종교목적의 본당을 건축하기 위해 해당 부동산을 경락 취득하였으나 종전 소유자로부터 원고에게로 건축주명의가 변경되지 않아 소송을 제기하여 판결에 의해 명의를 변경한 점 등을 종합할 때 취득일로부터 3년 이내에 직접사용하지 못한 정당한 사유 및 이를 해소하기 위한 정상적인 노력을 인정해야 하는 바, 감면된 취득세 등을 부과한 처분은 타당하지 않다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 1. 30. 주식회사

만월로부터 대전

서구 월평동 224 대 1,194㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다) 및 그 지상 건물을 증여로 취득한 후,

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호 및

제127조 제1항 제1호의 규정에 의하여 비영리사업자인 종교단체가 고유사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득에 해당한다는 이유로 피고로부터 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세(이하 ‘취득세 등’이라 한다)을 비과세 받았다.

나. 피고는 2011. 1. 28. 이 사건 부동산에 대한 현장 확인 결과, 건축물 착공 당시 철골구조물만 축조된 상태에서 장기간 공사가 중단된 사실을 확인하고, 원고가 이 사건 부동산을 취득일로부터 3년이 경과하도록 정당한 사유 없이 종교단체의 고유 목적에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 원고에게 비과세한 취득세 등의 신고납부를 안내하였고, 원고는 2011. 2. 8. 이 사건 부동산의 취득가액 2,890,448,000원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 91,338,140원을 처분청에 신고한 후, 2011. 3. 2. 이를 납부하였다(

구 지방세법 제72조는 ‘신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다’고 규정하고 있는바, 원고가 취득세 등을 신고납부한 2011. 3. 2.에 취득세 등의 부과처분이 있는 것으로 간주된다, 이하 위 규정에 의하여 간주된 2011. 3. 2.자 취득세 등 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 원고는 2011. 3. 21. 피고에게 이 사건 부동산을 취득일로부터 3년이 경과하도록 종교단체의 고유목적 사업에 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있으므로 비과세 요건에 해당한다고 주장하며 이미 납부한 취득세 등을 각 환급해 줄 것을 요구하는 경정청구를 하였으나 피고는 이를 거부하였고, 원고는 이에 불복하여 2011. 4. 15. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2012. 2. 7. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 10호증, 을 제1 내지 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고가 이 사건 부동산을 취득일로부터 3년이 경과하도록 종교단체의 고유 목적사업에 직접 사용하지 못한 것은 사실이나, 원고에게 정당한 사유가 있고, 원고가 이 사건 부동산을 목적 사업에 직접 사용하기 위한 정상적이고, 진지한 노력을 다하였으므로 원고에 대한 취득세 등은 비과세 되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

구 지방세법 제107조 제1호는 ‘종교 등 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산을 취득한 경우 취득세를 부과하지 아니하나, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다’고,

같은 법 제127조 제1항 제1호는 ‘종교 등 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기를 한 경우에는 등록세를 부과하지 아니하나, 등기·등록일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다’고 각 규정하고 있고, 위 각 규정의 ‘정당한 사유’의 판단 기준은 법령에 의한 금지·제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함한다 할 것이고, 나아가 그 정당 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법 취지를 충분히 고려하면서 토지 취득목적에 비추어 고유 목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유 목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유와 장애 정도, 당해 법인 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다. 다만, 법인이 토지 취득시에 이미 유예기간 내에 고유 업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유가 있음을 알고 있었고, 취득 후에 당해 토지를 고유 업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제 그 해소를 위하여 노력하고 이를 해소하였는데도 예측치 못한 전혀 다른 사유로 고유 업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유 업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없는 것이다(

대법원 2004. 7. 22. 선고 2002두11950 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 갑 제3 내지 8, 11호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 소외 주식회사

엔케이산업(이하 ‘

엔케이산업’이라 한다)은 2002. 5. 6. 대전광역시

서구청으로부터 이 사건 부동산 지상에 건축허가를 받아 공사를 하던 중 2003. 4. 9. 자금난으로 건축공사를 중단한 사실, ② 2003. 5. 19.

대전지방법원 2003타경13840호로 이 사건 부동산에 관한 임의경매절차가 개시된 사실, ③

엔케이산업은 위 경매가 진행중인 2004. 1. 4. 건축허가에 관한 건축주명의를

소외 인베스팅코리아 주식회사(이하 ‘

인베스팅코리아’라 한다)로 변경한 사실, ④ 한편 원고는 2002. 2. 8.

만년동성당을 신설하였는데 성당부지 및 건물이 없어 주변 상가를 임차하여 사용하던 중, 이 사건 부동산에 관한 임의경매절차가 개시된 사실을 알고, 이 사건 부동산에

만년동성당을 건축할 생각으로 2004. 3. 17. 소외 주식회사

만월(이하 ‘

만월’이라 한다)을 설립한 후 2004. 6. 7. 위 임의경매절차에서 이 사건 부동산을 경락받은 사실, ⑤ 당시 이 사건 부동산 지상에는 철골골조공사만 된 상태의 구조물(이하 ‘이 사건 구조물’이라 한다)이 있었는데, 원고는 2004. 10. 28. 대전지방법원에 이 사건 구조물의 유치권을 주장하는

소외 건흥종합건설 주식회사 등을 상대로 이 사건 구조물의 철거 및 이 사건 부동산의 인도를 구하는 소송을 제기하였고, 그 항소심에서 2006. 4. 20. ‘

만월이

건흥종합건설 주식회사 등에게 10억 원을 지급하는 대신,

건흥종합건설 주식회사 등이 이 사건 구조물에 대하여 가지고 있는 모든 권리를 포기하고, 이 사건 구조물에 대한 소유권 등 모든 권리를 만월에게 귀속시킴은 물론

건흥종합건설 등이

앤케이산업에 대하여 가지는 일체의 공사대금채권도 모두

만월에게 양도한다’는 내용의 조정이 성립된 사실, ⑥

만월은 2008. 1. 30. 원고에게 이 사건 부동산 및 그 지상 구조물을 증여하였고, 원고는 2008. 2. 12. 이 사건 부동산에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기를 경료한 사실, ⑦ 원고는 이 사건 부동산 지상에

만년동성당을 신축하기 위하여 2008. 3. 10.

만년동성당 주임신부인

한태호가 원고를 대리하여 건축사무소필의 건축사

유창열과 건축물 설계감리계약을 체결하였고, 원고는 2008. 7. 28.

만년동성당 신축 설계 심의 승인을 한 사실, ⑧ 원고는 2008. 9. 4. 이 사건 부동산과 관련하여 건축주 명의자를

인베스팅코리아에서 원고로 변경하는 내용의 변경신고서를 제출한 사실, ⑨ 피고는 2008. 9. 9.과, 2009. 4. 20. ‘변경 전 건축주의 명의변경동의서 또는 권리관계의 변경사실을 증명할 수 있는 서류가 제출되지 않았다’는 이유로 건축관계자(건축주)변경신고를 반려한 사실, ⑩ 원고는 2009. 5. 21. 피고를 상대로 대전지방법원에 건축관계자 명의변경신청반려처분 취소소송을 제기하였으나, 위 법원은 2009. 9. 23. ‘이 사건 구조물의 소유자가

만월인지

인베스팅코리아인지 불분명하므로, 피고가 변경 전 건축주의 명의변경 동의서 또는 권리관계의 변경사실을 증명할 수 있는 서류가 제출되지 않았다는 이유로 원고의 신고를 반려한 것은 적법하다’는 취지의 원고 패소판결을 한 사실, ⑪ 원고는 2010. 5. 24.

인베스팅코리아를 상대로 소유권확인 소송을 제기하여 2011. 2. 10. ‘이 사건 구조물이 원고 소유임을 확인하고,

인베스팅코리아는 원고에게 건축허가에 관하여 건축주를 원고로 변경하는 건축관계자 변경신고 절차를 이행하라’는 취지의 원고 승소판결을 받았고,

인베스팅코리아가 항소 및 상고하였으나 각 기각되어 그 판결이 확정된 사실이 인정된다. 위 인정사실에 나타난 다음과 같은 여러 사정, 즉

만월은

건흥종합건설 주식회사 등과의 사이에 성립한 조정 내용에 따라 이 사건 부동산 및 구조물의 소유권을 적법하게 취득하였다고 생각하여 원고에게 이 사건 부동산 및 구조물을 증여하였고, 원고 또한 같은 생각으로 이 사건 부동산 및 구조물을

만월로부터 증여받은 것으로 보이는 점, 법원의 판결을 통하여

만월 및 원고가 이 사건 구조물의 적법한 소유자임이 확인된 점, 원고가 3년 이내에 이 사건 부동산을 그 용도에 직접 사용하지 못한 것은

인베스팅코리아에서 원고로 건축주명의가 변경되지 않았기 때문인데, ‘

인베스팅코리아는 이 사건 부동산에 관한 건축허가의 건축주를 원고로 변경하라’는 취지의 판결이 선고되어 확정된 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 부동산을 취득일로부터 3년이 경과하도록 종교단체의 고유 목적 사업에 직접 사용하지 못한 것에 대하여 정당한 사유가 있고, 원고는 이 사건 부동산을 가능한 빨리 고유 목적 사업에 사용하기 위하여 정상적이고, 진지한 노력을 다한 것으로 보이고, 달리 원고가 이 사건 부동산 취득시에 이미 유예기간 내에 고유 업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유가 있음을 알고 있었다고 볼 수 없다. 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.