대표선교사는 종교사업을 수행함에 있어 필요 불가결한 인적요소이므로 대표선교사의 사택으로 사용하는 주택은 종교사업을 수행하기 위하여 필요한 것으로서 그 사업에 직접 사용하는 것에 해당한다. 따라서 아파트의 취득 및 소유권이전등기는 지방세법 제107조 및 제127조에서 정하는 용도구분에 의한 비과세의 요건을 충족하므로 등록세 등을 부과한 처분은 부당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 7. 22. 서울특별시장으로부터

민법 제32조와 문화관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙

제4조에 의하여 법인설립허가를 받았다. 원고는 2008. 8. 14. 불어권지역의 미전도종족에 대한 기독교 복음전파 및 교회 개척지원 등을 목적으로 설립된 사단법인이다.

나. 원고는 2008. 9. 1. 이사

김왕곤으로부터

서울 서초구 반포동 1-8 반포경남아파트 6동 1007호(이하 ‘이 사건 아파트’라고 한다)를 증여받았다.

다. 원고는 2008. 10. 23. 이 사건 아파트에 관하여 원고 앞으로 증여를 원인으로 한 소유권이전등기(이하 ‘이 사건 소유권이전등기’라고 한다)를 마쳤다. 원고는 이 사건 아파트의 취득을 ‘종교사업을 목적으로 하는 비영리사업자의 종교사업에 사용하기 위한 부동산의 취득’으로 보아 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세를 신고납부하지 아니하였다.

라. 피고는 2009. 4. 17. 원고에 대하여 원고가 이 사건 아파트를 종교사업의 용도에 직접 사용하지 않고 있다는 이유로, 이 사건 아파트의 취득과 관련하여

지방세법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 취득세 23,335,480원, 농어촌특별세 2,333,540원을 부과하고, 이 사건 소유권이전등기를 대도시 내에서의 법인의 설립에 따른 부동산등기라고 보아

구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항의 세율을 적용하여 등록세 52,880,680원, 지방교육세 9,740,930원을 부과하였다.

마. 원고는 2009. 5. 15. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2010. 5. 19. “취득세 23,335,480원, 농어촌특별세 2,333,540원의 부과처분은 적법하므로 이 부분 심판청구를 기각하고, 등록세 52,880,680원, 지방교육세 9,740,930원의 부과처분은

지방세법 제131조 제1항 제2호에 의하여 비영리사업자가 무상으로 소유권을 취득하는 경우 적용되는 세율을 적용하여야 함에도 이를 잘못 적용하였으므로 이를 경정한다.”라는 취지의 결정을 하였다.

바. 이에 따라 피고는 2010. 5. 28. 위 등록세 중 25,025,090원과 위 지방교육세 중 4,615,260원의 부과처분을 취소하였다(위 등록세 52,880,680원 중 25,025,090원을 공제하면 27,855,590원, 위 지방교육세 9,740,930원 중 4,615,260원을 공제하면 5,125,670원이 남게 되나 단수처리과정에서 등록세 27,855,583원, 지방교육세 5,125,677원이 남는 것으로 계산되었고, 이하 피고의 2009. 4. 17.자 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 부과처분에서 위와 같이 취소된 등록세 25,025,090원과 지방교육세 4,615,260원 부분을 제외한 나머지 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 8, 11호증(가지번호 포함), 을 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 아파트를 취득하여 종교사업의 중추적인 역할을 하는 대표선교사의 사택으로 사용하도록 하였으므로 이 사건 아파트의 취득 및 이 사건 소유권이전등기는 지방세법 제107조 및 제127조에서 정하는 용도구분에 의한 비과세의 요건을 충족한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1)

지방세법 제107조 및 제127조 제1항은 용도구분에 의한 취득세·등록세 비과세사유를 규정하면서 그 중의 하나로 제1호에서 ‘공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 등기’를 들고 있고, 각 본문 단서에서는 취득·등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니한 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세·등록세를 부과한다고 규정하고 있는데, 위 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 '그 사업에 사용'한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, '그 사업에 사용'의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다(

대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두878 판결 참조).

(2) 갑 4 내지 7, 9 내지 11호증(가지번호 포함), 을 3, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고는 이 사건 아파트를 비영리사업인 종교사업의 용도에 직접 사용한다고 인정된다.

(가) 원고의 종교사업은 기독교 복음 전파, 선교지원자에 대한 사역훈련, 선교지역의 정탐사역 및 한국선교단체와의 상호 정보교류, 협력, 연대사업 등인데(정관 제3조 참조), 대표선교사의 임무는 이사회의 지휘를 받아 선교회 본부의 업무를 관장하고 집행하는 것이므로(정관 제15조 제3항 참조), 대표선교사는 그 종교사업을 수행함에 있어 필요 불가결한 인적요소이다. 따라서 대표선교사의 사택으로 사용하는 주택은 원고의 종교사업을 수행하기 위하여 필요한 것으로서 그 사업에 직접 사용하는 것에 해당한다.

(나) 원고는 2008. 9. 1.

김왕곤으로부터 이 사건 아파트를 증여받은 후 2008. 10. 16. 이사회를 개최하여 “이 사건 아파트를 정관 제10조 제4호의 대표인 대표선교사의 사택으로 사용하기로 한다.”라는 의안을 가결하였다.

(다) 원고는 대표선교사인

이몽식에게 이 사건 아파트를 사택으로 제공하였고,

이몽식은 그 가족들과 함께 2009. 2. 20.부터 이 사건 아파트에서 거주하다가 대표선교사의 임기가 만료될 무렵인 2009. 5. 29. 이 사건 아파트에서 퇴거하였다(원고가 변론종결 후 제출한 참고자료에 의하면, 이후 원고는 2009. 7. 6. 임시이사회를 개최하여

김왕곤을 대표선교사로 선임하였고 이에 따라

김왕곤이 2009. 7. 24. 이 사건 아파트로 전입한 사실을 인정할 수 있다).

(3) 따라서 원고의 이 사건 아파트의 취득 및 이 사건 소유권이전등기는

지방세법 제107조 및 제127조에서 정하는 용도구분에 의한 비과세의 요건을 충족한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.