부동산을 부득이한 사정으로 의료용에 사용할 수 없었으므로 의료업에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있었으며, 정당한 사유 없이 부동산의 취득일로부터 1년이내에 부동산을 의료업에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 면제되었던 취득세, 등록세 등을 추징한 것은 부당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 의료기관의 설치운영, 지역영세민 진료 및 무의탁 순회진료 등을 목적으로 하여 설립된 비영리 의료법인으로서 2006. 3. 26.

주식회사 두일종합건설로부터

부천시 원미구 중동 1162-1 화이트밸리(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다) 6층 601호, 602호, 603호, 604호, 605호(이하 모두 합쳐 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 금 627,000,000원에 매수하여 취득한 뒤, 피고에게 이 사건 부동산에 관한 취득세 등의 감면신청을 하였다.

나. 피고는, 원고가 취득한 이 사건 부동산이

지방세법 제287조 제2항 소정의 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라고 보아 취득세 등을 면제하였으나, 이후 원고가 이 사건 부동산의 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 의료업에 직접 사용하고 있지 아니한 사실을 발견하고, 2007. 7. 10. 원고에 대하여 취득세 16,684,470원, 농어촌특별세 1,379,400원, 등록세 16,778,520원, 지방교육세 3,104,900원를 각 부과고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제4, 5, 6, 8, 9호증, 갑 제11호증의 1 내지 5, 을 제4호증의 1의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 의료업에 사용할 목적으로 2006. 3. 26. 이 사건 부동산을 취득하면서 당초 이 사건 부동산에 설정되어 있던 채권최고액 3,900,000,000원의 근저당권은 원고가 금융기관으로부터 300,000,000원을 대출받아 근저당권자인 주식회사 삼신상호저축은행, 주식회사 한서상호저축은행에게 지급함으로써 말소시킬 예정이었으나 위 각 은행에서 근저당권설정등기의 말소에 응하지 아니하였고 이후 이 사건 부동산에 관한 임의경매신청을 함에 따라 2007. 1. 10. 이 사건 부동산에 대한 경매개시결정이 내려졌는바, 원고는 2006. 12. 20.경부터 이 사건 부동산의 내부 인테리어공사를 하다가 위와 같은 사정으로 인하여 더 이상 공사를 진행하지 못하고 이 사건 부동산을 취득한 날로부터 1년 이내에 고유 목적인 의료업에 직접 사용할 수 없게 된 것이므로, 의료업에 사용하지 못하게 된 데에 정당한 사유가 있다고 할 것이다. 따라서 원고가 정당한 사유 없이 이 사건 부동산을 취득일로부터 1년 이내에 의료업에 사용하지 아니하였음을 전제로 피고가 원고에게 면제하였던 취득세 등을 부과한 것은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1)

주식회사 두일종합건설은 2003. 10. 23. 이 사건 부동산 및 이 사건 건물의 701호 내지 705호, 801호 내지 805호 등을 공동담보로 하여

주식회사 삼신상호저축은행 및

주식회사 한서상호저축은행과 사이에 근저당권설정계약을 체결하고, 2003. 10. 27. 채권최고액 3,900,000,000원, 채무자 주식회사 두일종합건설, 근저당권자 위 각 은행으로 된 근저당권설정등기를 경료하였다.

(2) 원고는 2006. 3. 26.

주식회사 두일종합건설로부터 이 사건 부동산을 금 627,000,000원에 매수하기로 하되, 계약금 300,000,000원은 원고가 금융기관으로부터 대출받아 이 사건 부동산에 설정된 위 근저당권의 피담보채무의 일부를 변제함으로써 근저당권설정등기를 말소하기로 하고, 잔금 327,000,000원은 2006. 4. 1. 지급하기로 하는 내용의 계약을 체결한 뒤 2006. 4. 6. 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 경료하였다.

(3) 한편, 이 사건 건물 701호 내지 705호, 801호 내지 805호에 관하여는 근저당권자인

주식회사 삼신상호저축은행,

주식회사 한서상호저축은행이 피담보채무액의 일부만을 변제받고 일부는 포기하기로 하여 2006. 1. 25. 및 2006. 9. 6. 근저당권설정등기의 말소등기가 경료되었다.

(4) 원고는 2006. 12. 20.

소외 주식회사 사미디앤아이와 사이에 이 사건 부동산 내부에

경희한방크리닉 인테리어공사를 하기로 하는 내용의 공사도급계약을 체결하여 내부공사에 착수하였으나, 근저당권자들과 사이에 이 사건 부동산에 관한 피담보채무액 일부 변제 및 근저당권설정등기의 말소에 관한 협의가 이루어지지 아니함에 따라 근저당권자들이 이 사건 부동산에 관하여 임의경매신청을 하였고, 2007. 1. 10. 경매개시결정이 내려지자 원고는 내부 인테리어 공사를 더 이상 진행하지 못하였으며, 이후 경매절차가 진행되어 이 사건 부동산 중 601호는 2008. 2. 18. 배용수에게, 602호, 603호는 2008. 3. 11. 유수훈에게, 604호, 605호 2008. 4. 3.

김지엽에게 각 매각되어 이들 명의로 각 소유권이전등기가 마쳐졌다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3호증의 3, 4, 갑 제10호증의 1 내지 10, 갑 제11호증의 1 내지 5, 을 제6호증의 1 내지 5의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1)

구 지방세법(2007. 4. 11. 법률 제8366호로 개정되기 전의 것) 제287조는 국민건강증진사업자 등에 대한 감면을 규정하면서

제2항 본문에서

의료법 제41조의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세등록세 면제를 규정하고 있고, 그 단서에서 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있는바, 여기서 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상사실상의 장애 사유 및 정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다(

대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두10213 판결 등 참조).

(2) 이 사건에 돌아와 보건대, 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시 이 사건 부동산 및 같은 건물 내의 상가들을 공동담보로 한 채권최고액 3,900,000,000원의 근저당권설정등기가 경료되어 있었으나, 2006. 1. 25.경 이미 이 사건 건물의 801호 내지 805호에 관하여는 근저당권자에게 피담보채무액의 일부만을 변제하고 일부 채무액은 포기하도록 하여 근저당권설정등기가 말소되었고, 공동담보인 다른 상가들에 대하여도 그와 같은 말소등기를 위한 협상이 진행되고 있었으므로 원고는 이 사건 부동산에 관하여 피담보채무액의 일부인 금 300,000,000원을 변제한 뒤 근저당권설정등기를 말소할 계획을 세우고 이 사건 부동산을 취득한 점, 그 후 원고는 이 사건 부동산을 의료업에 사용하기 위하여 2006. 12. 20. 주식회사 사미디엔아이와 경희 한방크리닉 인테리어 공사에 관한 도급계약을 체결한 뒤 내부공사에 착수하였으나 원고의 피담보채무액 일부변제 및 근저당권설정등기의 말소에 관한 제안을 근저당권자들이 받아들이지 아니함에 따라 이 사건 부동산에 관하여 2007. 1. 10. 임의경매개시결정이 내려진 사실, 이에 원고는 더 이상 내부공사를 진행하지 못하였고, 그 후 이 사건 부동산에 관한 경매절차가 진행되어 제3자에게 매각됨으로써 결국 원고가 이 사건 부동산을 취득한 날로부터 1년 내에 의료업에 사용하지 못하게 된 점 등을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 부동산을 고유업무인 의료업에 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였음에도 근저당권자들과의 등기말소협상에 실패하고 이 사건 부동산에 관한 경매절차가 진행되는 등의 사정으로 인하여 부득이 의료용에 사용할 수 없었던 것으로 보여지므로 원고가 이 사건 부동산을 의료업에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있었다고 봄이 상당하다. 따라서 원고가 정당한 사유 없이 이 사건 부동산의 취득일로부터 1년 이내에 이 사건 부동산을 의료업에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 면제되었던 취득세, 등록세 등을 추징한 것은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.