1. 처분의 경위

당원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 이유 부분 제1항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

(1) 피고가 원고들에게 한 이 사건 처분은 종합토지세과세대장을 근거로 하지 않은 처분으로서 그 하자가 중대하고 명백하다.

(2) 피고는 원고들이 이 사건 토지를 취득한 당시 이 사건 토지의 이용현황인 ‘농지’를 기준으로 최초 등록세 부과처분을 하였고, 나아가 00시장에게 이 사건 토지의 2004. 10.경부터 2006. 1.경까지 이용실태를 ‘채소 자경’으로 보고한 바 있으며, 00시장도 이 사건 처분 이전인 2007. 10. 1. 원고들의 이 사건 토지 지상 근린생활시설 건축허가신청 당시 이 사건 토지가 농지라는 이유로 농지전용에 따른 농지보전부담금 부과처분을 하였으므로, 이 사건 토지의 종합토지세 과세대장상 지목인 ‘대지’를 기준으로 부과한 이 사건 처분은 신의칙 내지 신뢰보호의 원칙에 반한다.

나. 관계법령

구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것)

제131조 (부동산등기의 세율)

① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

1. 상속으로 인한 소유권의 취득

2. 제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(1) 농 지 : 부동산가액의 1,000분의 10

(2) 기타 : 부동산가액의 1,000분의 30

제234조의25 (과세대장 비치)

시장·군수는 종합토지세 과세대장을 비치하고 필요한 사항을 이에 기재하여야 한다.

구 지방세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18194호로 개정되기 전의 것)

제89조 (정의규정)

② 법 제131조 제1항에서 "농지"라 함은 등기 당시 종합토지세과세대장상의 지목이 전·답·과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다.

구 지방세법 시행규칙(2003. 12. 31. 행정자치부령 제213호로 개정되기 전의 것)

제104조의20(과세대장)

법 제234조의25의 규정에 의한 종합토지세과세대장은 별지 제108호 서식에 의한다.

다. 판단

행정처분이 당연무효라고 하기 위하여는 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자의 중대ㆍ명백 여부를 판별함에 있어서는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다(대법원 2007. 9. 21. 선고 2005두11937 판결 등 참조). 그리고 행정청이 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법률의 규정을 적용하여 행정처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져 그 해석에 다툼의 여지가 없음에도 불구하고 행정청이 위 규정을 적용하여 처분을 한 때에는 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이다(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두9358 판결 참조).

살피건대, 을 제2, 4, 5, 13 내지 15호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)에 변론 전체의 취지를 종합하면, 00시는 최소한 1998년 이래로 종합토지세과세대장 등의 과세자료를 전산처리하여 관리하고 있는 사실, 피고는 원고들에게 종합토지세과세내역서에 근거하여 등록세 및 지방교육세(이하 ‘이 사건 등록세 등’이라 한다)를 부과한 사실, 2003년도 종합토지세과세내역서에 기재된 이 사건 토지의 공부상 지목은 ‘1(전)’, 현황상 지목은 ‘8(대지)’로 전산자료로 관리하는 종합토지세과세대장의 기재내용과 동일한 사실을 인정할 수 있고, 을 제11호증의 1, 2의 기재는 위 인정에 방해가 되지 아니한다.

위 인정사실과 이 사건 처분이 있기 전에 이미 대법원 1997. 3. 25. 선고 96누11549 판결에 의하여 부동산에 관한 등기를 받을 때 등록세율은 종합토지세과세대장상 지목이 ‘답’으로 되어 있는 이상 그 사실(현황)상 지목이 잡종지라 하더라도 농지에 대한 세율이 적용되어야 한다는 법리가 명백히 밝혀진 점, 구 「지방세법 시행령」제89조 제2항이 이 사건 처분 당시에는 2003. 12. 30. 대통령령 제18194호에 의하여 ‘법 제131조 제1항에서 농지라 함은 등기 당시 공부상 지목이 전ㆍ답ㆍ과수원 또는 목장용지인 토지로서 실제의 토지현상이 농작물의 경작 또는 다년생식물재배지로 이용되는 토지를 말한다’라고 개정되어 있었던 점 등에 비추어 보면, 위 시행령 제89조 제2항의 적용에 따른 이 사건 토지의 종합토지세과세대장상의 지목은 사실(현황)상 지목이 아닌 공부상 지목인 농지(전)로 해석함에 다툼의 여지가 없음에도 불구하고 피고가 위 근거법령을 잘못 해석하여 농지가 아닌 기타 부동산에 대한 등록세율을 적용하여 부과한 이 사건 처분은 그 하자가 중대하고 명백하다 할 것이다.

따라서, 이 사건 처분은 원고들의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 당연무효라고 봄이 상당하다 할 것이므로, 원고들의 주장은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면, 원고들의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 모두 인용할 것인바, 이와 결론을 같이한 제1심 판결은 정당하여 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.