구 지방세법 제276조 제1항은 단서에는 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물의 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 면제된 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있는데, 토지의 취득자가 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하기를 포기한 경우는 정당한 사유에 포함되지 않으므로, 면제되었던 취득세, 등록세 및 재산세를 부과한 처분은 정당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고가 대표이사로 있던

디지털리서치 주식회사(이하 ‘

디지털리서치’라 한다)는 2003. 4. 16. 부산광역시장과, 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 일반지방산업단지로 지정된 부산 센텀시티 지방산업단지(이하 ‘센텀산업단지’라 한다) 중 산업시설용지인 부산 해운대구

우동 12B-9L대 1,654㎡(이후 같은 동 1459 대 1,651.5㎡로 확정되었다. 이하 ‘이 사건 토지’라 한다)의 용지매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)과 이 사건 토지에 건축면적 1,654㎡(제조시설 1,200㎡, 부대시설 454㎡)의 LED 전광판 제조 공장을 2004년에 착공하여 2005년에 준공하기로 하는 내용의 입주계약(이하 ‘이 사건 입주계약’이라 하고, 이 사건 매매계약과 이 사건 입주계약을 합하여 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.

나. 원고는 2003. 4. 22.

디지털리서치의 이 사건 계약상 권리ㆍ의무를 포괄적으로 승계한 후, 2006. 4. 17. 이 사건 매매계약의 대금을 모두 지급하고 이 사건 토지의 소유권을 취득하였다.

다. 원고는 2006. 4. 17. 피고에게 이 사건 토지 취득에 따른 취득세와 등록세 신고를 하면서 위 취득세와 등록세의 면제를 신청하였고, 피고는

구 지방세법(2006. 12. 30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제276조 제1항, 구 부산광역시세 감면 조례(2009. 12. 30. 부산광역시 조례 제4447호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘감면조례’라 한다) 제28조에 따라 취득세와 등록세를 면제하였고, 아울러 구 지방세법 제276조 제1항에 따라 2006년부터 2008년까지의 이 사건 토지에 관한 재산세도 면제하였다.

라. 그 후 피고는 원고가 이 사건 토지 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 정해진 용도에 직접 사용하지 않았다고 보아

구 지방세법 제276조 제1항, 감면 조례 제28조의 각 단서를 적용하여, 원고에 대하여 면제한 세액에 가산세를 포함하여, 2009. 6. 11. 취득세 36,647,790원, 등록세 36,647,790원 및 농어촌특별세 3,664,770원, 지방교육세 7,329,550원을, 2009. 6. 16. 2006년부터 2008년까지의 재산세 26,788,750원 및 지방교육세 5,357,740원을 각 부과(이하 위 부과처분 모두를 가리켜 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증, 을 1 내지 7, 9호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고가 이 사건 처분시까지 이 사건 토지상에 입주계약에 따른 공장신축을 하는 등 정해진 용도로 사용하지 못한 데 대하여는 아래와 같은 정당한 사유가 있고, 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

(1) 이 사건 계약시 건폐율을 100%로 예정하였을 뿐 용적률에는 아무런 제한이 없었고, 부산광역시장 등은 이 사건 토지상의 건축시 용적률이 1,000%까지 가능한 것처럼 홍보하였으며, 이후 센텀산업단지내 인근 토지들에 대하여 용적률이 400%를 초과하거나 심지어 1,000%에 이르도록 입주계약을 체결ㆍ변경하여 주기도 하였으므로, 원고 또한 2006. 6.경 용적률을 늘여 건축면적을 20,184.11㎡(제조시설 12,746.61㎡, 부대시설 7,437.5㎡)로 하는 입주계약변경신청과 그에 따른 건축허가신청을 하였는데, 부산광역시장과 피고 등이 이를 거부하였고, 이에 원고가 2006. 9.경부터 위 입주계약변경거부처분의 취소를 구하는 소송을 제기하여 2008. 6.경 대법원에서 패소확정되기까지 다투었다. 따라서, 원고로서는 용적률을 상향조정한 입주계약변경이 이루어지기 전까지 혹은 적어도 용적률을 상향조정하여 한 입주계약변경신청시부터 입주계약변경거부처분이 적법하다고 본 대법원판결확정시까지는 이 사건 토지를 정해진 용도로 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있다고 보아야 한다.

(2)

디지털리서치의 주주인

김영호는 원고가 이 사건 토지를 취득한 것에 불만을 품고 2007. 6.경 이 사건 토지에 대하여 처분금지가처분을 신청하여 그 가처분등기가 경료되고 같은 해 9.경 원고와 부산광역시를 상대로 이 사건 토지의 소유권이전등기말소등 소송을 제기하여 패소확정되었으나 위 가처분등기는 2009. 1.경에야 말소되었다.그런데 위 가처분이 해소되기 전까지는 시공사선정과 자금조달 등이 불가능하여 사업추진이 어려웠으므로 정당한 사유가 있다.

나. 관계법령

(1) 구 지방세법

제276조(산업단지 등에 대한 감면) ①「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의하여 지정된 산업단지와 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 의한 유치지역 및 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(괄호 안 생략)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(「수도권정비계획법」 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(괄호 안 생략)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.

(2) 감면 조례

제28조(부산센텀시티지방산업단지에 대한 감면) 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의하여 지정된 부산센텀시티지방산업단지(산업시설용지에 한한다)내에 입주하는 자가 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제7조의3의 규정에 의하여 시장이 부산센텀시티지방산업단지의 주요 유치업종으로 고시한 지식 및 정보통신산업을 영위하기 위하여 취득하는 부동산(괄호 안 생략)에 대하여 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유 없이 당해 업종의 용도에 직접 사용하지 않고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

다. 판단

(1)

구 지방세법 제276조 제1항은 센텀산업단지와 같이 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지 안에서 일정 건축물을 신축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고 재산세를 경감ㆍ면제하도록 규정하면서, 그 단서에서 그 부동산의 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 위 건축물의 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 면제된 취득세, 등록세, 재산세를 추징하도록 규정하고 있고, 감면 조례 제28조 또한 같은 취지로 규정하고 있다.

그런데 위 조항의 단서에 규정된 ‘정당한 사유’란 그 취득 토지를 위 건축물의 용도나 위 업종의 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 위 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 토지의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하기를 포기한 경우는 이에 포함되지 아니한다 할 것이다(

대법원 2003. 12. 12. 선고 2003두9978 판결 참조).

(2) 원고가 부산광역시장에게 이 사건 입주계약에서 정한 건축면적 1,654㎡(제조시설 1,200㎡, 부대시설 454㎡)를 20,184.11㎡(제조시설 12,746.61㎡, 부대시설 7,437.5㎡)로 늘이는 내용의 입주계약변경신청을 하였다가 부산광역시장으로부터 용적률의 과도한 증가를 이유로 거부당하자 2006. 9. 5. 입주계약변경 거부처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하여 항소심을 거쳐 2008. 6. 26. 대법원에서 확정된 사실,

디지털리서치의 주주인

김영호가 원고를 상대로 2007. 9. 11. 원고 명의의 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기의 말소를 구하는 소송을, 2007. 6.경과 10.경 각 이 사건 토지에 대하여 처분금지가처분신청을 제기하여 각 그 무렵 법원의 가처분결정이 내려졌으나 결국 위 소유권이전등기말소소송은

김영호의 패소로 확정되었고 위 가처분결정은 원고의 이의신청 등이 인용되어 취소되거나 집행해제된 사실은 다툼이 없거나, 갑 1, 4호증, 을 9호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

그러나 부산광역시장이 이 사건 토지의 용적률에 제한이 없고 1,000%까지 확대가능하다고 고지하는 등으로 용적률을 상향조정하는 입주계약변경이 가능하도록 약정하였다는 점에 대하여는 이를 인정할 아무런 증거가 없고, 이 사건 계약 당시 용적률에 대한 별도의 제한이 없었다거나 인근토지들에 대하여 사후에 용적률을 상향조정하거나 높은 용적률로 입주계약을 체결, 변경한 바 있다는 사정만으로는 부산광역시나 피고측에서 실제로 용적률을 상향조정하는 내용의 입주계약변경에 응하여야 할 사유가 되지 않으며, 원고가 입주계약변경거부처분에 대한 취소소송을 제기하여 그 처분이 적법함이 확정되기까지 상당한 시간이 소요되었다는 사정 또한 행정관청의 사용금지, 제한 등 외부적인 사유로 보기 어려우며, 원고가 입주계약에 따른 공장신축을 지연하고 있는 것은 입주계약대로라면 낮은 용적률로 인하여 수익성이 낮다는 등의 경영판단 등 내부적 사정에 기한 것으로 보일 뿐이므로, 원고로서는 이 사건 토지를 그 용도에 직접 사용하지 못한 데 대하여 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

한편 앞서 본 바와 같이

김영호에 의하여 소송과 가처분이 제기되고 패소확정 내지 해제된 사정 또한 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적인 사유와 무관한 원고의 내부적인 사정에 불과하며, 나아가 앞서 보았거나 앞에서 든 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 원고가 이 사건 입주계약시 정한 건축면적의 12배가 넘는 건축면적으로 확대변경하여 줄 것을 요구하면서 입주계약변경과 건축허가신청을 하여 거부당하자 행정소송까지 제기하여 1, 2, 3심에서 모두 패소하여 확정되었으며 위 패소확정 후 이 사건 처분시까지 약 1년여의 간격이 있었던 점,

김영호의 신청으로 그 기입등기가 경료된 가처분의 집행취소나

김영호의 패소판결확정 후에도 상당한 기간동안 가처분등기가 경료되어 있는 상태를 용인하면서 각 가처분등기가 말소된 이후에도 전혀 이 사건 토지상의 공장신축에 착수하지 않고 있다가 이 사건 처분 후인 2009. 8. 4. 주식회사 제이더블유스워드에 이 사건 토지의 소유권을 넘겨준 점 등을 참작할 때 원고가 이 사건 토지를 정해진 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였다고 보기도 어렵다.

따라서 원고는 이 사건 토지를 취득일로부터 3년 내에 정당한 사유 없이 정해진 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 할 것이므로, 원고의 주장은 이유 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각한다.