등록세 중과대상이 되는 ‘일체의 부동산등기’라 함은 당해 법인(본점) 또는 당해 지점 등과 관계되어 그 설립․설치․전입 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기를 의미하는 것이므로, 그 부동산의 전부가 당해 법인(본점) 또는 당해 지점 등에 사용되어야 하는 것은 아니라 하더라도 다른 지점 등과 관계되어 취득한 부동산의 등기까지 포함하는 것은 아니다. 부동산 중 일부분은 지점과 관계되어 취득한 부동산이라고 볼 수는 없는 경우, 그 부분에 관한 등기가 등록세 중과대상에 해당한다고 본 부과처분은 부당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2007. 2. 15.

삼성물산 주식회사(이하 ‘

삼성물산’이라 한다)와 사이에

성남시 분당구 서현동 263외 7필지 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)와 위 지상

삼성플라자분당점 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 위 토지와 함께 ‘이 사건 부동산’이라 한다) 및

삼성플라자분당점의 영업 등을 4,700억 원에 매수하기로 하는 내용의 매매계약 및 영업양수도계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하고, 위 주소지에 원고의

에이케이분당지점(이하 ‘분당지점’이라 한다)을 설치하였으며, 같은 해 3. 16. 분당지점에 대한 사업자등록을 마쳤다.

나. 원고는 2007. 3. 19. 위 매매대금 중 이 사건 토지 및 건물의 취득가액을 438,140,613,785원으로 보고, 그 중 이 사건 건물 중

삼성플라자분당점으로 이용되고 있는 지하 1층 내지 8층 및 위 부분에 대한 토지(이하 ‘이 사건 유통 부분’이라 한다)의 가액을 320,111,414,215원,

삼성물산의 상사건설 부분의 사무실로 이용되고 있는 9층 내지 20층 및 위 부분에 대한 토지(이하 ‘이 사건 오피스 부분’이라 한다)의 가액을 118,029,199,570원으로 안분한 다음, 이 사건 유통 부분의 가액에 대하여는

지방세법 제131조 제1항의 규정에 의한 표준세율을 적용하고, 이 사건 오피스 부분의 가액에 대하여는 대도시 내에서 지점 설치 후 5년 이내에 취득등기하는 부동산으로 보고

지방세법 제138조 제1항에 의한 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 13,066,836,320원 및 지방교육세 2,613,367,260원을 피고에게 신고납부하고(위 신고납부행위를

지방세법 제72조 제1항에 의거 처분으로 보고, 이하 이를 ‘이 사건 처분’이라 한다), 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5호증, 갑 제6호증의 1, 갑 제17호증의 1 내지 12, 갑 제18호증, 갑 제19호증의 1, 2, 을 제2호증, 을 제3호증의 1 내지 5의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

⑴ 원고

원고는, 이 사건 부동산 중 오피스 부분은 원고의 본점과 관계되어 취득한 부동산일 뿐이고, 원고의 분당지점과 관계되어 취득한 것이 아니므로, 위 오피스 부분에 관한 등기는 등록세 중과대상이 되는 대도시 내에서의 지점 설치 후 5년 이내에 취득한 부동산등기에 해당하지 아니한다고 주장한다.

⑵ 피고

이에 대하여 피고는, 이 사건 건물의 인근에 위치한

성남시 분당구 서현동 270-1소재 건물에 원고 분당지점의 임직원 345명이 근무하고 있는 반면, 원고 본점에는 대표이사를 포함하여 23명의 임직원만이 근무하고 있으며, 그 업무분장표에 이 사건 오피스 부분에 대한 임대 및 관리업무가 기재되어 있지도 아니한 점, 원고가 분당지점에 대한 사업자등록을 하면서 이 사건 건물을 사업장으로 하고 있고, 부동산 임대업도 그 사업의 종류로 명기한 점, 원고가 2007. 3. 19. 이 사건 오피스 부분에 대한 등록세 중과세까지 스스로 납부하였고, 이 사건 건물에 관한 소유권이전등기를 마친 다음날에야 본점 명의로 부동산 임대업에 관한 사업자등록을 추가로 마친 점 등에 비추어 보면, 이 사건 오피스 부분의 관리 및 임대 등의 업무는 원고 본점이 아닌 분당지점이 담당하였다고 봄이 상당하므로, 위 오피스 부분은 등록세 중과대상이 되는 대도시 내에서의 지점 설치 후 5년 이내에 취득한 부동산등기에 해당한다고 주장한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

⑴ 원고는 유통업을 영위할 목적으로

삼성플라자분당점의 영업과 이 사건 부동산 중 유통 부분을 매수하기 위하여

삼성물산과 협의를 해 왔는데,

삼성물산이 이 사건 부동산 중 오피스 부분과 유통 부분을 분리하여 유통 부분만을 매각할 수는 없다는 입장을 견지함에 따라

삼성물산으로부터 이 사건 오피스 부분을 포함한 이 사건 부동산 전체를 매수하되, 원고가 위 부동산을 취득하는 즉시 위 오피스 부분을

삼성물산에게 임대하고, 오피스 부분을 제3자에게 재매각할 경우 제3자로 하여금 원고와

삼성물산사이의 오피스 부분에 관한 임대차계약을 승계하도록 하기로 합의를 하였다.

⑵ 원고는 위와 같은 합의에 따라

삼성물산과 사이에 이 사건 부동산에 관한 정식의 매매계약을 체결하기도 전인 2007. 2. 6.

삼정케이피엠지어드바이저리주식회사와 사이에 이 사건 오피스 부분에 관한 매각자문용역계약을 체결하고 위 오피스 부분에 관한 재매각 작업에 착수하였다.

⑶ 원고는 2007. 2. 15. 앞서 본 바와 같이

삼성물산과 사이에 이 사건 부동산 등을 양수하는 내용의 이 사건 계약을 체결한 다음, 2007. 3. 16. 그 매수대금을 조달하기 위하여

한국산업은행 등 5개 은행으로부터 4,300억 원을 대출받기로 하였는데, 위 대출금 중 1,000억 원에 대하여는 원고가 이 사건 오피스 부분을 인수한 후 지체 없이 매각하여 이를 조기상환할 것을 전제로 나머지 대출금과 달리 단기대출금으로 구분하고, 이를 조기상환하는 경우 조기상환수수료를 지급하지 않기로 약정하였다.

⑷ 원고는 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마친 2007. 3. 19. 삼성물산과 사이에 이 사건 오피스 부분에 대한 임대차계약을 체결하고, 같은 달 20.

삼성물산으로부터 관리용역을 위탁받아 이전부터 이 사건 건물을 관리하여 오고 있던

삼성에버랜드 주식회사(이하 ‘

삼성에버랜드’라 한다)와 사이에 이 사건 건물의 유지 및 보전관리, 공사, 보수관리 및 안전관리, 에너지관리, 폐기물관리, 법정기록관리 및 대장관리 등을 내용으로 하는 건물관리용역위탁계약을 체결하되, 다만 이 사건 오피스 부분을 타에 매각할 경우를 예상하여 계약은 오피스 부분과 유통 부분을 나누어 별도로 체결하였으며, 같은 날 성남세무서에 원고 본점의 명의로 사업장 소재지를 이 사건 오피스 부분인

성남시 분당구 서현동 263 9층 내지 20층으로, 사업의 종류를 부동산 임대업으로 하는 사업자등록(등록번호

***-**-*****)을 마쳤다.

한편, 원고는 이 사건 오피스 부분의 임대료 및 관리비를 부과징수하는 업무를 본점의 부장과 과장 각 1명이 담당하고 있다고 한다.

⑸ 이후 원고는

삼성물산으로부터 이 사건 오피스 부분에 대한 임대료 및 관리비를 지급받고 위 본점의 사업자등록번호로 세금계산서를 발행교부하였고,

삼성에버랜드에게 건물관리비를 지급하고 위 본점의 사업자등록번호로 세금계산서를 교부받았다.

⑹ 원고는 2007. 7. 27.

모건스탠리에게 이 사건 오피스 부분을 1,420억 원에 매도하고, 같은 해 8. 31.

모건스탠리가 설립한

신영엠에스제사차유동화전문유한회사에게 위 오피스 부분에 관한 소유권이전등기를 해주었으며,

모건스탠리는 원고와

삼성물산 사이의 위 오피스 부분에 관한 임대차계약상의 임대인으로서의 지위를 승계하였다.

⑺ 원고는 2007. 8. 31. 이 사건 오피스 부분의 매각대금으로

한국산업은행등에 대한 대출금 중 1,000억 원을 수수료 없이 조기상환하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 21호증(각 가지번호 포함), 증인 김성완의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

지방세법 제138조 제1항 제3호는 대도시 내에서의 법인 또는 지점 등의 설립설치전입 이후의 부동산등기를 등록세 중과대상의 하나로 규정하고,

구 지방세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것) 제102조 제2항은 법 제138조 제1항 제3호에서 “그 설립설치전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립설치전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용비업무용 또는 사업용비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있는바, 여기서 등록세 중과대상이 되는 ‘일체의 부동산등기’라 함은 당해 법인(본점) 또는 당해 지점 등과 관계되어 그 설립설치전입 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기를 의미하는 것이므로, 그 부동산의 전부가 당해 법인(본점) 또는 당해 지점 등에 사용되어야 하는 것은 아니라 하더라도 다른 지점 등과 관계되어 취득한 부동산의 등기까지 포함하는 것은 아니라고 할 것이다(

대법원 2006. 4. 27. 선고 2003두7620 판결 등 참조).

이 사건에서 보건대, 앞서 본 바와 같은 이 사건 부동산의 매수 및 이 사건 오피스 부분의 관리, 임대 및 재매각의 경위, 이 사건 부동산의 매수 및 이 사건 오피스 부분의 재매각에 관한 업무의 규모, 이 사건 오피스 부분은 이 사건 유통 부분과 그 구조 및 용도 등을 달리하는 점, 이 사건 오피스 부분은 전 소유자인

삼성물산이 종전에 사용하던 그대로 다시

삼성물산에게 임대되었고,

삼성물산의 위탁으로 종전부터 이 사건 건물을 관리하여 오고 있던

삼성에버랜드에게 유통부분과 함께 그의 유지 및 보전관리 등 제반 관리업무가 위탁되었으므로,

삼성물산으로부터 임대료와 관리비를 지급받고,

삼성에버랜드에게 관리비를 지급하는 외에 이 사건 오피스 부분에 관하여 특별히 관리할 업무가 많이 있는 것으로 보이지는 않는 점 등의 사정을 종합하여 보면, 이 사건 오피스 부분은 원고가 이를 취득한 후

삼성물산에 임대하다가 타에 매각하기 위하여 본점에서 일시적으로 관리하고 있는 부동산으로 원고 본점의 부동산 임대 및 매매업과 관계되어 취득한 부동산이라고 할 것이고, 원고 분당지점에 많은 수의 임직원이 근무한 반면, 원고 본점에는 상대적으로 적은 수의 임직원만이 근무하였다거나, 원고가 분당지점에 대한 사업자등록을 하면서 이 사건 건물을 사업장으로 하였고 부동산 임대업도 그 사업의 종류로 명기하였다는 등의 사정이 있다고 하여 이 사건 오피스 부분이 원고 분당지점과 관계되어 취득한 부동산이라고 볼 수는 없으므로, 이 사건 오피스 부분에 관한 등기가 등록세 중과대상에 해당함을 전제로 하는 이 사건 처분은 위법하다고 할 수밖에 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.