부동산의 분쟁 및 교육여건의 변화와 교육인적자원부장관의 정책변경 등으로 인하여 학교의 대학설립인가가 지연됨에 따라 부동산을 사업목적에 직접 사용하지 못하고, 부동산을 취득 및 등기한 날로부터 각 3년의 유예기간 내에 학교사업에 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있으므로 취득세등부과처분은 부당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1996. 10. 10.

전라정보통신 전문대학(이하 ‘이 사건 학교’라 한다)의 설립을 목적으로 하여 설립된 비영리 학교법인으로, 아래와 같이 2001. 1. 3.부터 2004. 3. 23.까지의 기간 동안 별지 목록 기재 각 부동산(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 취득하여 그 명의로 등기를 마쳤고, 이 사건 부동산은 학교법인인 원고가 교육목적에 사용하기 위하여 취득한 것임을 이유로 피고에게 비과세신청을 하여 그에 대한 취득세, 등록세, 농어촌특별세 및 지방교육세를 면제받았다.

나. 피고는 2007. 3. 12. 원고에게, 원고가 이 사건 부동산을 취득일 및 등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 당해 교육사업에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로, ‘전주시

삼천동3가 234(학교부지 및 건물)’에 대하여 취득세 91,165,710원, 농어촌특별세 7,889,400원, 등록세 45,577,970원, 지방교육세 8,398,440원을 부과하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 종전 처분’이라 한다).

다. 원고는 이에 불복하여 2007. 6. 13.

전라북도지사에게 이 사건 종전 처분의 취소를 구하는 이의신청을 하였으나,

전라북도지사는 2007. 9. 14. 이를 기각하였고, 이에 원고는 2007. 12. 11. 조세심판원에 위 처분의 취소 청구를 하였는데, 조세심판원은 2009. 1. 21. 이 사건 종전 처분 중 취득세 157,010원, 농어촌특별세 8,000원, 등록세 2,938,510원, 지방교육세 541,860원[취득일로부터 3년이 경과되지 아니한 부동산(별지 목록 제23, 24부동산)에 대한 취득세 및 등록세, 납부불성실가산세 3일분 및 별지 목록 제9, 10, 15, 16, 18, 19, 20번 기재 부동산에 대하여 세율을 잘못 적용한 등록세]을 취소하여, 결국 이 사건 종전 처분은 취득세 91,008,700원, 농어촌특별세 7,881,400원, 등록세 42,639,460원, 지방교육세 7,856,580원의 부과처분만이 남게 되었다.

라. 이후 원고는 2009. 3. 23. 피고를 상대로 하여 이 법원 2009구합628호로 위와 같이 감액된 이 사건 종전 처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기하였는데, 위 법원은 2010. 9. 7. 피고가 위 처분 당시 그 과세대상을 제대로 특정하지 아니하였고 근거법률과 과세대상별 과세표준 및 세율 등 세액산출의 근거를 명시하지 아니하는 등 과세부과방식에 위법이 있다는 이유로 위 처분을 취소하는 내용의 원고 승소판결을 선고하였고, 위 판결은 2010. 10. 13. 그대로 확정되었으며, 이에 따라 피고는 2010. 11. 11. 그 납세고지서의 하자를 보완하여 재차 원고에게, 원고가 이 사건 부동산을 취득일 및 등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 당해 교육사업에 직접 사용하지 아니하였다는 사유를 들어

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제107조 단서,

제127조 제1항단서를 각 적용하여 이 사건 부동산에 대하여 취득세 91,017,000원, 농어촌특별세 7,888,590원, 등록세 41,781,980원, 지방교육세 7,699,670원(각 가산세 포함)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증의 1 내지 8, 갑 제3, 4호증, 을 제1 내지5, 7호증, 을 제8호증의 1, 8, 을 제12호증의 1, 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 부동산을 목적사업에 직접 사용하고 있다는 주장

원고는 이 사건 학교를 운영할 목적으로 설립된 학교법인으로서 그 목적을 달성하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하였고, 이 사건 부동산은 모두 학교의 강의실이나 연구실로 사용될 건물이거나 그 건물과 운동장, 주차장 등이 위치한 교지인바,

구 지방세법 시행령(1997. 10. 1. 대통령령 제15489호로 개정되기 전의 것) 제230조단서가 “고유업무에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 때에는 당해 건축물의 부속토지는 이를 고유업무에 직접 사용하는 것으로 본다”고 규정한 취지에 비추어 보면, 학교법인이 당해 교육사업을 위한 건축물을 건축 중인 경우 당해 건축물의 부속 토지는 이를 당해 교육사업에 직접 사용하는 것으로 보아야 할 것인데, 별지 목록 제25부동산(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)은 착공의 단계를 넘어 이미 완공된 데다가, 그 용도는 대학교 건물로 특화되어 신축됨으로써 다른 용도로 전용될 여지가 전혀 없고, 현재 책상과 의자 등의 집기가 들어가 있으며, 그곳에서 이미 채용된 교수와 직원들이 근무를 하면서 건물의 관리, 청소 이외에 학교로서 교무행정활동을 하고 있으므로, 비록 원고가 아직

교육인적자원부장관으로부터 대학설립인가를 받지 못하였다고 하더라도

교육인적자원부장관에 대하여 지속적으로 대학설립인가신청을 하는 등 학생모집과 개교를 위하여 노력하고 있는 중이므로, 이 사건 부동산은 전형적인 학교 건물 및 교지로서 이미 원고 법인의 교육사업을 위하여 직접 사용되고 있다고 보아야 한다.

2) 이 사건 부동산을 취득 및 등기일로부터 3년 내에 목적사업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다는 주장

원고는 이 사건 부동산에 대한 각 과세요건의 완성 당시, 즉 이 사건 부동산에 관한 각각의 취득 및 등기일로부터 각 3년의 유예기간이 경과한 시점을 기준으로 보았을 때, 당시까지 별지 목록 제1 내지 24부동산을 순차로 구입하고 이 사건 건물을 준공하였으며 교수와 직원을 채용하여 학교 설립에 필요한 인적ㆍ물적 시설을 갖추어

교육인적자원부장관에게 수차례 대학설립인가신청을 하는 등 개교를 위한 진지한 노력을 다하였으나, 대학 설립에 관한 국가 정책이 변경되는 등 사회적ㆍ교육적 환경의 변화로 인하여 대학설립인가를 받지 못하고 있었던 것일 뿐이고, 이에 더하여 원고가 비영리 학교법인인 점, 대학설립을 위한 학교 건물의 신축과 교구, 운동장 등의 부속시설을 갖추기 위하여 일반적으로 소요되는 기간, 원고는 현재

교육인적자원부장관의 대학설립인가 이외에는 학교로서의 실체를 모두 갖추었고 그간 이 사건 부동산을 일부라도 타에 매각하거나 임대하여 부당한 목적으로 사용한 사실이 없는 점, 그간

교육인적자원부장관이 원고에게 내세웠던 거부사유들은 형식적인 것들에 불과하여 근시일내에 대학설립인가가 이루어질 것으로 예상되는 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 부동산을 취득 및 등기일로부터 3년 이내에 당해 교육사업에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보아야 한다.

3) 일부 과세표준 산정에 오류가 있다는 주장

① 이 사건 건물의 취득가액은 3,252,500,000원이 아니라 소외

평화종합건설 주식회사가 원고를 상대로 제기하였던 공사대금청구소송에서의 확정판결에 따라 미시공, 부실시공 부분에 상당하는 공사금액(미시공 부분: 671,630,777원, 부실시공 부분: 9,569,000원)이 공제된 2,571,300,223원으로 보아야 하고, ② 별지 목록 제11부동산은 그 취득가액이 8,120,700원임에도 불구하고, 피고는 이를 8,127,000원으로 잘못 계산하였는바, 위 각 부동산에 대한 과세표준의 산정이 잘못되었다.

4) 등록세 세율 적용상의 위법이 있다는 주장

지방세법이 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정됨에 따라 종전에 부동산 가액의 3%였던 비농지의 등록세율이 2%로 낮추어졌는바(

지방세법 제131조 제1항 제3호), 이 사건 부동산 중에서 위 개정법이 시행된 2005. 1. 5. 이후에 과세요건이 완성되는 비농지인 토지, 즉 별지 목록 제7, 12, 13, 14, 17, 21, 23, 24부동산에 대하여는 위 개정법에 따라 2%의 등록세율을 적용하여야 함에도, 피고는 종전의 3%의 등록세율을 잘못 적용한 위법이 있다.

5) 납부불성실 가산세를 잘못 적용한 위법이 있다는 주장

2003. 12. 30. 법률 제7013호로 개정된 지방세법이 시행된 2004. 1. 1. 이전에는 지방세법상 납부불성실가산세라는 제도가 없었고 위 개정법에 의하여 비로소 신설되었는데, 위 개정법은 경과규정(부칙 제4조)에서 취득세의 경우만 개정 규정상의 가산세를 산출세액 또는 그 부족세액의 20% 한도 내에서 부과하도록 하는 규정을 두는 한편, 일반적 경과조치(부칙 제9조)로서 종전의 규정에 의하여 감면하였던 지방세에 관하여는 종전 규정에 의하도록 명문의 규정을 두었으므로, 이 사건 부동산 중 2003. 12. 31.까지 취득 및 등기된 부동산에 관하여는 취득세에 대한 총 가산세는 취득세액의 20%를 초과할 수 없고, 등록세, 지방교육세에 관하여는 아예 납부불성실가산세를 부과할 수 없음에도 피고는 이를 위반하였다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 부동산을 목적사업에 직접 사용하고 있다는 주장에 대하여

가)

구 지방세법 제107조 제1호와

제127조 제1항 제1호는 ‘제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 그 등기’에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 단지 사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 것까지 포함한다고 볼 수는 없으며, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이다(

대법원 2005. 12. 23. 선고 2004다58901 판결,

대법원 2002. 10. 11. 선고 2002두6491 판결 등).

한편,

구 지방세법 제107조 및

제127조 제1항에서 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 경우 그 취득 부동산에 대한 취득세와 등록세를 면제하면서도 그 단서에서 감면된 취득세와 등록세를 다시 과세할 수 있는 규정을 둔 취지, 건축물의 건축공사는 원칙적으로 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 점, 1997. 10. 1. 개정 전·후의

구 지방세법 제230조의 문언의 내용과 그 개정 경과 등에 비추어 볼 때,

구 지방세법 제5장 중 취득세와 등록세의 감면규정과 관련하여 개정 전 구 지방세법 시행령(1997. 10. 1. 대통령령 제15849호로 개정되기 전의 것) 제230조와 같은 규정이 없는 개정 후 구 지방세법 시행령(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 일부 개정되기 전의 것) 아래에서는, 토지를 취득하여 당해 사업에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 그 토지를 당해 사업에 직접 사용한 것이라고 볼 수 없다(

대법원 2009. 3. 12. 선고 2006두11781 판결)1)1) 이 점에서 원고가

구 지방세법 시행령(1997. 10. 1. 대통령령 제15849호로 개정되기 전의 것) 제230조 규정을 들어 학교법인이 당해 교육사업을 위한 건축물을 건축 중인 경우 당해 건축물의 부속 토지는 이를 당해 교육사업에 직접 사용하는 것으로 보아야 한다는 주장은 그 적용법령을 착오한 데에서 비롯된 주장으로 받아들일 수 없고, 원고가 들고 있는 대법원 1992. 6. 23. 선고 91누13281 판결 역시 위 개정 전의 시행령이 적용된 사안에 관한 것이므로 개정된 시행령이 적용되어야 할 이 사안에 그대로 인용할 수 없다.

.

나) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 원고는

교육인적자원부장관으로부터 대학설립인가를 받아 이 사건 학교를 설립·운영할 목적으로 별지 목록 제1 내지 24부동산을 취득하고 그 일부를 비롯한 전주시 완산구

삼천동3가 산128 외 34필지 지상에 교사(校舍)로 사용될 이 사건 건물을 신축하였으나 현재까지 대학설립인가를 받지 못하여 실제 학생을 모집·교육하는 등으로 학교를 운영하지는 못하고 있는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는바, 이에 의하면, 원고의 이 사건 부동산의 보유는 학술을 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 경우에 해당할 뿐이고 현실적으로 그 사업에 직접 사용되고 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다고 할 것이므로(

대법원 2002. 10. 11. 선고 2002두6491 판결 참조), 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 부동산을 취득 및 등기일로부터 3년 이내에 목적사업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다는 주장에 대하여

가)

구 지방세법 제107조 및 제127조 제1항은 취득 또는 등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 취득세 및 등록세를 부과하도록 하고 있다. 위 각 규정에서 말하는 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세 및 등록세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청에게 귀책될 사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(

대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두229 판결,

대법원 2001. 4. 10. 선고 99두9780 판결 등 참조).

한편,

구 지방세법 제107조 및 제127조 제1항에 따라 면제된 취득세와 등록세를 다시 부과하기 위한 과세요건에는 해당 부동산의 취득 외에 유예기간 3년의 경과도 포함되는 것인바, 해당 법인이 부동산의 취득일로부터 3년의 유예기간이 경과한 날을 기준으로 그 유예기간 내에 목적사업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 인정되는 경우라면 이에 대하여는 더 이상 취득세 및 등록세를 과세할 수 없다고 봄이 상당하다(

대법원 2009. 3. 12. 선고 2006두11781 판결 참조).

나) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 갑 제5호증의 1 내지 15, 갑 제6호증의 1 내지 5, 갑 제10 내지 18, 22호증, 갑 제23호증의 1 내지 13, 갑 제25 내지 28호증, 을 제1, 4, 9, 10, 11호증, 을 제12호증의 3의 각 기재와 영상 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

⑴ 원고는 1997. 12. 3. 전주시로부터 전주시 완산구

삼천동3가 산128 등의 토지상에 이 사건 학교의 교사로 사용될 이 사건 건물을 건축하기 위한 건축허가를 받았고, 소외

평화종합건설 주식회사와 사이에 공사대금을 31억 3,000만 원(부가가치세 별도)으로 하는 도급계약을 체결하여 1997. 12. 30. 이 사건 건물의 신축공사에 착공하였으며, 2003. 6. 16. 그 사용승인을 받아 같은 달 21. 이 사건 건물에 대한 소유권보존등기를 마쳤다.

⑵ 원고는 이 사건 학교 시설공사에 관하여

구 도시계획법(2002. 2. 4. 법률 제6655호로 폐지되기 전의 것) 제61조에 따라 도시계획시설사업 실시계획의 인가(2001. 6. 29. 전주시 고시 제2001-39호)를 받았고, 2001. 1. 3.경부터 2004. 3. 23.경까지 총 3억 3,000여만 원을 투입하여 이 사건 건물의 부지 또는 학교의 운동장이나 주차장 부지로 이용할 목적으로 별지 목록 제1 내지 24부동산을 매매 또는 토지수용을 통하여 취득하였으며, 종래 지목이 ‘전’, ‘임야’ 등이었던 일부 토지들에 대하여는 그 지목을 ‘학교용지’로 변경하는 지목변경절차를 거쳤다. 또한 그 밖에 학교운영에 필요한 시설과 집기, 도서, 사무용품 등을 마련하고, 교수와 직원 총 23명을 채용하였다.

⑶ 한편, 위

평화종합건설 주식회사는 1999. 12. 1.경 원고를 상대로 하여 이 법원 99가합7304호로 이 사건 건물 신축공사 잔대금 1,738,000,000원의 지급을 구하는 소를 제기하였는데, 제1심에서는 원고가 위

평화종합건설 주식회사에 공사잔대금으로 1,558,000,000원 및 이에 대한 지연손해금을 지급하는 내용의 판결이 내려졌으나, 이에 원고가 항소한 결과, 항소심(광주고등법원 2001나6175호)에서는 원고가 위

평화종합건설 주식회사에 공사잔대금으로 25,628,023원 및 이에 대한 지연손해금을 지급하라는 내용의 판결을 선고하였고, 이에 대한 상고가 기각되어 2002. 12. 26. 위 항소심 판결이 그대로 확정되었다.

⑷ 원고는 2003. 6. 25.

교육인적자원부장관에게 2004. 3. 개교를 목표로 한 대학설립인가신청을 하였는데,

교육인적자원부장관은 2003. 7. 4. 원고의 교육용 기본재산(교지 3필지) 및 수익용 기본재산(오피스텔)에 가압류가 설정(각 청구채권금액 1억 7,500만 원 및 390만 2,000원)되어 있다는 이유로 원고의 신청을 반려하였다.

⑸ 이후 원고는 2004. 6. 20. 재차

교육인적자원부장관에게 2005. 3. 개교를 목표로 한 대학설립인가신청을 하였는데,

교육인적자원부장관은 2004. 10. 29. 교사건축 공사대금 미지급에 따른 민원이 제기되어 있다는 이유로 원고의 신청을 반려하였다.

⑹ 한편, 2004년경 대학의 남설과 출산율 저하에 따른 학생수의 감소로 인하여 지방대학의 경우 정원 미달로 인한 공동화 현상이 가속되는 등의 사회문제가 대두되고, 이것이 종래 일정한 요건을 충족하면 특성화된 다양한 대학을 자유롭게 설립할 수 있도록 하는 준칙주의의 형태로 운영되어 오던 대학설립인가 방식의 폐단으로 지적되자, 정부에서는 “

교육인적자원부장관은 대학을 설립·경영하고자 하는 자(이하 "설립주체"라 한다)가 다음 각호의 기준을 갖추어 대학설립의 인가(국립대학의 경우에는 개교조치를 말한다. 이하 같다)를 신청한 때에는 제3조의 규정에 의한 대학설립심사위원회의 심의를 거쳐 이를 인가한다”고 규정하고 있던 대학설립·운영규정 제2조 제1항을 2004. 3. 5. “대학을 설립하고자 하는 자(이하 "설립주체"라 한다)는 다음 각호의 기준을 갖추어

교육인적자원부장관에게 대학설립의 인가(국립대학의 경우에는 개교조치를 말한다. 이하 같다)를 신청하여야 한다”는 내용으로 개정2)2) 위 규정의 개정이유에는 “

교육인적자원부장관은 대학의 설립인가를 받고자 하는 자가 대학설립인가를 신청할 때에 제출한 대학 설립의 목적, 학칙 및 실험실습설비 등에 관한 사항을 대학설립심사위원회에 심의하도록 함으로써 동위원회가 학교설립인가에 대한 실질적인 심의를 할 수 있도록 하는 한편, (중략)...하는 등 현행규정의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선·보완하려는 것임”이라고 되어 있다.

하였고, 이에 따라

교육인적자원부장관은 대학경쟁력을 강화한다는 방침 아래, 기존 모든 대학에 대한 일반지원 방식을 폐지하고 선택적으로 재정지원을 하며, 경쟁력이 없는 한계·부실법인을 강제해산시키고, 대학 간의 통합 및 학생정원 감축을 유도(특별 재정지원)하며 대학신설시의 설립 요건을 강화(인가기준에 기존의 교지, 교사, 수익용 기본재산 등 정량적 지표 외에 설립자의 육영의지, 교육과정, 학교운영 능력 등 정성적 요소 반영을 대폭 강화)하는 등의 정책을 시행하였다.

⑺ 원고는 2005. 6. 20. 다시

교육인적자원부장관에게 2006. 3. 개교를 목표로 한 대학설립인가신청을 하였는데,

교육인적자원부장관은 2005. 8. 31. 원고가 ‘입학생 격감 등 사회적 교육여건의 변화에 따른 대학 구조개혁에 적극 동참한다는 취지에서 대학설립인가신청을 1년간 유보한다’는 의사를 피력하였다는 이유를 들어 원고의 신청을 반려하였다.

⑻ 한편, 원고는 위와 같이 이 사건 학교의 설림인가가 어렵게 되자, 2005. 6. 8.

교육인적자원부장관에게 ‘학교법인’을 ‘재단법인(장학법인)’으로 전환키 위한 조직변경 인가신청서를 제출하였는데,

교육인적자원부장관은 2006. 6. 15. 사립학교법 제2조 제2항에 따라 위와 같은 전환·변경은 불가능하다는 회신을 하였다.

⑼ 이후 원고는 2007. 2. 20.

교육인적자원부장관에게 2008. 3. 개교를 목표로 한 대학설립인가신청을 하였는데,

교육인적자원부장관은 2007. 8. 24.경 원고의 수익용 기본재산이 기준에 미달하고 대학헌장이 미흡하며, 학교(학과)신설의 타당성과 교육과정 편성운영계획이 미흡하고, 개교준비가 미흡하다는 등의 사유를 들어 원고의 신청을 반려하였다.

다) 위 인정사실에다가 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음의 사정들, 즉 ① 원고는 설립 직후부터 이 사건 학교를 설립하기 위한 학교부지를 순차적으로 취득하고 이 사건 건물을 신축하였으며, 기타 학교 운영에 필요한 시설과 집기 등을 마련하고 교수와 직원 총 23명을 채용하는 등 그 목적사업을 달성하기 위한 물적·인적 자원을 꾸준히 구축해왔던 점, ② 원고가 2003년 및 2004년 두 차례에 걸쳐 대학설립인가를 받지 못한 것은 소외

평화종합건설 주식회사가 원고에 대한 공사대금채권을 주장하면서 원고의 재산에 가압류를 하거나

교육인적자원부장관에게 민원을 제기하였기 때문인 것으로 보이나, 원고가 위 회사에 지급하지 아니한 공사잔대금은 25,628,023원 정도에 불과하였던 점, ③ 2004년경 대학의 남설, 입학생 격감 등의 문제가 대두되고 이에 따라 정부의 대학설립인가 관련 정책이 변경되어 그 무렵부터

교육인적자원부장관은 대학신설시의 설립 요건을 기존의 교지, 교사, 수익용 기본재산 등 정량적 지표 외에 설립자의 육영의지, 교육과정, 학교운영 능력 등 정성적 요소를 반영하는 것으로 대폭 강화하는 등 간접적으로 대학의 신설을 억제하는 방침을 세워 시행하고 있었는바, 이에 따라 원고는 2005년 대학설립인가신청을 스스로 철회하였던 것으로 보이는 점, ④ 이후 원고는 2007년 대학설립인가신청에 대하여도 반려처분을 받았는바,

교육인적자원부장관이 들고 있는 사유는 대학헌장이 미흡하며, 학교(학과)신설의 타당성과 교육과정 편성운영계획이 미흡하고, 개교준비가 미흡하다는 등의 정성적 요소가 대부분인 점, ⑤ 원고는 2007년까지 지속적으로

교육인적자원부장관에게 이 사건 학교에 대한 대학설립인가를 신청하여 왔고, 이 사건 부동산을 일부라도 타에 매각하거나 임대하여 부당한 목적으로 사용한 사실이 없는 점 등을 종합하면, 원고로서는 이 사건 부동산의 취득 및 등기 이후부터 그에 대한 3년의 유예기간이 지나 각 과세요건이 최종적으로 완성될 무렵인 2007. 3. 23.경까지 꾸준히 이 사건 부동산을 목적사업에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다 하였음에도 위

평화종합건설 주식회사와의 분쟁 및 교육여건의 변화와 이에 따른

교육인적자원부장관의 정책변경 등으로 인하여 이 사건 학교의 대학설립인가가 지연됨에 따라 이 사건 부동산을 그 사업목적에 직접 사용하지 못한 것으로 보이고, 따라서 원고가 이 사건 부동산을 취득 및 등기한 날로부터 각 3년의 유예기간 내에 이를 학교사업에 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 있었다고 봄이 상당하다.

라) 따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 대하여 살펴볼 필요 없이 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.