토지 및 건물의 본점을 이전할 목적으로 취득하여 이전하고 나머지 부분을 임대하다가 카페에 관한 지점을 설치하게 된것으로 부동산 등기가 지점의 설치와 관련성이 없어 부동산등기에 해당하지 않으므로 등록세 중과 대상에 해당한다는 부과처분은 부당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2007. 8. 30. 서울 강남구

신사동 612 토지와 그 지상의 지하 1층, 지상 5층 건물(이하 ‘이 사건 토지 및 건물’이라 한다)을 123억 6,000만 원에 취득한 후 위 취득가액을 과세표준으로 하여

구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항 제3항 ⑵목의 일반세율을 적용하여 산출한 등록세와 이를 기초로 산출한 지방교육세1)1) 지방교육세는 등록세 납세의무를 지는 자에 대하여 등록세액의 100분의 20에 해당하는 금액을 세액으로 부과하는 조세(

구 지방세법 제260조의2,

제260조의3)로서 등록세부과처분의 당부와 그 결론을 같이 하므로, 이에 관하여는 별도로 언급하지 아니한다.

를 신고납부하고, 같은 날 이 사건 토지 및 건물에 관하여 원고 명의로 소유권이전등기를 경료하였다.

나. 이후 원고는 이 사건 건물의 지하 103, 104호, 1층 104, 105호 면적 합계 256.8㎡(이하 ‘쟁점 부동산’이라 한다)에 카페(

노아카페)를 설치한 후, 2008. 10. 28. 위

노아카페를 원고의 지점으로 등기하였고, 2008. 11. 26. 상호를

노아카페로, 업태를 음식으로, 종목을 카페로 한 사업자등록을 하였다.

다. 피고는 이 사건 토지 및 건물에 관한 위 부동산등기가

구 지방세법 제138조 제1항 제3호에 의한 대도시 내에서의 법인의 지점 설치에 따른 부동산등기에 해당하여 등록세 중과대상에 해당한다는 이유로, 2009. 12. 11. 이 사건 토지 및 건물의 취득가액을 쟁점 부동산의 면적이 이 사건 토지 및 건물의 전체 면적에서 차지하는 비율로 안분하여 산출한 1,993,010,128원을 과세표준으로 하여

구 지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용해 산출한 등록세 및 지방교육세에서 기납부한 세액을 차감한 등록세 103,772,040원(가산세 포함) 및 지방교육세 19,159,990원(가산세 포함)을 원고에게 부과하였다(이하 위 등록세 및 지방교육세 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 7. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2011. 3. 21. 원고의 심판청구를 기각하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 1 내지 3, 5, 6, 8, 9호증, 을 6호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 새로이 지점을 설치할 목적으로 이 사건 토지 및 건물을 취득한 것이 아니라 원고의 본점을 이전할 목적으로 이 사건 토지 및 건물을 취득하여 이 사건 건물 중 일부는 본점 영업을 위하여 사용하고 나머지 부분은 임대용으로 사용하던 중 당초 계획에 없던 카페를 운영하고자 쟁점 부동산에 지점을 설치하게 된 것이므로, 이 사건 토지 및 건물에 관한 부동산등기는 지점의 설치와 직접적인 관련성이 없다.

따라서 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

2) 원고는 기존에 대도시 내에 있던 본점을 이전하기 위하여 이 사건 토지 및 건물을 취득하였으므로 이 사건 토지 및 건물에 관한 부동산등기는

구 지방세법 제138조 제1항 제3호에 의한 등록세 중과의 대상이 아닌데, 이후 원고가 면적의 증가가 없는 이 사건 건물의 일부에 앞서 본 지점을 설치하였음을 이유로 피고는 등록세를 중과하는 이 사건 처분을 하였는바, 이 사건 처분은 당초 등록세 중과의 대상이 아닌 부동산등기에 대하여 소급하여 등록세 중과를 하는 것으로서 소급과세금지의 원칙에 반하고, 인구와 경제력의 대도시 집중 억제라는 위 등록세 중과 규정의 입법취지 및 과잉금지원칙에도 반하여 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

먼저, 원고의 첫 번째 주장에 대하여 본다.

구 지방세법 제138조 제1항 제3호는 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기를 등록세 중과대상의 하나로 규정하고,

구 지방세법 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것) 제102조 제2항은

구 지방세 법 제138조 제1항 제3호에서 ‘법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기’라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있는데, 여기서 말하는 일체의 부동산등기라 함은 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산의 등기를 뜻하므로, 반드시 그 부동산의 전부가 법인 또는 지점 등의 업무에 사용되어야 한다거나 취득 당시 그 부동산의 전부를 법인의 본점 또는 지점 등으로 사용할 의사가 있어야만 하는 것은 아니라고 하더라도, 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입과 관련 없이 취득한 부동산을 그 후에 법인의 본점 또는 지점 등으로 사용하게 된 경우의 부동산등기까지 포함하는 것은 아니다(

대법원 2001. 4. 10. 선고 99두1618 판결 참조).

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들 및 갑 4, 10, 11호증, 을 2, 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1991. 3. 20. 설립된 의류 제조 및 도소매업, 무역업, 부동산임대업 등을 목적 사업으로 하는 법인으로서 1993. 5. 8. 서울 강남구

청담동 38-27로 본점을 이전하였고, 다시 2003. 4. 24. 서울 중구

흥인동 154상유빌딩 401호를 임차하여 본점을 이전한 사실, 원고는 2006년부터 직원 수가 급격히 증가하여 약 60평 정도에 불과한 위

상유빌딩 401호에서 15명 이상의 직원이 근무하기 곤란해짐에 따라 사옥으로 사용할 새로운 건물을 알아보다가 이 사건 건물을 매수하여 일부는 사옥으로, 일부는 임대용으로 사용하기로 한 사실, 이에 원고는 2007. 6. 19.

홍명희로부터 이 사건 토지 및 건물을 매수하여 2007. 11. 27. 이 사건 건물로 본점을 이전한 이후 이 사건 건물의 2층 전체와 3층 일부, 5층 일부를 사옥으로 사용하고 나머지 부분(지하층 및 1층 전체, 3층 일부, 4층 전체, 5층 일부)은 임대한 사실(기존 임대차계약을 승계한 것으로 보임), 그 후 쟁점 부동산은 임대차계약기간이 종료하여 임차인이 퇴거하는 등으로 2008. 2. 18. 이후 공실의 상태이었는데, 원고는 젊은 층의 이동이 많은 지역적 특성을 살려 이 사건 건물에서 카페 겸 레스토랑을 운영해 보자는 임원의 건의에 따라 이 사건 토지 및 건물의 매수 당시 계획에 없던 카페를 설치하여 운영하기로 하고 2008. 6.경부터 공사에 착수하여 쟁점 부동산에 카페를 설치한 사실, 이에 따라 원고는 2008. 10. 24. 원고의 목적사업에 주류, 음식, 커피 판매업을 추가하고 앞서 본 바와 같이 2008. 12. 8. 위 카페에 관한 지점 등기를, 2008. 11. 6. 위 카페에 관한 사업자등록을 한 사실을 인정할 수 있다.

위와 같은 이 사건 토지 및 건물의 취득 경위 및 그 사용 내역, 위 카페를 설치하게 된 경위 및 시점 등에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 토지 및 건물을 취득할 당시 이 사건 건물을 원고의 본점으로 사용함과 동시에 그 곳에 장래 지점을 설치할 의사가 있었다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으며, 오히려 위 인정사실에 의하면 원고는 본점을 이전할 목적으로 이 사건 토지 및 건물을 취득하여 본점을 이전하고 나머지 부분은 임대용으로 사용하다가 위와 같은 경위로 이 사건 건물 일부에 위 카페에 관한 지점을 설치하게 된 것에 불과하다 할 것이므로, 이 사건 토지 및 건물에 관한 부등산등기가 위 지점의 설치와 관련성이 있다고 보기는 어렵다.

따라서 이 사건 토지 및 건물에 관한 부동산등기는

구 지방세법 제138조 제1항 제3호의 등록세 중과 대상인 지점 설치에 따른 부동산등기에 해당하지 않는다 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 대하여 나아가 살필 필요 없이 위법하다.

3. 결 론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.