명도합의금은 부동산을 취득한 후 별도의 목적을 위하여 지급되고 제3자에게 업무를 위탁하여 명도합의금 상당의 금원을 지출하고 매매대금과는 구분하여 기재됨으로 취득 대상인 부동산 자체의 가격에 포함된다고 보기 어렵고, 법인의 실체가 전면적으로 변경되어 새로운 설립이 있었다는 전제 하에 구 지방세법 제138조 제1항 제3조 소정의 등록세 중과규정을 적용한것은 부당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고(상호가 본래 ‘

신조물산 주식회사’였다가 2002. 12. 3. 현재와 같이 변경되었다)는 1994. 8. 24. 설립등기를 마쳐 성립된 회사로서 1999. 12. 1.

상법 제520조의2 제1항에 의거 해산간주되었다가 1999. 12. 15. 회사계속등기를 마쳤다.

나. 원고는 2002. 11. 19.

권기열 외 2인(이하 ‘

권기열 등’이라 한다)으로부터

서울 강남구 신사동 583-3 대 2,346.4㎡ 및 위 지상 지하 2층 지상 3층 건물(이하 위 토지 및 건물을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 하고, 건물만을 가리켜 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 264억 원에 매수하기로 하면서 다음과 같은 특약사항이 포함된 매매계약을 체결하였다(같은 날 위 특약사항과 관련한 명도문제와 관련하여 ‘세입자와의 거래관계와 기타 여건상 매수자가 추진하기에는 어려운 점이 예상되어 매도자측에서 이의 업무를 대행 추진하기로 한다’는 취지로서 위 특약사항과 같은 내용의 별도의 명도비용약정을 체결하였다).

특약사항

1. 매도인들은 잔금지급기일까지 이 건 부동산에 입주한 세입자들의 전세보증금을 정산하고잔금지급시까지 정산되지 않은 전세보증금은 잔금에서 유보한다.

2. 매도인들은 잔금지급시까지 매도인들이 사용하고 있는 본 부동산을 명도하여야 한다.

3. 세입자의 명도의무는 매수자의 책임과 비용으로 한다. 단, 매도자는 세입자의 본 부동산명도를 위하여 매수자를 대신하여 세입자와 명도합의를 대행하고 그 합의를 위한 비용을지출할 경우 매수자에게 구두 또는 서면으로 협의내용과 금액을 승인받아야 한다. 이 때합의금의 지출금액은 매도자가 우선 대납하고 동일금액으로 잔금지급일 이전에 명도에

소요된 객관적인 지출증빙서류를 제시, 청구하여 매수자로부터 지급받는다. (이하 생략)

다. 그 후 원고는 2003. 2. 19.

권기열 등에게 잔금을 지급함으로써 위 매매대금 전액을 완불한 후 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳤고, 위 특약사항의 이 사건 건물 내 세입자들(대부분 임대차기간이 만료되지 않은 자들이다)에 대한 명도비용 합의금조로

권기열 등에게 같은 날 7억 원, 2003. 5. 7.경 950만 원, 합계 7억 950만 원(이하 ‘이 사건 명도합의금’이라 한다)을 지급한 후 원고의 법인장부상에 위 매매대금과 별도로 그 지급내역을 기재하였으며, 취득한 이 사건 건물을 곧바로 철거한 후 2003. 5. 9. 건축연면적 15,924.52㎡인 지하 5층 지상 6층 건물의 신축을 위한 건축허가를 받고 2003. 5. 21. 공사에 착수하여 2004. 9. 24. 그 사용승인을 받았다.

라. 이 사건 부동산의 취득과 관련하여 원고는 위 264억 원을 취득가액으로 하여 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 등을 신고·납부하였다.

그런데, 피고는 이 사건 명도합의금이 위 취득세 등의 과세표준에 누락되었다는 이유로 이를 취득가액에 포함시킨 후, 1999. 12. 15. 회사계속등기 시점에 새로운 법인의 설립행위가 있었다고 보고 그로부터 5년 이내에 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기가 있었다고 보아

구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항 제3호의 등록세 중과규정을 적용하여, 2008. 1. 10. 원고에게 이 사건 명도합의금 7억 950만 원에 대하여 취득세 14,190,000원, 취득세 가산세 2,838,000원, 농어촌 특별세 1,560,900원, 등록세 63,855,000원, 등록세 가산세 12,771,000원, 지방교육세 14,048,100원을 각 경정 부과 하였다가, 2009. 7. 13. 피고는 위 등록세 중과규정을 적용하지 아니하기로 하여 위 부과 처분 중 등록세의 일부인 42,570,000원, 등록세가산세의 일부인 8,514,000원, 지방교육세의 일부인 9,365,400원을 직권으로 취소하는 내용의 경정결정을 하여 현재는 주문 제3항과 같은 액수의 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)이 남아 있다.

한편, 피고는 원고가 신고납부한 위 264억 원을 과세표준으로 한 등록세 등에 대하여도 구 지방세법상의 위 등록세 중과규정을 적용하여 이를 경정 부과한 바 있고, 그에 대한 등록세등부과처분취소사건이 제기되어 소송계속 중 피고는 2009. 7. 13. 직권으로 위 264억 원 관련 등록세, 지방교육세를 전부 취소하였다.

[인정근거] 갑1, 3, 5호증의 각 1, 2, 을1호증의 1, 2, 3, 을2, 4호증의 각 1, 2, 을6호증의 1 내지 4, 을7호증의 3, 10 내지 22, 을15호증의 1의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 명도합의금은 이 사건 부동산 취득 이후 계획한 상가 신축사업의 조속하고 원활한 실행을 위하여 이 사건 건물 내 임차인들을 임대차기간 종료에 앞서 내보내기 위하여 영업보상 등 명목으로 지급된 것으로 이 사건 부동산 자체의 취득가격에 포함된다고 보기 어렵다.

나. 관계 법령

지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 일부 개정되기 전의 것)

제111조 (과세표준)

① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. (단서 및 각 호 생략)

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

제130조 (과세표준)

① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록 당시의 가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의한다. (단서 생략)

③ 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조 동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. (단서 생략)

제260조의2 (납세의무자) 지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 이 법의 규정에 의한 등록세(제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다), 레저세, 주민세균등할, 재산세, 비영업용 승용자동차(비영업용 기타 승용자동차를 포함한다)에 대한 자동차세(국가 또는 지방자치단체를 제외한다), 담배소비세 및 종합토지세의 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를 진다.

지방세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20708호로 일부 개정되기 전의 것)

제82조의2 (취득가격의 입증 등)

①

법 제111조 제5항 제3호에서 "판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호에 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부 : 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서

제82조의3 (취득가격의 범위)

① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만 매매계약서상의 약정금액을 일시급 등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

농어촌특별세법

제3조 (납세의무자) 다음 각 호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

5. 지방세법에 의한 취득세 또는 레저세의 납세의무자

다. 판단

구 지방세법 제111조는 취득세의 과세표준을 취득 당시의 가액으로 정하고 있고,

구 지방세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20708호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제82조의3 제1항은, “취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다.”고 규정하고 있는바, 여기서 말하는 ‘취득가격’에는 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 당해물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세과세표준으로 삼을 수 없다 할 것이다(

대법원 1996. 1. 26. 선고 95누4155 판결 등 참조).

이러한 관계법령 및 법리에 위 1.항의 사실관계를 종합하여 보건대, 이 사건 명도합의금은 대부분 임대차기간이 만료되지 않은 이 사건 건물 내 임차인들로부터 그 점유부분을 명도받기 위하여 위약금 또는 영업보상 등의 성격으로 지급된 것으로서 이 사건 부동산 자체에 대한 대가라기보다는 이 사건 부동산을 취득한 이후 계획한 건물신축사업의 조속하고 원활한 실행이라는 별도의 목적을 위하여 지급된 것으로 봄이 상당한 점, 이 사건 건물 내 임차인들로부터 그 점유부분을 명도받기 위해 그들과 명도합의금 등에 관한 협상을 진행함에 있어 기존의 거래관계 등을 고려하여 이 사건 부동산의 매도자인

권기열 등에게 명도관련 업무를 대행토록 한 것으로 보일 뿐 매수자인 원고가 직접 또는 제3자에게 그 업무를 위탁하여 이 사건 명도합의금 상당의 금원을 지출한 것과 달리 볼 것이 아닌 점, 이 사건 명도합의금은 이 사건 부동산의 매매대금과는 별도로 구분되어 불확정적으로 약정된 것이고 원고의 법인장부상으로도 위 매매대금과는 구분하여 기재된 점 등의 여러 사정을 고려해 볼 때, 이 사건 명도합의금은 취득 대상인 이 사건 부동산 자체의 가격에 포함된다고 보기 어렵다 할 것이다.

따라서 이 사건 명도합의금이 이 사건 부동산의 취득가액에 포함됨을 전제로 나온 이 사건 처분은 더 나아가 살필 것 없이 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.