부동산은 비영리사업자가 기숙사를 수익사업에 사용한다고 보기 어렵고 기숙사 취득 및 등기에 대하여 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제2호에 의하여 취득세와 등록세가 감면되는 경우에 해당하여 농어촌특별세도 비과세대상임으로 기숙사 취득 및 등기에 대하여 농어촌특별세를 부과한 처분은 부당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 고등교육 등을 목적으로 설립된 학교법인으로서 용인시

기흥구 서천동에

경희대학교 국제캠퍼스를 운영하고 있는데, 학생들의 기숙사로 사용할 목적으로 용인시 기흥구 서천동 1 외 124필지 위에 지하 2층, 지상 10층 규모(18,482.86㎡)의 에이동과 지하 2층, 지상 13층 규모(23,057.1㎡)의 비동 두 개 건물(이하 위 두 개 건물을 ‘이 사건 기숙사’라 한다)을 신축한 다음 2007. 12. 4. 용인시장으로부터 사용승인을 받았고, 2008. 4. 2. 이 사건 기숙사에 관하여 소유권보존등기를 각 경료하였다.

나. 그러자 피고는 원고에 대하여 이 사건 기숙사가

지방세법 제272조 제6항에서 규정하고 있는 고등교육법에 의한 학교의 기숙사용 부동산에 해당한다는 이유로, 2008. 3. 13.에는 이 사건 기숙사의 취득세 관련 농어촌특별세 221,608,580원의 부과처분을 하였고, 2008. 3. 31.에는 이 사건 기숙사의 등록세 관련 농어촌특별세 79,308,800원의 부과처분을 하였다(이하 위 각 농어촌특별세 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제6호증의 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 5, 을 제2호증의 1 내지 5의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

경희대학교 국제캠퍼스는 기숙대학을 실현하기 위하여 1학년 학생들 전원을 상대로 기숙교육 프로그램을 실시하고 있으므로, 이 사건 기숙사는 학생들의 단순한 주거공간이 아니라 위 기숙교육 프로그램에 필수적인 교육시설로서, 이 사건 기숙사의 취득 및 등기에 대하여는

지방세법 제107조 제1호 및

제127조 제1항 제2호,

농어촌특별세법 제4조 제12호,

같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호에 의하여 농어촌특별세가 비과세되어야 함에도, 농어촌특별세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 관계 법령의 해석

지방세법 제107조 및

제127조 제1항은 용도구분에 의한 취득세 및 등록세 비과세에 관하여 규정하면서, 그 각

본문 제1호에서 학술 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 그에 대한 등기를 취득세 및 등록세의 비과세대상으로 규정하는 한편, 그 각 단서에서는 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우 등 일정한 경우에는 그 해당 부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과한다고 규정하고 있고,

지방세법 제272조는 사회교육시설 등에 대한 취득세 및 등록세 감면에 관하여 규정하면서, 그

제6항에서 대학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있다. 그리고

농어촌특별세법 제3조 제1호는 지방세법에 의하여 취득세 및 등록세가 비과세, 감면되는 자도 농어촌특별세를 납부할 의무가 있다는 취지로 규정하는 한편,

농어촌특별세법 제4조 제12호,

같은 법 시행령 제4조 제6항(2009. 4. 21. 대통령령 제21433호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5호는, 농어촌특별세의 비과세대상에 관하여 규정하면서,

지방세법 제107조 제1호 및

제127조 제1항 제1호에 의하여 취득세 및 등록세가 비과세되는 경우는 이를 포함시키면서도,

지방세법 제272조 제6항에 의하여 취득세 및 등록세가 면제되는 경우는 이를 제외하고 있다.

종래 대학교가 그 사업에 사용하기 위한 부동산으로서 기숙사를 취득하고 그에 대한 등기를 할 경우

지방세법 제107조 제1호 및

제127조 제1항 제1호에 따라 취득세 및 등록세 비과세대상으로 인정되어 왔는데, 민자 투자 유치 방식에 의하여 건설회사 등 제3자가 건설한 기숙사를 대학교가 취득하고 그 제3자에게 기숙사에 관한 관리운영권을 위탁하는 방식으로 기숙사 신축사업을 진행하는 경우, 그 기숙사는 임대사업용 부동산으로서

지방세법 제107조 단서 및

제127조 제1항 단서에 의하여 취득세 및 등록세 비과세대상에서 제외되는 ‘수익사업에 사용하는 경우’에 해당되는지 여부가 문제로 되어 왔었다.

이에 2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정된 지방세법은 그

제272조 제6항을 신설하여, 대학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정함으로써, 기숙사에 대하여는 수익사업에 사용하는 경우에도 취득세와 등록세를 감면하여 주도록 하여 대학교 기숙사의 신축을 위한 민간 투자 유치를 활성화하도록 하였다.

그런데

농어촌특별세법 제4조 제12호와 그 위임에 따른

농어촌특별세법 시행령 제4조 제5항 제5호는, 위에서 본 바와 같이

지방세법 제107조 제1호 및

제127조 제1항 제1호에 의하여 취득세 및 등록세가 비과세되는 경우만을 농어촌특별세의 비과세대상에 포함시키고 있을 뿐, 대학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여

지방세법 제272조 제6항에 의하여 취득세 및 등록세가 면제되는 경우는 농어촌특별세의 비과세대상에서 제외시키고 있는바,

지방세법 제272조 제6항이 신설된 것은 대학교 기숙사의 신축을 위한 조세감면대상을 확대함으로써 민간투자를 활성화하기 위한 유인을 마련하고자 하는 데에 그 취지가 있다고 할 것인데, 원래부터

지방세법 제107조 제1호 및

제127조 제1항 제1호에 해당되어 취득세·등록세와 농어촌특별세가 모두 비과세대상이던 대학교 기숙사의 경우, 신설된

지방세법 제272조 제6항이 적용됨으로써 오히려 취득세·등록세는 면제대상으로 되고 농어촌특별세는 부과대상으로 되는 불이익을 입게 된다면 이는 불합리할 뿐 아니라 위

지방세법 제272조 제6항의 입법취지에도 반하는 점, 현재 과세실무도 대학교에서 직접 운영하는 기숙사의 경우 종래와 같이

지방세법 제107조 제1호 및

제127조 제1항 제1호에 따라 취득세 및 등록세의 비과세대상으로 인정하여 농어촌특별세를 부과하지 않고, 기숙사가 민자유치 방식에 의하여 건설되어 제3자에게 위탁운영되는 경우에는

지방세법 제272조 제6항에 따른 취득세 및 등록세의 면제대상에 불과하다고 보아 농어촌특별세를 부과한다는 것으로서, 과세관청도 대학교 기숙사라고 하여 일률적으로

지방세법 제272조 제6항을 적용하지는 않고 있는 것으로 보이는 점(그러나 아래에서 보는 바와 같이 제3자에 위탁하여 관리·운영되는 기숙사라고 하여 모두 대학교가 수익사업에 사용한다고 단정할 수 없으므로, 위와 같은 기준에 따른 과세실무는 적정하다고 볼 수는 없다) 등에 비추어 보면, 위 관계 규정들의 취지는, 대학교가 기숙사를 그 목적의 사업에 사용하고,

지방세법 제107조 제1호 단서 및

제127조 제1항 제1호 단서에서 규정한 ‘수익사업에 사용하는 경우’ 등의 비과세제외사유가 없는 경우에는

지방세법 제107조 제1호 및

제127조 제1항 제1호가 적용되어 그 취득 및 등기가 취득세 및 등록세의 비과세대상으로 되는 반면, 대학교가 기숙사를 그 목적의 사업에 사용하더라도,

지방세법 제107조 제1호 단서 및

제127조 제1항 제1호 단서에서 규정한 ‘수익사업에 사용하는 경우’ 등의 비과세제외사유에 해당하여 그 취득 및 등기가 비과세대상이 되지 못하는 경우에는,

지방세법 제272조 제6항에 따라 취득세와 등록세가 면제되도록 규정한 것으로서, 결국

지방세법 제272조 제6항은 취득세와 등록세의 감면대상을 보충적·추가적으로 규정한 것으로 봄이 상당하며, 그에 따라 대학교 기숙사의 취득 및 등기가 위와 같이

지방세법 제107조 제1호 및

제127조 제1항 제1호에 의하여 취득세 및 등록세의 비과세대상으로 되는 경우에는 농어촌특별세도 비과세되나, 비과세제외사유에 해당하여

지방세법 제272조 제6항이 적용됨에 따라 취득세 및 등록세의 면제대상이 됨에 그치는 경우에는 농어촌특별세는 비과세되지 않는다고 보아야 할 것이다.

(2) 이 사건 기숙사에 적용될 법규에 관하여

지방세법 제107조 제1호 및

제127조 제1항 제1호에서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 하는바(

대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두878 판결,

대법원 2006. 1. 13. 선고 2004두9265 판결,

대법원 2006. 12. 7. 선고, 2005두10255 판결 등 참조), 이 사건의 경우, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제5호증, 갑 제6호증의 1, 2, 갑 제7, 8호증의 각 1 내지 3, 갑 제9호증의 1 내지 7, 갑 제10호증의 1 내지 3의 각 기재와 당심증인 허동현의 증언에 변론 전체의 취지를 합하여 보면, 원고는

경희대학교 국제캠퍼스 부지 내에 이 사건 기숙사를 신축하였고, 이 사건 기숙사에는

경희대학교 국제캠퍼스에 재학중인 학생들이 입실하여 이를 주거시설, 상담실, 세미나실 등으로 사용하고 있는 사실을 인정할 수 있는바, 원고는 학교법인으로서

지방세법 시행령 제79조 제1항 제2호 소정의 비영리사업자에 해당하며, 위 인정사실과 같이 원고가 학생들의 기숙사와 부대시설로 사용할 목적으로 이 사건 기숙사를 취득한 후 실제로 그 용도로 사용하고 있는 이상, 이 사건 부동산은 비영리사업자인 원고가 수행하는 목적사업 자체에 직접 사용하고 있음이 명백하다.

그런데 피고는, 원고가 이 사건 기숙사를 민간투자 방식으로 건축하여 위탁관리방식으로 운영하고 있으므로, 이 사건 기숙사는

지방세법 제107조 제1호 단서 및

제127조 제1항 제1호 단서에서 규정한 ‘수익사업에 사용하는 경우’에 해당하여

지방세법 제107조 제1호 및

제127조 제1항 제1호에 의한 취득세 및 등록세의 비과세대상이 아니라,

지방세법 제272조 제6항에 의한 취득세 및 등록세의 면제대상일 뿐이므로, 농어촌특별세는 감면되지 않는다는 취지로 주장하므로 살피건대, 을 제5호증, 을 제7호증의 1, 2, 3, 을 제8호증의 각 기재, 당심증인 허동현의 증언에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이 사건 기숙사의 신축에는 총 560억 원 정도가 소요되었는데, 원고는 재정여건상 그 중 48억 원을 부담하고, 나머지 512억 원은 주식회사

서희건설이 부담하기로 하여, BTO(Build-Transfer-Operate) 방식의 민간투자사업으로 시행된 사실, 그에 따라 주식회사

서희건설이 지분 100%를 출자하여 설립한 주식회사

서희라이프(이하 ‘

서희라이프’라 한다)와 원고 사이에 2005. 1. 27. 기숙사 건설 및 운영관리협약을 체결하여,

서희라이프가 2008. 3. 1.부터 25년 동안 이 사건 기숙사에 대한 관리운영권을 가지고 학생들로부터 기숙사 사용료를 받아 공사비 등 사업비를 회수한 다음 25년의 기간이 만료된 후 이 사건 기숙사에 대한 관리운영권을 원고에게 반환하기로 약정한 사실은 인정되나, 위와 같이 원고가 이 사건 기숙사를

서희라이프에 위탁하여 관리·운영하게 된 경위와

서희라이프와 체결한 기숙사 건설 및 운영관리협약의 내용, 이 사건 기숙사는 학생들의 후생복지시설 및 교육시설로 이용되고 있고

서희라이프는 기숙사 사용료를 받는 데에 불과한 점, 이 사건 기숙사의 위탁운영이 원고에게 수익성이 있다거나 임대 등의 수익을 목적으로

서희라이프와 위와 같은 협약을 체결하였다는 증거도 없는 점 등에 비추어, 위에서 인정한 사실관계만으로는 원고가 이 사건 기숙사를 수익사업에 사용한다고 보기는 어려우므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

따라서, 이 사건 기숙사의 취득 및 등기는

지방세법 제107조 제1호 및

제127조 제1항 제1호에 의하여 취득세 및 등록세의 비과세대상이 된다고 보아야 하므로,

지방세법 제272조 제6항이 적용될 여지는 없다고 할 것이다.

(3) 소결

결국, 이 사건 기숙사 취득 및 등기에 대하여는

농어촌특별세법 제4조 제12호,

농어촌특별세법 시행령 제4조 제5항 제5호,

지방세법 제107조 제1호 및

제127조 제1항 제1호에 따라 농어촌특별세를 부과할 수 없다고 할 것임에도 불구하고, 그와 달리 피고가 원고의 이 사건 기숙사 취득 및 등기에 대하여 농어촌특별세를 부과한 이 사건 처분은 모두 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 각 청구는 모두 이유 있어 이를 각 인용할 것인바, 이와 결론을 같이한 제1심 판결은 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.