에 비추어 보면, 이 사건 오피스 부분의 관리 및 임대 등의 업무는 원고 본점이 아닌 00지점이 담당하였다고 봄이 상당하므로, 위 오피스 부분은 등록세 중과대상이 되는 대도시 내에서의 지점 설치 후 5년 이내에 취득한 부동산등기에 해당한다고 주장한다.

나. 관계법령

■ 지방세법

제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과)

① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다.(단서 생략)

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

■ 구 지방세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것)

제102조 (대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준)

② 법 제138조제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전

입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

다. 인정사실

⑴ 원고는 유통업을 영위할 목적으로 00플라자00점의 영업과 이 사건 부동산 중 유통 부분을 매수하기 위하여 00물산과 협의를 해 왔는데, 00물산이 이 사건 부동산 중 오피스 부분과 유통 부분을 분리하여 유통 부분만을 매각할 수는 없다는 입장을 견지함에 따라 00물산으로부터 이 사건 오피스 부분을 포함한 이 사건 부동산 전체를 매수하되, 원고가 위 부동산을 취득하는 즉시 위 오피스 부분을 00물산에게 임대하고, 오피스 부분을 제3자에게 재매각할 경우 제3자로 하여금 원고와 00물산 사이의 오피스 부분에 관한 임대차계약을 승계하도록 하기로 합의를 하였다.

⑵ 원고는 위와 같은 합의에 따라 00물산과 사이에 이 사건 부동산에 관한 정식의 매매계약을 체결하기도 전인 2007. 2. 6. 00 주식회사와 사이에 이 사건 오피스 부분에 관한 매각자문용역계약을 체결하고 위 오피스 부분에 관한 재매각 작업에 착수하였다.

⑶ 원고는 2007. 2. 15. 앞서 본 바와 같이 00물산과 사이에 이 사건 부동산 등을 양수하는 내용의 이 사건 계약을 체결한 다음, 2007. 3. 16. 그 매수대금을 조달하기 위하여 ○○은행 등 5개 은행으로부터 4,300억 원을 대출받기로 하였는데, 위 대출금 중 1,000억 원에 대하여는 원고가 이 사건 오피스 부분을 인수한 후 지체 없이 매각하여 이를 조기상환할 것을 전제로 나머지 대출금과 달리 단기대출금으로 구분하고, 이를 조기상환하는 경우 조기상환수수료를 지급하지 않기로 약정하였다.

⑷ 원고는 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마친 2007. 3. 19. 00물산과 사이에 이 사건 오피스 부분에 대한 임대차계약을 체결하고, 같은 달 20. 00물산으로부터 관리용역을 위탁받아 이전부터 이 사건 건물을 관리하여 오고 있던 00에버랜드 주식회사(이하 ‘00에버랜드’라 한다)와 사이에 이 사건 건물의 유지 및 보전관리, 공사, 보수관리 및 안전관리, 에너지관리, 폐기물관리, 법정기록관리 및 대장관리 등을 내용으로 하는 건물관리용역위탁계약을 체결하되, 다만 이 사건 오피스 부분을 타에 매각할 경우를 예상하여 계약은 오피스 부분과 유통 부분을 나누어 별도로 체결하였으며, 같은 날 ○○세무서에 원고 본점의 명의로 사업장 소재지를 이 사건 오피스 부분인 ○○시 00구 ○○동 263 9층 내지 20층으로, 사업의 종류를 부동산 임대업으로 하는 사업자등록(등록번호 129-85-42517)을 마쳤다.

한편, 원고는 이 사건 오피스 부분의 임대료 및 관리비를 부과·징수하는 업무를 본점의 부장과 과장 각 1명이 담당하고 있다고 한다.

⑸ 이후 원고는 00물산으로부터 이 사건 오피스 부분에 대한 임대료 및 관리비를 지급받고 위 본점의 사업자등록번호로 세금계산서를 발행·교부하였고, 00에버랜드에게 건물관리비를 지급하고 위 본점의 사업자등록번호로 세금계산서를 교부받았다.

⑹ 원고는 2007. 7. 27. 00스탠리에게 이 사건 오피스 부분을 1,420억 원에 매도하고, 같은 해 8. 31. 00스탠리가 설립한 00유동화전문유한회사에게 위 오피스 부분에 관한 소유권이전등기를 해주었으며, 00스탠리는 원고와 00물산 사이의 위 오피스 부분에 관한 임대차계약상의 임대인으로서의 지위를 승계하였다.

⑺ 원고는 2007. 8. 31. 이 사건 오피스 부분의 매각대금으로 ○○은행 등에 대한 대출금 중 1,000억 원을 수수료 없이 조기상환하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 21호증(각 가지번호 포함), 증인 김○○의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

「지방세법」제138조 제1항 제3호는 대도시 내에서의 법인 또는 지점 등의 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 등록세 중과대상의 하나로 규정하고, 구 지방세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것) 제102조 제2항은 법 제138조 제1항 제3호에서 "그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있는바, 여기서 등록세 중과대상이 되는 ‘일체의 부동산등기’라 함은 당해 법인(본점) 또는 당해 지점 등과 관계되어 그 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기를 의미하는 것이므로, 그 부동산의 전부가 당해 법인(본점) 또는 당해 지점 등에 사용되어야 하는 것은 아니라 하더라도 다른 지점 등과 관계되어 취득한 부동산의 등기까지 포함하는 것은 아니라고 할 것이다(대법원 2006. 4. 27. 선고 2003두7620 판결 등 참조).

이 사건에서 보건대, 앞서 본 바와 같은 이 사건 부동산의 매수 및 이 사건 오피스 부분의 관리, 임대 및 재매각의 경위, 이 사건 부동산의 매수 및 이 사건 오피스 부분의 재매각에 관한 업무의 규모, 이 사건 오피스 부분은 이 사건 유통 부분과 그 구조 및 용도 등을 달리하는 점, 이 사건 오피스 부분은 전 소유자인 00물산이 종전에 사용하던 그대로 다시 00물산에게 임대되었고, 00물산의 위탁으로 종전부터 이 사건 건물을 관리하여 오고 있던 00에버랜드에게 유통부분과 함께 그의 유지 및 보전관리 등 제반 관리업무가 위탁되었으므로, 00물산으로부터 임대료와 관리비를 지급받고, 00에버랜드에게 관리비를 지급하는 외에 이 사건 오피스 부분에 관하여 특별히 관리할 업무가 많이 있는 것으로 보이지는 않는 점 등의 사정을 종합하여 보면, 이 사건 오피스 부분은 원고가 이를 취득한 후 00물산에 임대하다가 타에 매각하기 위하여 본점에서 일시적으로 관리하고 있는 부동산으로 원고 본점의 부동산 임대 및 매매업과 관계되어 취득한 부동산이라고 할 것이고, 원고 00지점에 많은 수의 임직원이 근무한 반면, 원고 본점에는 상대적으로 적은 수의 임직원만이 근무하였다거나, 원고가 00지점에 대한 사업자등록을 하면서 이 사건 건물을 사업장으로 하였고 부동산 임대업도 그 사업의 종류로 명기하였다는 등의 사정이 있다고 하여 이 사건 오피스 부분이 원고 00지점과 관계되어 취득한 부동산이라고 볼 수는 없으므로, 이 사건 오피스 부분에 관한 등기가 등록세 중과대상에 해당함을 전제로 하는 이 사건 처분은 위법하다고 할 수밖에 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【관계법령】

■ 지방세법

제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과)

① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다.(단서 생략)

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

■ 구 지방세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것)

제102조 (대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준)

② 법 제138조제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.