종교법인이 취득한 부동산 중 2층에 장애인복지시설을 운영하는 조건으로 000 등으로 하여금 무상으로 사용하게 한 경우로서 인정사실에 나타난 제반 사정과 아울러 종교단체의 특수성 및 장애인 시설을 보호할 공익상의 필요성을 참작할 때 직접사용하지 못한 정당한 사유를 인정하여야 한다.

1. 처분의 경위, 원고의 청구원인의 요지, 관련법령

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결의 이유 중 각 해당 부분 기재와 같으므로,

행정소송법 제8조 제2항,

민사소송법 제420조에 의하여 이를 인용한다.

2. 판 단

가.

지방세법 제107조 제1호 및

127조 제1항 제1호에 의하면, 종교 등 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산을 취득한 경우 원칙적으로 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하지만, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 않는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과하도록 되어 있다.

나. 먼저, 원고가 지방세법 위 각 조항 단서 전단의 취득세 및 등록세 과세요건인 ‘취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 않는 경우’에 해당하는지 여부에 관하여 본다.

(1) 피고는 원고가 이 사건 부동산을 취득한 2007. 6. 29. 이후 3년이 경과하기 전인 2009. 7. 10. 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분 당시 위 각 조항에서 정한 과세요건을 충족하였다고 보기는 어렵다. 그러나, 과세처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로, 과세관청으로서는 소송 도중 사실심 변론종결시까지 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환 또는 변경할 수 있고(

대법원 1997. 5. 16. 선고 96누8796 판결,

2001. 9. 18. 선고 99두7920 판결 등 참조), 이 사건에서 피고는 실제로 원고가 취득일로부터 3년 이상 이 사건 건물을 그 용도에 직접 사용하지 않았음을 주장하고 있으므로, 이 사건 취득일로부터 3년이 경과하였음이 역수상 명백한 이 사건 변론종결 시점을 기준으로 위 과세요건을 충족하였는지 여부에 관하여 살피기로 한다.

(2) 갑 제14호증의 1 내지 4, 갑 제15호증의 각 기재 및 영상 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 건물 중 1층 ‘

성민어린이집’으로 사용되던 부분은 2010. 1. 1.경 위 어린이집이 폐쇄되고 그 무렵부터 원고 교회의 어린이, 학생, 청년 등의 교육관으로 사용되고 있는 사실이 인정되는바, 그렇다면 위 사건 건물 중 1층 부분은 원고가 부동산을 취득한 2007. 6. 29.부터 3년 이내인 2010. 1. 1.경부터 그 용도에 직접 사용한 경우에 해당한다고 할 것이므로, 지방세법 위 각 조항 단서 전단 소정의 과세요건에 해당하지 않는다.

(3) 이 사건 건물 중 2층 부분을 원고가 그 취득일인 2007. 6. 29. 무렵 홍금화에게 사용하게 하였고 그로부터 3년 이상 지난 현재까지도 위 건물 부분이 ‘

성산푸른초장’이라는 장애인 복지시설로 이용되고 있는 사실은 당사자간에 다툼이 없고, 한편 지방세법 위 각 조항 소정의 취득세 및 등록세 비과세 대상이 되는 비영리사업자가 그 사업의 용도에 직접 사용한다는 것은 당해 비영리사업의 고유업무에 사용하는 것을 뜻하는 것으로 보아야 할 뿐 부수적으로 할 수 있는 업무를 타인으로 하여금 경영하게 한 경우까지 포함되는 것으로 확장해석할 수는 없다고 할 것이므로, 종교단체인 원고가 교회 목적으로 취득한 이 사건 건물의 일부를 타인인 홍금화로 하여금 원고의 교회와는 독립된 장애인 복지시설로 사용하게 하는 것을 그 용도에 직접 사용하는 것으로 볼 수는 없고, 비록 아래에서 보는 바와 같이 원고가 교육구제사업을 종교 외의 목적사업으로 삼고 있고 무상의 사용대차 방식으로 이 사건 건물의 일부를 장애인 복지시설로 제공하였다 하더라도 달리 볼 것은 아니다. 따라서, 원고는 위 건물의 2층 부분을 지방세법 위 각 조항 단서 전단 소정의 취득일로부터 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 해당한다고 보아야 한다.

그런데, 위 건물 부분을 그 용도에 직접사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는지 여부에 관하여 보건대, 갑 제7 내지 18호증, 을 제5호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고가 이 사건 부동산을 취득하기 이전부터 이 사건 건물 2층은 위

성산푸른초장 장애인복지시설로 사용되고 있었던 사실, ② 공항성산교회는 원고에게 이 사건 부동산을 매도하면서 장애인 등 이용자의 편의를 위하여 일시적으로라도 위 각 건물 부분에서 장애인복지시설을 운영하여 줄 것을 요청한 사실, ③ 원고는 당초 ‘교회’ 목적으로 이 사건 부동산을 취득하였으나 지적장애인 주간보호시설인 위 복지시설의 운영도 원고의 목적사업인 교육, 구제 등에 포함된다고 판단하고 공항성산교회의 위 요청을 받아들이기로 한 사실, ④ 이에 원고는 2007. 6. 29. 성산푸른초장의 대표자 홍금화와 사이에 이 사건 건물 제2층 부분에 관하여 존속기간의 정함이 없는 사용대차계약을 체결하여 위 건물 부분을 홍금화로 하여금 사용수익하게 하고, 한편

성산푸른초장을 원고의 국내선교 단체 중 하나로 주보에 표시하기도 한 사실, ⑤ 원고는 홍금화로 하여금 장애인복지시설을 운영하는 것을 조건으로 위 건물 부분을 무상 사용하게 한 것일 뿐 이로 인하여 어떠한 이득도 얻은 바 없는 사실, ⑥ 원고는 위 성산푸른초장이 교회 용도에 직접 사용한 경우에 해당하지 않는다는 피고의 지적에 따라 이 사건 건물 부분에서 이를 다른 곳으로 이전시키고자 하였으나, 홍금화가 장애인 시설의 이전을 꺼리는 분위기 때문에 쉽사리 이전해 갈 곳을 찾지 못하는 상황이라고 하소연하고, 위 시설에는 실제로 20여 명의 중증 장애인들이 수용되어 있는 형편이어서, 종교단체인 원고 입장에서 소송 등의 방법으로 이를 강제로 폐쇄시킬 수 없는 사정 때문에 홍금화로 하여금 당분간 사용할 것을 허락하고 있는 사실 등이 인정되는바, 위 인정사실에 나타난 제반 사정과 아울러 종교단체인 원고의 특수성 및 장애인 보호시설을 보호할 공익상의 필요성을 함께 참작하여 보면, 원고가 홍금화에게 성산푸른초장의 이전을 계속 종용하고 홍금화도 그 이전을 위하여 노력하는 가운데 적어도 유예기간 3년을 지난 지 그다지 오랜 시간이 경과하지 않은 현재까지의 기간 동안 이 사건 건물 부분을 무상으로 장애인 보호시설로 제공함으로써 그 용도에 직접 사용하지 않은 것에 대하여는 사회통념상 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자에게 객관적으로 허용될 수 있는 정당한 사유가 있다고 봄이 상당하다.

(4) 따라서, 원고는 지방세법의 위 각 조항 단서 전단 소정의 취득세 및 등록세 과세요건에는 해당하지 않는다.

나. 다음으로, 원고가 지방세법 위 각 조항 단서 후단의 취득세 및 등록세 과세요건인 ‘그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우’에 해당하는지 여부에 관하여 본다.

(1) 위 조항은, 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산을 3년 이내에 직접사용하게 된 경우 또는 정당한 사유로 인하여 3년이 지난 후에 직접 사용하게 된 경우라고 하더라도, 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 취득세 및 등록세를 부과한다는 것으로, 여기서 ‘그 사용일’이라 함은 그 전단에서 의미하는 ‘그 용도에 직접 사용하기 시작한 날’을 지칭하는 것이라고 보아야 한다(이와 달리 ‘그 사용일’을 부동산의 취득자가 그 용도에 직접 사용하는지 여부를 불문하고 어떤 형태로든 사용하기 시작한 넓은 의미의 ‘사용일’을 뜻하는 것이라고 해석하면, 부동산을 취득하여 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용한 지 2년이 지나는 경우에는, 정당한 사유에 해당하는지 여부도 묻지 않고, 3년이 되기를 기다릴 필요도 없이, 무조건 취득세나 등록세를 부과할 수 있게 되어, 위 각 조항 전단의 취지가 몰각된다).

(2) 이에 따라 이 사건에 관하여 보면, 이 사건 건물 1층 부분에 관하여는, 앞서 본 바와 같이 원고가 취득일로부터 3년 이내인 2010. 1. 1.경부터 현재까지 그 용도에 직접 사용하고 있으므로, 현재로서는 ‘그 사용일로부터 2년 이상 직접 사용하지 않고 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우’에 관한 위 각 조항 단서 후단의 과세요건에 해당할 여지가 없다. 그리고, 이 사건 건물 2층 부분에 관하여도, 앞서 살핀 바와 같이 원고가 홍금화로 하여금 장애인 복지센터로 사용하게 하여 그 용도에 직접 사용하지 아니한 데 대하여 정당한 사유가 있음이 인정되는 이상, 현재까지는 위 각 조항 단서 후단의 ‘그 사용일’이 시작되지 않았다고 보아야 하므로, 그 과세요건에 해당할 여지가 없다.

(3) 따라서, 원고는 지방세법의 위 각 조항 단서 후단의 취득세 및 등록세 과세요건에도 해당하지 않는다.

3. 결 론

그렇다면, 원고가

지방세법 제107조 및

제127조 제1항 소정의 취득세 및 등록세 과세요건에 해당함을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하고, 그 취소를 구하는 원고의 청구는 인용되어야 할 것인바, 이와 결론을 같이한 제1심 판결을 정당하고, 피고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.