종교법인이 취득한 부동산 중 기존의 어린이집을 일시적으로라도 유지해줄 것을 요청받아 사실상 부설기관으로 운영하는 점이나 2층에 장애인복지시설을 운영하는 조건으로 000 등으로 하여금 무상으로 사용하게 한 점 등을 종합할 때, 각 부분에 사용대차계약을 체결하였다 하여 타에 매각하거나 수익사업에 이용한 것으로 볼 수 없다. 따라서 3년의 유예기간을 경과하기도 전에 감면된 취득세 등을 추징한 처분은 취소되어야 한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 기독교 복음에 기한 예배, 선교, 교육, 구제 등을 목적사업으로 하는 비법인사단이다.

나. 원고는 2007. 4. 12. 대한예수교장로회

공항성산교회(이하, ‘

공항성산교회’라고만 한다)와 사이에, 서울 강서구

방화동 482-3 대 354㎡ 및 그 지상 철근콘크리트조 스라브지붕 5층 근린생활시설 및 주택(이하, ‘이 사건 대지’, ‘이 사건 건물’이라고 하고, 이들을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 매매대금 18억 원에 매수하되 계약금 1억 8,000만 원은 2007. 4. 12., 중도금 4억 2,000만 원은 2007. 5. 15., 잔금 12억 원은 2007. 6. 29. 각 지급하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하고, 2007. 6. 29. 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 경료하였다.

다. 원고는 2007. 6. 29. 피고에게 이 사건 부동산의 취ㆍ등록세에 대한 비과세신청을 하였는데, 당시 제출한 지방세 비과세 신청서에 이 사건 부동산의 용도를 ‘교회’라고 기재하였고, 피고는 원고의 지방세 비과세 신청서 기재와 같이 이 사건 부동산을 ‘종교를 목적으로 하는 단체의 사업용 부동산’으로 보고

지방세법 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호,

같은 법 시행령 제79조 제1항 제1호에 따라 취ㆍ등록세를 비과세하였다.

라. 한편, 피고는 2009. 7. 10. 원고에 대하여, 원고가 최경희 등으로 하여금 이 사건 건물 중 제1층을 어린이집으로, 제2층을 장애인복지시설로 사용하게 하고 있다는 이유로 위 각 건물 부분에 관하여

지방세법 제107조,

제121조 제1항,

제127조 제1항,

제151조,

제260조의2에 따라 등록세 20,475,020원(가산세 6,082,340원 포함), 지방교육세 3,807,140원, 취득세 20,341,160원(가산세 5,948,480원 포함)의 각 부과처분(이하, 이들을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 제2호증, 제4호증, 제5호증, 을 제1호증의 1, 2, 제3호증, 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 청구원인의 요지

1) 원고가 이 사건 부동산을 취득한 날로부터

지방세법 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호 소정의 3년의 유예기간이 경과하기 전에 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.

2) 이 사건 처분 당시 이 사건 건물 제1, 2층이 어린이집 등으로 사용되고 있었던 것은 사실이나 이는 이 사건 부동산의 전소유자인

공항성산교회의 요청으로 일시적으로 그와 같은 상태를 유지하고 있었던 것에 불과하여, 2010. 1. 1. 어린이집을 폐쇄하였고 장애인복지시설도 이사할 곳을 물색 중에 있으므로,

지방세법 제107조,

제127조 제1항 소정의 ‘그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우’에 해당하지 아니하거나, 적어도 그 용도에 직접 사용하지 아니한 것에 ‘정당한 사유’가 있다.

나. 관련법령

별지 관련법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 살피건대, 종교단체가 그 목적사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 경우에는 취득세 등을 부과할 수 없다고 할 것이고, 다만 3년 내에 정당한 사유 없이 그 사업목적에 사용하지 아니하는 경우에는 그것을 이유로 하여 취득세 등을 부과할 수 있다고 할 것인바, 위 부동산을 취득한 날로부터 3년이 경과하기도 전에, 3년이 경과하더라도 교회로 사용할 수 없는 객관적ㆍ주관적 사정이 있었다고 하여 취득세 등 부과처분을 하였다면

지방세법 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호의 규정에 의하여 그 부과처분은 중대한 하자가 있는 행정처분으로서 위법하다고 할 것이다(

대법원 1972. 12. 12. 선고 72누174 판결 참조).

위와 같은 법리를 기초로 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 이 사건 부동산을 2007. 6. 29. 취득하였는데, 피고가 그로부터 3년이 경과하기 이전인 2009. 7. 10. 원고에 대하여, 원고가

최경희 등으로 하여금 이 사건 건물 제1, 2층을 어린이집 등으로 사용하게 함으로써 취득일로부터 3년이 경과하더라도 위 각 건물 부분을 교회로 사용할 수 없는 객관적ㆍ주관적 사정이 있다는 이유로 이 사건 처분을 한 사실은 위에서 본 바와 같으므로, 위 처분은

지방세법 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호에 반하여 위법하다고 할 것이다.

2) 이에 대하여 피고는 원고가 이 사건 부동산을 취득한 날로부터 3년이 경과하기 전에

최경희 등과 사이에 이 사건 건물 제1, 2층에 관한 임대차계약을 체결하여 위 건물 부분을 어린이집 등으로 사용하게 하여 줌으로써 위 건물 부분에 대한 최초의 취득 목적을 포기하였다고 할 것이므로, 이 경우에는 3년의 유예기간이 경과하기 전이라도 취득세 등을 부과할 수 있다고 주장한다.

살피건대,

지방세법 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호 소정의 ‘취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우’란 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 위 기간을 경과한 경우뿐만 아니라 부동산을 취득한 후 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니한 채 3년 이내에 타에 매각처분한 경우도 포함하는 것이므로 이 경우에는 취득일로부터 3년이 경과하지 아니하더라도 취득세 등 부과처분을 할 수 있고, 비영리사업자가 취득 부동산을

지방세법 시행령 제78조의2,

제93조의2 소정의 수익사업에 사용하는 경우 역시 취득일로부터 3년이 경과하지 아니하더라도 취득세 등 부과처분을 할 수 있는 것인바, 이는 부동산을 취득한 후 3년 이내에 타에 매각한 경우에는 비영리사업자가 그 사업에 사용할 목적을 포기하였음을 객관적으로 명백히 한 것이므로 더 이상 유예기간을 두는 것이 무의미하고, 취득 부동산을 수익사업에 사용하는 경우에는 애초부터 비영리사업자가 그 사업에 사용할 목적으로 취득하였음을 인정할 여지가 없는 것이므로 유예기간을 둘 필요가 없기 때문이다.

그런데 갑 제7 내지 14호증, 을 제5호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, ① 원고가 이 사건 부동산을 취득하기 이전부터 이 사건 건물 제1층은

공항성산교회 부설 어린이집으로, 위 건물 제2층은

성산푸른초장이라는 장애인복지시설로 사용되고 있었던 사실, ②

공항성산교회는 원고에게 이 사건 부동산을 매도하면서 어린이집 등 이용자의 편의를 위하여 일시적으로라도 위 각 건물 부분에서 어린이집 등을 운영하여 줄 것을 요청한 사실, ③ 원고는 당초 ‘교회’ 목적으로 이 사건 부동산을 취득하였으나 어린이집 등의 복지시설 운영도 원고의 목적사업인 교육, 구제 등에 포함된다고 판단하고

공항성산교회의 위 요청을 받아들이기로 한 사실, ④ 이에 원고는 2007. 6. 29. 장애인복지시설

성산푸른초장의 대표자인

홍금화와 사이에 이 사건 건물 제2층 부분에 관하여 존속기간의 정함이 없는 사용대차계약을 체결하고, 2007. 9. 5. 원고 소속 집사인

최경희와 사이에 이 사건 건물 제1층 부분에 관하여 존속기간 2007. 9. 5.부터 2012. 9. 4.까지인 사용대차계약을 체결하여 위 각 건물 부분을 홍금화 등으로 하여금 사용ㆍ수익하게 한 사실을 인정할 수 있고, 여기에다가 위에서 인정한 사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, ⑤ 원고는 이 사건 건물 제1층에서 원고 부설 어린이집을 운영하는 것 및 위 건물 제2층에서 장애인복지시설을 운영하는 것을 조건으로

최경희 등으로 하여금 위 건물 부분을 무상 사용하게 한 것일 뿐 이로 인하여 어떠한 이득도 얻은 바 없는 점(원고가 위 각 건물 부분을 위와 같이 어린이집 등으로 계속 사용하게 하는 조건으로 이 사건 부동산을 더 저렴한 가격에 매수한 것으로도 보이지 아니한다), ⑥ 위 어린이집 등은 사실상 원고의 부설 기관으로 운영되고 있어 그 존폐 여부가 원고의 의사에 달린 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 위 각 건물 부분에 관한 사용대차계약을 체결하였다는 등의 사정만으로는 위 각 건물 부분을 타에 매각처분하였다거나 위 각 건물 부분을 수익사업에 사용한 것과 같이 볼 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 판단할 필요 없이 위법하다고 할 것이므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.