이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에관한특례법 제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2010. 12. 16. 선고 2010누12059 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

① 원고는 1999. 5. 19. 본점을 파주시 아동동 346-1이하 '파주사무소'라 한다)(로 하여 설립등기를 마친 법인이다.

② 원고는 2003. 10. 16. 서울 은평구 대조동 197-1 대지 1,227.1㎡ 지상 건축물 4,631.04㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 신축하여 취득하였고, 2003. 11. 14. 피고에게 이 사건 부동산에 관하여 취득 신고가액 6,291,388,867원으로 하고 여기에 일반세율(0.8%)을 적용한 등록세 60,397,330원을 세액으로 신고하였으며, 2003. 12. 15. 위 등록세를 납부한 후 이 사건 부동산에 관하여 원고 앞으로 소유권보존등기(이하 ‘이 사건 등기’라 한다)를 마쳤다.

③ 피고는 2008. 10. 13. 원고에게 ‘이 사건 등기는 구 「지방세법」제138조 제1항 제3호에 따라 등록세 중과대상이므로 원고가 중과세율을 적용하여 등록세를 신고하여야 함에도 이를 이행하지 않았다’는 이유로 등록세(가산세 포함) 120,794,660원과 지방교육세 22,145,680원을 추가로 부과하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

④ 원고는 2009. 1. 6. 조세심판원에 이 사건 부과처분에 대한 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2009. 9. 24. 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없음, 갑 제1, 2, 3호증, 갑 제4호증의 1 내지 4, 갑 제7호증의 1, 2, 을 제1 내지 3호증, 을 제5호증의 1, 2, 을 제6, 8, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 파주사무소를 본점으로 하여 법인 설립등기를 하였을 뿐 대도시인 서울내에 본점을 설립하지 않았고, 법인 설립 이후 현재까지 계속하여 파주사무소에 본점을 유지하고 있을 뿐 대도시인 서울내로 본점을 전입한 바도 없다. 따라서 이 사건 부동산에 대한 등기가 등록세 중과대상임을 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

① 유상식은 1991년경부터 1999. 5.경까지 개인 사업체인 ‘ 효자종합건설’이라는 상호로 건설업을 영위하였고, 1999. 1.부터 4.까지 서울특별시 서대문구에 주민세, 사업소세를 납부하였는데, 그 무렵 효자종합건설의 본점소재인인 고양시 주교동 601-4 소재 사무소에는 직원 20명 정도를 두어 현장관리 업무를 처리하게 하였고, 위 효자종합건설의 전반적인 주업무를 서울 서대문구 홍제동 299-5 소재 사무소(이하 ‘홍제동 사무소’라 한다)에 직원 70여 명을 두어 처리하게 하였다.

② 원고의 설립 발기인인 유상식, 유지양 등(이하 설립 발기인을 총칭하여 ‘유상식 등’이라 한다)은 1999. 5. 19. 위 홍제동 사무소의 건물 등을 현물출자하고 사업목적을 토목 및 건축공사업, 조경공사업, 주택건설업 등으로, 본점을 파주사무소로 각 정하여 설립등기를 함으로써 원고 법인을 설립하였다. 그런데, 원고는 설립 당시부터 파주사무소에는 기술 인원 10~20명을 두어 현장관리나 현장하자보수 등 현장 관련 업무를 처리하도록 한 반면 홍제동 사무소에는 대표이사를 비롯한 70명 내외의 임직원이 근무하면서 경리, 총무, 토목, 견적 등 원고의 전반적인 업무를 처리하도록 하였다.

③ 원고는 1999. 6.경부터 2003. 12. 말경까지 서울특별시 서대문구에는 홍제동 사무소를 납세지로 하여 근로소득세에 대한 주민세 특별징수 총 51건에 15,567,720원을, 파주시에는 주민세 특별징수 총 65건에 3,818,620원을 각 신고·납부하였고, 법인세와 부가가치세를 본점 관할 세무서인 파주세무서에 납부하였다. 그런데 원고는 2003. 10. 10. 피고에게 2003년 9월분 급여 및 상여금에 대한 갑종근로소득세에 따른 주민세를 납부하면서 명세서에 홍제동 사무소에 대표이사 및 비서실, 임원실, 총무부, 경리부, 토목부, 자재부, 기획관리부 등을 두고 대표이사를 비롯한 임직원 58명이 근무하고 있는 것으로 기재하여 제출하였다.

④ 원고는 2005. 2. 24. 사업목적에 부동산 임대업을 추가하고 2005. 5. 18. 이 사건 부동산 소재지를 사업장 소재지로 하여 부동산 임대 사업자등록(등록번호 ***-**-*****)을, 2006. 11. 29. 홍제동 사무소를 사업장 소재지로 하여 부동산 임대 사업자등록(등록번호 ***-**-*****)을 하였다.

[인정 근거] 갑 제1, 5호증, 갑 제8, 9, 10호증의 각 1, 2, 3, 을 제1, 2, 3호증, 을 제5호증의 1, 2, 을 제6 내지 9호증의 각 기재, 당심 증인 이세근의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 지방세법의 입법 취지는 대도시의 인구팽창의 억제, 환경의 순화보존 및 지역 간의 균형적 발전 등을 도모하기 위한 것이므로, 이러한 입법 취지에 비추어 볼 때, 등록세 중과세 대상이 되는 대도시 내로의 법인의 본점 전입 이후의 부동산등기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 법인이 그 이후에 취득한 부동산등기도 포함한다고 할 것이다( 대법원 2006. 6. 15. 선고 2006두2503 판결 참조).

관계 법령과 위 인정사실 그리고 위 법리에 의하여 알 수 있는 다음 각 이유 등을 종합하여 보면, 원고는 늦어도 이 사건 부동산을 취득하기 전달인 2003. 9.경 이전에 사실상의 본점이 대도시인 서울내에 설립되어 있었거나 대도시인 서울내로 전입되어 있었다고 봄이 상당하므로, 이 사건 등기는 등록세 중과대상에 해당된다고 할 것이다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

① 원고가 이 사건 부동산을 취득하고 이 사건 등기를 경료하기 전에 이미 원고의 전반적인 업무를 처리하는 데 필요한 인적·물적 설비를 홍제동 사무소에만 갖추고 파주사무소에는 갖추지 않았을 뿐만 아니라, 실제로 원고의 전반적인 업무가 홍제동 사무소에서 처리되고 파주사무소에서는 현장 기술 인력에 의한 현장 업무만이 처리된 점 등에 비추어 볼 때 원고는 이 사건 부동산을 취득하고 이 사건 등기를 경료하기 전에 이미 본점을 홍제동 사무소에 두고 있었다고 볼 것이다.

그리고 원고가 법인세와 부가가치세를 법인등기상의 본점인 파주사무소를 관할하는 파주세무서에 납부하였다고 하더라도, 법인세와 부가가치세는 국세로서 등기부상 본점인 실질적인지 그렇지 않고 형식적 내지 명목상에 불과한지가 문제되지 않는다는 점 등에 비추어 볼 때 위와 같은 사정만으로 위와 달리 볼 것은 아니다.

② 아래 각 이유를 종합하여 볼 때 원고는 파주사무소를 본점으로 한 설립등기가 마쳐짐으로써 설립됨과 동시에 본점을 파주사무소에서 홍제동 사무소로 이전하였다고 봄이 상당하고, 다만 파주사무소는 형식상으로 유지되고 있다고 할 것이다.

㉠ 본점의 대도시내로의 전입에는 본점의 대도시내로의 사실상 이전으로 충분하고 본점 변경등기가 요구되지 않으며, 본점의 위와 같은 사실상 이전을 위해 반드시 종전 본점의 물적 설비가 새로운 본점으로 옮겨져야 할 필요는 없다.

㉡ 유상식 등은 원고 설립등기 당시부터 홍제동 사무소에서 원고의 전반적인 업무를 처리하고 파주사무소에서는 현장 업무만을 처리하도록 할 계획 내지 의도이었고, 그러한 계획 내지 의도에 따라 홍제동 사무소와 파주사무소의 각 인적·물적 설비를 다르게 구비하였다.

㉢ 유상식 등은 위와 같이 당초부터 파주사무소가 원고 본점으로서의 기능을 수행하지 않을 것임을 예정하고 있었음에도 법인설립 등기 당시 파주사무소를 본점으로 등기하였다. 그런데 주식회사 설립요건인 ‘본점의 등기’에 있어서 본점이 반드시 본점으로서의 실질을 갖출 것이 요구된다고 볼 것은 아니다.

㉣ 등기상의 본점과 사실상의 본점으로 기능하고 있는 것 사이에 불일치가 있는 경우에는 본점이 후자로 이전되었다고 볼 것이고, 이러한 법리는 법인 설립 당시부터 상이한 경우에도 마찬가지라 할 것이다.

③ 원고는, 원고가 설립되기 전에 설치·운영되던 효자종합건설의 홍제동 사무소를 그대로 자신의 사실상의 본점으로 계속하여 사용하였으므로 법인설립 이전부터 홍제동 사무소를 동일한 형태로 유지하여 왔다고 할 것이고 따라서 본점의 이전 내지 전입이라는 것이 있을 수 없다고 주장하지만, 아래 각 이유에 비추어 볼 때 원고는 법인설립 이후에 비로소 홍제동 사무소를 새롭게 자신의 사실상의 본점으로 사용하기 시작하였다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

㉠ 원고는 법인설립등기에 의해 비로소 설립되는 법인이므로 그 설립 이전에 홍제동 사무소를 운영하였다는 것은 가능하지 않다.

㉡ 효자종합건설은 법인이 아니어서 대도시인 서울내에서 부동산등기를 하더라도 구 「지방세법」제138조 제1항 소정의 중과세 부과대상에 해당할 여지가 없는 반면, 원고는 법인이어서 위 중과세 부과대상에 해당할 수 있어 효자종합건설과 원고는 서로 다르게 보아야 하고, 따라서 효자종합건설이 홍제동 사무소를 운영한 것을 원고가 운영한 것으로 볼 수 없다.

㉢ 법인인 원고가 등기부상의 본점을 대도시밖에 두면서 사실상의 본점을 대도시내에 두는 것은 등록세 중과제도의 입법취지인 대도시의 인구팽창의 억제, 지역 간의 균형적 발전 등 측면에서 볼 때 등록세 중과대상으로 하여 억제할 필요성이 있음을 부인할 수 없다. 이러한 점은 원고가 그 설립 이전에 이미 설치 운영되던 효자종합건설의 홍제동 사무소를 법인설립 후에 계속하여 자신의 사실상의 본점으로 사용하였다고 하더라도 마찬가지라 할 것이다.

마. 소결

따라서 이 사건 등기가 등록세 중과대상에 해당됨을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2010. 4. 1. 선고 2009구합56082 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는, 유상식이 1991.경부터 서울 서대문구 홍제동 299-5(이하 ‘서울사무소’라 한다)에서 효자종합건설이라는 상호로 건설업을 영위하다가 1999. 5. 19. 서울사무소의 건물 등을 현물출자하여 설립된 법인으로서, ‘파주시 아동동 346-1(이하 ’파주사무소‘라 한다)을 본점소재지로 하여 설립등기를 마쳤다.

나. 원고는 2003. 11. 14. 피고에게 서울 은평구 대조동 197-1에 있는 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)에 대하여 취득 신고가액 6,291,388,867원으로 하고 여기에 일반세율(0.8%)을 적용한 등록세 60,397,330원을 세액으로 신고하고, 2003. 12. 15. 이를 납부한 후 이 사건 부동산에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다.

다. 피고는 2008. 10. 13. 원고에 대하여 이 사건 부동산에 대한 등기는 구 「지방세법」제138조 제1항 제3호에 따른 등록세 중과대상에 해당하므로 원고는 중과세율로 등록세를 신고하였어야 함에도 불구하고 이를 이행하지 않았다는 이유로, 등록세(가산세 포함) 120,794,660원 및 지방교육세 22,145,680원을 추가로 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

라. 원고는 2009. 1. 6. 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2009. 9. 24. 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거: 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1, 2, 3, 5, 7, 8호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는, 파주시를 본점소재지로 하여 법인 설립등기를 하였으므로 대도시인 서울특별시 내에서 법인 설립을 한 것이 아니고, 법인 설립 후 현재까지 계속하여 파주사무소에 본점을 유지하고 있을 뿐 대도시인 서울로 본점을 전입한 바도 없으며, 등록세 중과의 입법취지에 반하는 것도 아니므로, 이 사건 부동산에 대한 등기가 등록세 중과대상임을 전제로 한 피고의 이 사건 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 지방세법의 입법 취지는 대도시의 인구팽창의 억제, 환경의 순화보존 및 지역 간의 균형적 발전 등을 도모하기 위한 것이므로, 이러한 입법 취지에 비추어 볼 때, 등록세 중과세 대상이 되는 대도시 내로의 법인의 본점 전입 이 후의 부동산등기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 법인이 그 이후에 취득한 부동산등기도 포함한다고 할 것이다( 대법원 2006. 6. 15. 선고 2006두2503 판결 참조).

앞서 든 증거들 및 을 제4호증의 기재, 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 2003. 9.경 서울사무소에 대표이사 및 비서실, 임원실, 총무부, 경리부, 토목부, 자재부, 기획관리부 등을 두고 대표이사를 비롯한 임직원 58명이 근무하면서 회사영업의 전체적인 운영을 하고 있었던 사실, 원고는 1999. 6.경부터 이 사건 부동산을 취득할 무렵인 2003. 12. 말경까지 서울 서대문구에는 서울사무소를 납세지로 하여 근로소득세에 대한 주민세 특별징수 총 51건에 15,567,720원을 신고한 반면에 같은 기간 동안 파주시에는 주민세 특별징수 총 65건에 3,818,620원을 신고한 사실, 원고는 2005. 2. 24. 그 사업목적에 부동산 임대업을 추가하고 2005. 5. 18. 이 사건 부동산 소재지를 사업장 소재지로 하여 부동산 임대 사업자등록(등록번호 ***-**-*****)을, 2006. 11. 29. 서울사무소를 사업장 소재지로 하여 부동산 임대 사업자등록(등록번호 ***-**-*****)을 각 한 사실을 인정할 수 있는바, 이러한 사실관계에 비추어 보면, 원고는 늦어도 2003. 9.경에는 대도시인 서울 내에 사실상 본점이 설립되어 있었거나 대도시인 서울 내로 전입되어 있었다고 봄이 상당하므로 원고의 이 사건 부동산에 대한 등기는 등록세 중과대상에 해당된다고 할 것이다.

따라서, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 부과처분은 적법하고, 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【조심2009지0080, 2009. 9. 24.】

【주문】 기각

심판청구를 기각한다.

【이유】

1. 처분 개요

가. 1999.5.19. OOO(이하 "법인등기부상 본점 소재지"라 한다)을 본점 소재지로 하여 설립등기절차를 완료한 청구법인은 2003.10.16 OOO상에 건축물 4,631.04㎡(지하 2층ㆍ지상 7층 근린생활시설-옥탑면적 100.41㎡ 제외, 이하 "이 사건 부동산"이라 한다)를 신축 취득한 후 2003.11.14 그 취득가액 6,291,388,867원을 과세표준으로 하고 구 「지방세법」(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 등 60,397,330원을 신고하고 2003.12.15. 이를 납부하였다.

나. 그 후 처분청은 세무조사 결과 청구법인이 설립 당시부터 OOO(이하 "쟁점 소재지"라 한다)에 사실상 본점(대표이사, 경리, 총무, 기획 등)을 두고 사업을 영위하고 있으므로 이 사건 부동산의 등기는 사실상 대도시내 본점 전입 이후 5년 이내에 이루어진 부동산등기에 해당된다고 보아 그 취득가액을 과세표준으로 하고 구 「지방세법」제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 120,794,660원, 지방교육세 22,145,680원, 합계 142,940,340원(가산세 포함)을 2008.10.13. 청구법인에게 부과고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.1.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 1999년 개인기업인 효자종합건설이 쟁점 소재지상의 건축물 등을 현물출자하여 법인으로 전환하면서 1999.5.19. 법인등기부상 본점 소재지인 경기도 파주시에 본점을 두고 설립등기절차를 마친 후 현재까지도 여기에 본점을 두고 사업을 영위하고 있을 뿐더러 구 「지방세법 시행규칙」(2003.12.31. 행정자치부령 제213호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조의2에서 정하고 있는 지점으로서의 요건과 동일한 쟁점 소재지에서의 본점설립등기와 사업자등록을 하지 아니하였으므로 그 형식적 요건을 충족하지 못하였다 하겠고,

또한, 처분청은 쟁점 소재지에 있는 청구법인의 사업장이 법인등기부상 본점 소재지에 비하여 더 넓고 근무인원수도 많다는 점을 들어 청구법인의 본점이 쟁점 소재지로 사실상 전입되었다고 판단하고 있으나, 대도시내에서의 사업활동이 더 활발하다는 이유만으로 본점이 사실상 대도시내로 전입되었다고 단정지을 수는 없다 할 것이며,

설사 청구법인이 설립 당시부터 쟁점 소재지에서 사실상 본점 활동을 하였다고 본다 하더라도 종전에 없던 사무실을 새로이 설치한 것이 아니라 개인기업 당시부터 유지되던 사무실을 단지 법인으로 전환하여 사용한 것에 불과하고, 더구나 쟁점 소재지에 근무하는 인원은 해마다 오히려 감소하였으므로(1998년말 177명, 1999년말 173명, 2000년말 177명, 2001년말 169명, 2002년말 161명, 2003년말 167명), 이를 대도시의 인구집중 억제를 위하여 대도시내 법인이 취득하는 부동산취득등기에 대하여 등록세를 중과하는 구 「지방세법」제138조 제1항의 입법취지에 어긋난다고 할 수는 없으므로OOO 이 사건 등록세 등의 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

첫째, 청구법인은 서울특별시내에서 설립등기 및 사업자등록을 하지 아니하였으므로 등록세 중과요건의 하나인 형식적 요건을 충족하지 못한 것으로 보아야 한다고 주장하고 있으나, 구 「지방세법 시행규칙」제55조의2의 규정은 지점에 관한 정의 규정일 뿐 본점에 관한 사항이 아니라 하겠으므로 청구법인은 본점과 지점에 대한 등록세 중과요건을 혼동하고 있는 것이라 하겠고,

한편, 청구법인은 1999.5.19. 설립 당시부터 쟁점 소재지에 대표이사, 총무부, 경리부, 토목부, 자재부, 기획관리부 등을 두고 직원 60여명이 근무하는 등 사실상 법인의 본점업무를 직접 수행한 사실이 제출된 관련 증빙자료에 의하여 확인되고 있는 이상, 청구법인은 대도시 외의 지역에 형식상(공부상) 본점을 두었을 뿐 실질적으로는 대도시내로 본점 전입을 하였다고 봄이 타당하다OOO 하겠으므로, 이 사건 부동산등기는 청구법인이 사실상 대도시내로의 전입일로부터 5년 이내에 이루어진 부동산취득등기에 해당된다 할 것이며,

둘째, 청구법인은 쟁점 소재지 사업장은 청구법인의 전신인 개인기업 효자종합건설을 법인으로 전환하면서 종전 사무실을 그대로 사용한 것에 불과하므로 대도시내 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 입법취지에 어긋난 것은 아니라고 주장하고 있으나, 청구법인이 예시한 대법원 판례는 이미 존재하던 두 법인간의 영업양도ㆍ양수계약에 따라 영업 일부를 양수받은 법인이 기존법인의 지점용 사무실을 분사무소 형태로 유지시킨 경우로서 대도시내에서 법인이 신설된 경우가 아니므로 등록세 중과대상에 해당하지 아니한다고 판시한 것이고,

청구법인의 경우는 종전 개인기업의 사업장이 법인으로 전환되면서 사실상 법인의 본점으로 사용된 경우로 이는 자연인에 비하여 인구와 경제력의 집중효과를 초래하는 법인에 대하여 대도시내에서의 신설을 억제하려는 구 「지방세법」제138조 제1항 제3호의 입법취지에 어긋나 위 사례를 청구법인에게 그대로 적용하기는 어렵다 할 것이며, 더구나 개인기업인 효자종합건설의 현물출자를 통한 청구법인으로의 전환이 구 「지방세법 시행령」(2003.12.30. 대통령령 제18194호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제101조 제1항 제12호에서 정하고 있는 대도시 안에서 사업자등록을 하고 제조업을 영위하던 개인기업이 당해 대도시 안에서 법인으로 전환한 것에 해당된다고 볼 수도 없으므로, 이 사건 부동산의 등기를 등록세 중과대상으로 보아 이 사건 등록세 등을 부과고지한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

법인등기부상 본점 소재지는 대도시 외의 지역이나 사실상 대도시 내에로 본점 전입을 한 것으로 보아 이로부터 5년 이내의 부동산취득등기에 대하여 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부

나. 관련 법령

(1) 구 지방세법

제131조【부동산등기의 세율】① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

4. 소유권의 보존 : 부동산가액의 1,000분의 8

제138조【대도시지역내 법인등기 등의 중과】① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용 부동산에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.

(2) 구 지방세법 시행령

제101조【대도시내 법인중과세의 예외】① 법 제138조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

12. 개인이 영위하던 제조업(「소득세법」제19조 제1항 제4호의 규정에 의한 제조업을 말한다). 다만, 행정자치부령이 정하는 바에 의하여 법인으로 전환하는 기업에 한하되 법인전환에 따라 취득한 부동산의 가액(법 제111조 제2항 각 호의 규정에 의한 시가표준액을 말한다)이 법인전환 전의 부동산가액을 초과하는 경우에 그 초과부분과 법인으로 전환한 날 이후에 취득한 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다.

제102조【대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준】② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점 등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

(3) 구 지방세법 시행규칙

제54조의4【법인전환기업】영 제101조 제1항 제12호에서 "행정자치부령으로 정하는 바에 의하여 법인으로 전환하는 기업"이라 함은 법 제138조 제1항의 규정에 의한 대도시 안에서 「부가가치세법」또는 「소득세법」에 의한 사업자등록을 하고 5년 이상 제조업을 영위한 개인기업이 당해 대도시 안에서 법인으로 전환하는 경우의 당해 기업을 말한다.

제55조의2【사무소 등】영 제102조 제2항 후단에서 "행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장"이라 함은 「법인세법」ㆍ「부가가치세법」또는 「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장(「법인세법」ㆍ「부가가치세법」또는 「소득세법」의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적ㆍ물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조ㆍ가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점 소재지를 사업장 소재지로 하여 개인사업을 영위하던 OOO이 소유하던 부동산OOO을 현물출자를 통하여 전환(설립)된 법인으로, 1999.5.19. 본점 소재지를 법인등기부상 본점 소재지인 OOO로 하고, 목적사업을 토목 및 건축공사업, 조경공사업, 주택건설업, 전기공사업, 소방설비공사업, 조경작물(관상수) 식재업, 환경방지시설 공사업, 운수서비스업(주차장 운영업)으로 하여 설립등기절차를 완료하였다.

(2) 청구법인은 2003.10.16. 이 사건 부동산에 대한 사용승인을 받은 후 2003.12.15. 이 사건 부동산에 대한 소유권보존등기절차를 완료하였다.

(3) 청구법인의 사업자등록 현황을 보면, 2005.5.18.에는 이 사건 부동산 소재지를 사업장 소재지로 하고, 사업의 종류는 부동산 임대로 하여 사업자등록OOO을 하였고, 2006.11.29.에는 쟁점 소재지를 사업장 소재지로 하고, 사업의 종류는 부동산 임대로 하여 사업자등록OOO2을 하였다.

(4) 청구법인이 2003.10.10. 처분청에 2003년 9월분 급여 및 상여금에 대한 갑종근로소득에 따른 주민세(특별징수)를 납부하면서 제출한 명세서에 의하면 청구법인은 서울특별시내인 쟁점 소재지에 대표이사 및 비서실, 임원실, 총무부, 경리부, 토목부, 자재부, 기획관리부 등을 두고 대표이사를 비롯한 임직원 58명이 근무하고 있는 것으로 나타나고 있다.

(5) 청구법인은 이 사건 부동산을 OOO에게 임대하였고, 임차인OOO은 현재까지 이를 스포츠센타로 운영하고 있으며, 처분청이 사실상 본점으로 사용하고 있다고 주장하는 쟁점 소재지 부동산 중 지분 4분의 1을 OOO 등에게 임대하였고, OOO은 현재까지 이를 스포츠센타로 운영하고 있다.

(6) 청구법인은 2003년 8월 "OOO 도로확ㆍ포장공사", 2003년 10월 "OOO 일반폐기물 매립장 조성공사", 2005년 12월 "OOO 도로 확포장공사"와 관련하여 행정기관과 공사도급계약을 체결하면서 그 계약자란 주소를 법인등기부상 본점 소재지로 기재하였고, 2008.3.26.부터 법인등기부상 본점 소재지상의 부동산을 임차하여 사용(임차기간 2008.3.26.～2010.3.26.)하고 있으며, 한편 처분청은 이 사건 등록세 납세고지서를 청구법인에게 발송하면서 그 주소를 법인등기부상 본점 소재지로 하였다.

(7) 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산취득등기에 대하여 등록세를 중과하는 「지방세법」의 입법취지는 대도시의 인구팽창의 억제, 환경의 순화보존 및 지역간의 균형적 발전 등을 도모하기 위함에 있으므로 이러한 입법취지에 비추어 볼 때,

구 「지방세법」제138조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제102조 제2항에 의하여 등록세 중과대상이 되는 대도시 내로의 법인의 본점 전입 이후 부동산취득등기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 법인이 사실상 본점 전입일부터 5년 이내의 부동산취득등기도 포함한다고 보아야 할 것으로,

청구법인은 대도시 외의 지역인 법인등기부상 본점 소재지를 본점으로 하여 법인설립등기절차를 완료하였다고는 하나, 2003.10.10. 처분청에 2003년 9월분 급여 및 상여금에 대한 갑종근로소득에 따른 주민세(특별징수)를 납부하면서 제출한 명세서에서 청구법인은 서울특별시내인 쟁점 소재지에 대표이사 및 비서실, 임원실, 총무부, 경리부, 토목부, 자재부, 기획관리부 등을 두고 대표이사를 비롯한 임직원 58명이 근무하고 있는 것으로 나타나고 있는 것으로 미루어 보면,

청구법인이 설립 당시부터 서울특별시내에서 본점을 설치한 후 사업을 영위하였다고 단정하기에는 무리가 있다 하더라도 적어도 2003년 9월에는 OOO 소재의 본점을 서울특별시내인 쟁점 소재지로 사실상 전입하였다고 봄이 타당하다 하겠고, 더구나 개인기업인 OOO의 현물출자를 통한 청구법인으로의 전환이 구 「지방세법 시행령」제101조 제1항 제12호에서 정하고 있는 대도시 안에서 사업자등록을 하고 제조업을 영위하던 개인기업이 당해 대도시 안에서 법인으로 전환한 것에 해당된다고 볼 수도 없다 하겠으므로, 사실상 서울특별시내에로의 본점 전입일로 볼 수 있는 2003년 9월부터 5년 이내인 2003.12.15. 이루어진 이 사건 부동산취득등기는 등록세 중과대상에 해당된다 할 것이다.

또한, 종전의 회사를 흡수합병하면서 그 지점을 소속만 합병회사의 지점으로 바꾸어 유지ㆍ존속한 것이 구 「지방세법」제138조 제1항 제3호 후단에서 규정하는 대도시 내에서의 지점 설치에 해당된다는 대법원 판례OOO에 비추어 볼 때, 종전에 없던 사무실을 새로이 설치한 것이 아니라 개인기업 당시부터 유지되던 사무실을 단지 법인으로 전환하여 사용한 것에 불과하므로 이 사건 부동산등기가 등록세 중과대상에 해당되지 아니한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

따라서 처분청이 이 사건 등록세 등을 청구법인에게 부과고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 사건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세법」제77조 제5항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.