산업단지 밖의 과밀억제권역에서 서울특별시 내의 산업단지로 본점을 이전한 다음 산업단지에서 산업단지 밖의 서울특별시 지역으로 본점을 이전하는 경우 지방세법 제138조 제1항 제3호, 지방세법시행령 제102조 제2항이 정한 대도시내에로의 전입에 해당하므로 등록세 중과 대상이므로 가산세 부과처분은 정당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2000. 4. 28. ‘주식회사

엠알오(2006. 2. 9. 상호를 ’주식회사

부경캐피탈‘로 변경하였다)’라는 상호로 ‘

서울 영등포구 여의도동 25 대한빌딩 4층’에서 설립된 후 2002. 7. 15. ‘

서울 금천구 가산동 345-9 에스케이트윈테크타운 비동 803, 804, 805호’로, 2006. 2. 9. ‘

서울 종로구 경운동 89-4 운현궁 에스케이 허브 102동 407호’로 각 본점을 이전하는 내용의 등기를 하였고, 2006. 12. 12. ‘

종로구 청진동 183-1 부경빌딩 5층’으로 본점을 이전하고 ‘서울

서울 종로구 경운동 89-4 운현궁 에스케이 허브 102동 407호’는 지점으로 변경하는 내용의 등기를 하였다.

나. 원고는

서울 종로구 경운동 89-4 운현궁 에스케이 허브 102동 407호(이하 ‘경운동 건물’이라 한다)를 922,031,000원에 매수하여 2006. 2. 15. 자신의 명의로 소유권이전등기를 마쳤고, 서울 종로구 청진동 183-1 대 158.3㎡, 같은 동 183-3 도로 30.1㎡ 및 위 183-1 대지 지상 건물(이하 ‘청진동 건물 등’이라 한다)을 2,100,000,000원에 매수하여 2006. 3. 7. 자신의 명의로 소유권이전등기를 마쳤고, 그 무렵 위 각 이전등기에 대하여

지방세법(2006. 12. 30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항이 정한 일반세율이 적용됨을 전제로 경운동 건물과 관련하여 등록세 17,315,120원 및 지방교육세 3,463,020원 합계 20,778,140원을, 청진동 건물 등과 관련하여 등록세 40,010,900원 및 지방교육세 8,402,180원 합계 50,413,080원을 각 신고납부하였다.

다. 피고는 서울특별시로부터 ‘2009년 세무조사업무 자치구 지도점검’결과에 따라 2010. 3. 11. 위 각 이전등기가 등록세 중과규정인

지방세법 제138조 제1항 제3호,

동법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조 제2항 소정의 ‘대도시내로의 법인의 본점의 전입 이후의 부동산등기’로서 중과세대상에 해당한다는 이유로 원고에 대하여 중과세율(일반세율의 100분의 300)을 적용하여 경운동 건물에 관한 등록세 56,973,660원(가산세 포함) 및 지방교육세 10,702,120원(가산세 포함) 합계 67,675,780원을 추가로 부과고지하였고(이하 ‘이 사건 제1처분’이라 한다), 청진동 건물 등에 관한 등록세 137,728,530원(가산세 포함), 지방교육세 25,865,260원(가산세 포함) 합계 163,593,790원을 추가로 부과고지하였다(이하 ‘이 사건 제2처분’이라 한다).

라. 원고는 감사원장에게 이 사건 각 처분에 대한 심사청구를 하였으나 2010. 11. 19. 기각결정을 받았다.

마. 한편, 서울특별시는

수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호,

동법 시행령 제9조 별표 1에 의해 과밀억제권역으로 정해져 있고, 원고 본점이 있었던 ‘

서울 금천구 가산동 345-9 에스케이트윈테크타운 비동 803, 804, 805호’는 산업집적활성화및공장설립에관한법률(2006. 3. 3. 법률 제7861호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘산업집적활성화법’이라 한다)상 산업단지(이하 ‘이 사건 산업단지’라 한다) 내에 위치하고 있다.

[인정근거 : 다툼이 없거나, 갑 제1, 3, 6호증, 갑 제2호증의 1, 2, 을 제1, 2, 8호증의 각 1, 2, 을 제3 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

1)

지방세법 시행령 제102조 제2항은 수도권의 경우 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다고 규정하고 있으므로, 서울특별시 외에서 서울특별시 내로의 본점의 전입만

지방세법 제138조 제1항 제3호가 정한 대도시내로의 법인의 본점의 전입에 해당한다. 따라서 서울특별시 내에 있는 이 사건 산업단지에서 서울특별시의 다른 지역으로 본점을 이전하는 것이 위 규정에 해당한다고 보는 것은 조세법률주의에 위배된다.

2) 피고는 2007. 11.경 위 각 이전등기에 대한 등록세와 관련하여 세무조사를 하였음에도 2009. 11.경 위 각 이전등기에 대한 등록세와 관련하여 세무조사를 한 다음 이 사건 각 처분을 한 것은 중복세무조사 금지의 원칙에 반한다.

3) 서울특별시 종로구청 담당자가 2006. 2.경 원고의 질의에 위 각 이전등기는 등록세 중과대상이 아니라고 답변하였을 뿐만 아니라 위 각 이전등기 당시에도 등록세 중과대상이 아니라는 것을 확인하였고 2007. 11.경 세무조사과정에서도 위 각 이전등기는 등록세 중과대상이 아니라고 확인하였기 때문에 원고가 위와 같이 등록세를 일부 누락한 것에 대하여 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 이 사건 각 처분 중 가산세를 부과한 부분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대하여

가)

지방세법 제138조 제1항 제3호는 ‘대도시내에로의 법인의 본점의 전입 이후의 부동산등기’에 등록세를 중과한다고 규정하고 있는데, 여기서 등록세 중과대상의 지역적 범위인 ‘대도시’가 무엇을 의미하는지 문제되는바, 이에 관하여

지방세법 제138조 제1항 단서에서는

수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호에 규정된 과밀억제권역을 의미하되 다만 산업집적활성화법의 적용을 받는 산업단지를 제외한다고 규정하고 있고,

지방세법 시행령 제102조 제2항은 수도권의 경우 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다고 규정하고 있다.

나) 위 관계규정을 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, ①

지방세법 제138조 제1항 단서에서 정한 ‘대도시’는 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호에 규정된 과밀억제권역에서 산업단지를 제외한 지역을 의미하여 산업단지가 과밀억제권역 내에 있다고 해도 산업단지 자체는 지방세법상 ‘대도시’에 해당한다고 볼 수 없는 점, ②

지방세법 제138조 제1항 제1호에서제4호까지 ‘대도시’라는 용어를 별다른 제한 없이 사용하고 있으므로

제1항 제3호 소정의 ‘대도시’를 제1항 단서 소정의 ‘대도시’의 의미와 달리 보아야 할 법적 근거가 없는 점, ③ 대도시 내에 있는 산업단지에서 산업단지 밖의 대도시 지역으로 본점 등을 전입하는 경우에도 그에 따른 인구와 산업의 집중으로 인한 폐해가 없다고 볼 수 없고 이는 설립당시 대도시 내에 소재하였던 법인이 잠시 대도시 밖의 산업단지로 이전하였다가 다시 대도시 내로 전입한 경우에도 마찬가지라고 할 것이므로, 대도시 내로의 본점 등의 전입을 억제하여 인구집중, 경제집중 등을 막고 지역경제의 활성화를 꾀하고자 하는 조세정책적 차원에 비추어 볼 때 위 규정의 적용을 산업단지 밖의 과밀억제권역에서 산업단지로 본점을 이전하였다가 다시 산업단지 밖의 과밀억제권역으로 본점을 이전하는 경우에는 배제해야할 실질적 이유를 찾을 수 없는 점, ④

지방세법 시행령 제102조 제2항은

동법 제138조 제1항 제3호를 적용함에 있어서는

수도권정비계획법 제2조 제1호,

동법 시행령 제2조가 정한 수도권(서울특별시, 인천광역시, 경기도) 내의 과밀억제권역에서의 본점의 이전이라 하더라도 서울특별시 외의 과밀억제권역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 보아 등록세를 중과하겠다는 취지에서 둔 규정이어서 산업단지를 ‘대도시’에서 제외하는

동법 제138조 제1항 단서의 적용을 배제하는 것은 아닌 점 등을 종합하면, 산업단지 밖의 과밀억제권역에서 서울특별시 내 산업단지로 본점을 이전한 다음 위 산업단지에서 산업단지 밖의 서울특별시 지역으로 본점을 이전하는 경우에는

지방세법 제138조 제1항 제3호,

동법 시행령 제102조 제2항이 정한 ‘대도시내에로의 전입’에 해당한다고 봄이 상당하다 할 것이고, 이러한 해석은 관계법령에서의 용어의 의미를 체계적통일적으로 해석하는 것으로서 과세요건법정주의에 합치한다 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 대하여

가) 세무조사라 함은 세무공무원이 납세의무자 또는 관계인에게 필요에 따라 질문을 하고 관계서류, 장부 그 밖의 물건을 검사하는 질문검사권을 행사하여 과세요건을 충족하는 사실의 조사확인 및 과세에 필요한 직접간접의 자료를 수집하는 일련의 행위를 말하는데, 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등 특별한 사정이 없는 한 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다(

국세기본법 제81조의4 제2항,

동법 시행령 제63조의2).

나) 이 사건에 돌아와 보건대, 갑 제4, 6호증, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3, 4, 9 내지 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 2007. 1. 8. 청진동 건물 지하층 제2종근린생활시설(일반음식점) 108.24㎡의 용도를 위락시설(유흥주점)로 변경하는 것을 승인한 사실, 원고는 2007. 2. 23.

지방세법 제112조 제2항에 따라 위 용도변경과 관련하여 취득세 26,409,280원(농어촌특별세 2,400,840원 포함)을 신고한 사실, 피고는 원고가 위 취득세를 납부하지 않자 2007. 4.경 원고에게 취득세 26,959,060원(가산세 549,780원 포함)을 부과고지한 사실, 피고는 2007. 8. 29. 원고를 비롯하여 2003년부터 2006년까지 부동산을 다수 취득한 법인으로 추징세원이 예상되는 법인이나 비영리 및 비과세감면 법인 중 취득한 부동산을 취득 목적 이외의 목적으로 사용하거나 사용하지 않고 방치한 법인에 대하여 2007. 11. 2. 취득세, 등록세 등을 조사한다는 것을 통보한 사실, 피고는 2007. 11. 5. 원고에 대한 세무조사를 실시한 다음 같은 해 12. 21. 원고에 대하여 위 유흥주점으로의 용도변경과 관련한 취득세액이 26,959,060원이라는 점을 통지한 사실, 서울특별시는 2009. 11. 14.부터 같은 해 11. 17.까지 서울특별시 종로구청의 세무업무 전반에 관한 지도점검을 실시하고 그 무렵 원고에 대하여 경운동 건물과 청진동 건물 등에 관한 등록세를 추가로 부과하라는 통보를 한 사실, 이에 피고는 2009. 12. 18. 원고에 대하여 경운동 건물에 대한 등록세 66,815,590원(지방교육세 및 가산세 포함), 청진동 건물 등에 대한 등록세 159,964,040원(지방교육세 및 가산세 포함)의 과세예고통지를 한 사실, 원고는 2010. 1. 18. 서울특별시장에게 위 과세예고통지에 대한 과세전적부심사청구를 하였으나 2010. 2. 22. 기각결정을 받은 사실 등을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 비추어 보면, 피고가 2007. 11. 5. 원고에 대하여 경운동 건물과 청진동 건물 등에 대한 등록세의 부과를 위한 세무조사를 실시하였으나 이 사건 각 처분은 별도의 세무조사를 실시하지 않고 종전의 세무조사에서 얻은 과세자료를 기초로 한 서울특별시의 지도점검결과에 따른 것에 지나지 아니하므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

3) 세 번째 주장에 대하여

가) 지방세법상 가산세는 지방세법에 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 의무를 이행하지 아니한 경우에 같은 법에 의하여 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액으로서, 그 목적은 납세의무자에게 일정한 신고·납부 등의 의무를 부과하고 정당한 이유 없이 위반하는 경우에 행정상의 제재를 가함으로써 과세권 행사의 적정과 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위함에 있고, 의무위반에 있어서 납세의무자의 고의·과실은 원칙적으로 고려되지 않는다 할 것이므로, 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 한하여 가산세를 부과할 수 없다(

대법원 1995. 6. 16. 선고 94누11019 판결,

2005. 11. 25. 선고 2004두930 판결 등 참조).

나) 이 사건에 돌아와 보건대, 서울특별시 종로구청 담당자가 2006. 2.경 원고의 질의에 대하여 위 각 이전등기는 등록세 중과대상이 아니라고 답변하는 등 원고 주장과 같은 사실을 인정할 아무런 증거가 없으므로, 납세의무자인 원고에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.