대도시 내로의 법인의 본점 전입 이 후의 부동산등기에는, 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 법인이 그 이후에 취득한 부동산등기도 포함한다. 따라서 부동산의 본점이 사실상 대도시인 서울내에 설립되어 있었거나 전입되어 있었다고 봄이 상당하므로, 부동산에 대한 등기는 등록세 중과대상에 해당된다.

1. 처분의 경위

가. 원고는, 유상식이 1991.경부터 서울 서대문구

홍제동 299-5(이하 ‘서울사무소’라 한다)에서

효자종합건설이라는 상호로 건설업을 영위하다가 1999. 5. 19. 서울사무소의 건물 등을 현물출자하여 설립된 법인으로서, ‘파주시

아동동 346-1(이하 ’파주사무소‘라 한다)을 본점소재지로 하여 설립등기를 마쳤다.

나. 원고는 2003. 11. 14. 피고에게 서울 은평구

대조동 197-1에 있는 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)에 대하여 취득 신고가액 6,291,388,867원으로 하고 여기에 일반세율(0.8%)을 적용한 등록세 60,397,330원을 세액으로 신고하고, 2003. 12. 15. 이를 납부한 후 이 사건 부동산에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다.

다. 피고는 2008. 10. 13. 원고에 대하여 이 사건 부동산에 대한 등기는

구 지방세법 제138조 제1항 제3호에 따른 등록세 중과대상에 해당하므로 원고는 중과세율로 등록세를 신고하였어야 함에도 불구하고 이를 이행하지 않았다는 이유로, 등록세(가산세 포함) 120,794,660원 및 지방교육세 22,145,680원을 추가로 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

라. 원고는 2009. 1. 6. 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2009. 9. 24. 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거: 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1, 2, 3, 5, 7, 8호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는, 파주시를 본점소재지로 하여 법인 설립등기를 하였으므로 대도시인 서울특별시 내에서 법인 설립을 한 것이 아니고, 법인 설립 후 현재까지 계속하여 파주사무소에 본점을 유지하고 있을 뿐 대도시인 서울로 본점을 전입한 바도 없으며, 등록세 중과의 입법취지에 반하는 것도 아니므로, 이 사건 부동산에 대한 등기가 등록세 중과대상임을 전제로 한 피고의 이 사건 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 지방세법의 입법 취지는 대도시의 인구팽창의 억제, 환경의 순화보존 및 지역 간의 균형적 발전 등을 도모하기 위한 것이므로, 이러한 입법 취지에 비추어 볼 때, 등록세 중과세 대상이 되는 대도시 내로의 법인의 본점 전입 이 후의 부동산등기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 법인이 그 이후에 취득한 부동산등기도 포함한다고 할 것이다(

대법원 2006. 6. 15. 선고 2006두2503 판결 참조).

앞서 든 증거들 및 을 제4호증의 기재, 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 2003. 9.경 서울사무소에 대표이사 및 비서실, 임원실, 총무부, 경리부, 토목부, 자재부, 기획관리부 등을 두고 대표이사를 비롯한 임직원 58명이 근무하면서 회사영업의 전체적인 운영을 하고 있었던 사실, 원고는 1999. 6.경부터 이 사건 부동산을 취득할 무렵인 2003. 12. 말경까지 서울 서대문구에는 서울사무소를 납세지로 하여 근로소득세에 대한 주민세 특별징수 총 51건에 15,567,720원을 신고한 반면에 같은 기간 동안 파주시에는 주민세 특별징수 총 65건에 3,818,620원을 신고한 사실, 원고는 2005. 2. 24. 그 사업목적에 부동산 임대업을 추가하고 2005. 5. 18. 이 사건 부동산 소재지를 사업장 소재지로 하여 부동산 임대 사업자등록(등록번호 ***-**-*****)을, 2006. 11. 29. 서울사무소를 사업장 소재지로 하여 부동산 임대 사업자등록(등록번호 ***-**-*****)을 각 한 사실을 인정할 수 있는바, 이러한 사실관계에 비추어 보면, 원고는 늦어도 2003. 9.경에는 대도시인 서울 내에 사실상 본점이 설립되어 있었거나 대도시인 서울 내로 전입되어 있었다고 봄이 상당하므로 원고의 이 사건 부동산에 대한 등기는 등록세 중과대상에 해당된다고 할 것이다.

따라서, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 부과처분은 적법하고, 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.