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2009두9925(20091015)

학교법인의 취득부동산을 2년이상 교육목적으로 직접 사용하지 않는 경우

답변요지

학교법인의 취득부동산을 2년이상 교육목적으로 직접 사용하지 않고 다른 목적으로 사용함에 따라 비과세대상이 아니라고 보아 부과한 취득세 및 등록세 부과처분은 적법

본문

상고인의 상고이유주장을 이 사건 기록 및 원심판결과 대조하여 살펴보니, 그 주장은 상고심절차에관한특례법 제4조에 의하여 받아들여질 수 없다고 판단된다.

그러므로 그 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 관여 대법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2009. 5. 29. 선고 2008누27652 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 부동산을 취득한 후 2002. 8.까지는 이를 원고가 운영하던 국제신학대학원대학교의 신학과 임시 강의실로 사용하였고, 그 후 2005. 2.까지 위 학교 교회음악학과의 강의실, 실습실 등으로 사용하였다. 한편 원고는 이 사건 부동산에서 학점인정제 학사과정 교육을 실시하고자 김영복 명의로 국제콘서바토리음악학원을 이전하여 개설하였으나 학점인정제 학습과목 평가인정을 받지 못하여 위 학원을 실제로 운영하지는 못하였다. 결국 원고는 2005. 2.경까지 이 사건 부동산을 실질적으로 원고가 운영하던 국제신학대학원대학교의 강의실, 실습실 등으로 사용하였으므로, 원고가 이 사건 부동산을 2년 이상 교육목적사업에 직접 사용하지 않았음을 이유로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

가. 원고는 1997. 8. 13. 기독교 정신에 입각한 고등교육을 실시하여 국가와 교회에 봉사할 유능한 인재를 양성한다는 목적으로 설립된 학교법인으로, 1999. 2. 22. 서울 관악구 신림동 1577-5 등 소재 국제신학대학원대학교의 설립을 인가받아 운영하고 있었다.

나. 원고 이사회는 2001. 9. 13. 원고가 설치·경영하는 학교의 증설되는 학과 및 과정의 교육용 기본재산으로 활용한다는 목적으로 이 사건 부동산을 매수하기로 결의하였다.

다. 원고는 교회시설이던 이 사건 부동산을 취득한 후 2002. 5. 21.부터 같은 해 8.경까지는 국제신학대학원대학교의 신학과 임시 강의실 등으로 사용하다가, 이를 위 학교의 교회음악학과동으로 사용하고자 리모델링 공사를 거쳐 2003. 1. 23. 이 사건 부동산의 용도를 종교시설(교회)에서 교육연구 및 복지시설(학원)으로 변경하고, 같은 날 교육인적자원부장관에 대하여 이 사건 부동산을 교육시설로 사용하기 위한 국제신학대학원대학교의 일부 위치변경인가 신청을 하였다.

라. 그런데, 교육인적자원부장관은 수도권정비계획법 제7조 및 같은 법 시행령 제11조 제1호 다목의 규정에 의하여 서울특별시 안에서의 학교 이전은 허용되지 않는다는 이유로 원고의 위치변경인가 신청을 반려하였다. 그후 원고는 교육인적자원부장관의 인가를 받지 않은 상태에서 이미 모집한 교회음악학과 학생들을 대상으로 2005. 2.경까지 이 사건 부동산에서 강의 및 실습 등을 진행하였다.

마. 한편, 원고는 2003. 10. 24. 국제신학대학원대학교의 겸임교수인 김용복의 명의로 김용복이 종전부터 서울 강남구 개포동에서 운영하던 스테파노음악학원의 명칭을 국제콘서바토리어학학원으로, 위치를 이 사건 부동산 소재지로, 교습과정을 음악에서 음악 및 어학으로, 정원을 54명에서 316명으로(음악 98명, 어학 218명) 변경등록하였고, 2004. 3. 3.부터 위 학원의 명칭을 국제콘서바토리음악학원으로 변경등록하였다.

바. 원고는 김용복의 명의로 2003. 12. 4.과 2004. 12. 7. 각 교육인적자원부장관에게 위 학원에서 2개 학급 80명을 정원으로 학점인정 대상 학습과목을 교습한다는 내용으로 학점은행제 학습과목 평가인정 신청을 하였으나 평가인정을 받지는 못하였다.

사. 그 후 원고는 2005. 9. 20. 최영백에게 이 사건 부동산 전체를 임대차보증금 4억 원, 임대차기간 2010. 9. 20.까지로 정하여 임대하였고, 최영백은 이 사건 부동산에서 좁은문교회를 운영하고 있다.

[인정 근거] 갑 제3호증의 1 내지 3, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제7호증, 갑 제8호증의 1 내지 4, 갑 제9호증, 갑 제12호증의 1, 2, 갑 제13호증의 1 내지 40, 갑 제15호증의 1 내지 3, 갑 제17호증의 1, 2, 갑 제 18호증, 을 제1호증, 을 제3호증의 3, 을 제7호증의 각 기재, 당심 증인 김민기, 김용복의 각 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인데(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조), 고등교육법 제4조 제3항, 고등교육법 시행령 제2조 제2항, 제3항에 의하면 공·사립학교의 설립·경영자는 학교의 설립·경영자, 목적, 명칭, 위치 등을 변경하고자 하는 경우 교육인적자원부장관(교육과학기술부장관)의 인가를 받아야 하고, 이를 위반할 경우 3년 이하의 징역 또는 2,000만 원 이하의 징역에 처하여질 수 있는 점에 비추어 보면, 취득세 및 등록세의 비과세 대상이 되는 학교법인이 당해 부동산을 교육사업에 사용하는 경우라 함은 그 부동산에서 교육사업을 하는데 필요한 적법한 인가를 받은 경우에 한한다고 보아야 할 것이다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두2070 판결 참조).

또한, 학교법인이 교육용 기본재산에 편입된 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 함은 학교법인이 설치·경영하는 사립학교의 교지, 체육장 등과 같이 당해 부동산의 사용용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 할 것이다(대법원 1994. 10. 28. 선고 94누224 판결 참조).

이 사건에 관하여 보면, ① 비록 원고가 2005. 2.경까지 이 사건 부동산을 국제신학대학원대학교의 교회음악학과 강의실 및 실습실 등으로 사실상 사용하였다고 하더라도, 이는 교육인적자원부장관의 적법한 변경인가를 받지 않은 상태에서 고등교육법의 규정에 위반하여 이 사건 부동산에서 학교를 운영한 것에 불과하여 이를 취득세 등 비과세 대상인 학교를 경영하는 자가 그 용도에 사용한 경우에 해당한다고 볼 수는 없으며, ② 이 사건 부동산에 이전·설립된 국제콘서바토리어학(음악)학원은, 원고 스스로도 위 학원이 실제로 운영되지 못하였다고 하고 있는 점, 위 학원을 원고가 운영하는 국제신학대학원대학교의 교육시설로 볼 수 없고, 나아가 위 인정사실에 비추어 볼 때 이를 학교법인인 원고가 운영한 평생교육법상의 평생교육시설로 볼 수도 없는 점 등을 종합하여 보면 원고가 김용복 명의로 위 학원을 이전·설치한 것이 원고가 학교를 경영하는 자 또는 평생교육단체로서 이 사건 부동산을 그 용도에 직접 사용한 것이라고 볼 수도 없다고 할 것이다.

따라서, 원고가 이 사건 부동산을 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 않았음을 이유로 한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【관계법령】

지방세법(2003. 12. 30. 법률 제7023호로 개정되기 전의 것)

제107조(용도구분에 의한 비과세)

①다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제120조(신고 및 납부)

③이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 신고납부하여야 한다.

제127조(용도구분에 의한 비과세)

①다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

제150조의2 (신고납부)

③이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 신고납부하여야 한다.

지방세법 시행령(2006. 12. 30 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것)

제79조(비영리사업자의 범위)

법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호의 자를 말한다.

2.「초·중등교육법」및「고등교육법」에 의한 학교를 경영하는 자 및「평생교육법」에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체

제94조(비영리사업자의 범위)

①법 제127조 제1항 제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

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【하급심-서울행정법원 2008. 8. 28. 선고 2008구합8697 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분 경위

가. 원고는 2002. 4. 30. 서울 서대문구 홍은동 265-339번지 소재 대지 및 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 대금 8억 원에 취득하였다.

나. 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시 「지방세법」제107조, 제127조 등에 의하여 취득세와 등록세 및 이에 연계된 농어촌특별세, 지방교육세가 비과세되었다.

다. 그런데 피고는 원고가 2003. 10. 24.부터 이 사건 부동산에서 학원을 운영하고 교회로 임대하는 등 이 사건 부동산을 취득한 후 2년 이상 교육목적사업에 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하였다는 이유로 취득가액 8억 원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 19,200,000원, 농어촌특별세 1,760,000원, 대도시 내 법인 설립 후 5년 이내 취득하는 부동산에 관한 「지방세법」제138조 제1항의 중과세율을 적용한 등록세 86,400,000원, 지방교육세 15,840,000원(위 각 세액에는 가산세가 포함되어 있다)을 각 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

[인정 근거] 갑 제1호증, 을 제1호증, 제2호증의 1~3의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래의 각 이유로 위법하다.

(1) 원고는 이 사건 부동산을 사업목적을 위하여 직접 사용하여 왔다.

원고는 이 사건 부동산을 취득한 후 신학연구과, 교회음악과 등 강의와 레슨, 실습을 위하여 사용하였고, 김용복 교수 명의로 국제콘서바토리음악학원을 설치한 목적은 평생교육법에 의한 학점인정제 학사과정 교육을 실시하고자 한 것이며, 최영백 교수가 교회로 사용한 것도 원고의 건학이념에 부합하는 것이므로, 이 사건 부동산은 교육사업에 직접 사용되고 있다고 보아야 한다.

(2) 이 사건 처분은 부과제척기간이 만료된 후에 한 것이다.

이 사건 부동산 취득일은 2002. 4. 30.이고 취득세 신고납부기한은 2002. 5. 29.이며, 「지방세법」제120조 제3항, 제150조의2 제3항은 추징사유가 발생한 때는 30일 내에 신고납부해야 한다고 규정하므로, 결국 이 사건 부동산의 취득세, 등록세에 대한 추징세액의 신고납부기한은 2002. 6. 29.이고 부과제척기간은 그 때로부터 5년이 경과한 2007. 6. 28. 만료된다.

(3) 수익사업에 전용한 부분만을 안분계산하여 과세해야 한다.

이 사건 부동산을 교회로 임대하여 예배에 사용하게 하는 시간은 수요일 저녁과 일요일뿐이고 나머지 시간에는 교육 목적으로 직접 사용하고 있으므로 예배에 사용하는 시간만큼 안분하여 취득세등을 과세하여야 한다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 1997. 8. 13. 기독교 정신에 입각한 고등교육을 실시하여 국가와 교회에 봉사할 유능한 인재 양성을 목적으로 설립된 학교법인이다.

(2) 원고 이사회는 2001. 9. 13. 원고가 설치·경영하는 학교의 증설되는 학과 및 과정의 교육용 기본재산으로 활용한다는 목적으로 이 사건 부동산을 매수하기로 결의하였다.

(3) 원고는 이 사건 부동산을 취득한 후 2002. 5. 21.부터 2003. 2. 28.까지 국제신학대학원대학교의 신학연구과 강의실 등으로 사용하던 중 2003. 1. 23. 이 사건 부동산의 용도를 종교시설(교회)에서 교육연구 및 복지시설(학원)로 변경하였다.

(4) 원고가 운영하는 국제신학대학원대학교 교수인 김용복은 2003. 10. 24. 서울특별시 서부교육청교육장에게 종전부터 서울 강남구 개포동 186-7번지 대화빌딩 301호에서 운영하던 스테파노음악학원의 명칭을 국제콘서바토리어학학원으로, 위치를 이 사건 부동산 소재지로, 교습과정을 음악에서 음악 및 어학으로, 정원을 54명에서 316명으로(음악 98명, 어학 218명) 변경등록하고 이 사건 부동산에서 위 학원을 운영하였다.

(5) 김용복은 2003. 12. 4. 교육인적자원부장관에게 국제콘서바토리어학학원에서 2개 학급 80명을 정원으로 22명 수용규모의 실습실을 운영하면서 학점인증 대상 학습과목을 교습한다는 내용으로 2004년 학점인증제 학습과목 평가인정신청서를 제출하였고, 2004. 3. 3.부터 위 학원의 명칭을 국제콘서바토리음악학원으로 변경등록하여 운영하였다.

(6) 한편 원고는 2005. 9. 20. 최영백에게 이 사건 부동산 전체를 임대차보증금 4억 원, 임대차기간 2010. 9. 20.까지로 하여 임대하였고, 그 후 최영백이 이 사건 부동산에서 좁은문교회를 운영하고 있다.

[인정 근거] 갑 제3호증의 1~3, 제5호증의 1, 2, 제7호증, 제8호증의 1~4, 제9호증, 을 제1호증, 제2호증의 3, 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 원고의 첫째 주장에 관한 판단

학교법인이 교육용 기본재산에 편입된 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 함은 학교법인이 설치·경영하는 사립학교의 교지, 체육장 등과 같이 당해 부동산의 사용용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 한다(대법원 1994. 10. 28. 선고 94누224 판결 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 원고가 2003. 10.경까지 이 사건 부동산을 신학연구과, 교회음악과 강의실과 레슨실 및 실습실로 사용한 것은 원고의 교육사업 자체에 직접 사용하였다고 할 수 있으나, 앞서 본 바와 같이 원고가 2003. 1. 23. 이 사건 부동산의 용도를 학원시설로 변경한 점, 김용복이 강남구에서 종전에 운영하던 학원을 2003. 10. 24. 이 사건 부동산으로 이전하여 운영한 점, 위 학원은 교습과정에 교회음악뿐 아니라 외국어 과정도 포함하고 있었고, 정원은 음악이 98명, 어학이 218명으로 오히려 외국어 교습을 주로 하고 있었던 점, 학원의 운영주체는 원고가 아닌 김용복이었던 점 등의 사정에 비추어 보면, 이 사건 부동산의 일부를 원고가 학점인정제 교육과정의 일환으로 모집한 학생들의 실습실로 사용하였다고 하더라도 이 사건 부동산을 교육사업 자체에 직접 사용하였다고 볼 수 없다.

따라서, 이 사건 부동산의 취득일인 2002. 4. 30.부터 2년이 지나지 않은 2003. 10. 24. 원고가 김용복으로 하여금 이 사건 부동산을 학원 용도로 사용하게 함으로써 취득세등 추징사유가 발생하였다고 보아 비과세한 세액을 추징한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 둘째 주장에 관한 판단

「지방세법」제120조 제3항과 제150조의2 제3항은 취득세, 등록세등을 비과세 받은 후 당해 과세물건이 취득세, 등록세등의 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 그 사유발생일부터 30일 이내에 소정의 세액을 신고납부하여야 한다고 규정한다.

위 인정사실에 의하면 이 사건 부동산에 관하여 취득세등 추징사유가 발생한 날은 김용복이 이 사건 부동산을 학원 용도로 사용하기 시작한 2003. 10. 24.이고, 부과제척기간은 그로부터 30일의 신고납부기한이 지난 2003. 11. 24.부터 진행하여 2008. 11. 23. 만료되므로, 그 만료일 전에 행한 이 사건 처분은 적법하고 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 원고의 셋째 주장에 관한 판단

이 사건 처분의 사유는 원고가 이 사건 부동산을 수익사업에 사용하였다는 것이 아니라 교육사업에 직접 사용할 목적으로 취득한 후 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하였다는 것으로서 추징사유는 김용복이 이 사건 부동산을 학원 용도에 사용하기 시작한 2003. 10. 24. 발생하였다고 보아야 하고, 원고가 이 사건 부동산을 최영백에게 교회로 임대한 것은 추징사유가 발생한 후의 사정으로 이미 성립한 납세의무에 영향을 미칠 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.