근저당권자들과의 등기말소협상에 실패하고 부동산에 관한 경매절차가 진행되는 등의 사정으로 인하여 부득이 의료용에 사용할 수 없었던 것이라고 보기 어려워, 부동산을 의료업에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 없다고 할 것이다. 따라서 정당한 사유 없이 부동산의 취득일로부터 1년 이내에 부동산을 의료업에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 면제되었던 취득세, 등록세 등을 추징한 부과처분은 정당하다.

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 제2의 다.항 이하(3쪽 15줄 이하)를 다음과 같이 고쳐쓰는 것 외에는 제1심 판결 이유란의 기재와 같으므로,

행정소송법 제8조 제2항,

민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 고쳐쓰는 부분

다. 인정사실

(1)

주식회사 두일종합건설은 2003. 10. 23. 그 소유인 이 사건 부동산 및 이 사건 건물의 701호 내지 705호, 801호 내지 805호 등을 공동담보로 하여

주식회사 삼신상호저축은행 및

주식회사 한서상호저축은행과 사이에 근저당권설정계약을 체결하고, 2003. 10. 27. 채권최고액 3,900,000,000원, 채무자

주식회사 두일종합건설, 근저당권자 위 각 은행으로 된 근저당권설정등기를 경료하였다.

(2) 원고는 2006. 3. 26.

주식회사 두일종합건설(2005. 9. 30. 이미 폐업하였다)로부터 이 사건 부동산을 627,000,000원에 분양받기로 하되, 계약금 300,000,000원은 금융기관의 융자금으로 대체하고, 잔금 327,000,000원은 2006. 4. 1. 지급하기로 한다는 내용의 분양계약서를 작성하고 2006. 4. 6. 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 경료하였다.

그런데

주식회사 두일종합건설은 이미 2003. 11. 17. 이 사건 부동산에 관하여 매매예약을 원인으로 하여 원고의 대표자인

김종일 앞으로 소유권이전청구권가등기를 각 경료해준 바 있는데, 원고는 2006. 3. 26.

김종일로부터 위 매매예약상의 권리를 양수받았다 하여 2006. 4. 6.자로 위 가등기를 이전받고 같은 날 그 가등기에 기하여 위에서 본 바와 같은 소유권이전의 본등기를 경료함으로써 2003. 12. 29.경부터 2005. 11. 22.경 사이에 경료된 가압류등기 및 국세에 기한 압류등기 등 6건이 모두 말소되었다.

(3) 원고의 대표자인

김종일은

주식회사 두일종합건설의 주식 12.3%를 보유하는 등 2003년말 기준으로

김종일과 형제 및 배우자 등 친족들이 위

두일종합건설의 주식 98.36%를 보유하면서 그 중

김종일의 형

김두일이 위

두일종합건설의 대표이사로 재직하는 등 그 친족들이 위 회사의 이사 및 감사로 재직하고 있다.

(4) 한편, 이 사건 건물 701호 내지 705호, 801호 내지 805호에 관하여는 제3자들에게 소유권이 이전된 후, 그들이 채무자가 되어 새로 근저당권을 설정해주면서 근저당권자인

주식회사 삼신상호저축은행,

주식회사 한서상호저축은행으로부터 기존의 근저당권을 말소받았다.

(5) 원고는 2006. 12. 20.

주식회사 사미디앤아이와 사이에 이 사건 부동산 내부에

경희한방크리닉 인테리어공사를 하기로 하는 내용의 공사도급계약서를 작성하였으나, 근저당권자들인 위 저축은행들과 사이에 이 사건 부동산에 관한 피담보채무액 일부 변제 및 근저당권설정등기의 말소에 관한 협의가 이루어지지 아니함에 따라 위 저축은행들이 이 사건 부동산에 관하여 임의경매신청을 하여 경매절차가 진행된 결과 모두 제3자에게 매각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3호증의 3, 4, 갑 제10호증의 1 내지 10, 갑 제11호증의 1 내지 5, 을 제4, 5호증의 각 1, 2, 을 제6호증의 1 내지 5, 을 제7 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1)

구 지방세법(2007. 4. 11. 법률 제8366호로 개정되기 전의 것) 제287조는 국민건강증진사업자 등에 대한 감면을 규정하면서

제2항 본문에서

의료법 제41조의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세ㆍ등록세 면제를 규정하고 있고, 그 단서에서 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있는바, 여기서 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애 사유 및 정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다(대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두10213 판결 등 참조).

(2) 이 사건에 돌아와 보건대, 앞서 인정한 사실관계에서 엿보이는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고의 대표자

김종일과 그 친족들이

주식회사 두일종합건설의 주식 중 상당수를 보유하고 있고

김종일의 형이 위

두일종합건설의 대표이사로 재직하고 있는 등 원고와

주식회사 두일종합건설은

김종일 등의 의사에 기해 움직이는 사실상 하나의 회사로서 양 당사자 사이의 이 사건 부동산에 관한 매매는 일반적인 부동산 거래로 보기 어려운 점, ② 또한 위

두일종합건설은 이미 2003년경에

김종일에게 이 사건 부동산에 대한 가등기를 경료해주어 사실상 이를 처분하였고 원고에게 이 사건 부동산을 매도하기 6개월 전에 폐업하는 등 사실상 자력이 부족한 상태에 있었으므로, 위

두일종합건설로부터 이 사건 부동산 및 같은 건물 내의 상가들을 39억 원 채권에 대한 공동담보로 제공받은 근저당권자인 각 은행들이 위

두일종합건설이나 그와 경제적인 면 등에서 사실상 같은 처지에 있다고 보이는 원고에게 새로 대출을 해주면서 기존의 근저당권설정등기를 말소해주기는 어려울 것으로 보이는 점, ③ 이런 상황인데도 원고는 위

두일종합건설로부터 의료기관의 운영 목적으로 이 사건 부동산을 매수하였다면서 구체적인 매매대금 마련 및 조달 계획 없이 근저당권자에 대한 피담보채무의 일부 변제를 통한 근저당권설정등기의 말소를 막연히 계획하고 있었다는 것은 수긍하기 어려운 점, ④ 이 사건 부동산에는 2003. 11. 17.부터 원고의 대표자인

김종일 명의의 가등기가 경료되어 있어 원고가 이 사건 부동산을 매수하기까지 제3자가 이 사건 부동산을 점유하여 사용하기 어려웠을 것으로 보이고, 원고도 2006. 4. 6. 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 경료하였음에도 그로부터 8개월이 경과한 2006. 12. 20.에서야 뒤늦게 공사도급계약을 체결한데다 피고가 비과세 감면자 사용현황조사를 나간 2007. 6. 18.경에도 이 사건 부동산 내부에 아무런 인테리어가 되어 있지 아니한 점(을 제11호증) 등을 종합하면, 원고가 이 사건 부동산을 고유업무인 의료업에 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였음에도 근저당권자들과의 등기말소협상에 실패하고 이 사건 부동산에 관한 경매절차가 진행되는 등의 사정으로 인하여 부득이 의료용에 사용할 수 없었던 것이라고 보기 어려워, 원고가 이 사건 부동산을 의료업에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 없다고 할 것이다.

따라서 원고가 정당한 사유 없이 이 사건 부동산의 취득일로부터 1년 이내에 이 사건 부동산을 의료업에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 면제되었던 취득세, 등록세 등을 추징한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론이 달라 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.