종교목적의 부동산을 취득한 이후 그 중 일부에 대한 기존의 임대차계약기간이 만료되었음에도 계속 주거용으로 임대하였으나, 구 지방세법 제127조 제1항이 규정한 부동산 취득일로부터 3년, 사용일로부터 2년의 유예기간이 경과하지 않은 사실이 확인되는 이상 이에 감면된 취득세 등을 부과한 처분은 취소되어야 한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 불교 포교사업, 교육사업 등을 목적으로 하는 비영리 사단법인으로서, 2009. 8. 30.

부천시 소사구 송내동 700-12 대지 184.5㎡ 및 그 지상 3층 건물(이하 '이 사건 부동산‘이라고 한다)을 매수하여 2009. 10. 15. 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 경료하였다.

나. 원고는 2009. 10. 15. 이 사건 부동산을 종교사업에 사용하기 위하여 취득한 것이라는 이유로 피고에게

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1항,

제127조 제1항 제1호에 따른 취등록세 감면신청을 하여, 그 무렵 피고로부터 이 사건 부동산 취득에 따른 취득세, 등록세, 지방교육세를 면제받았다.

다. 피고는 2011. 5. 12. 현지조사 결과 원고가 이 사건 부동산 중

2층 201호, 202호(이하 ‘쟁점 주택’이라고 한다)를 기존 임대차계약기간 만료 후에도 주거용으로 임대하였음을 확인하고, 2011. 8. 10. 원고에게 쟁점 주택의 취득가액(190,320,000원)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 2,551,040원, 등록세 2,568,170원, 지방교육세 475,560원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2011. 9. 5.

경기도지사에 이의신청을 하였고,

경기도지사는 2011. 12. 1. 기각결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

구 지방세법 제127조 제1항이 규정하고 있는 과세유예기간인 ‘원고의 이 사건 부동산 사용일(2009. 12. 6.)로부터 2년’ 및 ‘원고의 이 사건 부동산 취득일(2009. 10. 15.)부터 3년’이 모두 경과하지 않았고, 가사 위 유예기간을 경과하였다고 하더라도 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시 쟁점 주택에 대한 기존 임차인들과 전 소유자 사이의 계약기간이 종료되지 않아 남은 기간에 대하여 임대인의 지위를 승계하였고 위 기간이 만료한 후에는 임차인들의 경제적 사정으로 인하여 계속 거주하는 바람에 부득이하게 계속하여 임대하게 된 것이므로 이를 유예기간 내에 종교용으로 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있으니, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

구 지방세법 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호에 의하면, 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득한 경우에는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하나, ① 취득일(등기일)부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우, ② 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과하는 것으로 규정하고 있는바, 종교를 목적으로 하는 단체에 대하여 종교사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득한 경우로 보아 면제하였던 취득세와 등록세를 부과하기 위한 과세요건에는 위 각 유예기간의 경과도 포함되므로(2009. 3. 12. 선고 2006두11781 판결 참조), 법인이 취득한 부동산을 그 목적 사업에 직접 사용하지 않은 경우라고 하더라도 부동산을 취득(등기)한 날로부터 3년 및 그 사용일로부터 2년이 경과하지 않은 이상 이를 이유로 면제되었던 취득세와 등록세를 부과할 수는 없다고 봄이 타당하다.

이 사건을 보건대, 원고는 2009. 10. 15. 이 사건 부동산을 취득하고 같은 날 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 마친 사실, 피고는 2011. 8. 10. 원고에게 ‘원고가 기존 임대차계약기간 만료 후인 2011. 5. 12. 이 사건 부동산 중 쟁점 주택을 주거용으로 임대하여 목적 사업인 종교용으로 사용하지 않았다’는 이유로 이 사건 부동산 중 쟁점 주택 부분에 대한 취득세 2,551,040원, 등록세 2,568,170원, 지방교육세 475,560원을 부과하는 이 사건 처분을 하였음은 앞서 본 바와 같고, 위 각 증거들과 증인

김동규의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 2009. 12. 6.경부터 이 사건 부동산을 종교 사업에 사용한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실을 종합하면, 이 사건 처분일인 2011. 8. 10. 당시 원고가 이 사건 부동산을 취득(등기)한 날로부터 3년 및 그 사용일로부터 2년이라는 유예기간이 경과하지 않았음이 역수상 명백하므로, 피고가 원고에게 그 유예기간이 경과하기 전에 목적 사업 외의 용도로 사용하였다는 이유를 들어 취득세와 등록세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다(피고는 원고가 준비기간 등의 사유로 불가피하게 이 사건 부동산을 종교 사업에 사용하지 못한 것이 아니라 종교용으로 사용할 수 있었음에도 정당한 사유 없이 다른 용도로 사용한 경우이므로 위 유예기간의 경과 여부에 관계없이 비과세한 취득세를 부과할 수 있다는 취지로 주장하나,

구 지방세법 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호의 규정내용에 비추어 위 유예기간에 이와 같은 제한이 있다고 볼 아무런 근거가 없고 쟁점 주택을 계속 임대하게 된 경위와 기간 등에 비추어 볼 때 원고에게 정당한 사유가 없었다고 단정하기도 어렵다).

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.