상고이유를 판단한다.

구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제131조 제1항은 ‘부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 구분에 따른 세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.’고 규정하면서 제3호에서 소유권의 유상취득의 경우 농지는 부동산가액의 1,000분의 10, 기타 부동산은 부동산가액의 1,000분의 30으로 규정하고 있고, 구 지방세법시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18194호로 개정되기 전의 것) 제89조 제2항은 법 제131조 제1항에서 ‘농지’라 함은 등기 당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 전·답·과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다고 규정하고 있다.

원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채택 증거를 종합하여 00시는 최소한 1998년 이래로 종합토지세 과세대장 등의 과세자료를 전산처리하여 관리하고 있는 사실, 피고는 원고들에게 종합토지세 과세내역서에 근거하여 등록세 및 지방교육세(이하 ‘이 사건 등록세 등’이라 한다)를 부과한 사실, 2003년도 종합토지세 과세내역서에 기재된 이 사건 토지의 공부상 지목은 ‘1(전)’, 현황상 지목은 ‘8(대지)’로 전산자료로 관리하는 종합토지세 과세대장의 기재내용과 동일한 사실을 인정한 다음, 이 사건 처분이 있기 전에 이미 대법원 1997. 3. 25. 선고 96누11549 판결에 의하여 부동산에 관한 등기를 받을 때 등록세율은 종합토지과세대장상 지목인 ‘답’으로 되어 있는 이상 그 사실(현황)상 지목이 잡종지라 하더라도 농지에 대한 세율이 적용되어야 한다는 법리가 명백히 밝혀진 점, 구 지방세법시행령 제89조 제2항이 이 사건 처분 당시에는 2003. 12. 30. 대통령령 제18194호에 의하여 ‘법 제131조 제1항에서 농지라 함은 등기 당시 공부상 지목이 전·답·과수원 또는 목장용지인 토지로서 실제의 토지현상이 농작물의 경작 또는 다년생식물재배지로 이용되는 토지를 말한다’라고 개정되어 있었던 점 등에 비추어 보면 위 시행령 제89조 제2항의 적용에 따른 이 사건 토지의 종합토지세과세대장상의 지목은 사실(현황)상 지목이 아닌 공부상 지목인 농지(전)로 해석함에 다툼의 여지가 없는데도 피고가 위 근거법령을 잘못 해석하여 농지가 아닌 기타 부동산에 대한 등록세율을 적용하여 부과한 이 사건 처분은 그 하자가 중대하고 명백하므로, 이 사건 처분은 당연무효라고 판단하였다.

그러나 원심의 위와 같은 판단은 수긍하기 어렵다.

구 지방세법시행령 제89조 제2항에서 농지의 정의에 관한 규정을 둔 것은 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 당해 등기·등록 이전에 등록세를 납부(구 「지방세법」제150조의2 제1항)하여야 하므로 그 세액을 일정한 기준에 의하여 용이하게 산출할 수 있도록 하여야 한다는 등록세 납부절차상의 특수성과 종합토지세 과세대장이 등기부나 토지대장 등 지적공부보다 토지현황을 더 잘 반영하고 있어 실질과세의 원칙에 부합한다는 점을 고려한 것이다. 따라서 구 지방세법시행령 제89조 제2항에서 말하는 종합토지과세대장상의 지목이란 ‘공부’란 지목이 아니라 ‘현황’란 지목을 의미한다. 원심이 들고 있는 대법원 96누11549 판결 역시 위 법시행령 제89조 제2항에서 말하는 종합토지과세대장상의 지목은 ‘현황’란 지목임을 전제로 한 것이다.

그런데도 원심이 그 판시와 같은 이유로 이 사건 처분이 무효라고 판단한 것은 구 지방세법시행령 제89조 제2항에서 말하는 종합토지과세대장상의 지목에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2011. 1. 12. 선고 2010누23103 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고의 부담으로 한다.

【이유】

1. 처분의 경위

당원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 이유 부분 제1항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

(1) 피고가 원고들에게 한 이 사건 처분은 종합토지세과세대장을 근거로 하지 않은 처분으로서 그 하자가 중대하고 명백하다.

(2) 피고는 원고들이 이 사건 토지를 취득한 당시 이 사건 토지의 이용현황인 ‘농지’를 기준으로 최초 등록세 부과처분을 하였고, 나아가 00시장에게 이 사건 토지의 2004. 10.경부터 2006. 1.경까지 이용실태를 ‘채소 자경’으로 보고한 바 있으며, 00시장도 이 사건 처분 이전인 2007. 10. 1. 원고들의 이 사건 토지 지상 근린생활시설 건축허가신청 당시 이 사건 토지가 농지라는 이유로 농지전용에 따른 농지보전부담금 부과처분을 하였으므로, 이 사건 토지의 종합토지세 과세대장상 지목인 ‘대지’를 기준으로 부과한 이 사건 처분은 신의칙 내지 신뢰보호의 원칙에 반한다.

나. 관계법령

구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것)

제131조 (부동산등기의 세율)

① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납 부하여야 한다.

1. 상속으로 인한 소유권의 취득

2. 제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(1) 농 지 : 부동산가액의 1,000분의 10

(2) 기타 : 부동산가액의 1,000분의 30

제234조의25 (과세대장 비치)

시장·군수는 종합토지세 과세대장을 비치하고 필요한 사항을 이에 기재하여야 한다.

구 지방세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18194호로 개정되기 전의 것)

제89조 (정의규정)

② 법 제131조 제1항에서 "농지"라 함은 등기 당시 종합토지세과세대장상의 지목이 전·답·과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다.

구 지방세법 시행규칙(2003. 12. 31. 행정자치부령 제213호로 개정되기 전의 것)

제104조의20(과세대장)

법 제234조의25의 규정에 의한 종합토지세과세대장은 별지 제108호 서식에 의한다.

다. 판단

행정처분이 당연무효라고 하기 위하여는 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자의 중대ㆍ명백 여부를 판별함에 있어서는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다(대법원 2007. 9. 21. 선고 2005두11937 판결 등 참조). 그리고 행정청이 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법률의 규정을 적용하여 행정처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져 그 해석에 다툼의 여지가 없음에도 불구하고 행정청이 위 규정을 적용하여 처분을 한 때에는 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이다(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두9358 판결 참조).

살피건대, 을 제2, 4, 5, 13 내지 15호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)에 변론 전체의 취지를 종합하면, 00시는 최소한 1998년 이래로 종합토지세과세대장 등의 과세자료를 전산처리하여 관리하고 있는 사실, 피고는 원고들에게 종합토지세과세내역서에 근거하여 등록세 및 지방교육세(이하 ‘이 사건 등록세 등’이라 한다)를 부과한 사실, 2003년도 종합토지세과세내역서에 기재된 이 사건 토지의 공부상 지목은 ‘1(전)’, 현황상 지목은 ‘8(대지)’로 전산자료로 관리하는 종합토지세과세대장의 기재내용과 동일한 사실을 인정할 수 있고, 을 제11호증의 1, 2의 기재는 위 인정에 방해가 되지 아니한다.

위 인정사실과 이 사건 처분이 있기 전에 이미 대법원 1997. 3. 25. 선고 96누11549 판결에 의하여 부동산에 관한 등기를 받을 때 등록세율은 종합토지세과세대장상 지목이 ‘답’으로 되어 있는 이상 그 사실(현황)상 지목이 잡종지라 하더라도 농지에 대한 세율이 적용되어야 한다는 법리가 명백히 밝혀진 점, 구 「지방세법 시행령」제89조 제2항이 이 사건 처분 당시에는 2003. 12. 30. 대통령령 제18194호에 의하여 ‘법 제131조 제1항에서 농지라 함은 등기 당시 공부상 지목이 전ㆍ답ㆍ과수원 또는 목장용지인 토지로서 실제의 토지현상이 농작물의 경작 또는 다년생식물재배지로 이용되는 토지를 말한다’라고 개정되어 있었던 점 등에 비추어 보면, 위 시행령 제89조 제2항의 적용에 따른 이 사건 토지의 종합토지세과세대장상의 지목은 사실(현황)상 지목이 아닌 공부상 지목인 농지(전)로 해석함에 다툼의 여지가 없음에도 불구하고 피고가 위 근거법령을 잘못 해석하여 농지가 아닌 기타 부동산에 대한 등록세율을 적용하여 부과한 이 사건 처분은 그 하자가 중대하고 명백하다 할 것이다.

따라서, 이 사건 처분은 원고들의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 당연무효라고 봄이 상당하다 할 것이므로, 원고들의 주장은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면, 원고들의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 모두 인용할 것인바, 이와 결론을 같이한 제1심 판결은 정당하여 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2010. 7. 1. 선고 2009구합2058 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 2008. 6. 10. 원고들에 대하여 한 각 등록세 16,866,660원 및 지방교육세 3,373,330원의 부과처분이 무효임을 확인한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고들은 2003. 9. 15. ① 00시 00구 00동 153 전 1,236㎡(이후 38㎡이 같은 동 153-1로 분할되었고, 나머지 1,198㎡ 중 118㎡가 같은 동 153-2로 분할되었다) 및 ② 같은 동 154 전 2,572㎡(이후 278㎡이 같은 동 154-6으로, 1,120㎡가 154-7로 각 분할되었고, 나머지 1,174㎡ 중 117㎡가 같은 동 154-10으로 분할되었다, 이하 분할되기 전의 위 각 토지를 통틀어 ‘이 사건 토지’라 한다)에 대하여 각 1/3 지분에 관한 소유권을 취득하였다.

나. 피고는 이에 대해 이 사건 토지의 지목을 등기부등본상 지목인 ‘전’으로 보고 농지에 대한 등록세율 10/1,000을 적용하여 산정한 등록세 및 지방교육세를 원고들에게 부과하여 이를 징수하였다.

다. 피고는 이후 2008. 6. 10. 원고들이 이 사건 토지를 취득할 당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 ‘대지’였음을 이유로, 대지에 대한 등록세율 30/1,000을 적용하여 산정한 등록세 및 지방교육세에서 기존에 원고들이 농지에 대한 등록세율을 적용하여 납부한 등록세 및 지방교육세를 뺀 등록세 16,866,660원 및 지방교육세 3,373,330원을 원고들에게 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1호증의 1, 2, 갑제3호증, 을제1호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분이 적법한지 여부

가. 원고는 등록세와 더불어 지방교육세 부과처분의 취소를 구하고 있는바, 지방교육세는 지방세법상 등록세 납세의무자에게 부과되는 것이어서 이 사건 처분 중 등록세 부과처분이 위법하면 지방교육세도 이에 따라 당연히 위법하게 되므로 이하에서는 등록세 부과처분에 대해서만 판단한다.

나. 원고는 이 사건 토지 취득 당시의 현황인 ‘농지’를 기준으로 하지 않고 종합토지세 과세대장상의 지목인 ‘대지’를 기준으로 등록세율을 정한 것이 위법하다고 주장하므로 살피건대, ① 구 지방세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18194호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제2항에 의하면, ‘법 제131조 제1항에서 농지라 함은 등기 당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 전ㆍ답ㆍ과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다’라고 규정하여 종합토지세 과세대장상의 지목에 따라 농지 인정 여부나 등록세율을 결정하도록 명시하고 있고, 원고들의 이 사건 토지 취득 당시 위 시행령 규정을 비롯해 어떤 법령에도 농지 인정 여부나 등록세율의 결정을 현황에 따르도록 한 규정이 없는 점, ② 위 시행령 제89조 제2항이 2003. 12. 30. 대통령령 제18194호에 의하여 ‘법 제131조 제1항에서 농지라 함은 등기 당시 공부상 지목이 전ㆍ답ㆍ과수원 또는 목장용지인 토지로서 실제의 토지현상이 농작물의 경작 또는 다년생식물재배지로 이용되는 토지를 말한다’라고 개정되었음에 비추어 위 개정규정의 시행 이전에는 지방세법령상 현황에 따라 등록세율을 결정하는 것이 허용되지 않았던 것으로 보이는 점, ③ 위 시행령 제194조의17 제1항의 ‘종합토지세의 과세대상토지가 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 다를 경우에는 사실상의 현황에 의하여 종합토지세를 부과한다’라는 규정은 종합토지세에 관한 규정일 뿐, 등록세에 대해서도 적용된다고 볼 근거가 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 토지에 대한 등록세율은 종합토지세 과세대장상의 지목에 따라 정해야 하고, 현황에 따라 정할 수는 없다고 보아야 하므로 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

다. 한편, 피고는 종합토지세 전산자료인 2003년도 종합토지세 과세내역서(을제2호증의 5)상의 지목을 기준으로 이 사건 처분을 하였고, 위 과세내역서가 ‘종합토지세 과세대장’과 같거나 이를 대신하는 것이라고 주장하므로 살피건대, 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제131조 제1항 제3호에 의하면, 농지에 대한 소유권의 유상취득의 경우 부동산가액의 1,000분의 10을 표준세율로 하여 등록세를 납부하도록 규정하고 있고, 앞서 본 바와 같이 구 「지방세법 시행령」제89조 제2항은 ‘법 제131조 제1항에서 농지라 함은 등기 당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 전ㆍ답ㆍ과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다’라고 규정하고 있으며, 구 지방세법 시행규칙(2003. 12. 31. 행정자치부령 제213호로 개정되기 전의 것) 제104조의20에 의하면, 위 종합토지세 과세대장은 별지 제108호 서식에 따른 종합토지세 과세대장이라고 규정하고 있는바, ① 위 구 「지방세법」제131조 제1항, 구 「지방세법 시행령」제89조 제2항은 명시적으로 종합토지세 과세대장상의 지목에 따른 세율에 의한 등록세 납부의무를 규정하고 있을 뿐, 종합토지세 전산자료로 종합토지세 과세대장을 대신할 수 있는 근거 규정이 없는 점, ② 종합토지세 과세의 전산관리는 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 지방세법이 개정되면서 신설된 같은 법 제87조에 근거하여 이루어진 것이므로 위 법이 시행되기 전에 작성된 종합토지세 전산자료는 법적 서식이 아닌 단순한 과세내역서에 불과한 것으로 정확한 세액 계산과 효율적 업무처리를 위한 내부자료에 불과한 점, ③ 위 2003년도 종합토지세 과세내역서의 명칭이나 형식이 구 지방세법 시행규칙 제104조의20에 의한 별지 제108호 서식에 따른 종합토지세 과세대장의 그것과 전혀 다른 점 등에 비추어 보면, 위 과세내역서를 종합토지세 과세대장과 같거나 이를 대신할 수 있는 것이라고 보이지 않고, 달리 이 사건 처분이 ‘종합토지세 과세대장’을 근거로 한 것임을 인정할 증거가 없으므로 위 처분은 위법하여 무효이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 받아들이기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【관계법령】

◆ 지방세법 <2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것>

제131조 (부동산등기의 세율)

① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

1. 상속으로 인한 소유권의 취득

(1) 농지 : 부동산가액의 1,000분의 3

(2) 기타 : 부동산가액의 1,000분의 8

2. 제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득 : 부동산가격의 1,000분의 15. 다만, 제127조 제1항 제1호의 규정에 의한 비영리사업자가 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1,000분의 8로 한다.

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(1) 농지 : 부동산가액의 1,000분의 10

(2) 기타 : 부동산가액의 1,000분의 30

제234조의25(과세대장 비치)

시장·군수는 종합토지세 과세대장을 비치하고 필요한 사항을 이에 기재하여야 한다.

제260조의3 (과세표준과 세율)

① 지방교육세는 다음 각 호의 1의 과세표준에 해당세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

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구분 과세표준 표준세율

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1 이 법의 규정에 의하여 납부하여야 할 등록세액 100분의 20

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◆ 지방세법 <2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 것>

제87조 (지방세 업무의 전산처리)

지방세 업무의 효율적인 관리를 위하여 필요한 때에는 행정자치부령이 정하는 바에 따라 전산정보처리조직을 이용하여 이 법에 규정된 업무를 처리할 수 있다.

◆ 지방세법 시행령 <2003. 12. 30. 대통령령 제18194호로 개정되기 전의 것>

제89조 (정의규정)

② 법 제131조 제1항에서 "농지"라 함은 등기 당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 전ㆍ답ㆍ과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다.

제194조의17 (종합토지세의 현황부과)

① 종합토지세의 과세대상토지가 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 다를 경우에는 사실상의 현황에 의하여 종합토지세를 부과한다.

◆ 지방세법 시행령 <2003. 12. 30. 대통령령 제18194호로 개정된 것>

제89조 (정의규정)

② 법 제131조 제1항에서 "농지"라 함은 등기 당시 공부상 지목이 전ㆍ답ㆍ과수원 또는 목장용지인 토지로서 실제의 토지현상이 농작물의 경작 또는 다년생식물재배지로 이용되는 토지를 말한다.

◆ 지방세법 시행규칙 <2003. 12. 31. 행정자치부령 제213호로 개정되기 전의 것>

제104조의20 (과세대장)

법 제234조의25의 규정에 의한 종합토지세 과세대장은 별지 제108호 서식에 의한다.