1. 처분의 경위

가. 원고들은 2003. 9. 15. ① 00시 00구 00동 153 전 1,236㎡(이후 38㎡이 같은 동 153-1로 분할되었고, 나머지 1,198㎡ 중 118㎡가 같은 동 153-2로 분할되었다) 및 ② 같은 동 154 전 2,572㎡(이후 278㎡이 같은 동 154-6으로, 1,120㎡가 154-7로 각 분할되었고, 나머지 1,174㎡ 중 117㎡가 같은 동 154-10으로 분할되었다, 이하 분할되기 전의 위 각 토지를 통틀어 ‘이 사건 토지’라 한다)에 대하여 각 1/3 지분에 관한 소유권을 취득하였다.

나. 피고는 이에 대해 이 사건 토지의 지목을 등기부등본상 지목인 ‘전’으로 보고 농지에 대한 등록세율 10/1,000을 적용하여 산정한 등록세 및 지방교육세를 원고들에게 부과하여 이를 징수하였다.

다. 피고는 이후 2008. 6. 10. 원고들이 이 사건 토지를 취득할 당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 ‘대지’였음을 이유로, 대지에 대한 등록세율 30/1,000을 적용하여 산정한 등록세 및 지방교육세에서 기존에 원고들이 농지에 대한 등록세율을 적용하여 납부한 등록세 및 지방교육세를 뺀 등록세 16,866,660원 및 지방교육세 3,373,330원을 원고들에게 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1호증의 1, 2, 갑제3호증, 을제1호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분이 적법한지 여부

가. 원고는 등록세와 더불어 지방교육세 부과처분의 취소를 구하고 있는바, 지방교육세는 지방세법상 등록세 납세의무자에게 부과되는 것이어서 이 사건 처분 중 등록세 부과처분이 위법하면 지방교육세도 이에 따라 당연히 위법하게 되므로 이하에서는 등록세 부과처분에 대해서만 판단한다.

나. 원고는 이 사건 토지 취득 당시의 현황인 ‘농지’를 기준으로 하지 않고 종합토지세 과세대장상의 지목인 ‘대지’를 기준으로 등록세율을 정한 것이 위법하다고 주장하므로 살피건대, ① 구 지방세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18194호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제2항에 의하면, ‘법 제131조 제1항에서 농지라 함은 등기 당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 전ㆍ답ㆍ과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다’라고 규정하여 종합토지세 과세대장상의 지목에 따라 농지 인정 여부나 등록세율을 결정하도록 명시하고 있고, 원고들의 이 사건 토지 취득 당시 위 시행령 규정을 비롯해 어떤 법령에도 농지 인정 여부나 등록세율의 결정을 현황에 따르도록 한 규정이 없는 점, ② 위 시행령 제89조 제2항이 2003. 12. 30. 대통령령 제18194호에 의하여 ‘법 제131조 제1항에서 농지라 함은 등기 당시 공부상 지목이 전ㆍ답ㆍ과수원 또는 목장용지인 토지로서 실제의 토지현상이 농작물의 경작 또는 다년생식물재배지로 이용되는 토지를 말한다’라고 개정되었음에 비추어 위 개정규정의 시행 이전에는 지방세법령상 현황에 따라 등록세율을 결정하는 것이 허용되지 않았던 것으로 보이는 점, ③ 위 시행령 제194조의17 제1항의 ‘종합토지세의 과세대상토지가 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 다를 경우에는 사실상의 현황에 의하여 종합토지세를 부과한다’라는 규정은 종합토지세에 관한 규정일 뿐, 등록세에 대해서도 적용된다고 볼 근거가 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 토지에 대한 등록세율은 종합토지세 과세대장상의 지목에 따라 정해야 하고, 현황에 따라 정할 수는 없다고 보아야 하므로 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

다. 한편, 피고는 종합토지세 전산자료인 2003년도 종합토지세 과세내역서(을제2호증의 5)상의 지목을 기준으로 이 사건 처분을 하였고, 위 과세내역서가 ‘종합토지세 과세대장’과 같거나 이를 대신하는 것이라고 주장하므로 살피건대, 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제131조 제1항 제3호에 의하면, 농지에 대한 소유권의 유상취득의 경우 부동산가액의 1,000분의 10을 표준세율로 하여 등록세를 납부하도록 규정하고 있고, 앞서 본 바와 같이 구 「지방세법 시행령」제89조 제2항은 ‘법 제131조 제1항에서 농지라 함은 등기 당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 전ㆍ답ㆍ과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다’라고 규정하고 있으며, 구 지방세법 시행규칙(2003. 12. 31. 행정자치부령 제213호로 개정되기 전의 것) 제104조의20에 의하면, 위 종합토지세 과세대장은 별지 제108호 서식에 따른 종합토지세 과세대장이라고 규정하고 있는바, ① 위 구 「지방세법」제131조 제1항, 구 「지방세법 시행령」제89조 제2항은 명시적으로 종합토지세 과세대장상의 지목에 따른 세율에 의한 등록세 납부의무를 규정하고 있을 뿐, 종합토지세 전산자료로 종합토지세 과세대장을 대신할 수 있는 근거 규정이 없는 점, ② 종합토지세 과세의 전산관리는 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 지방세법이 개정되면서 신설된 같은 법 제87조에 근거하여 이루어진 것이므로 위 법이 시행되기 전에 작성된 종합토지세 전산자료는 법적 서식이 아닌 단순한 과세내역서에 불과한 것으로 정확한 세액 계산과 효율적 업무처리를 위한 내부자료에 불과한 점, ③ 위 2003년도 종합토지세 과세내역서의 명칭이나 형식이 구 지방세법 시행규칙 제104조의20에 의한 별지 제108호 서식에 따른 종합토지세 과세대장의 그것과 전혀 다른 점 등에 비추어 보면, 위 과세내역서를 종합토지세 과세대장과 같거나 이를 대신할 수 있는 것이라고 보이지 않고, 달리 이 사건 처분이 ‘종합토지세 과세대장’을 근거로 한 것임을 인정할 증거가 없으므로 위 처분은 위법하여 무효이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 받아들이기로 하여 주문과 같이 판결한다.

◆ 지방세법 <2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것>

제131조 (부동산등기의 세율)

① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

1. 상속으로 인한 소유권의 취득

(1) 농지 : 부동산가액의 1,000분의 3

(2) 기타 : 부동산가액의 1,000분의 8

2. 제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득 : 부동산가격의 1,000분의 15. 다만, 제127조 제1항 제1호의 규정에 의한 비영리사업자가 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1,000분의 8로 한다.

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(1) 농지 : 부동산가액의 1,000분의 10

(2) 기타 : 부동산가액의 1,000분의 30

제234조의25(과세대장 비치)

시장·군수는 종합토지세 과세대장을 비치하고 필요한 사항을 이에 기재하여야 한다.

제260조의3 (과세표준과 세율)

① 지방교육세는 다음 각 호의 1의 과세표준에 해당세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

구분 1

과세표준 이 법의 규정에 의하여 납부하여야 할 등록세액

표준세율 100분의 20

◆ 지방세법 <2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 것>

제87조 (지방세 업무의 전산처리)

지방세 업무의 효율적인 관리를 위하여 필요한 때에는 행정자치부령이 정하는 바에 따라 전산정보처리조직을 이용하여 이 법에 규정된 업무를 처리할 수 있다.

◆ 지방세법 시행령 <2003. 12. 30. 대통령령 제18194호로 개정되기 전의 것>

제89조 (정의규정)

② 법 제131조 제1항에서 "농지"라 함은 등기 당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 전ㆍ답ㆍ과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다.

제194조의17 (종합토지세의 현황부과)

① 종합토지세의 과세대상토지가 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 다를 경우에는 사실상의 현황에 의하여 종합토지세를 부과한다.

◆ 지방세법 시행령 <2003. 12. 30. 대통령령 제18194호로 개정된 것>

제89조 (정의규정)

② 법 제131조 제1항에서 "농지"라 함은 등기 당시 공부상 지목이 전ㆍ답ㆍ과수원 또는 목장용지인 토지로서 실제의 토지현상이 농작물의 경작 또는 다년생식물재배지로 이용되는 토지를 말한다.

◆ 지방세법 시행규칙 <2003. 12. 31. 행정자치부령 제213호로 개정되기 전의 것>

제104조의20 (과세대장)

법 제234조의25의 규정에 의한 종합토지세 과세대장은 별지 제108호 서식에 의한다.