1) 토지에 유치원이 건립되어 유치원으로 사용되고 있으므로 토지 및 건물은 비영리사업자가 그 사업에 사용하는 경우에 해당한다.2) 건물은 취득일로부터 3년이내에 유치원 건물로 사용하여 용도에 직접 사용하였지만, 토지는 취득한 때로부터 3년 이내에 사업용도에 직접 사용하지 못하였으므로 정당한 사유가 있다.

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 쓸 이유는, 제1심 판결문 이유 해당부분 기재와 같으므로,

행정소송법 제8조 제2항,

민사소송법 제420조에 의하여 이를 인용한다.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

토지이용계획상 공공시설용지(교육시설)인 이 사건 토지를 교육시설인 유치원과 종교시설인 성당 부지로 사용하고자 매수하여 2003. 6. 10. 소유권이전등기를 마쳤으나, 2003. 6. 13. 대통령령 제17999호로 택지개발촉진법 시행령이 개정․시행되면서 종교시설을 건축할 수 없게 되었다.

원고는 이 사건 토지 취득시 위와 같은 관계 법령 개정으로 유예기간 내 종교시설인 성당으로는 사용할 수 없는 법령상 장애사유가 있다는 것을 알지 못하였는데, 이 사건 토지에 이 사건 건물을 건축하여 성당으로 사용하면서 관련 민원이 제기되고 행정처분으로 인하여 계속해서 사용하지 못했던 것으로, 지구단위계획 변경 요청을 하여 법령상 장애사유를 해결하기 위해 노력하는 등 사업 목적에 직접 사용하지 못하였던 점에 대한 정당한 사유가 있으므로, 피고가 한 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 피고의 주장

가) 이 사건 토지에 대하여

원고는 이 사건 토지를 취득한 후 종교시설로 사용한다고 지방세 감면 신청을 하였다. 2006. 9. 18. 이 사건 건물에 대한 사용승인은 노유자 시설(유치원)로 받은 것이므로, 취득일로부터 3년 내 비과세 용도인 종교사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 없어 지방세(취득세, 등록세, 지방교육세)와 국세(농어촌특별세)를 다시 부과하여야 한다.

비록 택지개발촉진법 시행령 개정으로 이 사건 토지에 종교시설 건축이 허용되지 않아 사용승인을 노유자 시설로 받은 것이라고 할지라도, 이 사건 토지에 대한 매매계약서와 성남시 분당 제1종 지구단위계획상 그 용도가 유치원으로 지정되어 있던 점에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지 취득시 종교시설로 사용할 수 없다는 것을 알았다고 보이므로, 종교시설로 사용하기 위해 지구단위계획 변경을 요청하여 그에 대한 검토가 진행되었다거나 성당으로 이용할 수 없다는 민원이 제기되었던 점 등은 종교 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 되지 않는다.

나) 이 사건 건물에 대하여

원고는 이 사건 건물 또한 소유권이전등기 후 종교시설로 사용한다고 지방세 감면 신청을 하였으나, 현재 유치원으로 사용하고 있다. 유치원은 사회통념상 종교 활동 수행에 반드시 필요하거나 종교 교육에 제공되는 시설로 볼 수 없고, 그 경영은 비영리사업에 해당하지 아니한다. 원고는 이 사건 건물을 수익사업인 유치원 경영에 사용함으로써 지방세 감면을 신청한 종교 사업이 아닌 다른 용도에 사용하였으므로, 지방세(취득세, 등록세, 지방교육세)와 국세(농어촌특별세)를 다시 부과하여야 한다.

원고는 이 사건 건물 사용승인 후 일시적으로 성당으로 사용하였다고 하나, 2009년 이후에는 유치원 경영에 전적으로 사용하고 있으므로, 종교 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 없다.

나. 관계 법령

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 부동산이 비영리사업에 직접 사용된 것인지 여부

가)

지방세법 제107조 제1호와

제127조 제1항 제1호는 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산 취득 및 그 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. 위 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다는 것은 현실적으로 당해 부동산 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’되는 범위는 당해 비영리사업자 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(

대법원 2005. 12. 23. 선고 2004다58901 판결,

대법원 2009. 6. 11. 선고 2007두20027 판결 등 참조). ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’에는 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체(지방세법 시행령 제79조 제1항 제1호, 같은 시행령 제94조 제1항)가 포함된다.

한편

지방세법 제107조 단서,

같은 법 제127조 제1항 제1호 단서는 ‘대통령령이 정하는 수익사업’에 사용하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과하도록 하고 있으나, ‘대통령령이 정하는 수익사업’에는 교육서비스업 중 유치원을 경영하는 사업은 포함되지 아니한다{

지방세법 시행령 제78조의2 제1항,

제93조의2,

법인세법 제3조 제2항 제1호,

법인세법 시행령 제2조 제1항 제3호, 초․

중등교육법(2004. 1. 29. 법률 제7120호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1호,

유아교육법 제7조}.

나) 인정사실

(1) 원고는 수원교구에 속하는 모든 교회를 유지․경영하고, 유치원과 탁아소, 유아원 설치 및 운영하는 등 비영리사업을 위해 설립된 재단법인이다. 이 사건 토지는 건설부 고시 1992. 1. 10. 제913호로 성남시 중원구 분당동 외 14개동 일원 19,675,273㎡를 대상으로 하여 지정․변경된 ‘성남분당지구 택지개발예정지구’ 공공시설 용지(교육시설) 중 일부로서, 분당 제1종 지구단위계획상 유치원으로 용도가 지정된 토지이다.

(2) 원고는 수원교구 내 성남시 분당구에 있는 금곡동 성당을 이전할 부지를 물색하였으나, 위 택지개발예정지구 내에는 매각되지 아니한 공공시설 용지(종교시설)가 없어, 당시 시행된 택지개발촉진법 시행령(2003. 6. 13. 대통령령 제17999호로 개정되기 전의 것)에 따라 유치원을 건축하기 위한 공공시설 용지(교육시설)에는 건축물 연면적 2분의 1 이상을 유치원을 사용하고, 나머지 면적을 성당으로 사용할 수 있다고 보고, 이 사건 토지를 매수하여 성당과 유치원 건물 부지로 사용하기로 하였다.

원고는 2002. 5. 28. 한국토지공사와 이 사건 토지를 2,367,230,000원에 매수하되, 매매대금 지급은 계약보증금과 6차에 걸친 중도금으로 나누어 지급하는 ‘용지매매계약(갑 제1호증)’을 체결하였다. 위 계약에 의하면, 이 사건 토지 지목은 ‘학교용지’이고, 지정용도는 ‘유치원(유아원)’인데, ① 원고는 이 사건 토지를 지정된 용도에 따라 사용하여야 하고(

제3조 제1항), 매매대금을 완납한 후에 이 사건 토지 소유권을 이전해 주기로 하되, 완납하기 전이라도 소유권이전이 특히 필요하다고 인정되는 경우에는 미납 잔대금에 대하여 담보를 제공한 경우에 한하여 소유권을 이전하는 것으로 기재되어 있으며(

제6조 제1, 2항)1)1) 용지매매계약서에는 계약보증금 납부약정일이 2002. 5. 28.로, 최종 중도금(6차) 납부약정일은 2005. 5. 28.로 기재되어 있고, 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기일은 2003. 6. 10.이다.

, ② 특약사항으로 ‘성남분당지역은 지구단위계획구역으로 건축시 지구단위계획에 따라야 하고, 지구단위계획에 언급되지 않은 사항은 관계 법령 및 조례에 따라야 한다(제1항)’는 조항이 부기되어 있다.

원고는 2003. 6. 10. 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기를 마친 다음, 같은 날 피고에게 ① 취득․등록세 신고가액은 각 ‘2,467,976,240원’, 취득․등록세 과세표준액은 각 ‘1,641,164,100원’2)2) 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기시 매매대금이 완납되지 아니하여, 취득세 및 등록세 신고시까지 납부된 매매대금(계약보증금과 중도금)을 기재한 것으로 보인다.

, 취득․등록세 감면세액은 ‘취득세 49,359,520원(신고가액 × 20%), 등록세 74,039,280원(신고가액 × 30%)’으로 각 기재한 취득신고 겸 자진납부 세액계산서와 ② 감면신청사유를 ‘유치원’3)3) 토지비과세신청서(을 제1호증)에 의하면, 감면신청 사유란에 기재된 ‘종교시설’을 두 줄로 긋고 날인이 되어 있으며, ‘유치원’이라고 기재하였다.

으로 기재한 비과세신청서에 이 사건 토지를 유치원 건립부지로 활용하겠다는 서면을 첨부하여 제출하였다.

(3) 원고는 2004. 11. 13. 성남시장에게 주용도를 ‘교육연구 및 복지시설’4)4) 성남교육지원청 교육장은 2004. 11. 5. 피고에게 이 사건 건물 건축허가신청과 관련하여 유치원 설립인가시 건물 용도는 ‘

건축법 시행령 제2조 제1항 제13호 관련 [별표 1] 제7조에 의한 교육연구 및 복지시설(유치원)이면 적합하다’는 협의사항 회신을 보냈는데(84면), 당시

시행된 건축법시행령(2004. 9. 9. 대통령령 제18542호) 제3조의4 관련 [별표 1] 용도별 건축물의 종류 제8호 사.에는 ‘교육연구 및 복지시설’ 중 하나로 ‘아동관련시설(아동복지시설·영유아보육시설·유치원 그 밖에 이와 유사한 것을 말한다) 및 노인복지시설과 다른 용도로 분류되지 아니한 사회복지시설 및 근로복지시설’을 규정되어 있다.

로 기재하여 연면적 4,137.71㎡, 지하 1층, 지상 2층 규모인 이 사건 건물에 대한 건축허가를 신청하였고, 성남시장은 2004. 12. 6. 건축허가를 하였다.

원고는 2005. 4. 11. 이 사건 건물 공사를 착공하였고, 2006. 3. 10. 성남시장으로부터 설계변경에 따른 건축허가를 받았으며, 2006. 9. 18. 사용승인을 받은 후, 2006. 10. 12. 소유권보존등기를 마쳤다.

원고는 2006. 10. 12. 피고에게 ① 취득․등록세 과세표준액은 각 ‘8,034,220,030원’, 취득․등록세 감면세액은 각 ‘160,684,400원(과세표준액 × 20%)’으로 기재한 취득세 및 등록세 신고서와 ② 감면신청사유를 ‘종교시설’로 기재한 비과세신청서에 이 사건 건물을 성당에서 운영하는 ‘분당성모유치원’으로 활용하겠다는 서면을 첨부하여 제출하였다.

(4) 원고는 2007. 12. 6. 경기도 성남교육청장으로부터 이 사건 토지 및 건물에 대하여 유치원 설립인가를 받았다.

[인정 근거] 앞서 든 증거들, 갑 제5호증, 을 제4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다) 위 인정사실에 의하면, 이 사건 토지에 유치원이 건립되어 유치원으로 사용되고 있으므로 이 사건 토지 및 건물은 비영리사업자가 그 사업에 사용하는 경우에 해당한다(이 사건 건물 취득세 및 등록세 감면 신청시 감면신청 사유를 종교시설로 기재하였다 하더라도 지방세 법령에서 비과세 대상으로 하고 있는 그 사업에 사용하고 있는 한 감면신청 사유와 달리 사용하고 있다고 하여 비과세 용도에 사용되고 있지 아니한 경우라고 볼 수 없다. 더구나 원고는 감면신청시 이 사건 건물을 유치원으로 사용하겠다고 하였다).

2) 이 사건 토지와 건물 취득일로부터 3년 이내에 사업 용도에 직접 사용하지 아니하였는지와 정당한 사유가 있는지 여부

가)

지방세법 제107조,

제127조는 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 취득세 및 등록세를 부과하도록 하고 있다. 위 법에서 말하는 '정당한 사유'란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법률상, 사실상 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청에게 귀책될 사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(

대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두229 판결 참조).

나) 인정사실

(1) 이 사건 토지 인근에 위치한 동아아파트 주민들은, 이 사건 토지 매매계약 체결 직후인 2002. 7. 4.부터 성남시장에게 수차례에 걸쳐 이 사건 토지를 유치원 부지 외에 성당으로 사용하는 것을 반대한다는 취지의 탄원서를 제출하는 등 이 사건 건물 건축을 반대하여, 원고는 2004. 12. 6. 건축허가를 받고서도 2005. 4. 11.에 이르러서야 공사에 착공하였고, 2006. 9. 18. 사용승인을 받았다.

(2) 원고는 2006. 9. 28.부터 이 사건 건물 일부를 성당으로 사용하면서, 2006. 10. 17. 경기도 성남교육청에 유치원 설립인가 신청을 하였으나, 성남교육청장은 2006. 11. 15. 이 사건 건물이 전부 종교용 시설로 사용될 수도 있고, 유치원 시설 보완요구 사항을 이행하지 않았다는 취지로 반려하였다.

(3) 피고는 ① 2006. 11. 17. 원고에게 이 사건 건물을 유치원으로 사용승인받고서도, 그 일부를 유치원으로 사용하지 않고, 2층 대강당을 성당으로, 1층 만남의 방을 신자들을 위한 커피 판매점으로 사용하는 등 위법하게 용도변경하였다고 원상복구하라는 통보를 하였고, ② 2007. 3. 14. 이 사건 건물을 종교시설로 위법하게 용도변경하였다고 건축물대장에 위반건축물 표시(분당구 건축과-2852호, 지하층 937.76㎡, 지상 1층 808.44㎡, 지상 2층 791.51㎡)를 하며, 위 위반 부분에 대한 이행강제금 부과 예정통지를 하였다.

(4) 원고는 피고가 한 원상복구 명령을 이행하기 위해, 2007. 7. 28. 용인시 수지구 죽전동 581-5 소재 철골 조립식 건물을 임차하여 성당 시설을 이전하였다. 그 후 원고는 2007. 10. 4. 성남교육지원청에 다시 유치원 설립인가 신청을 하는 것과 아울러, 2007. 11. 21. 원고 이사회에서 유치원시설로만 사용하기로 하는 결의와 시설보완을 거쳐, 2007. 12. 6. 성남교육지원청 교육장으로부터 이 사건 부동산에 대하여 유치원 설립인가를 받아, 2009. 3. 7.부터 유치원을 개원하였다.

(5) 원고는 성남시장에게 이 사건 토지에 대한 지구단위계획 재정비시 종교시설 용지로 변경할 수 있는지 검토해달라고 요청하여, 2007. 8. 13. 성남시장으로부터 타당성 여부를 검토하겠다는 회신을 받았다. 성남시장은 2009. 2. 3. 이 사건 토지를 복합용도(유치원 ＋ 종교시설)로 변경한다는 내용이 포함된 ‘분당 지구단위계획 변경(재정비)’ 공고(성남시 공고 제2009-130호)를 하였고, 2009. 8. 같은 내용으로 분당 제1종 지구단위계획지침이 수립되었다. 원고는 2009. 10. 30. 이 사건 건물 용도를 노유자 시설(유치원)과 종교시설로 변경받아, 현재 유치원과 성당으로 사용하고 있다.

[인정 근거] 앞서 든 증거들, 갑 제6, 7, 8, 13호증, 을 제3, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다) 위 인정사실에 의하면, 원고는 이 사건 건물은 취득일[{사용승인서 교부일인 2006. 9. 18.{

지방세법 시행령(2008. 9. 18. 대통령령 제21019호로 일부 개정된 것) 제73조 제4항}]로부터 3년 이내에 유치원 건물로 사용함으로써 그 용도에 직접 사용하였다. 반면 이 사건 토지는 취득일{계약상 잔금 지급일 이전에 소유권이전등기를 마친 경우이므로, 소유권이전등기를 마친 2003. 6. 10.(

지방세법 시행령 제73조 제1항 제2호,

제3항)}로부터 3년 이내에 ‘그 용도에 직접 사용’하지 못하였다(건물공사에 착공하거나 건물을 완공한 것만 가지고는 그 토지를 ‘그 용도에 직접 사용’한 것이 아니다). 그러나 위와 같은 인정사실에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 토지를 취득한 때로부터 3년 이내에 사업용도에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다.

① 원고가 이 사건 토지를 매수한 2002. 5. 28.에는 택지개발촉진법 시행령 규정상 유치원을 건축하기 위한 용지 일부에 종교시설을 건축하는 것이 허용되었는데, 개정된 택지개발촉진법 시행령이 2003. 6. 13. 시행되면서 종교시설 건축이 제한되는 법령상 장애사유가 발생하였다.

② 이 사건 토지 취득 이후 주변 주민들이 제기한 민원으로 인해 공사 착공이 지연되었다. 원고는 이 사건 토지를 취득하고 유예기간 3년에서 불과 3개월 가량 지난 뒤 이 사건 건물을 완공하여 성당으로 사용함으로써 이 사건 토지를 종교시설 부지로 사용하기 시작하여 그 사업용도에 직접 사용하였다(비록 원고가 이 사건 건물 주용도를 ‘교육연구 및 복지시설’로 하여 건축허가를 받았는데도 종교시설로 사용하여 건축허가된 용도와 다르게 사용하였으나, 이것으로 지방세 법령이 정하는 ‘사업용도에 직접 사용하지 아니한 경우’에 해당하게 되는 것은 아니고, 그렇게 보지 않는다 하여도 원고는 당초 건축허가된 유치원으로 사용하기 위하여 유치원 설립인가 신청을 하였고, 그 신청이 반려되자, 주변 주민들에게 협조를 구하고, 성남시장에게 이 사건 토지에 대한 지구단위계획 재정비시 종교시설 용지로 변경할 수 있는지 검토해달라고 요청하였던 점 등에 비추어 보면 원고로서는 이 사건 토지를 사업용도에 직접 사용하고자 진지한 노력을 다하였다).

3. 결 론

원고의 청구는 모두 이유 있다. 이와 결론을 달리 한 제1심 판결은 부당하다. 제1심 판결을 취소하고, 피고가 원고에게 한 취득세 등 부과처분을 각 취소한다.