상고이유를 판단한다.

1. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제107조 및 제127조 제1항은 용도구분에 의한 취득세·등록세 비과세사유를 규정하면서 그 중의 하나로 제1호에서 ‘제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 등기’를 들고 있고, 각 본문 단서에서는 취득·등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니한 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세·등록세를 부과한다고 규정하고 있는데, 위 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 '그 사업에 사용'한다고 함은 현실적으로 당해 부동산을 비영리사업 자체에 직접 사용하는 것을 뜻하고, '그 사업에 사용'의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다( 대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두878 판결, 대법원 2009. 6. 11. 선고 2007두20027 판결 등 참조).

2. 원심은, ① 원고의 종교사업은 기독교 복음전파, 선교지원자에 대한 사역훈련, 선교지역의 정탐사역 및 한국선교단체와의 상호 정보교류, 협력, 연대사업 등인데, 대표선교사의 임무는 이사회의 지휘를 받아 선교회 본부의 업무를 관장하고 집행하는 것이므로, 대표선교사는 그 종교사업을 수행함에 있어 필요불가결한 인적요소인 점, ② 원고는 2008. 9. 1. ○○○으로부터 이 사건 아파트를 증여받은 후 2008. 10. 16. 이사회를 개최하여 "이 사건 아파트를 정관 제10조 제4호의 대표인 대표선교사의 사택으로 사용하기로 한다"라는 의안을 가결한 후 대표선교사인 ○○○에게 이 사건 아파트를 사택으로 제공하였고, ○○○은 그 가족들과 함께 2009. 2. 20.부터 이 사건 아파트에서 거주하다가 대표선교사의 임기가 만료될 무렵인 2009. 5. 29. 이 사건 아파트에서 퇴거한 점에 비추어 보면, 원고는 이 사건 아파트를 비영리사업인 종교사업의 용도에 직접 사용한 것이므로 비과세대상에 해당한다고 판단한 제1심 판결을 유지하였다.

3. 그러나 원심의 위와 같은 판단은 이를 수긍할 수 없다.

가. 제1심 및 원심이 적법하게 채택한 증거들에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(1) 원고는 언어적 영역으로서의 불어권 지역선교를 지향하며 불어권지역의 미전도종족과 무교회지역에 대한 선교를 목적으로 설립되었다.

(2) 원고의 정관은, ① 본 회의 본부는 서울특별시 송파구 ○○○에 두고 국내 및 국외에 지부를 둘 수 있다(제2조), ② 본 회의 회원은 사역회원과 후원회원으로 분류하고, 사역회원은 실행이사, 대표, 본부장, 상임간사, 비상임간사, 장·단기선교사, 예비선교사, 자원봉사자로 구분하며 실제사역에 헌신하거나 하였던 회원을 말한다(제4조), ③ 임원으로 이사장 1인, 이사 5인 이상 15인 이내, 감사 1인, 대표 1인, 본부장 1인을 둔다(제10조), ④ 대표는 이사회의 결의로 이사 중에서 선출한다(제11조), ⑤ 이사장으로 선출된 자 이외에는 대표권이 없다(제11조의1), ⑥ 이사장은 본 회를 대표하고 총회 및 이사회의 의장이 되며, 대표는 이사회의 지휘를 받아 선교회 본부의 업무를 관장하고 집행한다(제15조), ⑦ 임원에 대하여는 보수를 지급하지 아니한다(제38조), ⑧ 본 회는 본 회의 사무를 처리하기 위하여 본부를 두고 본부에 대표 1인, 본부장 1인과 필요한 직원을 둘 수 있다(제39조)고 규정하고 있다.

(3) 원고가 이 사건 아파트를 취득할 당시 ○○○은 대표로 선임되어 있었는데, 당시 ○○○은 대한예수교장로회총회 산하 안주노회소속 ○○○교회의 위임목사로 재직하고 있었고, 이 사건 처분 당시에도 위임목사로 계속 재직하였다.

나. 이러한 사실과 기록에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, ① 원고의 대표자는 이사장이고, 원고의 임원 중 하나인 대표는 이사회 결의로 이사 중에서 선출되어 이사회의 지휘를 받아 선교회 본부의 업무를 관장하고 집행하는 기관에 불과한 점, ② 이 사건 아파트 취득 당시 대표이던 ○○○은 ○○○교회의 위임목사로 재직하고 있었던 점, ③ 원고는 이사장이나 이사들은 상근하지 않고 대표(원고는 ‘대표선교사’라고 표현하나 정관에는 대표선교사라는 직책은 없다)가 상근하면서 원고의 실질적인 업무를 총괄한다고 주장하지만, 대표의 구체적인 업무내용이나 ○○○이 실제로 대표로 활동하면서 한 구체적인 업무내용을 알 수 있는 자료 또는 대표가 선교사를 대표하는 지위에 있다는 자료가 없는 점, ④ 원고의 설립목적은 불어권 지역에 대한 선교활동에 관한 것으로서 이사회의 지휘를 받아 본부의 업무를 관장한다는 대표에 대한 사택 제공이 원고의 종교사업에 반드시 필요하다고 보이지 않는 점을 종합해 보면, 원고의 대표는 원고의 종교사업을 수행함에 있어 필요불가결한 중추적 지위에 있다고 보이지 않고, 원고의 사업목적을 고려하더라도 이 사건 아파트는 그 사업에 직접 사용되는 것이라고 할 수 없으므로, 이 사건 아파트는 위 각 규정에 정한 비과세대상에 해당하지 않는다고 할 것이다.

다. 그럼에도 불구하고 원심은 이 사건 아파트가 원고의 사업에 직접 사용되는 것으로 판단하여 비과세대상이 된다고 판단하였는바, 이러한 원심의 판단에는 위 각 규정의 비과세대상의 범위에 관한 법리를 오해한 잘못이 있고, 이를 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

4. 결론

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

-------------------------------------------------------

【하급심-서울고등법원 2011. 6. 1. 선고 2010누45394 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 피고가 한 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【이 유】

1. 제1심 판결 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 제1심 판결문 중 아래와 같이 고치거나 추가하는 부분 말고는 제1심 판결 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 그대로 인용한다.

<고치거나 추가하는 부분>

○ 제3쪽 5째 줄과 4쪽 1째 줄 및 제7쪽 중간 부분의 각 ‘지방세법’을 각 ‘구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)’으로 고친다.

○ 제5쪽 4째 줄의 ‘인적요소이다.’ 와 ‘따라서’ 사이에 아래와 같은 내용을 추가한다.【원고의 정관 제11조의1, 제15조 제1항 등에서 이사장만이 대표권이 있고, 이사장이 원고를 대표하고 총회 및 이사회의 의장이 되는 것으로 규정하고 있다는 사정만으로 달리 볼 것은 아니다.】

○ 제5쪽 12째 줄의 ‘원고가’와 ‘변론종결’ 사이에 ‘제1심’을 추가한다.

○ 제8쪽 중간 부분의 ‘지방세법 시행령’을 ‘구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전문개정되기 전의 것)’으로 고친다.

2. 결론

제1심 판결은 정당하므로, 피고가 한 항소를 받아들이지 않는다.

-------------------------------------------------------

【하급심-서울행정법원 2010. 11. 25. 선고 2010구합32730 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 피고가 2009. 4. 17. 원고에 대하여 한 취득세 23,335,480원, 농어촌특별세 2,333,540원, 등록세 27,855,583원, 지방교육세 5,125,677원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 7. 22. 서울특별시장으로부터 민법 제32조와 문화관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제4조에 의하여 법인설립허가를 받았다. 원고는 2008. 8. 14. 불어권지역의 미전도종족에 대한 기독교 복음전파 및 교회 개척지원 등을 목적으로 설립된 사단법인이다.

나. 원고는 2008. 9. 1. 이사 ○○○으로부터 서울 서초구 ○○○(이하 ‘이 사건 아파트’라고 한다)를 증여받았다.

다. 원고는 2008. 10. 23. 이 사건 아파트에 관하여 원고 앞으로 증여를 원인으로 한 소유권이전등기(이하 ‘이 사건 소유권이전등기’라고 한다)를 마쳤다. 원고는 이 사건 아파트의 취득을 ‘종교사업을 목적으로 하는 비영리사업자의 종교사업에 사용하기 위한 부동산의 취득’으로 보아 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세를 신고납부하지 아니하였다.

라. 피고는 2009. 4. 17. 원고에 대하여 원고가 이 사건 아파트를 종교사업의 용도에 직접 사용하지 않고 있다는 이유로, 이 사건 아파트의 취득과 관련하여 「지방세법」제112조 제1항의 세율을 적용하여 취득세 23,335,480원, 농어촌특별세 2,333,540원을 부과하고, 이 사건 소유권이전등기를 대도시 내에서의 법인의 설립에 따른 부동산등기라고 보아 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항의 세율을 적용하여 등록세 52,880,680원, 지방교육세 9,740,930원을 부과하였다.

마. 원고는 2009. 5. 15. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2010. 5. 19. "취득세 23,335,480원, 농어촌특별세 2,333,540원의 부과처분은 적법하므로 이 부분 심판청구를 기각하고, 등록세 52,880,680원, 지방교육세 9,740,930원의 부과처분은 「지방세법」제131조 제1항 제2호에 의하여 비영리사업자가 무상으로 소유권을 취득하는 경우 적용되는 세율을 적용하여야 함에도 이를 잘못 적용하였으므로 이를 경정한다."라는 취지의 결정을 하였다.

바. 이에 따라 피고는 2010. 5. 28. 위 등록세 중 25,025,090원과 위 지방교육세 중 4,615,260원의 부과처분을 취소하였다(위 등록세 52,880,680원 중 25,025,090원을 공제하면 27,855,590원, 위 지방교육세 9,740,930원 중 4,615,260원을 공제하면 5,125,670원이 남게 되나 단수처리과정에서 등록세 27,855,583원, 지방교육세 5,125,677원이 남는 것으로 계산되었고, 이하 피고의 2009. 4. 17.자 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 부과처분에서 위와 같이 취소된 등록세 25,025,090원과 지방교육세 4,615,260원 부분을 제외한 나머지 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 8, 11호증(가지번호 포함), 을 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 아파트를 취득하여 종교사업의 중추적인 역할을 하는 대표선교사의 사택으로 사용하도록 하였으므로 이 사건 아파트의 취득 및 이 사건 소유권이전등기는 「지방세법」제107조 및 제127조에서 정하는 용도구분에 의한 비과세의 요건을 충족한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 「지방세법」제107조 및 제127조 제1항은 용도구분에 의한 취득세·등록세 비과세사유를 규정하면서 그 중의 하나로 제1호에서 ‘공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 등기’를 들고 있고, 각 본문 단서에서는 취득·등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니한 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세·등록세를 부과한다고 규정하고 있는데, 위 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 '그 사업에 사용'한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, '그 사업에 사용'의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다( 대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두878 판결 참조).

(2) 갑 4 내지 7, 9 내지 11호증(가지번호 포함), 을 3, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고는 이 사건 아파트를 비영리사업인 종교사업의 용도에 직접 사용한다고 인정된다.

(가) 원고의 종교사업은 기독교 복음 전파, 선교지원자에 대한 사역훈련, 선교지역의 정탐사역 및 한국선교단체와의 상호 정보교류, 협력, 연대사업 등인데(정관 제3조 참조), 대표선교사의 임무는 이사회의 지휘를 받아 선교회 본부의 업무를 관장하고 집행하는 것이므로(정관 제15조 제3항 참조), 대표선교사는 그 종교사업을 수행함에 있어 필요 불가결한 인적요소이다. 따라서 대표선교사의 사택으로 사용하는 주택은 원고의 종교사업을 수행하기 위하여 필요한 것으로서 그 사업에 직접 사용하는 것에 해당한다.

(나) 원고는 2008. 9. 1. ○○○으로부터 이 사건 아파트를 증여받은 후 2008. 10. 16. 이사회를 개최하여 "이 사건 아파트를 정관 제10조 제4호의 대표인 대표선교사의 사택으로 사용하기로 한다."라는 의안을 가결하였다.

(다) 원고는 대표선교사인 ○○○에게 이 사건 아파트를 사택으로 제공하였고, ○○○은 그 가족들과 함께 2009. 2. 20.부터 이 사건 아파트에서 거주하다가 대표선교사의 임기가 만료될 무렵인 2009. 5. 29. 이 사건 아파트에서 퇴거하였다(원고가 변론종결 후 제출한 참고자료에 의하면, 이후 원고는 2009. 7. 6. 임시이사회를 개최하여 ○○○을 대표선교사로 선임하였고 이에 따라 ○○○이 2009. 7. 24. 이 사건 아파트로 전입한 사실을 인정할 수 있다).

(3) 따라서 원고의 이 사건 아파트의 취득 및 이 사건 소유권이전등기는 「지방세법」제107조 및 제127조에서 정하는 용도구분에 의한 비과세의 요건을 충족한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.